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51. 发明申请

WO2005100608A2 DIAGNOSTIC TOOL FOR DIAGNOSING BENIGN VERSUS MALIGNANT THYROID LESIONS 审中-公开
标题翻译：用于诊断维生素恶性甲状腺炎的诊断工具
公开(公告)号：WO2005100608A2
公开(公告)日：2005-10-27
申请号：PCT/US2005/012289
申请日：2005-04-11
申请人： THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA, as represented by THE SECRETARY, DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES, NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH , JOHNS HOPKINS UNIVERSITY , LIBUTTI, Steven, K. , MAZZANTI, Chiara , ZEIGER, Martha , UMBRICHT, Christopher
发明人： LIBUTTI, Steven, K. , MAZZANTI, Chiara , ZEIGER, Martha , UMBRICHT, Christopher
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： G01N33/57407 , C12Q1/6837 , C12Q1/6883 , C12Q1/6886 , C12Q2600/112 , C12Q2600/136 , C12Q2600/158 , G01N33/5011 , C12Q1/6809 , C12Q2545/101
摘要： The present invention relates to the use of genes differentially expressed in benign thyroid lesions and malignant thyroid lesions for the diagnosis and staging of thyroid cancer.
摘要翻译：本发明涉及在甲状腺良性病变和恶性甲状腺病变中差异表达的基因用于诊断和分期甲状腺癌的用途。

52. 发明申请

WO2004053141A3 METHODS FOR RAPID FORENSIC ANALYSIS OF MITOCHONDRIAL DNA AND CHARACTERIZATION OF MITOCHONDRIAL DNA HETEROPLASMY 审中-公开
标题翻译：麻醉DNA快速鉴别分析方法及MITOCHONDRIAL DNA HETEROPLASMY的表征
公开(公告)号：WO2004053141A3
公开(公告)日：2005-06-23
申请号：PCT/US0338505
申请日：2003-12-05
申请人： ISIS PHARMACEUTICALS INC , ECKER DAVID J , CROOKE STANLEY T , BLYN LAWRENCE B , HALL THOMAS A , JIANG YUN , GRIFFEY RICHARD H , SAMPATH RANGARAJAN , HOFSTADLER STEVEN A , MCNEIL JOHN , HANNIS JAMES C , WHITE NEILL , SAMANT VIVEK , ESHOO MARK W , DRADER JARED J
发明人： ECKER DAVID J , CROOKE STANLEY T , BLYN LAWRENCE B , HALL THOMAS A , JIANG YUN , GRIFFEY RICHARD H , SAMPATH RANGARAJAN , HOFSTADLER STEVEN A , MCNEIL JOHN , HANNIS JAMES C , WHITE NEILL , SAMANT VIVEK , ESHOO MARK W , DRADER JARED J
IPC分类号： C07H21/04 , C12P19/34 , C12Q20060101 , C12Q1/68 , C12Q1/70
CPC分类号： C12Q1/686 , C12Q1/6806 , C12Q1/6844 , C12Q1/6858 , C12Q1/6872 , C12Q1/6888 , C12Q1/689 , C12Q2600/156 , G01N2333/28 , G01N2333/32 , G01N2333/35 , G01N2333/36 , C12Q2563/167 , C12Q2545/101 , C12Q2531/113 , C12Q2565/627 , C12Q2545/113
摘要： The present invention provides methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and methods for characterizing heteroplasmy of mitochondrial DNA, which can be used to assess the progression of mitochondrial diseases.
摘要翻译：本发明提供线粒体DNA的快速法医分析方法和线粒体DNA异质性表征的方法，可用于评估线粒体疾病的进展。

