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1. 发明申请

WO2007010004A1 VERFAHREN ZUR UNTERSUCHUNG VON CYTOSIN-METHYLIERUNGEN IN DNA 审中-公开
标题翻译：的程序对DNA甲基化的胞嘧啶
公开(公告)号：WO2007010004A1
公开(公告)日：2007-01-25
申请号：PCT/EP2006/064408
申请日：2006-07-19
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN, Kurt , SCHUSTER, Matthias , SCHATZ, Philipp
发明人： BERLIN, Kurt , SCHUSTER, Matthias , SCHATZ, Philipp
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827
摘要： Beschrieben wird ein Verfahren zum sensitiven und spezifischen Nachweis von Cytosinmethylierungen. Dabei wird die zu analysierende DNA zunächst angereichert. Die Anreicherung kann insbesondere methylierungsspezifisch, sequenzspezifisch oder herkunftsspezifisch erfolgen. Anschließend wird die angereicherte DNA methylierungsspezifisch umgewandelt. Die umgewandelte DNA kann über unterschiedliche Verfahren, insbesondere mittels Real-Time-PCR-Verfahren analysiert werden.
摘要翻译：公开了一种用于甲基化胞嘧啶的敏感和特异的检测的方法。将待分析的DNA首先富集。富集可以在特定的甲基化特异性，序列特异性或来源的具体实现。随后，将富集的DNA被转化甲基化特异性。所述转化的DNA可以在不同的方法中特别是通过实时PCR法进行分析。

2. 发明申请

WO2004022779A2 VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON NUKLEINSÄURESEQUENZEN MITTELS SPALTBARER SONDENMOLEKÜLE 审中-公开
标题翻译：检测方法的核酸序列借助FISSILE探针分子
公开(公告)号：WO2004022779A2
公开(公告)日：2004-03-18
申请号：PCT/DE2003/002936
申请日：2003-09-01
申请人： EPIGENOMICS AG , SCHATZ, Philipp , SCHUSTER, Matthias , BERLIN, Kurt
发明人： SCHATZ, Philipp , SCHUSTER, Matthias , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6816 , C12Q2563/167
摘要： Die vorliegende Erfindung beschreibt ein Verfahren zum Nachweis von Nukleinsäuresequenzen, dadurch gekennzeich-net, dass folgende Schritte ausgeführt werden: a) mindestens eine Nukleinsäure wird auf einer Festphase gebunden; b) Sondenmoleküle werden sequenzspezifisch an die Nuk-leinsäure hybridisiert, wobei die Sondenmoleküle mit ei-ner spaltbaren Bindung und einer Massenmarkierung verse-hen sind, welche für das Sondenmolekül spezifisch ist; c) Entfernung der nicht hybridisierten Sondenmoleküle; d) Kontaktieren der hybridisierten Sondenmoleküle mit ei-ner Matrix, die besagte spaltbaren Bindungen spaltet und zugleich als Matrix in einem MALDI-Massenspektrometer dient; e) Nachweis der Massenmarkierung an den Positionen, an denen die Nukleinsäure gebunden wurde.
摘要翻译：本发明描述了用于核酸序列，其特征在于网的检测被执行的以下步骤的方法：a）至少一种核酸结合在固相上; b）一种序列特异性的探针分子杂交到NUC-leinsäure，其中所述探针分子是诗篇与可切割键和一个质量标签，这是具体的探针分子; c）除去未杂交的探针分子; D）接触，EI-NER矩阵杂交的探针分子，所述可切割键并切割同时作为在MALDI质谱仪的矩阵; e）检测的质量标签到使核酸被绑定的位置。

