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41. 发明申请

WO2010008480A2 METHODS AND APPARATUS FOR MEASURING ANALYTES USING LARGE SCALE FET ARRAYS 审中-公开
标题翻译：使用大规模FET阵列测量分析仪的方法和装置
公开(公告)号：WO2010008480A2
公开(公告)日：2010-01-21
申请号：PCT/US2009/003766
申请日：2009-06-25
申请人： ION TORRENT SYSTEMS INCORPORATED , ROTHBERG, Jonathan, M. , HINZ, Wolfgang , JOHNSON, Kim, L. , BUSTILLO, James, M. , LEAMON, John, H. , SCHULTZ, Jonathan
发明人： ROTHBERG, Jonathan, M. , HINZ, Wolfgang , JOHNSON, Kim, L. , BUSTILLO, James, M. , LEAMON, John, H. , SCHULTZ, Jonathan
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N27/414
CPC分类号： C12Q1/6874 , B01L3/502761 , B01L2300/046 , B01L2300/0663 , B01L2300/0851 , B01L2400/086 , C12Q1/6869 , G01N27/4145 , G01N27/4148 , C12Q2565/607 , C12Q2565/301 , C12Q2565/629
摘要： Methods and apparatus relating to very large scale FET arrays for analyte measurements. ChemFET (e.g., ISFET) arrays may be fabricated using conventional CMOS processing techniques based on improved FET pixel and array designs that increase measurement sensitivity and accuracy, and at the same time facilitate significantly small pixel sizes and dense arrays. Improved array control techniques provide for rapid data acquisition from large and dense arrays. Such arrays may be employed to detect a presence and/or concentration changes of various analyte types in a wide variety of chemical and/or biological processes. In one example, chemFET arrays facilitate DNA sequencing techniques based on monitoring changes in the concentration of inorganic pyrophosphate (PPi), hydrogen ions, and nucleotide triphosphates.
摘要翻译：与用于分析物测量的非常大规模的FET阵列相关的方法和装置。可以使用基于提高测量灵敏度和精度的改进的FET像素和阵列设计的传统CMOS处理技术来制造ChemFET（例如，ISFET）阵列，并且同时促进显着小的像素尺寸和致密阵列。改进的阵列控制技术提供了从大型和密集阵列的快速数据采集。可以使用这样的阵列来检测各种化学和/或生物过程中各种分析物类型的存在和/或浓度变化。在一个示例中，chemFET阵列基于监测无机焦磷酸盐（PPi），氢离子和核苷酸三磷酸盐的浓度变化来促进DNA测序技术。

42. 发明申请

WO2008073378A3 HIGH THROUGHPUT DNA SEQUENCING METHOD AND APPARATUS 审中-公开
标题翻译：高通量DNA测序方法和装置
公开(公告)号：WO2008073378A3
公开(公告)日：2009-04-02
申请号：PCT/US2007025242
申请日：2007-12-11
申请人： THOMAS JEFFERSON UNIVERSITY ME , KHAN RISHI LEE , SCHWABER JAMES STEPHEN
发明人： KHAN RISHI LEE , SCHWABER JAMES STEPHEN
IPC分类号： C12P19/34
CPC分类号： C12Q1/6869 , B01L3/5027 , C12Q2565/619 , C12Q2565/513 , C12Q2565/301
摘要： The present invention relates to a method for high throughput nucleic acid sequencing using a multi-bead flow cell and pyrophosphate sequencing, a sequencer capable of performing this method, and a kit of the pyrophosphate sequencing reagents.
摘要翻译：本发明涉及使用多珠流式细胞和焦磷酸测序的高通量核酸测序方法，能够进行该方法的测序仪和焦磷酸测序试剂盒。