53. 发明申请

WO2005042704A2 DIFFERENTIAL ENZYMATIC FRAGMENTATION 审中-公开
标题翻译：差异酶破碎
公开(公告)号：WO2005042704A2
公开(公告)日：2005-05-12
申请号：PCT/US2004/035012
申请日：2004-10-21
申请人： ORION GENOMICS LLC , JEDDELOH, Jeffrey, A. , LAKEY, Nathan, D.
发明人： JEDDELOH, Jeffrey, A. , LAKEY, Nathan, D.
IPC分类号： C12N
CPC分类号： C12Q1/683 , C12Q1/6858 , C12Q2521/331 , C12Q2545/101
摘要： The present invention provides methods for detecting the presence of methylation at a locus within a population of nucleic acids.
摘要翻译：本发明提供了检测核酸群体内基因座处甲基化存在的方法。

54. 发明申请

WO2004090160A1 METHODS FOR RELATIVE QUANTIFICATION OF SPECIFIC NUCLEIC ACID SEQUENCES 审中-公开
标题翻译：特定核酸序列相对量化方法
公开(公告)号：WO2004090160A1
公开(公告)日：2004-10-21
申请号：PCT/CA2003/000547
申请日：2003-04-11
申请人： DNA LANDMARKS INC. , LAFOREST, Martin , HUBERT, Nathalie , LANDRY, Benoît, S.
发明人： LAFOREST, Martin , HUBERT, Nathalie , LANDRY, Benoît, S.
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6823 , C12Q1/686 , C12Q2565/301 , C12Q2545/114 , C12Q2545/101
摘要： This invention relates generally to a method for quantifying the number of occurrences of a specific nucleic acid sequence within a nucleic acid sample in order to circumvent the shortcomings of the methods currently available and to provide reliable quantification of a specific nucleic acid sequence within a nucleic acid sample. The present invention provides a method of assessing an amount of a known target nucleic acid sequence in a sample comprising co-amplifying said target nucleic acid sequence and a known amount of a known control nucleic acid sequence to produce respective target and control amplicons, wherein said control nucleic acid sequence is different than said target nucleic acid sequence; and determining relative amounts of said respective amplicons by determining relative quantities of a primer extension reaction using each of said respective amplicons as a template.
摘要翻译：本发明一般涉及用于量化核酸样品中特定核酸序列的出现次数的方法，以便规避目前可获得的方法的缺点并提供核酸内的特定核酸序列的可靠定量样品。本发明提供了一种评估样品中已知靶核酸序列的量的方法，包括共扩增所述靶核酸序列和已知量的已知对照核酸序列以产生相应的靶和扩增子，其中所述对照核酸序列与所述靶核酸序列不同; 以及通过使用每个所述各个扩增子作为模板来确定引物延伸反应的相对量来确定所述各个扩增子的相对量。

55. 发明申请

WO2004079005A1 METHOD AND DEVICE FOR INTEGRATED NUCLEIC ACID INTEGRITY ASSESSMENT AND ANALYSIS 审中-公开
标题翻译：用于集成核酸完整性评估和分析的方法和装置
公开(公告)号：WO2004079005A1
公开(公告)日：2004-09-16
申请号：PCT/EP2004/002025
申请日：2004-03-01
申请人： PAMGENE B.V. , INGHAM, Colin John , ANTHONY, Richard Michael
发明人： INGHAM, Colin John , ANTHONY, Richard Michael
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6837 , B01J2219/00608 , B01J2219/00612 , B01J2219/00637 , B01J2219/00641 , B01J2219/00693 , B01J2219/00722 , C40B40/06 , C12Q2545/101
摘要： The present invention relates to methods for integrated ribonucleic acid integrity assessment and analysis comprising the steps of: (a) providing a support having immobilized thereon a set of detector probes and a set of at least two control probes, wherein (i) a first of said at least two control probes is complementary to 23S or 28S rRNA or a functionally equivalent RNA, and (ii) a second of said at least two control probes is complementary to 16S or 18S10 rRNA or a functionally equivalent RNA; (b) contacting said support with analyte ribonucleic acids derived from a sample, under conditions allowing hybridisation of complementary analyte ribonucleic acids and immobilized probes to form analyte ribonucleic acid/probe complexes; wherein said hybridisation generates a detectable signal;15 (c) detecting signals generated by said complexes; (d) determining the ratio of signals generated by the 28S/control probe and 18S rRNA/control probe or 23S rRNA/control probe and 16S rRNA/control probe or functionally equivalent rRNA/control probe complexes; (e) assessing the integrity of said sample; and20 (f) evaluating microarray analysis results in view of said integrity assessment. The present invention further relates to use of said methods as well as microarrays, devices comprising said microarrays, kits for carrying out said methods and computer products.
摘要翻译：本发明涉及用于整合核糖核酸完整性评估和分析的方法，包括以下步骤：（a）提供其上固定有一组检测器探针和一组至少两个对照探针的载体，其中（i）所述至少两个对照探针与23S或28S rRNA或功能等同的RNA互补，和（ii）所述至少两个对照探针中的第二个与16S或18S10 rRNA或功能等同的RNA互补; （b）在允许互补分析物核糖核酸与固定化探针杂交以形成分析物核糖核酸/探针复合物的条件下，将所述载体与衍生自样品的分析物核糖核酸接触; 其中所述杂交产生可检测信号;（c）检测由所述复合物产生的信号; （d）确定由28S /对照探针和18S rRNA /对照探针或23S rRNA /对照探针和16S rRNA /对照探针或功能等同的rRNA /对照探针复合物产生的信号的比率; （e）评估所述样品的完整性; 和（f）鉴于所述完整性评估来评估微阵列分析结果。本发明还涉及所述方法以及微阵列的使用，包括所述微阵列的装置，用于执行所述方法和计算机产品的试剂盒。

