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11. 发明申请

WO2012071344A3 NUCLEOTIDE-BASED PROBES AND METHODS FOR THE DETECTION AND QUANTIFICATION OF MACROMOLECULES AND OTHER ANALYTES 审中-公开
标题翻译：用于检测和定量分析大分子和其他分析物的基于核苷酸的探针和方法
公开(公告)号：WO2012071344A3
公开(公告)日：2012-07-26
申请号：PCT/US2011061701
申请日：2011-11-21
申请人： UNIV CALIFORNIA , VALLEE-BELISLE ALEXIS , RICCI FRANCESCO , WHITE RYAN , BONHAM ANDREW J , PLAXCO KEVIN W
发明人： VALLEE-BELISLE ALEXIS , RICCI FRANCESCO , WHITE RYAN , BONHAM ANDREW J , PLAXCO KEVIN W
IPC分类号： C07H21/04 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6825 , C12Q1/6818 , C12Q2525/301 , C12Q2565/1015 , C12Q2565/1025 , C12Q2545/113 , C12Q2563/131
摘要： Provided are unimolecular oligonucleotide probes for detecting a target in a sample. The probes use target binding-induced structural changes to detect the presence of the target in the sample. Also provided are methods of using the probes to detect a target in a sample.
摘要翻译：提供了用于检测样品中的靶的单分子寡核苷酸探针。探针使用靶标结合诱导的结构变化来检测样品中靶标的存在。还提供了使用探针来检测样品中的靶的方法。

12. 发明申请

WO2012024639A1 POLYMERASE ASSAY WITH A FRET SUBSTRATE 审中-公开
标题翻译：聚合物测定与FRET基板
公开(公告)号：WO2012024639A1
公开(公告)日：2012-02-23
申请号：PCT/US2011/048503
申请日：2011-08-19
申请人： LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION , XI, Lei , BJORNSON, Keith P. , HENDRICKS, Stephen P.
发明人： XI, Lei , BJORNSON, Keith P. , HENDRICKS, Stephen P.
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/686 , C12Q1/6853 , C12Q2565/101 , C12Q2563/107 , C12Q2525/301 , C12Q2565/107 , C12Q2561/113 , C12Q2545/113 , C12Q2565/1015
摘要： This specification generally relates to non-radioactive methods of detecting nucleic acid polymerase activity and methods of detecting compounds that modulate nucleic acid polymerase activity. The activity may be measured in real-time using a real-time PCR instrument.
摘要翻译：本说明书通常涉及检测核酸聚合酶活性的非放射性方法和检测调节核酸聚合酶活性的化合物的方法。可以使用实时PCR仪器实时测量活性。

13. 发明申请

WO2011095564A1 ASSAY FOR DETERMINING THE TYPE AND/OR STATUS OF A CELL BASED ON THE EPIGENETIC PATTERN AND THE CHROMATIN STRUCTURE 审中-公开
标题翻译：用于确定基于原始图案和色谱结构的细胞的类型和/或状态的测定
公开(公告)号：WO2011095564A1
公开(公告)日：2011-08-11
申请号：PCT/EP2011/051601
申请日：2011-02-03
申请人： EPIONTIS GMBH , OLEK, Sven
发明人： OLEK, Sven
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6881 , C12Q2600/154 , G01N33/56966 , G01N33/6875 , C12Q1/6858 , C12Q2545/113 , C12Q2523/125
摘要： The present invention relates to a method for identifying a specific type and/or state of a mammalian cell in a sample obtained from a mammal, comprising a) analyzing the relative amount of accessible chromatin in regions that are specific for a cell-type and/or cellular state in the genome of said cell, b) comparing said relative amount of accessible chromatin said in regions with the relative amount of accessible chromatin in regions in the genome of said cell that are unspecific for a cell-type and/or cellular state, and c) deducing the specific type and/or state of said mammalian cell in said sample based on said comparison. Preferably, said identifying further comprises a relative quantification of said specific cell type and/or state based on said comparison. The method can further comprise a diagnosis of a predisposition to a disease or a disease based on said identification. Kits and certain markers in regions of accessible chromatin in the genome are described, too.
摘要翻译：本发明涉及用于鉴定从哺乳动物获得的样品中哺乳动物细胞的特定类型和/或状态的方法，包括：a）分析细胞类型和/或细胞类型特异性区域中可及染色质的相对量，或所述细胞的基因组中的细胞状态，b）比较所述区域中所述可见染色质的所述相对量与所述细胞基因组中对于细胞类型和/或细胞状态是非特异性的区域中可及染色质的相对量以及c）基于所述比较，推导所述样品中所述哺乳动物细胞的特定类型和/或状态。优选地，所述识别还包括基于所述比较的所述特定细胞类型和/或状态的相对定量。该方法可以进一步包括基于所述鉴定诊断疾病或疾病的倾向。也描述了基因组中可及染色质区域中的试剂盒和某些标记。