43. 发明申请

WO2009026502A1 NESTED PCR-BASED METHOD FOR SPECIFIC GENOTYPING OF THE FC-GAMMA RECEPTOR IIIA GENE 审中-公开
标题翻译：基于PCR的FC-GAMMA受体IIIA基因特异性基因分析方法
公开(公告)号：WO2009026502A1
公开(公告)日：2009-02-26
申请号：PCT/US2008/073992
申请日：2008-08-22
申请人： WYETH , BURCZYNSKI, Michael, E. , ISLER, Jennifer, A. , SLAGER, Anna, M. , ZHONG, Wenyan
发明人： BURCZYNSKI, Michael, E. , ISLER, Jennifer, A. , SLAGER, Anna, M. , ZHONG, Wenyan
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6858 , C12Q2549/119 , C12Q2565/301
摘要： The application describes a novel method for detection of a single nucleotide polymorphism, e.g., the 158 F/V polymorphism, in the FcγRIIIa gene using nested PCR to amplify large gene amplicons to aid in, e.g., genotyping applications. Thus, based on the results obtained in FcγRIIIa genotyping analysis, the present invention provides specific, efficient, reproducible, and accurate detection of such polymorphisms in genomic DNA.
摘要翻译：本申请描述了使用巢式PCR来检测单核苷酸多态性（例如，FcγRIIIa基因158F / V多态性）以扩增大基因扩增子以帮助例如基因分型应用的新方法。因此，基于在FcγRIIIa基因分型分析中获得的结果，本发明提供了在基因组DNA中这种多态性的特异性，有效，可重现和准确的检测。

44. 发明申请

WO2009005753A2 SYSTEM AND METHOD FOR ADAPTIVE REAGENT CONTROL IN NUCLEIC ACID SEQUENCING 审中-公开
标题翻译：核酸序列中自适应试剂控制的系统和方法
公开(公告)号：WO2009005753A2
公开(公告)日：2009-01-08
申请号：PCT/US2008/008097
申请日：2008-06-27
申请人： 454 LIFE SCIENCES CORPORATION , ROTH, George, Thomas , NOBILE, John, Richard , SRINIVASAN, Maithreyan , CHEN, Zhoutao , NEALIS, James, Matthew , GOMES, Xavier, Victor
发明人： ROTH, George, Thomas , NOBILE, John, Richard , SRINIVASAN, Maithreyan , CHEN, Zhoutao , NEALIS, James, Matthew , GOMES, Xavier, Victor
IPC分类号： G01N33/50
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2565/301
摘要： An embodiment of a method for adaptive reagent control is described that comprising a) introducing a first concentration of an enzyme reagent into a reaction environment with a reaction substrate, where the enzyme reagent and reaction substrate are constituent parts of a sequencing process; b) measuring a level of activity of the first concentration of the enzyme reagent in the reaction environment, where the level of activity comprises a measurable product of a reaction between the enzyme reagent and the reaction substrate; c) identifying an optimal concentration using the measured level of activity of the first concentration; and d) performing the sequencing process in the reaction environment using the optimal concentration of the enzyme reagent, where the sequencing process comprises an iterative series of sequencing reactions.
摘要翻译：描述了一种用于自适应试剂控制的方法的实施方案，其包括：a）将酶试剂的第一浓度与反应底物引入反应环境，其中酶试剂和反应底物是测序过程的组成部分; b）测量反应环境中酶试剂的第一浓度的活性水平，其中活性水平包括酶试剂和反应底物之间的反应的可测量的产物; c）使用所测量的第一浓度的活性水平鉴定最佳浓度; 和d）使用酶试剂的最佳浓度在反应环境中进行测序过程，其中测序过程包括迭代的一系列测序反应。