56. 发明申请

WO2004001506A3 ANTIREFLECTIVE COATINGS FOR HIGH-RESOLUTION PHOTOLITHOGRAPHIC SYNTHESIS OF DNA ARRAY 审中-公开
标题翻译： DNA阵列高分辨光谱合成的抗反射涂层
公开(公告)号：WO2004001506A3
公开(公告)日：2004-05-21
申请号：PCT/US0319586
申请日：2003-06-20
申请人： AFFYMETRIX INC , TRULSON MARK , MCGALL GLENN H , SYWE BEI-SHEN , KAJISA LISA T , TRUONG DANA
发明人： TRULSON MARK , MCGALL GLENN H , SYWE BEI-SHEN , KAJISA LISA T , TRUONG DANA
IPC分类号： G01N33/53 , B01J19/00 , C12M1/00 , C12N15/09 , C12Q1/68 , C40B40/06 , G01N37/00 , G03F7/09 , G12Q1/68
CPC分类号： B82Y30/00 , B01J19/0046 , B01J2219/00608 , B01J2219/0061 , B01J2219/00612 , B01J2219/00626 , B01J2219/00637 , B01J2219/00711 , B01J2219/00722 , C12Q1/6837 , C40B40/06 , G03F7/091 , C12Q2545/101
摘要： The present inventions provides an array of polymers and method of forming arrays of polymers by providing a substrate having a first layer including one or more dielectric coatings on a solid support and a second layer including a plurality of polymers disposed on the first layer. The invention also provides methods for forming an array of polymers on a substrate using light-directed synthesis by providing a substrate having a first layer including one or more dielectric coating on a solid support; derivatizing the first layer by contacting the first layer with a silanation reagent, and a second layer disposed on said first layer wherein the second layer includes functional groups protected with a photolabile protecting group.
摘要翻译：本发明提供了一种聚合物阵列和通过提供一种具有包含在固体载体上的一个或多个电介质涂层的第一层的基底和包含设置在第一层上的多个聚合物的第二层的基底来形成聚合物阵列的方法。本发明还提供了使用光导合成在衬底上形成聚合物阵列的方法，该衬底具有在固体支持体上具有一个或多个介电涂层的第一层; 通过使第一层与硅烷化试剂接触来衍生第一层，以及设置在所述第一层上的第二层，其中第二层包括用光不稳定保护基团保护的官能团。

