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1. 发明申请

WO2016196432A1 TECHNIQUES FOR PROCESSING OF MASS SPECTRAL DATA 审中-公开
标题翻译：用于处理大量光谱数据的技术
公开(公告)号：WO2016196432A1
公开(公告)日：2016-12-08
申请号：PCT/US2016/034959
申请日：2016-05-31
申请人： WATERS TECHNOLOGIES CORPORATION
发明人： GEROMANOS, Scott, J. , CIAVARINI, Steven, J. , DEVLIN, Curt
IPC分类号： G06F19/00 , H01J49/00 , G01N30/72 , G01N30/86 , G01N33/68
CPC分类号： H01J49/0036 , G01N30/72 , G01N30/86 , G01N30/8675 , G01N33/68 , G01N33/6854 , G06F19/707 , H01J49/0027 , H01J49/0031
摘要： Techniques for performing data acquisition and analysis are described. A multi-mode acquisition strategy may be performed which iteratively selects mass isolation windows of different sizes in different scan cycles to acquire experimental data. The mass isolation windows selected may provide for acquiring elevated energy scan data for a defined set of m/z values. Single scan data analysis may be performed. Data analysis may include forming precursor charge clusters, chaining precursor charge clusters having the same mass to charge ratio to form peaks profiles, and using criteria to align precursor and product ions of the experimental data. Unsupervised and supervised clustering may be performed using a database and composite ion spectra formed from experimental data. Also described are a small molecule acquisition enhancement and additional techniques applicable for biopharmaceutical and other applications.
摘要翻译：描述了用于执行数据采集和分析的技术。可以执行多模式采集策略，其在不同扫描周期中迭代地选择不同大小的质量隔离窗口以获取实验数据。选择的质量隔离窗口可以提供用于获取用于定义的一组m / z值的升高的能量扫描数据。可以执行单扫描数据分析。数据分析可以包括形成前体电荷簇，具有相同质荷比的连接前体电荷簇，以形成峰分布，并使用准则来对准实验数据的前体和产物离子。可以使用由实验数据形成的数据库和复合离子光谱来执行无监督和监督聚类。还描述了小分子获取增强和适用于生物制药和其它应用的附加技术。

2. 发明申请

WO2016196183A1 METABOLIC PATHWAY AND METABOLITE IDENTIFICATION 审中-公开
标题翻译：代谢途径和代谢物鉴定
公开(公告)号：WO2016196183A1
公开(公告)日：2016-12-08
申请号：PCT/US2016/034298
申请日：2016-05-26
申请人： WATERS TECHNOLOGIES CORPORATION
发明人： ASTARITA, Giuseppe
IPC分类号： G01N30/86 , G01N24/00 , G01N33/48 , B01D15/08
CPC分类号： G01N33/5038 , B01D15/08 , G01N24/14 , G01N30/72 , G01N30/8617 , G01N30/8675 , G01N2570/00 , G06F19/12 , G06F19/18 , G06F19/24 , G06F19/703
摘要： The present disclosure relates to methods and apparatus for identifying metabolic pathways and metabolites in complex biological samples. In particular, the present disclosure relates to a method and apparatus to increase the confidence of metabolite identification in metabolomics, such as in untargeted metabolomics data, using various statistical tools, such as over representation and enrichment analysis.
摘要翻译：本公开涉及用于鉴定复杂生物样品中代谢途径和代谢物的方法和装置。特别地，本公开涉及使用各种统计工具（例如过度表征和浓缩分析）来增加代谢组学中代谢物学的置信度的方法和装置，例如在非靶向代谢组学数据中。