14. 发明申请

WO2009135180A2 A METHOD FOR GENERATING REFERENCE CONTROLS FOR PHARMACOGENOMIC TESTING 审中-公开
标题翻译：一种用于产生用于药物生物学测试的参考控制的方法
公开(公告)号：WO2009135180A2
公开(公告)日：2009-11-05
申请号：PCT/US2009/042608
申请日：2009-05-01
申请人： PARAGON , MURPHY, Michael, P. , CLARK, L., Scott , NAKHLE, Pamela, J. , BUTZ, Kenneth, G.
发明人： MURPHY, Michael, P. , CLARK, L., Scott , NAKHLE, Pamela, J. , BUTZ, Kenneth, G.
IPC分类号： C12N15/02 , C12N5/10 , C12N15/52 , A61K48/00 , A61P35/00
CPC分类号： C12Q1/6858 , C12N9/0071 , C12Q2545/113
摘要： Reference controls for use with pharmacogenomic testing, and methods for their identification, preparation, and use, are disclosed. The reference controls can confirm that pharmacogenomic testing correctly identifies individuals that do or do not have the mutation of interest, in both clinical trial and patient treatment settings. The reference controls can be selected to include one or more mutations to be identified, and prescreened to confirm that they bind to one or more of the primers used in the pharmacogenomic testing. The reference controls are human genomic DNA that includes certain identified polymorphisms (mutations) of interest, ideally derived from individuals, pre-selected and optionally properly consented, which have one or more of the polymorphism(s) of interest. The reference controls can be prepared by targeted pre-screening of human patients, by examining the genotype or genetic profile of the patients, isolating cells with the desired mutation, optionally immortalizing the cells, and obtaining DNA from the cells. The prescreening of prospective donors can be targeted based on any of a number of factors, such as genes of interest, mutations within the genes of interest, and membership in a specific ethnic or disease state population. The genomic DNA can be pre-screened for its ability to be detected, using a standard pharmacogenomic test, as including a specific mutation. Examples of mutations of interest include those present in a Phase I or Phase Il metabolic enzyme such as CYP2D6, CYP2C 19, CYP2C9, CYP2C8, and CYP3A5, CYP3A4, CYP2A6, CYP2B6, UGT1A1, DPD, ERCC1, MDR1, ADH2, NAT1 and NAT2 or any other metabolic or disease gene.
摘要翻译：公开了用于药物基因组测试的参考对照及其鉴定，制备和使用的方法。在临床试验和患者治疗环境中，参照对照可以证实药物基因组检测正确地识别出有或没有感兴趣突变的个体。可以选择参考对照以包括待鉴定的一个或多个突变，并进行预筛选以确认它们与药物基因组测试中使用的一种或多种引物结合。参考对照是人基因组DNA，其包括某些鉴定的目的多态性（突变），理想地衍生自预先选择的和任选正确同意的个体，其具有一个或多个感兴趣的多态性。通过检查患者的基因型或遗传概况，分离具有所需突变的细胞，任选地使细胞永生化，以及从细胞中获得DNA，可以通过靶向预筛选人类患者来制备参照对照。可以基于许多因素，如感兴趣的基因，感兴趣的基因内的突变以及特定种族或疾病状态群体的成员中的任何一个因素来预先预先筛选前瞻性供体。可以使用标准药物基因组测试将基因组DNA的筛选能力进行预筛选，作为包括特异性突变。感兴趣的突变的实例包括存在于I期或II期代谢酶如CYP2D6，CYP2C19，CYP2C9，CYP2C8和CYP3A5，CYP3A4，CYP2A6，CYP2B6，UGT1A1，DPD，ERCC1，MDR1，ADH2，NAT1和NAT2中的那些或任何其他代谢或疾病基因。

