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21. 发明申请

WO2014104818A1 DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCE BY PTO CLEAVAGE AND EXTENSION-DEPENDENT NON-HYBRIDIZATION ASSAY 审中-公开
标题翻译：通过PTO CLEAVAGE和扩展依赖性非混合测定法检测目标核酸序列
公开(公告)号：WO2014104818A1
公开(公告)日：2014-07-03
申请号：PCT/KR2013/012312
申请日：2013-12-27
申请人： SEEGENE, INC.
发明人： CHUN, Jong Yoon , LEE, Young Jo
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6853 , C12Q1/6816 , C12Q1/6823 , C12Q1/6834 , C12Q1/6851 , C12Q2527/107 , C12Q2561/109 , C12Q2565/1015 , C12Q2561/113 , C12Q2525/161 , C12Q2561/101 , C12Q2521/319 , C12Q2525/121 , C12Q2537/149 , C12Q2565/101 , C12Q2565/501
摘要： The present invention relates to the detection of a target nucleic acid sequence by a PCE-NH (PTO Cleavage and Extension-Dependent Non-Hybridization) assay. The present invention adopts the occurrence of the inhibition of the hybridization between the HO with the CTO by the formation of the target-dependent extended duplex. Therefore, the present invention may detect target sequences even when the HO is not cleaved. In this regard, the design of the 5'-taggeing portion of PTO, CTO and HO sequences may be readily performed and the conditions for reactions may be also easily established. In addition, the detection of the hybrid between the CTO and the HO may be performed in a different vessel from that for the extension of the CTO.
摘要翻译：本发明涉及通过PCE-NH（PTO切割和延伸依赖性非杂交）测定法检测靶核酸序列。本发明通过形成目标依赖性扩增双链体，采用抑制HO与CTO之间的杂交的发生。因此，即使HO未被切割，本发明也可以检测目标序列。在这方面，可以容易地进行PTO，CTO和HO序列的5'-标记部分的设计，并且反应条件也可以容易地建立。此外，CTO和HO之间的杂交体的检测可以在不同于CTO扩展的容器中进行。

22. 发明申请

WO2013058868A3 MULTIPLEXED KRAS MUTATION DETECTION ASSAY 审中-公开
标题翻译：多重KRAS突变检测测定
公开(公告)号：WO2013058868A3
公开(公告)日：2014-05-15
申请号：PCT/US2012052377
申请日：2012-08-24
申请人： EXACT SCIENCES CORP , OLDHAM-HALTOM REBECCA , ALLAWI HATIM , ZOU HONGZHI , DOMANICO MICHAEL J , LIDGARD GRAHAM P
发明人： OLDHAM-HALTOM REBECCA , ALLAWI HATIM , ZOU HONGZHI , DOMANICO MICHAEL J , LIDGARD GRAHAM P
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6858 , C12Q2600/156 , C12Q2600/16 , C12Q2525/161 , C12Q2561/109 , C12Q2565/1015
摘要： Provided herein is reagent mixture comprising multiplexed amplification reagents and flap assay reagents for detecting, in a single reaction, mutant copies of the KRAS gene that contain any of the 34A, 34C, 34T, 35A, 35C, 35T or 38A point mutations. Methods that employ the reagent mix and kits for performing the same are also provided.
摘要翻译：本文提供的试剂混合物包含多重扩增试剂和皮瓣测定试剂，用于在单次反应中检测含有34A，34C，34T，35A，35C，35T或38A点突变中任何一种的KRAS基因的突变体拷贝。还提供了使用试剂混合物和试剂盒进行其的方法。