45. 发明申请

WO2006076017A3 METHODS AND KITS FOR IDENTIFYING TARGET NUCLEOTIDES IN MIXED POPULATIONS 审中-公开
标题翻译：识别混合人口中目标核素的方法和工具
公开(公告)号：WO2006076017A3
公开(公告)日：2007-05-31
申请号：PCT/US2005015027
申请日：2005-04-29
申请人： APPLERA CORP , KARGER ACHIM , BOLCHAKOVA ELENA
发明人： KARGER ACHIM , BOLCHAKOVA ELENA
IPC分类号： C12N9/00 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/68 , C12Q1/6827 , C12Q1/6862 , C12Q2521/501 , C12Q2565/301
摘要： Ligation-based methods and kits are disclosed for identifying at least two target nucleotides in a mixed population sample, that is a sample that contains or potentially contains target nucleic acid sequences from more than one source. Typically, two ligation reaction compositions are formed, ligation products generated, and the ligation products or their surrogates are analyzed to identify target nucleotides in the mixed population sample. In certain embodiments, the target nucleic acid sequences, the ligation products, or both are amplified. In certain embodiments, multiplex amplification and/or ligation reactions are performed.
摘要翻译：公开了基于连接的方法和试剂盒，用于鉴定混合群体样品中的至少两个靶核苷酸，即来自多于一个来源的含有或潜在地含有靶核酸序列的样品。通常，形成两个连接反应组合物，产生连接产物，并分析连接产物或其替代物以鉴定混合群体样品中的靶核苷酸。在某些实施方案中，扩增靶核酸序列，连接产物或两者。在某些实施方案中，进行多重扩增和/或连接反应。

46. 发明申请

WO2006018243A1 METHOD FOR THE ANALYSIS OF METHYLATED DNA 审中-公开
标题翻译：甲基化DNA分析方法
公开(公告)号：WO2006018243A1
公开(公告)日：2006-02-23
申请号：PCT/EP2005/008792
申请日：2005-08-09
申请人： EPIGENOMICS AG , GÜTIG, David , SCHUSTER, Matthias , DISTLER, Jürgen
发明人： GÜTIG, David , SCHUSTER, Matthias , DISTLER, Jürgen
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6853 , C12Q1/6858 , C12Q2525/186 , C12Q2523/125 , C12Q2565/301 , C12Q2535/125
摘要： The present invention relates to a method for the analysis of methylated cytosines in DNA. In the first step of the invention unmethylated cytosines in the DNA to be analysed are chemically converted into uracil while 5-methylcytosines remain unchanged. In a second step a methylation specific oligonucleotide carrying a non-extendable 3’ end is annealed to the converted DNA. Sub-sequently, the non-extendable 3’ terminus of the oligonucleotide is removed in case the oligonucleotide is bound to the DNA with the methylation status to be detected. Finally the unblocked oligonucleotide is extended, and the methylation status is concluded form the absence or presence of an extended oligonucleotide product. The method is preferably used for diagnosis and/or prognosis of adverse events for individuals, for distinguishing cell types and tissues, or for investigating cell differentiation.
摘要翻译：本发明涉及DNA分析甲基化胞嘧啶的方法。在本发明的第一步中，待分析DNA中的未甲基化胞嘧啶化学转化成尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶保持不变。在第二步中，携带不可延伸的3'末端的甲基化特异性寡核苷酸与转化的DNA退火。接下来，在寡核苷酸与待检测甲基化状态的DNA结合的情况下，寡核苷酸的不可延伸的3'末端被去除。最后，未阻断的寡核苷酸被延长，甲基化状态由延伸寡核苷酸产物的不存在或存在而结束。该方法优选用于个体的不良事件的诊断和/或预后，用于区分细胞类型和组织，或用于调查细胞分化。