15. 发明申请

WO2008084672A1 光学検出装置の性能確認方法およびそれに用いる標準試薬审中-公开
标题翻译：用于确认光学检测器性能的方法和用于其的参考试剂
公开(公告)号：WO2008084672A1
公开(公告)日：2008-07-17
申请号：PCT/JP2007/074842
申请日：2007-12-25
申请人：アークレイ株式会社 , 平井光春 , 細見敏也 , 吉永由紀
发明人：平井光春 , 細見敏也 , 吉永由紀
IPC分类号： G01N33/53 , G01N21/64 , G01N21/78 , C12N15/09 , C12Q1/68
CPC分类号： G01N21/274 , C12Q1/6816 , C12Q1/6848 , C12Q2561/113 , C12Q2545/113 , C12Q2527/107
摘要：　光学検出ユニットおよび温度制御ユニットを備える光学検出装置について、光学シグナルの検出および温度制御が正確に行われているか否か、それらの性能を簡易且つ高い信頼性で確認できる方法を提供する。被検体の光学シグナルを検出する光学検出ユニットと、被検体の温度を制御する温度制御ユニットを備える光学検出装置について、下記方法により光学シグナルの検出性能および温度制御性能を確認する。まず、光学シグナル強度とＴｍ値とが既知である核酸配列と相補鎖とを含む標準サンプルを準備し、前記温度制御ユニットにより前記標準サンプルの温度を上昇もしくは下降させ、且つ、前記検出ユニットにより前記標準サンプルの光学シグナル強度を測定する。他方、温度変化に伴う前記光学シグナル強度の変動から、前記標準サンプルの融解温度を決定する。測定した前記標準サンプルの光学シグナル強度と前記標準サンプルの既知の光学シグナル強度、および、決定した前記標準サンプルの融解温度と前記標準サンプルの既知の融解温度とを、それぞれ比較して、前記検出ユニットによる光学シグナルの検出性能および前記温度制御ユニットによる温度制御性能が正確か否かを確認する。
摘要翻译：通过检查光信号和温度控制的检测是否被适当地进行来确认具有光学检测单元和温度控制单元的光学检测器的性能简单且高可靠性的方法。通过以下方法检查检测光学信号的性能和具有用于检测被检体的光学信号的光学检测单元的光学检测装置的温度控制性能和用于控制被检体的温度的温度控制单元。包含其光信号强度和Tm值已知的核酸序列和互补链的参考样品。温度控制单元升高或降低参考样品的温度，并且检测单元测量参考样品的光信号强度。由于温度变化引起的光信号强度的变化，确定参考样品的熔点。将参考样品的测量光信号强度与参考样品的已知光信号强度进行比较，并将参考样品的熔点与参考样品的已知熔点进行比较。因此，通过检测单元检测光信号的性能和通过温度控制单元的温度控制性能的检查是否适当。