57. 发明申请

WO2004013346A2 METHODS AND COMPOSITIONS FOR GENOTYPING 审中-公开
标题翻译：基因组学的方法和组合
公开(公告)号：WO2004013346A2
公开(公告)日：2004-02-12
申请号：PCT/US0324198
申请日：2003-08-01
申请人： ORCHID BIOSCIENCES INC
发明人： MCKEOWN BRIAN , DERBYSHIRE ROGER , ROWAN PAUL , SUNG ROBERT
IPC分类号： C12Q1/68 , C12Q
CPC分类号： C12Q1/6858 , C12Q2545/101 , C12Q2525/155
摘要： The invention provides compositions and methods for performing primer extension reactions, including employment of amplification primers having 5' tags to incorporate into amplicons variant nucleotides of interest from target nucleic acids at known ratios, with or without sequences surrounding the variant nucleotides of interest. The invention provides identifying the variant nucleotides generated from the target nucleic acid and generated from the 5' tags, comparing the results, evaluating the efficiency of the primer extension reactions, and monitoring the efficacy of such reactions. The invention accounts for DNA sequence and experimental variables that may affect efficiency of incorporation of nucleotides, and provides a reference point for the interpretation of polymorphisms. The invention also provides methods of breeding scrapie-resistant sheep populations.
摘要翻译：本发明提供了用于进行引物延伸反应的组合物和方法，包括使用具有5'标签的扩增引物，以具有或不具有围绕所关注的变体核苷酸的序列，以目标核酸以已知比例掺入感兴趣的扩增子变体核苷酸。本发明提供鉴定从靶核酸产生并从5'标签产生的变体核苷酸，比较结果，评估引物延伸反应的效率和监测这些反应的功效。本发明涉及可能影响核苷酸掺入效率的DNA序列和实验变量，并为多态性的解释提供参考。本发明还提供了育种抗瘟病羊种群的方法。

58. 发明申请

WO0246470A3 TESTING ENDOSYMBIONT CELLULAR ORGANELLES AND COMPOUNDS IDENTIFIABLE THEREWITH 审中-公开
标题翻译：测试内部细胞有机物和化合物
公开(公告)号：WO0246470A3
公开(公告)日：2004-01-15
申请号：PCT/NL0100883
申请日：2001-12-04
申请人： PRIMAGEN HOLDING BV , VAN GEMEN BOB , TIMMERMANS EVELINE CATHERINA A , DE RONDE ANTHONIJ , DOBBELAER IRENE JOHANNA MONICA
发明人： VAN GEMEN BOB , TIMMERMANS EVELINE CATHERINA A , DE RONDE ANTHONIJ , DOBBELAER IRENE JOHANNA MONICA
IPC分类号： G01N33/50 , C12N15/09 , C12Q1/02 , C12Q1/68 , G01N33/15
CPC分类号： C12Q1/6888 , C12Q1/6809 , C12Q2600/136 , C12Q2600/158 , C12Q2600/16 , C12Q2545/101
摘要： The invention relates to the diagnosis of disease or the determination of functioning of cellular organisms, being of multi-cellular or unicellular nature, being visible by the naked eye or being a micro-organism. The invention provides a method for determining functioning of a cellular organism comprising determining the relative ratio of a first endosymbiont cellular organelle nucleic acid and/or gene product thereof in a sample obtained from said organism in relation to the amount of a second nucleic acid and/or gene product thereof.
摘要翻译：本发明涉及诊断疾病或确定多细胞或单细胞性质的细胞生物的功能，由肉眼可见或是微生物。本发明提供了一种用于确定细胞生物功能的方法，包括确定从所述生物体获得的样品中第一内共型细胞细胞器核酸和/或其基因产物相对于第二核酸的量和/ 或其基因产物。