3. 发明申请

WO2016099659A1 DETERMINING THE HYDROCARBON PLUS FRACTION OF A SAMPLE SEPARATED BY GAS CHROMATOGRAPHY 审中-公开
标题翻译：确定气相色谱分离样品的碳氢化合物
公开(公告)号：WO2016099659A1
公开(公告)日：2016-06-23
申请号：PCT/US2015/057288
申请日：2015-10-26
申请人： SCHLUMBERGER CANADA LIMITED , SERVICES PETROLIERS SCHLUMBERGER , SCHLUMBERGER TECHNOLOGY B.V. , SCHLUMBERGER TECHNOLOGY CORPORATION
发明人： VAN HAL, Ronald Edwin Gunter , CRANK, Jeffrey , ZUO, Youxiang , GISOLF, Adriaan
IPC分类号： G01N30/86 , G01N33/28 , G01N30/88
CPC分类号： E21B49/087 , E21B49/081 , E21B2049/085 , G01N30/8675 , G01N33/2823 , G01N2030/8854
摘要： Methods and devices for determining the plus fraction of a hydrocarbon sample analysed by gas chromatography are provided. A gas chromatogram of the hydrocarbon sample is obtained, such as from a downhole gas chromatograph module of a fluid analysis tool. The plus fraction, viz. the non-eluted fraction, of the sample may be determined using one or more of a ratiometric determination and a database of known samples, fitting an exponential decay function, and fitting a probability density gamma function.
摘要翻译：提供了通过气相色谱法分析的用于测定烃样品加分的方法和装置。获得烃样品的气相色谱，例如来自流体分析工具的井下气相色谱仪模块。加分，即可以使用已知样品的比例测定和数据库中的一个或多个，拟合指数衰减函数和拟合概率密度伽马函数来确定样品的未洗脱级分。

4. 发明申请

WO2016002047A1 質量分析データ処理装置审中-公开
标题翻译：质量分析数据处理器
公开(公告)号：WO2016002047A1
公开(公告)日：2016-01-07
申请号：PCT/JP2014/067813
申请日：2014-07-03
申请人：株式会社島津製作所
发明人：蔭山　哲也 , 梅村　佳克
IPC分类号： G01N27/62 , H01J49/26
CPC分类号： G01N30/8675 , G01N27/62 , G01N30/7233 , G01N2030/027 , G06F19/703 , H01J49/004 , H01J49/26
摘要：　化合物データベース（３３）に収録するマススペクトル上のピーク毎に、属性情報として、データベース検索に使用するか否かを選択し得る非使用指示情報を設定可能とする。例えば実測の際に混入したノイズピークや夾雑物由来ピークなどに対し、予め非使用指示情報を設定しておく。化合物同定に際し、データベース検索のためにデータベース（３３）からマススペクトルとともに非使用指示情報が読み出されると、不要情報削除部（３４１）は非使用指示情報が設定されているピークを削除したマススペクトルを化合物候補抽出部（３４２）やスコアリング部（３４３）に送る。そのため、非使用指示情報が設定されているピークは例えば化合物候補のスコアを計算する際に無視され、より精度の高いスコアが計算されることになり、同定精度を改善することができる。
摘要翻译：记录在质谱的各峰
化合物数据库（33），作为属性信息，并且可以设置能够选择是否使用数据库搜索中不使用的指示信息。例如，针对实际测量中混入的噪声峰值，来源于杂质的峰值等，预先设置不使用指示信息。一旦化合物鉴定，从数据库（33），用于数据库检索的质谱沿非使用指示信息被读取时，识别无用信息删除部（341）是被设置通过删除峰不使用指令数据而获得的质谱给复合候选提取单元（342）和评分单元（343）。因此，例如在计算复合候选的得分时，忽略设置了不使用指示信息的峰值，并且计算更高精度的得分，并且可以提高识别精度。

5. 发明申请

WO2012006406A2 ANALYTE MASS SPECTROMETRY QUANTITATION USING A UNIVERSAL REPORTER 审中-公开
公开(公告)号：WO2012006406A2
公开(公告)日：2012-01-12
申请号：PCT/US2011043159
申请日：2011-07-07
申请人： THERMO FISHER SCIENT GMBH , LOUETTE JOEL , ROGERS JOHN CHARLES , PETERMAN SCOTT M , DOMON BRUNO , DURIEZ ELODIE
发明人： LOUETTE JOEL , ROGERS JOHN CHARLES , PETERMAN SCOTT M , DOMON BRUNO , DURIEZ ELODIE
IPC分类号： G01N33/68
CPC分类号： G01N33/6848 , B82Y15/00 , C07K2/00 , G01N30/7233 , G01N30/8665 , G01N30/8675 , G01N33/532 , G01N33/68 , G01N2458/15 , H01J49/0009 , H01J49/0031 , H01J49/0036 , Y10T436/25 , Y10T436/25125
摘要： Quantitation of analytes, including but not limited to peptides, polypeptides, and proteins, in mass spectrometry using a labeled peptide coupled to a reporter, and a universal reporter.

