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1. 发明申请

WO2019118735A1 COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING TOXIGENIC CLOSTRIDIUM DIFFICILE 审中-公开
公开(公告)号：WO2019118735A1
公开(公告)日：2019-06-20
申请号：PCT/US2018/065470
申请日：2018-12-13
申请人： GEN-PROBE INCORPORATED
发明人： PETERSON, Patrick Lynn
IPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/689
CPC分类号： C12Q1/689 , C12Q1/6827 , C12Q2600/156 , C12Q2600/166 , C12Q2537/143 , C12Q2561/109 , C12Q2565/101
摘要： Provided herein are compositions, kits, and methods for detecting at least one of a C. difficile tcdA , tcd B, tcd C, cdt A, or cdt B nucleic acid in a sample. In some embodiments, one or more alleles of tcd C such as 117del tcd C or 184T tcd C are detected.

2. 发明申请

WO2017075061A1 MULTIPLEX AMPLIFICATION DETECTION ASSAY AND ISOLATION AND DETECTION OF DNA FROM PLASMA 审中-公开
标题翻译：多重扩增检测分析及血浆DNA的分离和检测
公开(公告)号：WO2017075061A1
公开(公告)日：2017-05-04
申请号：PCT/US2016/058875
申请日：2016-10-26
申请人： EXACT SCIENCES CORPORATION
发明人： ALLAWI, Hatim , LIDGARD, Graham P. , AIZENSTEIN, Brian , SANDER, Tamara J. , GIAKOUMOPOULOS, Maria , KAISER, Michael W. , GRAY, Melissa M. , VACCARO, Abram Michael
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6806 , C12N15/1006 , C12Q1/6837 , C12Q1/686 , C12Q2600/154 , C12Q2600/166 , C12Q2523/125 , C12Q2527/146 , C12Q2537/143 , C12Q2563/159 , C12Q2537/149 , C12Q2561/109 , C12Q2521/537 , C12Q2527/125 , C12Q2563/149
摘要： Provided herein is technology relating to the amplification-based detection of bisulfite-treated DNAs and particularly, but not exclusively, to methods and compositions for multiplex amplification of low-level sample DNA prior to further characterization of the sample DNA. The technology further provides methods for isolating DNA from blood or blood product samples, e.g. , plasma samples.
摘要翻译：本文提供了与基于扩增的亚硫酸氢盐处理的DNA检测有关的技术，并且特别但不排他地涉及用于多重扩增低水平样品DNA的方法和组合物，样品DNA。该技术还提供了从血液或血液产品样品，例如血浆样品中分离DNA的方法。

3. 发明申请

WO2017046191A1 BESTÄTIGUNGSTEST FÜR PRIMÄRE NUKLEINSÄURE-AMPLIFIKATE IN EINEM KONTINUIERLICHEN REAKTIONSANSATZ UND UNMITTELBARE AUSWERTUNG MITTELS IMMUNCHROMATOGRAPHISCHER VERFAHREN 审中-公开
标题翻译： FOR PRIMARY核酸确认测试放大在连续反应和直接的方法评估程序BY免疫层析
公开(公告)号：WO2017046191A1
公开(公告)日：2017-03-23
申请号：PCT/EP2016/071746
申请日：2016-09-15
申请人： BIOTYPE DIAGNOSTIC GMBH
发明人： BRABETZ, Werner
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6853 , C12Q1/6823 , C12Q1/6851 , C12Q2545/101 , C12Q2561/109 , C12Q2561/113 , C12Q2525/161
摘要： Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur Bestätigung von amplifizierten Nukleinsaure-Zielsequenz (Zielsequenz), vorzugsweise aus humanen Proben, während einer Vervielfältigungsreaktion in einem kollektiven und kontinuierlichen Reaktionsansatz als Eintopfverfahren, worin die Bestätigung des Zielsequenzamplifikats über ein Haptenpaar-markiertes artifizielles Matrizenamplifikat erhalten wird. Dabei wird die artifizielle Matrizensequenz mittels der 5'-Spaltprodukte der mindestens einen Zielsequenz-spezifischen FEN-Sonde amplifiziert und optional markiert. Das 5'-Spaltprodukt der mindestens einen Zielsequenz-spezifischen FEN-Sonde wird nur dann erhalten, wenn die FEN-Sonde mit ihrer Zielsequenz-spezifischen 3'-Sequenz an einen komplementären Sequenzabschnitt der mindestens einen Zielsequenz hybridisiert. Die Detektion der erhaltenen Vielzahl an Matrizenamplifikate erfolgt distinkt und bevorzugt mittels immunchromatographischer Verfahren.
摘要翻译：在本发明中作为一个单釜过程，其中经由Haptenpaar标记的人工Matrizenamplifikat获得的Zielsequenzamplifikats的确认集体和连续反应的扩增反应过程中涉及一种用于扩增核酸靶序列（靶序列），优选来自人的样品的确认的方法。人工模板序列由至少一个靶序列特异性的探针和FEN任选标记的5'-裂解产物扩增。当FEN-探针杂交到其目标序列特异性的3“到至少一个靶序列的序列部分互补的序列仅获得的所述至少一种靶序列特异性探针FEN的5'-裂解产物。所获得的多个不同和Matrizenamplifikate的检测通过免疫色谱的方法手段优选实现。

