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1. 发明申请

WO2019055852A1 HETEROGENEOUS SINGLE CELL PROFILING USING MOLECULAR BARCODING 审中-公开
公开(公告)号：WO2019055852A1
公开(公告)日：2019-03-21
申请号：PCT/US2018/051183
申请日：2018-09-14
申请人： APTON BIOSYSTEMS, INC.
发明人： LIU, Niandong , BURNS, Norman , FURTADO, Manohar R. , STAKER, Bryan, P.
IPC分类号： C12Q1/68 , C12Q1/6841 , C40B70/00 , G01N21/64
CPC分类号： C12Q1/6834 , C12Q1/6804 , C12Q1/6816 , C40B30/04 , C40B70/00 , G01N33/5008 , G01N33/569 , G01N33/6845 , G01N2021/6439 , G01N2458/10 , C12Q2563/131 , C12Q2563/159 , C12Q2565/513 , C12Q2565/514 , C12Q2565/518
摘要： Disclosed herein are methods of detecting at least one target biomolecule in at least one single cell comprising lysing the single cell or cells and performing a cell identification assay and target identification assay. Also disclosed herein are methods for preparing a sample for undergoing single cell analysis, wherein the single cell analysis comprises performing a cell identification assay and a target identification assay.

2. 发明申请

WO2016172377A1 DEVICES AND METHODS FOR OLIGONUCLEIC ACID LIBRARY SYNTHESIS 审中-公开
标题翻译：寡核苷酸合成酶的装置和方法
公开(公告)号：WO2016172377A1
公开(公告)日：2016-10-27
申请号：PCT/US2016/028699
申请日：2016-04-21
申请人： TWIST BIOSCIENCE CORPORATION
发明人： BANYAI, William , PECK, Bill James , FERNANDEZ, Andres , CHEN, Siyuan , INDERMUHLE, Pierre , MARSH, Eugene P.
IPC分类号： B01L3/00 , C12M1/00 , C12Q1/68
CPC分类号： B01J19/0046 , B01J2219/00317 , B01J2219/00497 , B01J2219/00511 , B01J2219/00522 , B01J2219/00585 , B01J2219/00596 , B01J2219/00635 , B01J2219/00637 , B01J2219/00662 , B01J2219/00722 , B01L3/50857 , C12N15/1093 , C12Q2563/159 , C12Q2565/513 , C12Q2565/629
摘要： Devices and methods for de novo synthesis of large and highly accurate libraries of oligonucleic acids are provided herein. Devices include structures having a main channel and microchannels, where the microchannels have a high surface area to volume ratio. Devices disclosed herein provide for de novo synthesis of oligonucleic acids having a low error rate.
摘要翻译：本文提供了用于从头合成大量和高精度的寡核酸文库的装置和方法。器件包括具有主通道和微通道的结构，其中微通道具有高表面积与体积比。本文公开的装置提供了具有低错误率的寡核酸的从头合成。

3. 发明申请

WO2016103473A1 核酸分析用基板、核酸分析用フローセルおよび核酸分析装置审中-公开
标题翻译：用于分析核酸，用于分析核酸的流动细胞的基质和核酸分析装置
公开(公告)号：WO2016103473A1
公开(公告)日：2016-06-30
申请号：PCT/JP2014/084584
申请日：2014-12-26
申请人：株式会社日立ハイテクノロジーズ
发明人：大田　雄一郎 , 庄司　智広 , 横山　徹 , 奈良原　正俊
IPC分类号： C12Q1/68 , G01B11/00 , G01N33/53 , G01N37/00
CPC分类号： C12Q1/68 , C12Q1/6837 , G01B11/00 , G01N21/05 , G01N21/6428 , G01N2021/6439 , C12Q2565/513
摘要：　同一の分析領域について繰り返し位置合わせする場合であっても、上記分析領域の位置を再現よく割り出すことができる核酸分析用基板、並びに当該核酸分析用基板を備えている核酸分析用フローセルおよび核酸分析装置の提供を目的とする。本発明の核酸分析用基板１００は、基板１０上に区画された複数の分析領域１２を有し、前記各分析領域１２を順次換えて測定される核酸分析用基板１００であって、前記分析領域１２は、ＤＮＡ断片または前記ＤＮＡ断片を担持した担持体を吸着可能な吸着部１３と、前記吸着部１３以外の非吸着部１４とにより構成され、前記非吸着部１４は、少なくとも一部に前記分析領域１２の位置を割り出すための所定形状のマーカ部１５を備えていることを特徴とする。
摘要翻译：本发明的目的是提供：用于分析核酸的底物，即使在重复进行一个分析区域的排列时，也可以以高再现性来识别分析区域的位置; 以及用于分析核酸和核酸分析装置的流动池，其中每个装备有用于分析核酸的底物。用于分析根据本发明的核酸的底物100具有多个分析区域12，分析区域12分隔在基板10上，并且能够在分析区域12依次交换分析区域12的同时测量分析区域12，所述基板 100的特征在于，分析区域12中的每一个由吸附部分13组成，吸附部分13可以吸附有DNA片段或其上载有DNA片段的载体，吸附部分13是吸附部分外的非吸附部分14 如图13所示，非吸附部14在其至少一部分形成有具有规定形状的标记部15，有助于识别分析区域12的位置。