23. 发明申请

WO2012096430A1 DETECTION OF TARGET NUCLEIC ACID SEQUENCES BY PTO CLEAVAGE AND EXTENSION ASSAY 审中-公开
标题翻译： PTO切割和扩展测定法检测靶核酸序列
公开(公告)号：WO2012096430A1
公开(公告)日：2012-07-19
申请号：PCT/KR2011/004452
申请日：2011-06-17
申请人： SEEGENE, INC. , CHUN, Jong Yoon , LEE, Young Jo
发明人： CHUN, Jong Yoon , LEE, Young Jo
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6837 , C12Q1/6818 , C12Q1/683 , C12Q1/6851 , C12Q1/6853 , C12Q1/6858 , C12Q1/6869 , C12Q2525/161 , C12Q2527/107 , C12Q2561/109 , C12Q2565/1015 , C12Q2561/113 , C12Q2561/101
摘要： The present invention relates to the detection of a target nucleic acid sequence by a PTOCE (PTO Cleavage and Extension) assay. The present invention detects a target nucleic acid sequence in which the PTO (Probing and Tagging Oligonucleotide) hybridized with the target nucleic acid sequence is cleaved to release a fragment and the fragment is hybridized with the CTO (Capturing and Templating Oligonucleotide) to form an extended duplex, followed by detecting the presence of the extended duplex. The extended duplex provides signals (generation, increase, extinguishment or decrease of signals) from labels indicating the presence of the extended duplex and has adjustable Tm value, which are well adoptable for detection of the presence of the target nucleic acid sequence.
摘要翻译：本发明涉及通过PTOCE（PTO切割和延伸）测定来检测靶核酸序列。本发明检测靶核酸序列，其中与靶核酸序列杂交的PTO（探针和标签寡核苷酸）被切割以释放片段，并且该片段与CTO（捕获和模板寡核苷酸）杂交以形成延伸然后检测是否存在扩展双工。扩展的双链体从标签中提供信号（产生，增加，消除或减少信号），表明扩展双链体的存在并具有可调节的Tm值，这对于检测目标核酸序列的存在是很适用的。

24. 发明申请

WO2007127999A3 USE OF PRODUCTS OF PCR AMPLIFICATION CARRYING ELEMENTS OF SECONDARY STRUCTURE TO IMPROVE PCR-BASED NUCLEIC ACID DETECTION 审中-公开
标题翻译：利用PCR扩增产物实现二级结构元件改进基于PCR的核酸检测
公开(公告)号：WO2007127999A3
公开(公告)日：2008-12-11
申请号：PCT/US2007067836
申请日：2007-04-30
申请人： KUTYAVIN IGOR
发明人： KUTYAVIN IGOR
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/04 , C12P19/34
CPC分类号： C12Q1/6853 , C12Q1/686 , C12Q2561/109 , C12Q2537/143 , C12Q2525/301 , C12Q2565/1015
摘要： Particular aspects comprise amplifying target nucleic acid using PCR and an oligonucleotide primer pair wherein at least one of the primers is designed to incorporate a 5'-specialty sequence to provide for an amplification product that intramolecularly folds into a secondary structure; and detecting the amplification product by a method comprising: providing an oligonucleotide cleavage component, hybridizing said oligonucleotide cleavage component with the amplification product to form a three-strand cleavage structure wherein two strands of the three-strand cleavage structure are provided by the secondary structure of the amplification product, cleaving 3'- or 5'-strands of the three-strand cleavage structure using a duplex-specific nuclease activity resulting in a cleavage product, and detecting the cleavage product indicative of the presence of the target nucleic acid. In certain aspects both primers incorporate a 5'-specialty sequence and detecting comprises cleaving 3'- or 5'-strands of a three-strand cleavage structure using duplex-specific nuclease to provide a cleavage product.
摘要翻译：具体方面包括使用PCR扩增靶核酸和寡核苷酸引物对，其中至少一个引物被设计为掺入5'-特异性序列以提供分子内折叠成二级结构的扩增产物; 并通过包括以下方法检测扩增产物：提供寡核苷酸切割组分，将所述寡核苷酸切割组分与扩增产物杂交以形成三链切割结构，其中三股裂解结构的两条链由扩增产物，使用产生切割产物的双链体特异性核酸酶活性切割三链切割结构的3'-或5'链，并检测指示靶核酸存在的切割产物。在某些方面，两个引物都包含5'特异性序列，检测包括使用双链体特异性核酸酶切割三链切割结构的3'或5'链以提供切割产物。