47. 发明申请

WO2005093100A1 NUCLEIC ACID SEQUENCING 审中-公开
标题翻译：核酸序列
公开(公告)号：WO2005093100A1
公开(公告)日：2005-10-06
申请号：PCT/IB2005/000763
申请日：2005-03-24
申请人： QIAGEN GMBH , LARSEN, Frank
发明人： LARSEN, Frank
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6858 , C12Q1/6869 , C12Q2535/125 , C12Q2563/131 , C12Q2565/301
摘要： A method for determining a target nucleic acid sequence, wherein the target nucleic acid sequence is comprised in a preparation comprising a non-target nucleic acid sequence, the target nucleic acid sequence and the non-target nucleic acid sequence each having a first region of common sequence upstream of a first region of dissimilar sequence upstream of a second region of dissimilar sequence, the method comprising: (a) contacting the preparation with an oligonucleotide primer complementary to at least a portion of the first region of common sequence, under conditions to hybridise the primer thereto; (b) contacting the preparation with a first labelled nucleotide bearing a first label, wherein the first labelled nucleotide is complementary to a first template nucleotide comprised in the first region of dissimilar sequence of either the target nucleic acid sequence or the non-target nucleic acid sequence, under conditions to incorporate the first labelled nucleotide either into the primer hybridised to the target nucleic acid sequence or into the primer hybridised to the non-target nucleic acid sequence but not into both; (c) subjecting the preparation to a sequencing reaction, thereby extending the primer to form one or more first-labelled sequencing products comprising the first labelled nucleotide and one or more non-first-labelled sequencing products comprising no first labelled nucleotide; and (d) determining at least a portion of the sequence of the first-labelled sequencing products and/or the non-first-labelled sequencing products, thereby determining at least the second region of dissimilar sequence of the target nucleic acid sequence.
摘要翻译：一种确定靶核酸序列的方法，其中所述靶核酸序列包含在包含非靶核酸序列，所述靶核酸序列和所述非靶核酸序列的制备中，所述靶核酸序列各自具有第一共同区域在不同序列的第二区域上游的不同序列的第一区域上游的序列，所述方法包括：（a）使所述制剂与在共有序列的第一区域的至少一部分互补的寡核苷酸引物在杂交条件下接触引物; （b）使制备物与具有第一标记物的第一标记核苷酸接触，其中第一标记核苷酸与靶核酸序列或非靶核酸的不同序列的第一区域中包含的第一模板核苷酸互补序列，在将第一标记的核苷酸掺入与靶核酸序列杂交的引物中或引入与非靶核酸序列杂交但不并入两者的引物的条件下; （c）使制备物进行测序反应，从而延长引物以形成一个或多个第一标记的测序产物，其包含第一标记的核苷酸和一个或多个非首先标记的测序产物，其不包含第一标记的核苷酸; 和（d）确定第一标记的测序产物和/或非首先标记的测序产物的序列的至少一部分，由此确定至少靶核酸序列的不同序列的第二区域。

48. 发明申请

WO2005093088A1 ピロリン酸測定方法及びプライマー伸張反応検出方法、並びにこれら方法を実施するための装置审中-公开
标题翻译：磷酸定量方法，预处理延伸检测方法及其实施方法
公开(公告)号：WO2005093088A1
公开(公告)日：2005-10-06
申请号：PCT/JP2005/005522
申请日：2005-03-25
申请人：松下電器産業株式会社 , 夜久英信 , 前島正義 , 中西洋一 , 広野めぐみ , 行政哲男 , 岡弘章
发明人：夜久英信 , 前島正義 , 中西洋一 , 広野めぐみ , 行政哲男 , 岡弘章
IPC分类号： C12Q1/42
CPC分类号： B82Y15/00 , B82Y30/00 , C12Q1/42 , C12Q1/6846 , G01N33/56911 , C12Q2565/301
摘要：　本発明は、必要とされる酵素の種類が少なく、また、厳密な温度管理が必要のないピロリン酸（PPi）定量的測定方法及びプライマーの伸長反応検出方法、並びにこれらの方法を実施するためのキット及び装置の提供を目的とする。　本発明のPPi測定方法は、膜に内在した放線菌H + -ピロホスファターゼ（H + -PPase）に対して、未知濃度のPPi試料を作用させ、その結果生じるH + の輸送を解析することで、試料中のPPi濃度を測定する。また、本発明のプライマーの伸張反応検出方法は、膜に内在した放線菌H + -PPase に対して、プライマー伸長反応が起こるか否かについて調べたい未知核酸試料を作用させ、その結果生じるH + 輸送を解析することで、未知核酸試料についてプライマー伸長反応が行われたか否かを判断する。
摘要翻译：旨在提供一种定量测定焦磷酸（PPi）的方法，其中只需要少量的酶，并且不需要严格的温度控制，检测引物延伸的方法，以及试剂盒和装置用于执行这些方法。即，PPi定量方法，其包括用未知浓度的PPi样品处理膜中的内源性放线菌H + - 焦磷酸酶（H + - PPase），然后分析由此诱导的H + - 转运确定样品中的PPi浓度。一种引物延伸检测方法，其包括用未知核酸样品处理膜中的内源性放线菌H + -PPase，所述未知核酸的样品将被检测涉及引物延伸的发生或不发生，然后分析H < +> - 由此诱导的运输，从而判断是否进行了引物延伸。

