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1. 发明申请

WO2007010004A1 VERFAHREN ZUR UNTERSUCHUNG VON CYTOSIN-METHYLIERUNGEN IN DNA 审中-公开
标题翻译：的程序对DNA甲基化的胞嘧啶
公开(公告)号：WO2007010004A1
公开(公告)日：2007-01-25
申请号：PCT/EP2006/064408
申请日：2006-07-19
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN, Kurt , SCHUSTER, Matthias , SCHATZ, Philipp
发明人： BERLIN, Kurt , SCHUSTER, Matthias , SCHATZ, Philipp
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827
摘要： Beschrieben wird ein Verfahren zum sensitiven und spezifischen Nachweis von Cytosinmethylierungen. Dabei wird die zu analysierende DNA zunächst angereichert. Die Anreicherung kann insbesondere methylierungsspezifisch, sequenzspezifisch oder herkunftsspezifisch erfolgen. Anschließend wird die angereicherte DNA methylierungsspezifisch umgewandelt. Die umgewandelte DNA kann über unterschiedliche Verfahren, insbesondere mittels Real-Time-PCR-Verfahren analysiert werden.
摘要翻译：公开了一种用于甲基化胞嘧啶的敏感和特异的检测的方法。将待分析的DNA首先富集。富集可以在特定的甲基化特异性，序列特异性或来源的具体实现。随后，将富集的DNA被转化甲基化特异性。所述转化的DNA可以在不同的方法中特别是通过实时PCR法进行分析。

2. 发明申请

WO2004022779A2 VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON NUKLEINSÄURESEQUENZEN MITTELS SPALTBARER SONDENMOLEKÜLE 审中-公开
标题翻译：检测方法的核酸序列借助FISSILE探针分子
公开(公告)号：WO2004022779A2
公开(公告)日：2004-03-18
申请号：PCT/DE2003/002936
申请日：2003-09-01
申请人： EPIGENOMICS AG , SCHATZ, Philipp , SCHUSTER, Matthias , BERLIN, Kurt
发明人： SCHATZ, Philipp , SCHUSTER, Matthias , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6816 , C12Q2563/167
摘要： Die vorliegende Erfindung beschreibt ein Verfahren zum Nachweis von Nukleinsäuresequenzen, dadurch gekennzeich-net, dass folgende Schritte ausgeführt werden: a) mindestens eine Nukleinsäure wird auf einer Festphase gebunden; b) Sondenmoleküle werden sequenzspezifisch an die Nuk-leinsäure hybridisiert, wobei die Sondenmoleküle mit ei-ner spaltbaren Bindung und einer Massenmarkierung verse-hen sind, welche für das Sondenmolekül spezifisch ist; c) Entfernung der nicht hybridisierten Sondenmoleküle; d) Kontaktieren der hybridisierten Sondenmoleküle mit ei-ner Matrix, die besagte spaltbaren Bindungen spaltet und zugleich als Matrix in einem MALDI-Massenspektrometer dient; e) Nachweis der Massenmarkierung an den Positionen, an denen die Nukleinsäure gebunden wurde.
摘要翻译：本发明描述了用于核酸序列，其特征在于网的检测被执行的以下步骤的方法：a）至少一种核酸结合在固相上; b）一种序列特异性的探针分子杂交到NUC-leinsäure，其中所述探针分子是诗篇与可切割键和一个质量标签，这是具体的探针分子; c）除去未杂交的探针分子; D）接触，EI-NER矩阵杂交的探针分子，所述可切割键并切割同时作为在MALDI质谱仪的矩阵; e）检测的质量标签到使核酸被绑定的位置。