6. 发明申请

WO2008127617A9 METHOD AND APPARATUS FOR ANALYZING A SAMPLE SUCH AS A BIODIESEL FUEL SAMPLE 审中-公开
标题翻译：用于分析样品如生物柴油燃料样品的方法和装置
公开(公告)号：WO2008127617A9
公开(公告)日：2011-12-08
申请号：PCT/US2008004638
申请日：2008-04-10
申请人： ALLTECH ASSOCIATES INC , GAITA ROMULUS , YOUNG DONNA
发明人： GAITA ROMULUS , YOUNG DONNA
IPC分类号： B01D15/08 , G01N33/00
CPC分类号： B01D15/08 , G01N30/8675 , G01N30/88 , G01N33/2811 , G01N33/2835 , G01N2030/027 , G01N2030/8854
摘要： Methods and apparatus for analyzing a sample, such as a biodiesel fuel sample, are disclosed. The method comprises the steps of determining individual amounts (i) mono-, (ii) di- and (iii) tri-acylglycerols in the biodiesel fuel sample using a liquid chromatography device in combination with a detector and, based on the individual amounts of respective acylglcycerols in the sample, providing value for one or more sample parameters.
摘要翻译：公开了用于分析样品例如生物柴油燃料样品的方法和装置。该方法包括以下步骤：使用液相色谱装置与检测器组合确定生物柴油燃料样品中单个，（ii）二酰基和（iii）三酰基甘油的个体量，并且基于样品中各自的酰基甘氨酸，提供一个或多个样品参数的值。

7. 发明申请

WO2010078554A1 PROCESS DESIGN USING MASS SPECTROMETRY 审中-公开
标题翻译：使用大量光谱的工艺设计
公开(公告)号：WO2010078554A1
公开(公告)日：2010-07-08
申请号：PCT/US2010/020047
申请日：2010-01-04
申请人： BIO-RAD LABORATORIES, INC. , BOSCHETTI, Egisto
发明人： BOSCHETTI, Egisto
IPC分类号： G01N33/68 , G01N30/00
CPC分类号： G01N33/6848 , C07K1/16 , G01N30/8675 , G01N2030/8831
摘要： The present invention provides a facile and efficient method for determining a chromatographic protocol for separating a target protein from one or more second protein impurity. Also provided is a database facilitating the determination of an appropriate separation protocol.
摘要翻译：本发明提供了一种用于确定用于从一种或多种第二种蛋白质杂质分离靶蛋白质的色谱方案的简便有效的方法。还提供了便于确定适当分离方案的数据库。

8. 发明申请

WO2009091933A2 SYSTEMS, METHODS, AND COMPUTER-READABLE MEDIUM FOR DETERMINING COMPOSITION OF CHEMICAL CONSTITUENTS IN A COMPLEX MIXTURE 审中-公开
标题翻译：确定复合混合物中化学成分组成的系统，方法和计算机可读介质
公开(公告)号：WO2009091933A2
公开(公告)日：2009-07-23
申请号：PCT/US2009031168
申请日：2009-01-15
申请人： METABOLON INC , MILGRAM K ERIC , BARRETT THOMAS , EVANS ANNE M
发明人： MILGRAM K ERIC , BARRETT THOMAS , EVANS ANNE M
IPC分类号： G01N30/72 , G01N30/88
CPC分类号： G01N30/8675 , G01N30/7233 , G01N30/8651 , G01N30/8665 , G06F19/703 , H01J49/0036
摘要： Systems, methods, and computer-readable media for determining composition of chemical constituents in a complex mixture are disclosed. According to one aspect, a method for determining composition of chemical constituents in a complex mixture includes generating, using a separation tool and a mass spectrometer, separation and mass spectrometry data of a sample, wherein the separation data includes peak information and wherein the mass spectrometry data includes primary and secondary mass spectrometry data. The analysis results, including the generated separation and mass spectrometry data, are collected and stored. A chemical constituent of the sample is determined by comparing the analysis results to a library of information indicating characteristics of chemical entities, where the comparison is based on the separation and mass spectrometry information. The library of information includes data generated by the separation tool and mass spectrometer, and also includes separation and mass spectrometry data for both identified and unidentified chemical entities. An indication of the chemical constituent of the sample is made available in human-accessible form.
摘要翻译：公开了用于确定复杂混合物中化学成分组成的系统，方法和计算机可读介质。根据一个方面，用于确定复杂混合物中化学成分的组成的方法包括使用分离工具和质谱仪产生样品的分离和质谱数据，其中分离数据包括峰值信息，并且其中质谱法数据包括主要和次要质谱数据。收集并存储分析结果，包括生成的分离和质谱数据。通过将分析结果与指示化学实体特征的信息库比较来确定样品的化学成分，其中比较基于分离和质谱信息。信息库包括由分离工具和质谱仪生成的数据，还包括识别和未识别化学实体的分离和质谱数据。样品的化学成分指示以人类可及的形式提供。