49. 发明申请

WO2005060345A2 NEW METHOD FOR SEQUENCING-BY-SYNTHESIS 审中-公开
标题翻译：用于顺序合成的新方法
公开(公告)号：WO2005060345A2
公开(公告)日：2005-07-07
申请号：PCT/IB2004/004438
申请日：2004-12-20
申请人： BIOTAGE AB , TOOKE, Nigel , HAGERLID, Peter , EKSTROM, Bjorn
发明人： TOOKE, Nigel , HAGERLID, Peter , EKSTROM, Bjorn
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2565/629 , C12Q2565/301
摘要： The invention refers to a tubular member, such as a pipette tip, for binding nucleic acid molecules for a subsequent biomolecular reaction, to methods for at least partly performing a sequencing-by-synthesis reaction in a tubular member, to an automated system using the tubular member for performing the methods of the invention, and kits and computer programs for use in relation to the methods of the invention. By performing a sequencing-by-synthesis reaction in a tubular member, such as a pipette tip, a new format for enzymatic reactions of this type, i.e. sequencing by synthesis, is provided.
摘要翻译：本发明涉及用于将核酸分子结合用于随后的生物分子反应的管状构件，例如移液管尖端，至少部分地在管状构件中进行逐步合成反应的方法，至使用用于执行本发明的方法的管状构件，以及用于与本发明的方法相关的试剂盒和计算机程序。通过在管状构件（例如移液管尖端）中进行逐步合成反应，提供了这种类型的酶反应的新格式，即通过合成进行的顺序。

50. 发明申请

WO2005033328A2 COMPOSITIONS AND PROCESSES FOR GENOTYPING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS 审中-公开
标题翻译：用于单核苷酸多态性的组合物和方法
公开(公告)号：WO2005033328A2
公开(公告)日：2005-04-14
申请号：PCT/US2004032164
申请日：2004-09-30
申请人： PERKINELMER LAS INC , BUZBY PHILIP
发明人： BUZBY PHILIP
IPC分类号： C12Q20060101 , C12Q1/68 , C12Q
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q1/6827 , C12Q1/6848 , C12Q1/6858 , C12Q2565/301 , C12Q2527/125 , C12Q2521/525 , C12Q2535/125 , C12Q2525/186
摘要： The invention relates to processes, compositions and kits for analysis of nucleic acid variations, especially single nucleotide polymorphisms (SNPs). An inventive process includes a procedure to enzymatically remove inorganic pyrophosphate from a sample prior to and/or during a single base extension reaction. Processes and compositions described herein are especially useful in nucleic acid analysis methods designed to minimize transfer and separation steps.
摘要翻译：本发明涉及用于分析核酸变异，特别是单核苷酸多态性（SNP）的方法，组合物和试剂盒。本发明的方法包括在单碱性延伸反应之前和/或期间从样品中酶除去无机焦磷酸盐的方法。本文描述的方法和组合物特别可用于设计用于使转移和分离步骤最小化的核酸分析方法。

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