4. 发明申请

WO2016075204A1 METHODS AND ARRAYS FOR PRODUCING AND SEQUENCING MONOCLONAL CLUSTERS OF NUCLEIC ACID 审中-公开
标题翻译：用于生产和测序核酸单核苷酸的方法和阵列
公开(公告)号：WO2016075204A1
公开(公告)日：2016-05-19
申请号：PCT/EP2015/076353
申请日：2015-11-11
申请人： ILLUMINA, INC. , ILLUMINA CAMBRIDGE LTD.
发明人： GUNDERSON, Kevin L. , BAI, Jingwei , KELLINGER, Matthew William , BEIERLE, John M. , BOUTELL, Jonathan Mark , RIGATTI, Roberto , ROGERT BACIGALUPO, Maria Candelaria , BOYANOV, Boyan , MAISINGER, Klaus
IPC分类号： C12Q1/68 , B01J19/00 , C40B40/06 , C40B50/14
CPC分类号： C12Q1/6874 , B01J19/0046 , B01J2219/00317 , B01J2219/00585 , B01J2219/00596 , B01J2219/00608 , B01J2219/00637 , B01J2219/00722 , C12Q1/6806 , C12Q1/6837 , C12Q1/6853 , C40B40/06 , C40B50/14 , C12Q2565/513 , C12Q2565/543
摘要： Methods for capturing and amplifying target polynucleotides on a solid surface, in particular in a well in a microarray, wherein the microarray may comprise a) a substrate comprising at least one well, a surface surrounding the well and an inner well surface; b) a first layer covering the inner well surface and comprising at least one first capture primer pair; and c) a second layer covering the first layer and the surface surrounding the well. Alternatively, the microarray may comprise a) a substrate comprising at least one well, a surface surrounding the well and an inner well surface; and b) a layer covering the inner well surface and comprising at least one first capture primer pair and at least one second capture primer pair. In particular kinetic exclusion amplification is used in creating monoclonal populations of the nucleic acids in the wells. The application also discloses a method for modifying an immobilized capture primer comprising: a) contacting a substrate comprising a plurality of immobilized capture primers with a plurality of template nucleic acids to produce one or more immobilized template nucleic acids,wherein the plurality of immobilized capture primers comprises a first plurality of primers comprising a 3'-terminal universal capture region Y, e.g. primer P5, and a second plurality of primers comprising a 3'-terminal universal capture region Z, e.g. primer P7; and wherein each template nucleic acid is flanked by a 5'-terminal and a 3'-terminal universal capture region Y or Z and comprises one or more, e.g. SapI, restriction sites and a target-specific capture region between the one or more restriction sites and the 3'-terminal universal capture region; and b) extending one or more immobilized capture primer. Finally, the application discloses a method for modifying an immobilized capture primer comprising: a) contacting a substrate comprising a plurality of immobilized capture primers with a plurality of different seed nucleic acids to produce a plurality of different immobilized seed nucleic acids; b) extending two or more of the immobilized capture primers to produce a plurality of different immobilized extension products complementary to two or more of the plurality of different immobilized seed nucleic acids; and c) activating one immobilized extension product of the plurality of different immobilized extension products, to form an activated capture primer.
摘要翻译：用于在固体表面上特别是在微阵列中的阱中捕获和扩增靶多核苷酸的方法，其中所述微阵列可以包括a）包含至少一个阱的衬底，围绕所述阱的表面和内部阱表面; b）覆盖所述内部孔表面并包含至少一个第一捕获引物对的第一层; 以及c）覆盖所述第一层和围绕所述孔的表面的第二层。或者，微阵列可以包括：a）包含至少一个阱的衬底，围绕阱的表面和内部阱表面; 以及b）覆盖所述内部孔表面并包含至少一个第一捕获引物对和至少一个第二捕获引物对的层。特别地，动力学排除扩增用于产生孔中核酸的单克隆群体。本申请还公开了一种修饰固定化捕获引物的方法，其包括：a）使包含多个固定的捕获引物的底物与多个模板核酸接触以产生一种或多种固定的模板核酸，其中所述多个固定的捕获引物包括包含3'末端通用捕获区Y的第一多个引物，例如引物P5和包含3'末端通用捕获区Z的第二多个引物。引物P7; 并且其中每个模板核酸侧接有5'-末端和3'末端通用捕获区Y或Z，并且包含一个或多个，例如， SapI，限制性位点和一个或多个限制性位点与3'-末端通用捕获区之间的靶标特异性捕获区域; 和b）延伸一个或多个固定的捕获引物。最后，本申请公开了一种用于修饰固定化捕获引物的方法，其包括：a）使包含多个固定的捕获引物的底物与多种不同的种子核酸接触以产生多种不同的固定化种子核酸; b）延伸两个或更多个固定的捕获引物以产生与所述多个不同固定化种子核酸中的两种或更多种互补的多种不同的固定化延伸产物; 和c）激活所述多个不同的固定化延伸产物的一个固定化的延伸产物，以形成活化的捕获引物。