59. 发明申请

WO2003100012A2 MICROARRAYS AND METHOD FOR RUNNING HYBRIDIZATION REACTION FOR MULTIPLE SAMPLES ON A SINGLE MICROARRAY 审中-公开
标题翻译：用于单个微观扫描的多个样本的微观反应和微波反应的方法
公开(公告)号：WO2003100012A2
公开(公告)日：2003-12-04
申请号：PCT/US2003/016429
申请日：2003-05-23
申请人： NIMBLEGEN SYSTEMS, INC.
发明人： ALBERT, Thomas , MCCORMICK, Mark
IPC分类号： C12N
CPC分类号： C12Q1/6837 , B01J19/0046 , B01J2219/00317 , B01J2219/00529 , B01J2219/0054 , B01J2219/00605 , B01J2219/00621 , B01J2219/00662 , B01J2219/00698 , B01J2219/00722 , B01J2219/00725 , C40B40/06 , C40B40/10 , C40B60/14 , C40B70/00 , Y10S977/789 , Y10S977/792 , C12Q2545/101
摘要： The present invention provides a microarray for multiple sample analysis that does not require a alignment of well walls with corresponding probe sets. Methods for building and using such a microarray are also within the scope of the present invention.
摘要翻译：本发明提供了用于多次样品分析的微阵列，其不需要井壁与相应的探针组的对准。构建和使用这种微阵列的方法也在本发明的范围内。

60. 发明申请

WO2003072815A2 VERFAHREN ZUR QUALITATIVEN UND QUANTITATIVEN BESTIMMUNG VON GENETISCHEM MATERIAL 审中-公开
标题翻译：方法遗传物质的定性和定量测定
公开(公告)号：WO2003072815A2
公开(公告)日：2003-09-04
申请号：PCT/EP2003/001921
申请日：2003-02-25
申请人： BEZIRKSVERBAND PFALZ , HORMISCH, Diana , STRAUSS, Gerhard
发明人： HORMISCH, Diana , STRAUSS, Gerhard
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6813 , C12Q2545/101
摘要： Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur qualitativen und quantitativen Bestimmung von genetischem Material, das eine für das Material charakteristische, bekannte Zielsequenz enthält und neben oder im Gemisch mit anderem genetischen Material vorliegen kann, bei dem maneine Suspension, die das genetische Material mit der Zielsequenz sowie gegebenenfalls anderes genetisches Material enthält, mit (1) einem molaren Überschuß einer ersten Oligonukleotidsonde versetzt, deren Nukleotidsequenz zu der Zielsequenz komplementär ist, und gegebenenfalls (2) mit einem molaren Überschuß einer zweiten Oligonukleotidsonde versetzt, deren Nukleotidsequenz zu einer Nukleotidsequenz komplementär ist, die in allen Komponenten des gesamten genetischen Materials enthalten ist, auf die sich die Quantifizierung beziehen soll, das gesamte genetische Material, soweit es doppelsträngig ist, einsträngig macht, die erste Oligonukleotidsonde mit der Zielsequenz und gegebenenfalls die zweite Oligonuleotidsonde mit der in allen Komponenten des genetischen Materials enthaltenen Nukleotidsequenz hybridisiert,in der Suspension die Konzentration(en) der nicht hybridisierten ersten und gegebenenfalls zweiten Oligonukleotidsonde bestimmt und aus der Konzentration bzw. den Konzentrationen den Anteil des genetischen Materials mit der Zielsequenz an dem gesamten genetischen Material, auf das sich die Quantifizierung beziehen soll, ermittelt.
摘要翻译：本发明涉及一种用于定性和定量测定的遗传物质的包含这种材料，已知的靶序列的一个特性，并且可以是本与除了其它遗传物质或一种混合物，其中含有具有与靶序列的遗传物质在于a悬浮液和任选的方法，包含其它遗传物质，加入到过量摩尔数的第一寡核苷酸探针（1），其核苷酸序列与靶序列互补的，并任选地用摩尔过量的第二寡核苷酸探针的，其核苷酸序列与一个核苷酸序列（2），互补混合这在所有总遗传物质的部件被包括在内，是指进行量化，总遗传物质，只要它是双链的，单链的与所述靶序列中的第一寡核苷酸探针，和任选的第二Oligonuleotids 与包含在遗传物质的核苷酸序列的所有组件的信息ONDE杂交时，未杂交第一和可能的第二寡核苷酸探针在悬浮液中的浓度（S）被确定，并且从浓度或遗传材料的比例在总遗传具有与靶序列的浓度材料，以该量化是为涉及被确定。

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