4. 发明申请

WO2016154337A3 METHOD FOR IDENTIFICATION AND ENUMERATION OF NUCLEIC ACID SEQUENCES 审中-公开
标题翻译：核酸序列鉴定和产生的方法
公开(公告)号：WO2016154337A3
公开(公告)日：2016-11-03
申请号：PCT/US2016023814
申请日：2016-03-23
申请人： UNIV NORTH CAROLINA CHAPEL HILL , UNIV CORNELL , UNIV LOUISIANA STATE
发明人： BARANY FRANCIS , EFCAVITCH JOHN WILLIAM , SOPER STEVEN A , PARK SUNGGOOK
IPC分类号： B82Y15/00 , C12Q1/68 , G06F19/18 , G06F19/22
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2561/125 , C12Q2565/501 , C12Q2565/631 , C12Q2531/125 , C12Q2535/125 , C12Q2521/301 , C12Q2521/331 , C12Q2561/109
摘要： The present invention is directed methods for identifying, in a sample, one or more target nucleotide sequences differing from other nucleotide sequences in the sample by one or more nucleotides, one or more copy numbers, one or more transcript sequences, and/or one or more methylated residues, using ligation detection reactions, polymerase mediated extension reactions, and/or cleavage reactions. The present invention is also directed to methods for identifying, in a sample, one or more nucleotides in a target nucleotide sequence.
摘要翻译：本发明是用于在样品中鉴定一个或多个与一个或多个核苷酸，一个或多个拷贝数，一个或多个转录本序列和/或一个或多个核苷酸的拷贝数，更多的甲基化残基，使用连接检测反应，聚合酶介导的延伸反应和/或裂解反应。本发明还涉及在样品中鉴定靶核苷酸序列中的一个或多个核苷酸的方法。

5. 发明申请

WO2013187628A1 DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCE BY PTO CLEAVAGE AND EXTENSION-DEPENDENT TRANSCRIPTION 审中-公开
标题翻译：通过PTO CLEAVAGE和EXTENSION-DEPENDENT TRANSCRIPTION检测目标核酸序列
公开(公告)号：WO2013187628A1
公开(公告)日：2013-12-19
申请号：PCT/KR2013/004911
申请日：2013-06-04
申请人： SEEGENE, INC.
发明人： CHUN, Jong Yoon , LEE, Young Jo
IPC分类号： C12N15/10 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6818 , C12Q1/682 , C12Q2525/143 , C12Q2561/109 , C12Q2565/1015
摘要： The present invention relates to the detection of a target nucleic acid sequence by a PTO Cleavage and Extension-Dependent Transcription (PCET). According to the present invention, the target detection is accomplished using enzymatic reactions such as 5' nucleolytic reaction and extension, and extension-dependent transcription as well as probe hybridization, contributing to improvements in the target specificity and sensitivity, process convenience and workability in multiplex detection.
摘要翻译：本发明涉及通过PTO切割和延伸依赖转录（PCET）检测靶核酸序列。根据本发明，使用诸如5'核解质反应和延伸的酶反应以及延伸依赖性转录以及探针杂交来实现目标检测，有助于提高目标特异性和灵敏度，方法和复用中的可操作性检测。