5. 发明申请

WO2016001006A1 SPATIAL MOLECULAR PROFILING OF SOLID BIOLOGICAL MASSES AND PROFILE STORAGE 审中-公开
标题翻译：固体生物质量和配置文件存储的空间分子分布
公开(公告)号：WO2016001006A1
公开(公告)日：2016-01-07
申请号：PCT/EP2015/064037
申请日：2015-06-23
申请人： GE HEALTHCARE UK LIMITED
发明人： WAKEFIELD, Alison, Myfanwy , HORTON, Jeffrey, Kenneth , TATNELL, Peter, James
IPC分类号： C12Q1/68 , B01L3/00 , G01N1/28 , G01N33/543
CPC分类号： G01N1/2813 , B01L3/508 , B01L2200/16 , C12Q1/6806 , C12Q1/6841 , C12Q1/686 , G01N33/574 , G01N2001/282 , C12Q2565/513 , C12Q2565/518
摘要： Disclosed is a method for capturing the spatial molecular profiling of a biological mass formed from biological material, comprising the steps of: a) providing a transected biological mass, for example a tumour, the transection exposing at least a portion of the mass; b) providing a solid support of an area at least equalling the area of said portion of the mass; c) transferring biological material from the portion of the mass to the support to provide on the support a two dimensional imprint of the biological material present at the portion of the mass; and d) performing a biological assay of the transferred biological material from different predetermined locations of the imprint in order to determine the spatial molecular profile of the portion of the mass.
摘要翻译：公开了一种用于捕获由生物材料形成的生物体的空间分子谱的方法，包括以下步骤：a）提供横切的生物团块，例如肿瘤，暴露至少一部分质量的横断面; b）提供至少等于所述部分的面积的区域的固体支撑物; c）将生物材料从所述物质的部分转移到所述载体上以在所述载体上提供存在于所述物质部分的生物材料的二维印记; 以及d）从所述印记的不同预定位置进行所转移的生物材料的生物测定，以确定所述质量部分的空间分子轮廓。

6. 发明申请

WO2014210225A1 METHODS AND SYSTEMS FOR DETERMINING SPATIAL PATTERNS OF BIOLOGICAL TARGETS IN A SAMPLE 审中-公开
标题翻译：用于确定样品中生物目标空间格局的方法和系统
公开(公告)号：WO2014210225A1
公开(公告)日：2014-12-31
申请号：PCT/US2014/044196
申请日：2014-06-25
申请人： PROGNOSYS BIOSCIENCES, INC.
发明人： CHEE, Mark , ROUTENBERG, David
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6809 , B01L3/5027 , C12Q2565/513 , C12Q2565/629
摘要： The present disclosure provides methods and assay systems for use in spatially encoded biological assays, including assays to determine a spatial pattern of abundance, expression, and/or activity of one or more biological targets across multiple sites in a sample. In particular, the biological targets comprise proteins, and the methods and assay systems do not depend on imaging techniques for the spatial information of the targets. The present disclosure provides methods and assay systems capable of high levels of multiplexing where reagents are provided to a biological sample in order to address tag the sites to which reagents are delivered; instrumentation capable of controlled delivery of reagents; and a decoding scheme providing a readout that is digital in nature.
摘要翻译：本公开提供了在空间编码的生物测定中使用的方法和测定系统，包括用于确定样品中多个位点的一个或多个生物靶标的丰度，表达和/或活性的空间模式的测定。特别地，生物靶标包含蛋白质，并且方法和测定系统不依赖于目标空间信息的成像技术。本公开提供了能够将试剂提供给生物样品的高复合水平的方法和测定系统，以便将试剂递送到的位点标记; 能够控制递送试剂的仪器; 以及提供本质上是数字的读出的解码方案。