3. 发明申请

WO2005123941A1 VERFAHREN ZUR QUANTIFIZIERUNG METHYLIERTER DNA 审中-公开
标题翻译：方法定量甲基化的DNA
公开(公告)号：WO2005123941A1
公开(公告)日：2005-12-29
申请号：PCT/DE2005/001109
申请日：2005-06-15
申请人： EPIGENOMICS AG , SCHUSTER, Matthias , SCHATZ, Philipp
发明人： SCHUSTER, Matthias , SCHATZ, Philipp
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2537/164 , C12Q2521/331
摘要： Das erfindungsgemäße Verfahren ermöglicht eine Quantifizierung von methylierter DNA durch eine Kombination aus Restriktionsverdau und Real-Time-PCR. Hierzu wird die zu untersuchende DNA zunächst aus einer biologischen Probe isoliert. Danach wird die isolierte DNA mit einem methylierungsspezifischen Restriktionsenzym umgesetzt und an schließend mittels einer Real-Time-PCR amplifiziert, wobei nur dann Amplifikate gebildet werden, wenn die DNA zuvor nicht geschnitten wurde. Anschließend wird mit Hilfe einer Referenzmessung der Anteil methylierter und unmethylierter DNA in der ursprünglichen Probe berechnet. Das erfindungsgemäße Verfahren eignet sich insbesondere zur Diagnose und Prognose von Krebs und anderen mit einer Veränderung des Methylierungsstatus assoziierten Krankheiten sowie zur Vorhersage von Arzneimittelwirkungen.
摘要翻译：本发明的方法允许对甲基化DNA的定量通过限制性消化和实时-PCR的组合。对于这一点，要被检查的DNA首先从生物样品中分离。此后，将分离的DNA与甲基化特异性限制性内切酶反应，并通过实时-PCR，其中当DNA没有被预先切割的扩增产物仅形成的装置在关闭扩增。甲基化和未甲基化DNA的比例，然后用参考测量的辅助下在原始样品中进行计算。本发明的方法特别适合用于治疗癌症和其它与所述甲基化状态的变化，以及预测的药物的影响相关联的诊断和预后。

4. 发明申请

WO2005093095A1 VERFAHREN ZUR ANALYSE VON CYTOSINMETHYLIERUNGEN 审中-公开
标题翻译：法分析胞嘧啶甲基
公开(公告)号：WO2005093095A1
公开(公告)日：2005-10-06
申请号：PCT/EP2005/003366
申请日：2005-03-24
申请人： EPIGENOMICS AG , DIETRICH, Dimo , SCHATZ, Philipp , SCHUSTER, Matthias , KLUTH, Antje
发明人： DIETRICH, Dimo , SCHATZ, Philipp , SCHUSTER, Matthias , KLUTH, Antje
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6858 , C12Q2525/143 , C12Q2523/125
摘要： Beschrieben ist ein Verfahren zur Analyse von Cytosinmethylierungen in DNA. Dabei wird die zu untersuchende DNA zunächst chemisch oder enzymatisch umgewandelt. Anschließend wird in die DNA ein Promotor eingeführt. Die DNA wird dann in RNA überführt. Über unterschiedliche Wege kann über eine Analyse der RNA auf das Methylierungsmuster der DNA geschlossen werden. Bevorzugt wird die RNA vor der Analyse chemisch oder enzymatisch fragmentiert, wobei die Fragmentierung in Abhängigkeit von dem Methylierungsmuster der DNA erfolgt. Das erfindungsgemäße Verfahren eignet sich insbesondere zur Diagnose und Prognose von Krebserkrankungen sowie anderer mit einer Veränderung des Methylierungsmusters assoziierten Krankheiten.
摘要翻译：描述了一种用于甲基化胞嘧啶的DNA中的分析的方法。要被检查的DNA首先化学或酶转化。然后启动子被插入到DNA。然后将DNA转化成RNA。经由不同的路径可以通过在DNA的甲基化模式的RNA的分析来封闭。的RNA优选化学或酶促片段化分析之前，其中所述片段化的DNA的甲基化模式的功能被执行。本发明的方法特别适合于诊断和预后癌肿以及其他与疾病的甲基化模式的改变相关联。

5. 发明申请

WO2006039563A3 METHOD FOR PROVIDING DNA FRAGMENTS DERIVED FROM AN ARCHIVED SAMPLE 审中-公开
公开(公告)号：WO2006039563A3
公开(公告)日：2006-04-13
申请号：PCT/US2005/035317
申请日：2005-09-30
申请人： EPIGENOMICS AG , BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DIETRICH, Dimo , KLUTH, Antje , SCHUSTER, Matthias , WAGNER, Ute , WASSERKORT, Reinhold , ZIEBARTH, Heike
发明人： BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DIETRICH, Dimo , KLUTH, Antje , SCHUSTER, Matthias , WAGNER, Ute , WASSERKORT, Reinhold , ZIEBARTH, Heike
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： Aspects of the present invention relate to compositions and methods for providing DNA fragments from an archived sample (e.g., paraffin-embedded and/or fixed-tissue biopsies, etc). Particular aspects provide methods whereby high yields of DNA are isolated as well as a substantial portion of the DNA consists of long DNA fragments, and where the isolated genomic DNA is free of associated or cross-linked contaminants like proteins, peptides, amino acids or RNA. The methods are facile, cost-effective, an are characterized by high reproducibility and reliability. Particular aspects provide methods for providing DNA fragments derived from an archived sample, wherein the yield of DNA before, for example, an amplification step is at least 20%, and amplicons up to a length of about 1,000 base pairs are amplifiable.