6. 发明申请

WO2013003630A3 METHODS AND COMPOSITIONS FOR ENRICHMENT OF NUCLEIC ACIDS IN MIXTURES OF HIGHLY HOMOLOGOUS SEQUENCES 审中-公开
标题翻译：用于在高度同源序列的混合物中增殖核酸的方法和组合物
公开(公告)号：WO2013003630A3
公开(公告)日：2013-03-14
申请号：PCT/US2012044710
申请日：2012-06-28
申请人： KUTYAVIN IGOR
发明人： KUTYAVIN IGOR
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/10 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6848 , C12Q1/28 , C12Q1/6858 , C12Q2531/113 , C12Q2535/131 , C12Q2561/109
摘要： Provided are methods of enrichment and detection of target nucleic acids during target amplification in the presence of excess amounts of highly homologous sequences, said methods having substantial diagnostic utility (e.g., cancer diagnostics). Provided are amplification reaction mixtures having at least one cleavage-directing oligonucleotide, the respective binding sites of which, for the target and homologous sequences, include one or more nucleotide positions differing in sequence between the target homologous sequences. During target sequence amplification in the presence of DNA polymerase activity, a FEN1 activity, one or more amplification primers, deoxynucleoside 5'-triphosphates and other reagents suitable to support amplification of both target and homologous nucleic acid sequences, the cleavage-directing oligonucleotide hybridizes to the homologous sequence and its amplification products resulting in a FEN1-mediated cleavage of these sequences providing for increased amounts of the target nucleic acid sequence relative to that of the homologous nucleic acid sequences.
摘要翻译：提供了在存在过量高度同源序列的靶扩增过程中富集和检测靶核酸的方法，所述方法具有显着的诊断效用（例如癌症诊断）。提供的是具有至少一个切割指导寡核苷酸的扩增反应混合物，其针对和同源序列的各自的结合位点包括靶序列之间序列不同的一个或多个核苷酸位置。在存在DNA聚合酶活性的靶序列扩增中，FEN1活性，一种或多种扩增引物，脱氧核苷5'-三磷酸和适于支持靶和同源核酸序列扩增的其它试剂，切割定向寡核苷酸与同源序列及其扩增产物导致这些序列的FEN1介导的切割，提供相对于同源核酸序列的靶核酸序列的增加的量。

7. 发明申请

WO2011008530A2 CHIMERIC PRIMERS WITH HAIRPIN CONFORMATIONS AND METHODS OF USING SAME 审中-公开
标题翻译：具有毛发形态的嵌体引物及其使用方法
公开(公告)号：WO2011008530A2
公开(公告)日：2011-01-20
申请号：PCT/US2010/040354
申请日：2010-06-29
申请人： LUMINEX CORPORATION , WHITMAN, Douglas F. , ZHANG, Hongwei
发明人： WHITMAN, Douglas F. , ZHANG, Hongwei
IPC分类号： C12N15/11 , C07H21/00 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6818 , C12Q1/6816 , C12Q1/6823 , C12Q1/6834 , C12Q1/6853 , C12Q1/6876 , C12Q2525/186 , C12Q2525/301 , C12Q2561/109 , C12Q2563/149
摘要： Methods and compositions for nucleic acid amplification, detection, and genotyping techniques are disclosed. In one embodiment, a nucleic acid molecule having a target-specific primer sequence; an anti-tag sequence 5' of the target-specific primer sequence; a tag sequence 5 ' of the anti-tag sequence; and a blocker between the anti-tag sequence and the tag sequence is disclosed. Compositions containing such a nucleic acid molecule and methods of using such a nucleic acid molecule are also disclosed.
摘要翻译：公开了用于核酸扩增，检测和基因分型技术的方法和组合物。在一个实施方案中，具有靶特异性引物序列的核酸分子; 目标特异性引物序列的反标签序列5'; 抗标签序列的标签序列5'; 并公开了抗标签序列和标签序列之间的阻断剂。还公开了含有这种核酸分子的组合物和使用这种核酸分子的方法。

8. 发明申请

WO2006050499A3 SINGLE STEP DETECTION ASSAY 审中-公开
标题翻译：单步检测测定
公开(公告)号：WO2006050499A3
公开(公告)日：2010-09-30
申请号：PCT/US2005039977
申请日：2005-11-03
申请人： THIRD WAVE TECH INC , ALLAWI HATIM T , LYAMICHEV VICTOR , ELAGIN VECHESLAV A , LAW SCOTT M
发明人： ALLAWI HATIM T , LYAMICHEV VICTOR , ELAGIN VECHESLAV A , LAW SCOTT M
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/02
CPC分类号： C12Q1/6823 , C12Q2561/109 , C12Q2547/101 , C12Q2531/113
摘要： The present invention provides methods and routines for developing and optimizing nucleic acid detection assays for use in basic research, clinical research, and for the development of clinical detection assays. In particular, the present invention provides methods for designing oligonucleotide primers to be used in multiplex amplification reactions. The present invention also provides methods to optimize multiplex amplification reactions. The present invention also provides methods for combined target and signal generation assays.
摘要翻译：本发明提供用于开发和优化用于基础研究，临床研究和用于开发临床检测测定的核酸检测测定的方法和程序。特别地，本发明提供了用于多重扩增反应中使用的寡核苷酸引物的设计方法。本发明还提供优化多重扩增反应的方法。本发明还提供组合的靶和信号产生测定的方法。