7. 发明申请

WO2014137193A1 이종 DNA 바코딩 방법 审中-公开
标题翻译：异源DNA修复方法
公开(公告)号：WO2014137193A1
公开(公告)日：2014-09-12
申请号：PCT/KR2014/001907
申请日：2014-03-07
申请人： 서울대학교산학협력단
发明人： 권성훈 , 김준회 , 류태훈 , 오동윤 , 고재경
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12N15/1065 , C12Q1/6837 , C12Q2565/513 , C12Q2565/514
摘要： (a) 바코드 염기서열에 의해 서로 구분되는 DNA 스팟(spot)들을 구비한 DNA 마이크로어레이를 제공하는 단계; (b) 상기 DNA 마이크로어레이 상의 상기 DNA 스팟들의 공간적 배치와 대응되는 마이크로웰들을 구비한 마이크로웰 어레이를 제공하는 단계; (c) 목적 염기서열들을 함유한 샘플의 용액을 상기 마이크로웰들에 로딩하는 단계; (d) 상기 DNA 마이크로어레이와 상기 마이크로웰 어레이를 결합시켜 상기 DNA 스팟들이 상기 마이크로웰들에 의해 공간적으로 분리된 미세 반응공간들을 형성하는 단계; (e) 상기 미세 반응공간 내에서 상기 DNA 스팟의 염기서열과 상기 샘플의 상기 목적 염기서열을 반응시켜 상기 DNA 스팟의 염기서열 정보와 상기 샘플의 염기서열 정보를 결합시키는 단계; 및 (f) 상기 DNA 마이크로어레이와 상기 마이크로웰 어레이를 분리하여 상기 바코드 염기서열을 구비한 결과물을 얻는 단계를 포함하는 이종 DNA 바코딩 방법이 제공된다.
摘要翻译：提供了一种异源DNA条形码方法，其包括以下步骤：（a）提供包含可通过条形码碱基序列彼此区分的DNA斑点的DNA微阵列; （b）提供微孔阵列，其配备有对应于DNA微阵列上的DNA斑点的空间排列的微孔; （c）将含有靶基序列的样品溶液加载到微孔中; （d）将DNA微阵列与微孔阵列组合并通过微孔空间分离DNA斑点形成细小的反应空间; （e）允许DNA斑点的碱基序列在细胞反应空间中与样品的靶碱基序列反应，并将关于DNA斑点的碱基序列的信息与基因序列的信息相结合样品; 和（f）将DNA微阵列与微孔阵列分离并获得包含条形码碱基序列的所得产物。

8. 发明申请

WO2013188582A1 KINETIC EXCLUSION AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACID LIBRARIES 审中-公开
标题翻译：核酸排放图的动力学排除放大图
公开(公告)号：WO2013188582A1
公开(公告)日：2013-12-19
申请号：PCT/US2013/045491
申请日：2013-06-12
申请人： ILLUMINA, INC.
发明人： SHEN, Min-Jui Richard , BOUTELL, Jonathan Mark , STEPHENS, Kathryn M. , RONAGHI, Mostafa , GUNDERSON, Kevin L. , VENKATESAN, Bala Murali , BOWEN, M. Shane , VIJAYAN, Kandaswamy
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N27/447
CPC分类号： C12Q1/6848 , B01J19/0046 , B01J2219/00585 , B01J2219/00587 , B01J2219/00608 , B01J2219/00621 , B01J2219/00637 , B01J2219/00653 , B01J2219/00675 , B01J2219/00722 , C12Q1/6844 , C12Q1/6874 , C12Q2521/507 , C12Q2527/101 , C12Q2527/113 , C12Q2535/122 , C12Q2565/513 , C12Q2565/537
摘要： A method including (a) providing an amplification reagent including an array of sites, and a solution having different target nucleic acids; and (b) reacting the amplification reagent to produce amplification sites each having a clonal population of amplicons from a target nucleic acid from the solution. The reacting can include simultaneously transporting the nucleic acids to the sites at an average transport rate, and amplifying the nucleic acids that transport to the sites at an average amplification rate, wherein the average amplification rate exceeds the average transport rate. The reacting can include producing a first amplicon from a nucleic acid that transports to each of the sites, and producing subsequent amplicons from the nucleic acid or from the first amplicon, wherein the average rate at which the subsequent amplicons are generated exceeds the average rate at which the first amplicon is generated.
摘要翻译：一种方法，包括（a）提供包含位点阵列的扩增试剂和具有不同靶核酸的溶液; 和（b）使扩增试剂反应以产生每个具有来自溶液的靶核酸的扩增子的克隆群的扩增位点。反应可以包括以平均传输速率同时将核酸输送到位点，以及以平均扩增速率扩增转运到位点的核酸，其中平均扩增速率超过平均传输速率。该反应可以包括从转运到每个位点的核酸产生第一扩增子，并产生来自核酸或第一扩增子的后续扩增子，其中后续扩增子产生的平均速率超过在其中生成第一个扩增子。