6. 发明申请

WO2006113770A1 A METHOD FOR PROVIDING DNA FRAGMENTS DERIVED FROM A REMOTE SAMPLE 审中-公开
标题翻译：提供从远程样品衍生的DNA片段的方法
公开(公告)号：WO2006113770A1
公开(公告)日：2006-10-26
申请号：PCT/US2006/014667
申请日：2006-04-17
申请人： EPIGENOMICS, INC. , BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DEVOS, Theo , DIETRICH, Dimo , LIEBENBERG, Volker , LOFTON-DAY, Cathy , LOGRASSO, Joe , MAAS, Jennifer , MODEL, Fabian , SCHUSTER, Matthias , SLEDZIEWSKI, Andrew , TETZNER, Reimo
发明人： BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DEVOS, Theo , DIETRICH, Dimo , LIEBENBERG, Volker , LOFTON-DAY, Cathy , LOGRASSO, Joe , MAAS, Jennifer , MODEL, Fabian , SCHUSTER, Matthias , SLEDZIEWSKI, Andrew , TETZNER, Reimo
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6883 , C12N15/1003 , C12Q1/6806 , C12Q2523/125 , C12Q2600/154 , Y10T436/143333 , C12Q2521/131 , C12Q2531/101
摘要： Aspects of the present invention relate to compositions and methods for providing DNA fragments from a remote sample. In particular aspects a remote sample comprising DNA is provided, DNA is isolated from the remote sample, and the isolated DNA is treated in a way which allows differentiation of methylated and unmethylated cytosine. Additional, particular embodiments provide compositions and methods for methylation analysis of DNA derived from a remote sample. Other aspects provide for compositions and methods of whole genome amplification of bisulfite treated DNA.
摘要翻译：本发明的方面涉及从远程样品提供DNA片段的组合物和方法。在特定方面，提供了包含DNA的远程样品，从远程样品中分离DNA，并以允许甲基化和非甲基化胞嘧啶分化的方式处理分离的DNA。另外，具体实施方案提供了用于从远程样品衍生的DNA的甲基化分析的组合物和方法。其他方面提供了亚硫酸氢盐处理的DNA的全基因组扩增的组合物和方法。

7. 发明申请

WO2005098035A2 METHOD FOR THE QUANTIFICATION OF METHYLATED DNA 审中-公开
标题翻译：甲基化DNA的定量方法
公开(公告)号：WO2005098035A2
公开(公告)日：2005-10-20
申请号：PCT/EP2005/003793
申请日：2005-04-06
申请人： EPIGENOMICS AG , GÜTIG, David , HABIGHORST, Dirk , KLUTH, Antje , SCHMITT, Armin , SCHUSTER, Matthias , SCHWOPE, Ina
发明人： GÜTIG, David , HABIGHORST, Dirk , KLUTH, Antje , SCHMITT, Armin , SCHUSTER, Matthias , SCHWOPE, Ina
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6823 , C12Q2565/101 , C12Q2535/131 , C12Q2545/114 , C12Q2523/125
摘要： The method according to the invention concerns a method for the quantification of two different variations of a DNA sequence. Particularly, the invention relates to a quantification of methylated DNA. For this purpose, the DNA to be investigated is first converted so that cytosine is converted to uracil, while 5-methylcytosine remains unchanged. Then the converted DNA is amplified by means of a real-time PCR. However, probes are utilized, one of which is specific for the methylated status and one for the unmethylated status of the DNA. The degree of methylation of the investigated DNA can be calculated from the ratio of the signal intensities of the probes or from the Ct values. The method according to the invention is particularly suitable for the diagnosis and prognosis of cancer and other disorders associated with a change in the methylation status, as well as for the prediction of drug interactions.
摘要翻译：根据本发明的方法涉及用于量化DNA序列的两个不同变体的方法。特别地，本发明涉及甲基化DNA的定量。为此目的，首先将待研究的DNA转化为胞嘧啶转化为尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶保持不变。然后通过实时PCR扩增转化的DNA。然而，使用探针，其中之一是特异于甲基化状态，一个用于DNA的非甲基化状态。所研究的DNA的甲基化程度可以根据探针的信号强度或Ct值的比值来计算。根据本发明的方法特别适合于与甲基化状态的变化相关的癌症和其它疾病以及用于预测药物相互作用的诊断和预后。