16. 发明申请

WO2007024840A2 METHOD OF QUANTITATING NUCLEIC ACIDS 审中-公开
标题翻译：定量核酸的方法
公开(公告)号：WO2007024840A2
公开(公告)日：2007-03-01
申请号：PCT/US2006032735
申请日：2006-08-22
申请人： CRITICAL THERAPEUTICS INC , TUNKEY CHRISTOPHER D , O'KEEFE THERESA L
发明人： TUNKEY CHRISTOPHER D , O'KEEFE THERESA L
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6816 , C12Q1/6834 , C12Q2565/626 , C12Q2563/155 , C12Q2565/519 , C12Q2545/113
摘要： Disclosed is a method of measuring a target nucleic acid species in a sample (e.g., a biological sample) comprising amplifying multiple known concentrations of a standard nucleic acid, wherein the standard nucleic acid comprises the same sequence as the target nucleic acid or a fragment thereof; amplifying the target nucleic acid; hybridizing the amplified target nucleic acid with a population comprising a subset of microparticles to form a mixture, wherein each subset is distinguishable from other subsets based on a detectable parameter and wherein a subset of microparticles is coupled to an oligonucleotide that is complementary to a portion of the target and standard nucleic acids; hybridizing each of the amplified standard nucleic acid samples with a population comprising said subset of microparticles to form mixtures; analyzing the mixtures by flow cytometry, wherein the binding of a target nucleic acid and standard nucleic acid samples to a subset of microparticles is measured based on detection of a label; and determining the quantity of target nucleic acid in the biological sample.
摘要翻译：公开了一种测量样品（例如，生物样品）中的靶核酸物种的方法，包括扩增多种已知浓度的标准核酸，其中标准核酸包含与靶核酸或其片段相同的序列 ; 扩增靶核酸; 将扩增的靶核酸与包含微粒子集的群体杂交以形成混合物，其中每个子集基于可检测参数与其它子集区别，并且其中将微粒子集偶联至寡核苷酸，所述寡核苷酸与目标和标准核酸; 将每个扩增的标准核酸样品与包含所述微粒子集的群体杂交以形成混合物; 通过流式细胞术分析混合物，其中基于标记的检测来测量靶核酸和标准核酸样品与微粒子集的结合; 并确定生物样品中靶核酸的量。

17. 发明申请

WO2005110596A3 METHODS OF QUANTIFYING TARGETS IN MULTIPLE SAMPLES 审中-公开
标题翻译：在多个样本中量化目标的方法
公开(公告)号：WO2005110596A3
公开(公告)日：2006-07-27
申请号：PCT/US2005016325
申请日：2005-05-10
申请人： GORILLA GENOMICS INC , BECKMAN KENNETH B
发明人： BECKMAN KENNETH B
IPC分类号： C07C21/00 , B01J29/04 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6851 , C12Q2565/102 , C12Q2545/101 , C12Q2521/107 , C12Q2545/113 , C12Q2525/161 , C12Q2561/113
摘要： Methods and compositions for relative abundance quantitative PCR (RT-Q-PCR) are provided. Kits and systems for practicing the methods are also provided.
摘要翻译：提供了相对丰度定量PCR（RT-Q-PCR）的方法和组合物。还提供了实用方法的套件和系统。

18. 发明申请

WO2006064631A1 遺伝子発現量規格化方法、プログラム、並びにシステム审中-公开
标题翻译：方法，程序和系统的基因表达量的标准化
公开(公告)号：WO2006064631A1
公开(公告)日：2006-06-22
申请号：PCT/JP2005/021277
申请日：2005-11-18
申请人：ソニー株式会社 , 大戸康紀 , 阿部友照
发明人：大戸康紀 , 阿部友照
IPC分类号： G01N33/53 , C12Q1/68 , G01N37/00 , G06F19/00
CPC分类号： G06F19/20 , C12Q1/68 , C12Q1/6837 , G06F19/22 , C12Q2545/113
摘要：　遺伝子発現量の新規な解析・補正手段を提示し、遺伝子発現量規格化の精度を高めることを目的とする。試料中に含まれる、ゲノム中にほぼ一定の割合で存在する反復配列を測定することにより前記試料中の細胞数を取得し、その細胞数を、同じ試料から得られた遺伝子発現量を規格化するための指標とする遺伝子発現量規格化方法を提供する。例えば、同じ試料３２からＤＮＡサンプル３３とＲＮＡサンプル３４をそれぞれ取得し、ＤＮＡサンプル３３を細胞数取得のためのサンプルとし、ＲＮＡサンプル３４を遺伝子発現量取得のためのサンプルとすることにより、同じ試料３２中に含まれる細胞数と遺伝子発現量を取得できる。従って、取得した遺伝子発現量を、一定の細胞数辺りの値に換算することにより、他の遺伝子発現量と比較可能な値に規格化できる。
摘要翻译：旨在提出分析和校正基因表达量的新手段，从而提高基因表达量标准化的准确性。即，基因表达量的标准化方法，其特征在于测定样本中包含的基因组中以几乎恒定速率发生的重复序列，从而计数样本中的细胞，并使用细胞计数作为标准化基因的指标从同一标本获得的表达量。例如，从单个标本32获得DNA样品33和RNA样品34.将DNA样品33用作研究细胞数的样品，将RNA样品34用作研究基因表达的样品量。因此，可以理解同一标本32中的细胞计数和基因表达量。因此，通过将基因表达量转换为每单位细胞数的值，可以将其标准化为可以与其他基因表达量进行比较的值。