9. 发明申请

WO2007109659A3 A SYSTEM, METHOD, AND COMPUTER PROGRAM PRODUCT FOR ANALYZING SPECTROMETRY DATA TO INDENTIFY AND QUANTIFY INDIVIDUAL COMPONENTS IN A SAMPLE 审中-公开
标题翻译：用于分析样品数据的系统，方法和计算机程序产品，以便对样品中的个体成分进行分类和定量
公开(公告)号：WO2007109659A3
公开(公告)日：2007-11-08
申请号：PCT/US2007064385
申请日：2007-03-20
申请人： METABOLON INC , YOUNG SIDNEY STANLEY , BARRETT THOMAS HENRY , BEECHER CHRISTOPHER WILLIAM
发明人： YOUNG SIDNEY STANLEY , BARRETT THOMAS HENRY , BEECHER CHRISTOPHER WILLIAM
IPC分类号： G06F19/00
CPC分类号： G01N30/8675 , G06F19/703 , G06F19/708 , G06K9/624 , H01J49/0036
摘要： A system is provided for analyzing metabolomics data received from an analytical device across a group of samples. The system automatically receives a data matrix corresponding to each of the samples, wherein the data matrix includes rows corresponding to each of the samples and columns corresponding to a group of ions present in the respective samples. A processor is provided for determining a characteristic value corresponding to at least one of a group of components present in the samples, wherein the components are made up of at least a portion of the group of ions, using at least one of a correlation function and a factorization function. A user interface is in communication with the processor for displaying a visual indication of the characteristic value such that a user may receive a visual indication of the types of components present in the samples.
摘要翻译：提供了一种用于分析跨越一组样本从分析装置接收的代谢组学数据的系统。该系统自动接收对应于每个样本的数据矩阵，其中数据矩阵包括与存在于相应样本中的一组离子对应的样本和列中的每一个对应的行。提供了一种处理器，用于确定对应于样品中存在的一组成分中的至少一个的特征值，其中所述组分由离子组的至少一部分组成，使用相关函数和因式分解功能。用户界面与处理器通信，用于显示特征值的视觉指示，使得用户可以接收样本中存在的分量类型的视觉指示。

10. 发明申请

WO2007112597A1 BLIND EXTRACTION OF PURE COMPONENT MASS SPECTRA FROM OVERLAPPING MASS SPECTROMETRIC PEAKS 审中-公开
标题翻译：从超大质量光谱峰提取纯组分质谱的BLIND
公开(公告)号：WO2007112597A1
公开(公告)日：2007-10-11
申请号：PCT/CA2007/000615
申请日：2007-04-04
申请人： NATIONAL RESEARCH COUNCIL OF CANADA , MEIJA, Juris , MESTER, Zoltan
发明人： MEIJA, Juris , MESTER, Zoltan
IPC分类号： H01J49/26 , G01N30/72 , H01J49/10
CPC分类号： G01N30/8675 , G01N30/72 , H01J49/0036
摘要： A method of obtaining pure component mass spectra or pure peak elution profiles from mass spectra of a mixture of components involves estimating number of components in the mixture, filtering noise, and extracting individual component mass spectra or pure peak elution profiles using blind entropy minimization with direct optimization (e.g. downhill simplex minimization). The method may be applied to deconvolution of pure GC/MS spectra of overlapping or partially overlapping isotopologues or other compounds, separation of overlapping or partially overlapping compounds in proteomics or metabolomics mass spectrometry applications, peptide sequencing using high voltage fragmentation followed by deconvolution of the obtained mixture mass spectra, deconvolution of MALDI mass spectra in the separation of multiple components present in a single solution, and specific compound monitoring in security and/or environmentally sensitive areas.
摘要翻译：从组分混合物的质谱获得纯组分质谱或纯峰洗脱曲线的方法包括估计混合物中组分的数量，过滤噪声，以及使用盲熵最小化直接提取单个成分质谱或纯峰溶出曲线优化（例如下坡单工最小化）。该方法可以应用于重叠或部分重叠的同位素或其他化合物的纯GC / MS光谱的去卷积，蛋白质组学或代谢组学质谱应用中重叠或部分重叠化合物的分离，使用高电压片段化的肽测序，随后将所获得的混合质谱，MALDI质谱图在单一溶液中存在的多种组分的分离中的去卷积，以及在安全和/或环境敏感区域中的具体化合物监测。

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