3. 发明申请

WO2006039563A3 METHOD FOR PROVIDING DNA FRAGMENTS DERIVED FROM AN ARCHIVED SAMPLE 审中-公开
公开(公告)号：WO2006039563A3
公开(公告)日：2006-04-13
申请号：PCT/US2005/035317
申请日：2005-09-30
申请人： EPIGENOMICS AG , BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DIETRICH, Dimo , KLUTH, Antje , SCHUSTER, Matthias , WAGNER, Ute , WASSERKORT, Reinhold , ZIEBARTH, Heike
发明人： BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DIETRICH, Dimo , KLUTH, Antje , SCHUSTER, Matthias , WAGNER, Ute , WASSERKORT, Reinhold , ZIEBARTH, Heike
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： Aspects of the present invention relate to compositions and methods for providing DNA fragments from an archived sample (e.g., paraffin-embedded and/or fixed-tissue biopsies, etc). Particular aspects provide methods whereby high yields of DNA are isolated as well as a substantial portion of the DNA consists of long DNA fragments, and where the isolated genomic DNA is free of associated or cross-linked contaminants like proteins, peptides, amino acids or RNA. The methods are facile, cost-effective, an are characterized by high reproducibility and reliability. Particular aspects provide methods for providing DNA fragments derived from an archived sample, wherein the yield of DNA before, for example, an amplification step is at least 20%, and amplicons up to a length of about 1,000 base pairs are amplifiable.

4. 发明申请

WO2006113770A1 A METHOD FOR PROVIDING DNA FRAGMENTS DERIVED FROM A REMOTE SAMPLE 审中-公开
标题翻译：提供从远程样品衍生的DNA片段的方法
公开(公告)号：WO2006113770A1
公开(公告)日：2006-10-26
申请号：PCT/US2006/014667
申请日：2006-04-17
申请人： EPIGENOMICS, INC. , BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DEVOS, Theo , DIETRICH, Dimo , LIEBENBERG, Volker , LOFTON-DAY, Cathy , LOGRASSO, Joe , MAAS, Jennifer , MODEL, Fabian , SCHUSTER, Matthias , SLEDZIEWSKI, Andrew , TETZNER, Reimo
发明人： BALLHAUSE, Matthias , BERLIN, Kurt , DEVOS, Theo , DIETRICH, Dimo , LIEBENBERG, Volker , LOFTON-DAY, Cathy , LOGRASSO, Joe , MAAS, Jennifer , MODEL, Fabian , SCHUSTER, Matthias , SLEDZIEWSKI, Andrew , TETZNER, Reimo
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6883 , C12N15/1003 , C12Q1/6806 , C12Q2523/125 , C12Q2600/154 , Y10T436/143333 , C12Q2521/131 , C12Q2531/101
摘要： Aspects of the present invention relate to compositions and methods for providing DNA fragments from a remote sample. In particular aspects a remote sample comprising DNA is provided, DNA is isolated from the remote sample, and the isolated DNA is treated in a way which allows differentiation of methylated and unmethylated cytosine. Additional, particular embodiments provide compositions and methods for methylation analysis of DNA derived from a remote sample. Other aspects provide for compositions and methods of whole genome amplification of bisulfite treated DNA.
摘要翻译：本发明的方面涉及从远程样品提供DNA片段的组合物和方法。在特定方面，提供了包含DNA的远程样品，从远程样品中分离DNA，并以允许甲基化和非甲基化胞嘧啶分化的方式处理分离的DNA。另外，具体实施方案提供了用于从远程样品衍生的DNA的甲基化分析的组合物和方法。其他方面提供了亚硫酸氢盐处理的DNA的全基因组扩增的组合物和方法。

5. 发明申请

WO2007057231A1 METHOD FOR THE DETERMINATION OF THE DNA METHYLATION LEVEL OF A CPG POSITION IN IDENTICAL CELLS WITHIN A TISSUE SAMPLE 审中-公开
标题翻译：用于确定组织样品中标记细胞中CPG位点的DNA甲基化水平的方法
公开(公告)号：WO2007057231A1
公开(公告)日：2007-05-24
申请号：PCT/EP2006/011377
申请日：2006-11-17
申请人： EPIGENOMICS AG , LEWIN, Joern , BERLIN, Kurt
发明人： LEWIN, Joern , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827
摘要： Aspects of the present invention relate to the determination of the DNA methylation level at one or more CpG position within cells of a defined type in a tissue sample. This methylation level is deduced from the total DNA methylation level of all cells of the sample and from the content of said cells of interest. In aspects of the invention, the cell content is determined by means of histopatholoy, staining methods, antibodies, expression analysis or DNA methylation analysis.
摘要翻译：本发明的方面涉及在组织样品中限定类型的细胞内的一个或多个CpG位置处的DNA甲基化水平的确定。该甲基化水平是从样品的所有细胞的总DNA甲基化水平以及所述感兴趣的细胞的含量推断的。在本发明的方面，通过组织病理学，染色方法，抗体，表达分析或DNA甲基化分析来确定细胞含量。