8. 发明申请

WO2005075671A1 VERFAHREN ZUR KALIBRIERUNG UND KONTROLLE VON METHYLIERUNGSANALYSE-METHODEN MIT HILFE VON NICHT-METHYLIERTER DNA 审中-公开
标题翻译：方法校准和甲基化分析方法来控制使用的甲基化的DNA
公开(公告)号：WO2005075671A1
公开(公告)日：2005-08-18
申请号：PCT/EP2005/001407
申请日：2005-02-07
申请人： EPIGENOMICS AG , MODEL, Fabian , SCHUSTER, Matthias , KLUTH, Antje
发明人： MODEL, Fabian , SCHUSTER, Matthias , KLUTH, Antje
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6837 , C12Q1/6844 , C12Q2600/156 , C12Q2545/101 , C12Q2537/143 , C12Q2531/119
摘要： Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur Herstellung von DNA, in der 5-Methylcytosin nicht auftritt. Solche nicht-methylierte DNA ist insbesondere als Kontrolle für eine verlässliche und sensitive Analyse von Cytosinmethylierungen erforderlich. Die nicht-methylierte DNA wird dabei über genomweite Amplifikationsverfahren, insbesondere über eine “Multiple Displacement Amplification” (MDA) synthestisiert. Die nicht-methylierte DNA lässt sich als Standard in einer Vielzahl von Methoden zur Methylierungsanalyse einsetzen, und ermöglicht insbesondere den Zugang zu absoluten Werten aus methylierungsspezifischen Hybridisierungs-Mikroarrayexperimenten.
摘要翻译：本发明涉及用于生产DNA的过程中，5-甲基胞嘧啶不会发生。这样的非甲基化DNA中特别需要作为用于甲基化胞嘧啶的可靠和灵敏的分析的控制。非甲基化的DNA然后通过“多重置换扩增”（MDA）synthestisiert上的全基因组扩增，尤其如此。非甲基化DNA可以以各种的用于甲基化分析的方法被用作标准，并且特别是允许访问的甲基化特异性杂交微阵列实验的绝对值。

9. 发明申请

WO2009065511A3 METHODS AND NUCLEIC ACIDS FOR THE ANALYSIS OF GENE EXPRESSION ASSOCIATED WITH THE DEVELOPMENT OF PROSTATE CELL PROLIFERATIVE DISORDERS 审中-公开
公开(公告)号：WO2009065511A3
公开(公告)日：2009-05-28
申请号：PCT/EP2008/009510
申请日：2008-11-11
申请人： EPIGENOMICS AG , SLEDZIEWSKI, Andrew , PAYNE, Shannon , SCHUSTER, Matthias , LEWIN, Jörn , SCHLEGEL, Thomas , MOROTTI, Andrew, M.
发明人： SLEDZIEWSKI, Andrew , PAYNE, Shannon , SCHUSTER, Matthias , LEWIN, Jörn , SCHLEGEL, Thomas , MOROTTI, Andrew, M.
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： The invention provides methods, nucleic acids and kits for detecting prostate cell proliferative disorders. The invention discloses genomic sequences the methylation patterns of which have utility for the improved detection of said disorder, thereby enabling the improved diagnosis and treatment of patients.

10. 发明申请

WO2008122447A2 DNA METHYLATION ASSAY FOR THE DIAGNOSIS OR PROGNOSIS OF MEDICAL CONDITIONS 审中-公开
标题翻译：用于诊断或预防医学条件的DNA甲基化测定
公开(公告)号：WO2008122447A2
公开(公告)日：2008-10-16
申请号：PCT/EP2008/002850
申请日：2008-04-10
申请人： EPIGENOMICS AG , MODEL, Fabian , SLEDZIEWSKI, Andrew , DE VOS, Theo , SCHUSTER, Matthias , DISTLER, Jürgen , LOFTON-DAY, Catherine
发明人： MODEL, Fabian , SLEDZIEWSKI, Andrew , DE VOS, Theo , SCHUSTER, Matthias , DISTLER, Jürgen , LOFTON-DAY, Catherine
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q2523/125 , C12Q2600/154
摘要： The present invention relates to methods for performing DNA methylation assays of biological samples for features associated with disease conditions.
摘要翻译：本发明涉及用于与疾病状况相关的特征进行生物样品的DNA甲基化测定的方法。

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