25. 发明申请

WO2008083261A1 SYSTEMS AND METHODS FOR DETECTING NUCLEIC ACIDS 审中-公开
标题翻译：用于检测核酸的系统和方法
公开(公告)号：WO2008083261A1
公开(公告)日：2008-07-10
申请号：PCT/US2007/089010
申请日：2007-12-28
申请人： APPLERA CORPORATION , SCABOO, Kristian , AIVAZACHVILI, Vissarion , LIU, Timothy , EASON, Robert , FAULSTICH, Konrad
发明人： SCABOO, Kristian , AIVAZACHVILI, Vissarion , LIU, Timothy , EASON, Robert , FAULSTICH, Konrad
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6834 , C12Q1/6823 , C12Q1/6825 , C12Q2531/113 , C12Q2521/307 , C12Q2525/204 , C12Q2565/607 , C12Q2561/109 , C12Q2565/519
摘要： Methods and kits for detecting a target nucleic acid in a sample are described. In some embodiments, the sample to be analyzed includes a primer which hybridizes to at least a portion of the target nucleic acid, a probe having a first region which hybridizes to at least a portion of the target nucleic acid and a second region having a detectable label, a polymerase which extends the hybridized primer and an enzyme comprising nuclease activity that can cleave the hybridized hybridization probe to thereby release a labeled probe fragment. In some embodiments, the sample can then be contacted with a solid support comprising surface bound capture probes which can hybridize to the labeled probe fragment(s). These capture probes more readily bind to the probe fragment(s) than to the intact hybridization probe. The label can then be detected on the support surface. In this manner, improved discrimination between the probe fragments and the intact hybridization probes can be achieved.
摘要翻译：描述了用于检测样品中靶核酸的方法和试剂盒。在一些实施方案中，待分析的样品包括与靶核酸的至少一部分杂交的引物，具有与靶核酸的至少一部分杂交的第一区的探针和具有可检测的第二区标记，扩增杂交引物的聚合酶和包含核酸酶活性的酶，其可以切割杂交的杂交探针，从而释放标记的探针片段。在一些实施方案中，然后可以将样品与包含可以与标记的探针片段杂交的表面结合捕获探针的固体支持物接触。这些捕获探针比完整的杂交探针更容易与探针片段结合。然后可以在支撑表面上检测标签。以这种方式，可以实现探针片段与完整杂交探针之间的改善的区别。

26. 发明申请

WO2007059348A2 COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING AN HCV-1 SUBTYPE 审中-公开
标题翻译：用于检测HCV-1亚型的组合物和方法
公开(公告)号：WO2007059348A2
公开(公告)日：2007-05-24
申请号：PCT/US2006/044916
申请日：2006-11-17
申请人： THIRD WAVE TECHNOLOGIES, INC. , LAW, Scott, M. , ELAGIN, Vecheslav, A.
发明人： LAW, Scott, M. , ELAGIN, Vecheslav, A.
IPC分类号： C12Q1/70
CPC分类号： C12Q1/707 , C12Q2561/109
摘要： The present invention provides methods and compositions for detecting hepatitis C virus (HCV). In particular, the present invention provides nucleic acid detection assays configured to detect a novel sub-type of HCV-1.
摘要翻译：本发明提供用于检测丙型肝炎病毒（HCV）的方法和组合物。特别地，本发明提供配置用于检测新型亚型HCV-1的核酸检测测定。

27. 发明申请

WO2006050499A2 SINGLE STEP DETECTION ASSAY 审中-公开
标题翻译：单步检测测定
公开(公告)号：WO2006050499A2
公开(公告)日：2006-05-11
申请号：PCT/US2005/039977
申请日：2005-11-03
申请人： THIRD WAVE TECHNOLOGIES, INC. , ALLAWI, Hatim, T. , LYAMICHEV, Victor , ELAGIN, Vecheslav, A. , LAW, Scott, M.
发明人： ALLAWI, Hatim, T. , LYAMICHEV, Victor , ELAGIN, Vecheslav, A. , LAW, Scott, M.
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6823 , C12Q2561/109 , C12Q2547/101 , C12Q2531/113
摘要： The present invention provides methods and routines for developing and optimizing nucleic acid detection assays for use in basic research, clinical research, and for the development of clinical detection assays. In particular, the present invention provides methods for designing oligonucleotide primers to be used in multiplex amplification reactions. The present invention also provides methods to optimize multiplex amplification reactions. The present invention also provides methods for combined target and signal generation assays.
摘要翻译：本发明提供用于开发和优化用于基础研究，临床研究和用于开发临床检测测定的核酸检测测定的方法和程序。特别地，本发明提供了用于多重扩增反应中使用的寡核苷酸引物的设计方法。本发明还提供优化多重扩增反应的方法。本发明还提供组合的靶和信号产生测定的方法。