9. 发明申请

WO2009117327A3 COMPOSITIONS AND METHODS FOR ANALYSIS OF NUCLEIC ACID MOLECULES DURING AMPLIFICATION REACTIONS 审中-公开
标题翻译：在放大反应中分析核酸分子的组合物和方法
公开(公告)号：WO2009117327A3
公开(公告)日：2009-12-23
申请号：PCT/US2009037194
申请日：2009-03-13
申请人： ALLAWI HATIM T , LYAMICHEV VICTOR I , HOLOGIC INC
发明人： ALLAWI HATIM T , LYAMICHEV VICTOR I
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/10 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6832 , C12Q1/6823 , C12Q1/6827 , C12Q1/6851 , C12Q2525/161 , C12Q2521/313 , C12Q2561/109 , C12Q2525/301 , C12Q2531/113 , C12Q2537/149 , C12Q2561/113 , C12Q2565/1015
摘要： The present invention provides systems, methods and kits for performing a detection assay (e.g., invasive cleavage assay) in combination with an amplification assay (e.g., PCR), where the detection assay employs enzyme footprint probes with relatively short (e.g., 6-12 bases) analyte-specific regions configured to provide a preferred footprint length of duplex for use with a particular nucleic acid modifying enzyme. In some embodiments, such assays are used for target quantification, and in other embodiments, such assays are used for genotyping. In certain embodiments, the use of such short probes allows for assays with increased dynamic range.
摘要翻译：本发明提供用于与扩增测定（例如PCR）组合进行检测测定（例如侵入性切割测定）的系统，方法和试剂盒，其中所述检测测定采用相对较短（例如6-12 碱基）分析物特异性区域，其被配置为提供用于与特定核酸修饰酶一起使用的双链体的优选覆盖区长度。在一些实施方案中，这样的测定法用于靶定量，并且在其他实施方案中，这样的测定法用于基因分型。在某些实施方案中，使用这种短探针允许具有增加的动态范围的分析。

10. 发明申请

WO2009117327A2 COMPOSITIONS AND METHODS FOR ANALYSIS OF NUCLEIC ACID MOLECULES DURING AMPLIFICATION REACTIONS 审中-公开
标题翻译：放大反应期间核酸分子分析的组成和方法
公开(公告)号：WO2009117327A2
公开(公告)日：2009-09-24
申请号：PCT/US2009/037194
申请日：2009-03-13
申请人： ALLAWI, Hatim, T. , LYAMICHEV, Victor, I , HOLOGIC, INC.
发明人： ALLAWI, Hatim, T. , LYAMICHEV, Victor, I
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/10 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6832 , C12Q1/6823 , C12Q1/6827 , C12Q1/6851 , C12Q2525/161 , C12Q2521/313 , C12Q2561/109 , C12Q2525/301 , C12Q2531/113 , C12Q2537/149 , C12Q2561/113 , C12Q2565/1015
摘要： The present invention provides systems, methods and kits for performing a detection assay ( e.g ., invasive cleavage assay) in combination with an amplification assay ( e.g ., PCR), where the detection assay employs enzyme footprint probes with relatively short ( e.g ., 6-12 bases) analyte-specific regions configured to provide a preferred footprint length of duplex for use with a particular nucleic acid modifying enzyme. In some embodiments, such assays are used for target quantification, and in other embodiments, such assays are used for genotyping. In certain embodiments, the use of such short probes allows for assays with increased dynamic range.
摘要翻译：本发明提供用于与扩增测定（例如PCR）结合进行检测测定（例如侵入性切割测定）的系统，方法和试剂盒，其中检测测定使用相对较短的酶标记探针（例如6-12 碱基）分析物特异性区域，其被配置为提供与特定核酸修饰酶一起使用的双链体的优选覆盖物长度。在一些实施方案中，这种测定用于靶定量，并且在其它实施方案中，这种测定用于基因分型。在某些实施方案中，使用这种短探针允许具有增加的动态范围的测定。

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