9. 发明申请

WO2013057316A2 METHODS FOR ASSESSING ENDOMETRIAL RECEPTIVITY OF A PATIENT AFTER CONTROLLED OVARIAN HYPERSTIMULATION 审中-公开
标题翻译：评估受控卵巢过度刺激后患者子宫内膜受体的方法
公开(公告)号：WO2013057316A2
公开(公告)日：2013-04-25
申请号：PCT/EP2012070892
申请日：2012-10-22
申请人： INST NAT SANTE RECH MED
发明人： HAMAMAH SAMIR , HAOUZI DELPHINE
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6876 , C12Q1/6883 , C12Q2565/513 , C12Q2600/158 , C12Q2600/166
摘要： The present invention relates to methods and kits for assessing the endometrial receptivity of a patient after controlled ovarian hyperstimulation. More particularly, the invention relates to a method for assessing the endometrial receptivity of a patient after controlled ovarian hyperstimulation, comprising a step consisting of measuring the expression level of at least one gene selected from fifteen genes in an endometrial biopsy sample obtained from said patient wherein said genes are FGFBP1, MUC20, TMPRSS3, PRUNE2, HES2, MGST1, ERRFI1, EDN1, SLC17A7, MET, CPT1B, DCDC2, LRRC39, IL18RAP, and FOXP1.
摘要翻译：本发明涉及用于评估受控卵巢过度刺激后患者的子宫内膜接受性的方法和试剂盒。更具体地说，本发明涉及用于评估受控卵巢过度刺激后患者的子宫内膜容受性的方法，该方法包括以下步骤：测量从所述患者获得的子宫内膜活组织检查样品中选自15种基因的至少一种基因的表达水平，其中所述基因是FGFBP1，MUC20，TMPRSS3，PRUNE2，HES2，MGST1，ERRFI1，EDN1，SLC17A7，MET，CPT1B，DCDC2，LRRC39，IL18RAP和FOXP1。

10. 发明申请

WO2012124377A1 核酸分析デバイス、及び核酸分析装置审中-公开
标题翻译：核酸分析装置和核酸分析仪
公开(公告)号：WO2012124377A1
公开(公告)日：2012-09-20
申请号：PCT/JP2012/051388
申请日：2012-01-24
申请人：株式会社日立ハイテクノロジーズ , 濱崎孝伸 , 齋藤俊郎 , 小原隆之
发明人：濱崎　孝伸 , 齋藤　俊郎 , 小原　隆之
IPC分类号： C12M1/00 , G01N21/64 , G01N33/53 , G01N33/543
CPC分类号： C12Q1/6876 , C12Q1/6834 , C12Q1/6874 , C40B40/06 , G01N21/6452 , G01N21/648 , G01N2021/6439 , C12Q2521/543 , C12Q2535/122 , C12Q2563/149 , C12Q2565/513 , C12Q2523/308
摘要：　従来の核酸分析デバイスおよび核酸分析装置において、核酸一分子を簡便かつ高効率に配列する技術はなかった。　本発明は、支持基板の所定位置に微小な金属製の接着用パッドを設け、当該接着用パッドに対し、疎水性を有するリンカーを固着させ、当該リンカーに核酸試料断片一分子を固定した嵩高い微粒子を結合させることにより、短時間かつ安価で、再現性がよい高効率な核酸の一分子固定を可能にした。本発明により、核酸分析装置を用いた核酸分析デバイスにおいて、読み取塩基長を長くでき、かつ多種類の被解析核酸分子を一度に解析可能になる。
摘要翻译：在常规核酸分析装置和核酸分析仪中，没有用于简单且高效地测序核酸单分子的技术。本发明通过在支撑衬底上的期望位置处设置由金属制成的微小粘合带，将疏水性接头固定在一起，使得在短时间内高效，廉价地固定核酸单分子并具有良好的再现性粘合带，以及将单个分子的核酸样品片段固定在接头上时获得的大块微粒。通过本发明，可以增加读取的碱基的长度并同时分析待分析的多个核酸分子。

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