19. 发明申请

WO2005123955A3 METHODS AND COMPOSITIONS FOR MODIFYING GENE REGULATION AND DNA DAMAGE IN AGEING 审中-公开
标题翻译：用于修饰老化基因调控和DNA损伤的方法和组合
公开(公告)号：WO2005123955A3
公开(公告)日：2006-05-18
申请号：PCT/US2005020159
申请日：2005-06-09
申请人： CHILDRENS MEDICAL CENTER , YANKNER BRUCE , LU TAO
发明人： YANKNER BRUCE , LU TAO
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6813 , C12Q2545/113
摘要： The invention relates to gene regulation in ageing, and age-related cognitive decline. The invention, in particular relates to methods for screening a subject for a propensity to develop diseases associated with oxidative stress, and for age-related conditions, by examining the up-regulation and/or down-regulation of at least one gene associated within the central nervous system.
摘要翻译：本发明涉及衰老中的基因调控和年龄相关的认知衰退。本发明特别涉及通过检查与该氧化应激相关的至少一种基因的上调和/或下调的上调和/或下调至少一种与氧化应激有关的疾病的上调和/ 中枢神经系统。

20. 发明申请

WO2004033621A3 SYSTEM AND METHOD FOR DETERMINING THE SIZES AND QUANTITY OF POLYNUCLEOTIDES WITH CAPILLARY ARRAY ELECTROPHORESIS 审中-公开
标题翻译：用毛细管阵列电泳法测定多晶硅的尺寸和数量的系统和方法
公开(公告)号：WO2004033621A3
公开(公告)日：2006-05-04
申请号：PCT/US0314389
申请日：2003-05-01
申请人： SPECTRUMEDIX LLC
发明人： LIU ZHAOWEI , GUO ZHIYONG , LI QINGBO , KANE THOMAS
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N27/447 , G01N33/48 , C25B11/00 , C25B15/00
CPC分类号： G01N27/44782 , C12Q1/6816 , C12Q2565/125 , C12Q2545/113 , C12Q2545/101
摘要： An electrophoretic separation system configured to determine a size of each of a plurality of sample polynucleotides includes a plurality of sample separation lanes, such as capillaries. Each separation lane is configured to subject a number plurality of respective sample polynucleotides and a respective internal standard polynucleotide (ISP) to electrophoresis. The system also includes a ladder separation lane for subjecting at least two members of polynucleotide ladder to electrophoresis. A processor of the system is configured to determine migration coordinates of (1) the ISP and sample polynucleotides subjected to electrophoresis within each separation lane and (2) at least two of the PLMs. The processor also transforms the migration coordinates of the sample polynucleotides of each separation lane from a migration dimension of their respective separation lane to a migration dimension of the polynucleotide ladder. The sizes of the sample polynucleotides are determined based on (1) the respective transformed migration coordinates thereof and (2) migration coordinates of at least two PLMs.
摘要翻译：配置成确定多个样品多核苷酸中的每一个的尺寸的电泳分离系统包括多个样品分离通道，例如毛细管。每个分离通道被配置为使多个相应的多个样品多核苷酸和相应的内标多核苷酸（ISP）进行电泳。该系统还包括用于使多核苷酸梯度的至少两个成员进行电泳的梯子分离通道。该系统的处理器被配置为确定（1）在每个分离通道内经受电泳的ISP和样品多核苷酸的迁移坐标，以及（2）至少两个PLM。处理器还将每个分离通道的样品多核苷酸的迁移坐标从它们各自的分离通道的迁移维度转变为多核苷酸梯度的迁移维度。基于（1）各自的变换迁移坐标和（2）至少两个PLM的迁移坐标来确定样品多核苷酸的大小。

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