28. 发明申请

WO2006018899A1 検出用器具を用いた検出方法审中-公开
标题翻译：使用检测装置的检测方法
公开(公告)号：WO2006018899A1
公开(公告)日：2006-02-23
申请号：PCT/JP2004/012043
申请日：2004-08-17
申请人：株式会社ビー・エム・エル , 野村幸男 , 近藤雅敏 , 釼持一美 , 長野誠 , 提箸幸子 , 木村陽子 , 江頭徹
发明人：野村幸男 , 近藤雅敏 , 釼持一美 , 長野誠 , 提箸幸子 , 木村陽子 , 江頭徹
IPC分类号： G01N33/53
CPC分类号： G01N33/54386 , C12Q1/6827 , C12Q2561/109 , C12Q2527/125 , C12Q2547/101
摘要：　表面に複数の凹部を有する検出用器具の凹部の内壁に、検出対象物を、好適には、特定の保持物質と共存させて付着させ、この検出対象物に対する反応物質を含有する反応溶液を、前記の検出対象物を付着させた検出用器具の凹部の内壁に接触させ、この接触により発生するシグナルを検出して、検出対象物の評価を行う、検出用器具を用いた検出方法である。この方法において、サンプルが、微小な凹部同士の間で混合することなく、また、気泡が、同凹部内に形成され難く、効率的に、マイクロアレイ等の、生物学的な反応を行うための検出器具における液相反応を行うことができる。
摘要翻译：检测装置的检测装置的检测装置的检测装置的检测装置的检测装置的检测装置的检测装置的检测装置的检测装置具有凹部的检测装置的内壁，优选地将其与特定的保持物质共存。使含有与物体反应的物质的反应溶液与检测装置中的凹部的物体接触的内壁接触，并且检测通过该接触产生的信号以评估物体。由于样品不在混合物中混合，并且在凹部中不容易形成气泡，因此液相反应在检测装置中有效地进行。一个微阵列，进行生物反应。

29. 发明申请

WO2006004949A1 COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING AND QUANTITATING POLYNUCLEOTIDE SEQUENCES 审中-公开
标题翻译：用于检测和定量多核苷酸序列的组合物和方法
公开(公告)号：WO2006004949A1
公开(公告)日：2006-01-12
申请号：PCT/US2005/023314
申请日：2005-06-30
申请人： APPLERA CORPORATION , LAO, Kai, Qin
发明人： LAO, Kai, Qin
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/682 , C12Q2561/109 , C12Q2561/125 , C12Q2565/125
摘要： The present disclosure provides compositions and methods to detect and quantitate one or more target polynucleotide sequences. The methods employ flap-sensitive endonucleases, ligases and detection of the ligated end-product.
摘要翻译：本公开提供了检测和定量一个或多个靶多核苷酸序列的组合物和方法。该方法使用翼片敏感性内切核酸酶，连接酶和检测结扎的最终产物。

30. 发明申请

WO2005068660A1 SOLID-PHASE MULTIPLEXED INVADER ASSAY 审中-公开
标题翻译：固相多相入侵器测定
公开(公告)号：WO2005068660A1
公开(公告)日：2005-07-28
申请号：PCT/US2003/040973
申请日：2003-12-19
申请人： BECKMAN COULTER, INC. , MATSON, Robert, S. , RAMPAL, Jang, B.
发明人： MATSON, Robert, S. , RAMPAL, Jang, B.
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6837 , C12Q1/6827 , C12Q2537/143 , C12Q2561/109 , C12Q2565/501 , C12Q2525/161 , C12Q2525/301 , C12Q2565/1015
摘要： An assay method and reagents useful for detecting and characterizing multiple specific target nucleic acids and/or sequence variations in a single multiplexed reaction is provided.
摘要翻译：提供了用于检测和表征单个多重反应中的多种特异性靶核酸和/或序列变异的测定方法和试剂。

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