6. 发明申请

WO2005071106A1 A METHOD FOR DETECTION OF CYTOSINE METHYLATION 审中-公开
标题翻译：检测细胞色素甲基化的方法
公开(公告)号：WO2005071106A1
公开(公告)日：2005-08-04
申请号：PCT/EP2004/005553
申请日：2004-05-21
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN, Kurt
发明人： BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6858 , C12Q2523/125 , C12Q2549/119 , C12Q2525/186
摘要： Herein described is a method for the detection of cyto-sine methylation in a nucleic acid sample, comprising the steps of: a) treating a nucleic acid sample with an agent convert-ing unmethylated cytosine bases into uracil bases and not converting methylated cytosine bases within said nucleic acid sample, b) amplifying selected segments of the treated nucleic acid sample, by providing two first oligonucleotide primers (A and B) that are capable of producing an amplificate under certain chosen amplification conditions inde-pendently of the methylation status of the nucleic acid before treatment in step a), and further providing at least two additional second oligonucleotide primers (C and D) that can each produce a product with one of the first primers (A or B) under said same amplification conditions, wherein at least one of the second primers binds to the nucleic acid in a methylation specific manner, thereby distinguishing between unconverted initially methylated and converted unmethylated nucleic acids and/or blocking molecules are provided that hinder the binding of at least one of the second primers to the nucleic acid in a methylation specific manner, thereby distinguishing between unconverted initially methylated and converted unmethylated nucleic acids, c) detecting the amplificates of the treated nucleic acid.
摘要翻译：本文描述了一种用于检测核酸样品中细胞正常甲基化的方法，其包括以下步骤：a）用将非甲基化胞嘧啶碱基转化成尿嘧啶碱基的试剂处理核酸样品，并且不将甲基化的胞嘧啶碱基转化所述核酸样品，b）通过提供两个第一寡核苷酸引物（A和B）来扩增经处理的核酸样品的所选片段，所述第一寡核苷酸引物能够在某些选定的扩增条件下产生扩增，所述扩增条件独立于核酸的甲基化状态在步骤a）中处理之前，并进一步提供至少两个另外的第二寡核苷酸引物（C和D），其可以在所述相同的扩增条件下与第一引物（A或B）之一产生产物，其中至少一种的第二引物以甲基化特异性方式结合核酸，从而区分未转化的最初甲基化和转化的未甲基提供了以甲基化特异性方式阻碍至少一种第二引物与核酸的结合，从而区分未转化的最初甲基化和转化的未甲基化核酸，c）检测扩增的核酸和/ 经处理的核酸。

7. 发明申请

WO2003031648A2 VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON DNA-METHYLIERUNG MITTELS MARKIERTEN S-ADENOSYLMETHIONINANALOGA 审中-公开
标题翻译：用标记的S-腺苷甲硫氨酸类似物检测DNA甲基化的方法
公开(公告)号：WO2003031648A2
公开(公告)日：2003-04-17
申请号：PCT/DE2002/003844
申请日：2002-10-04
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN, Kurt
发明人： BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2523/125 , C12Q2521/125
摘要： Es wird ein Verfahren zur Detektion des Methylierungsstatus in DNA-Proben beschrieben. Durch Verwendung einer DNA-Methyl-transferase und eines markierten S-Adenosylmethioninderivats wird in Abhängigkeit vom jeweiligen Methylierungsstatus der DNA-Probe eine nachweisbare Markierung kovalent an die DNA gebunden.
摘要翻译：描述了检测DNA样品中甲基化状态的方法。通过使用DNA甲基转移和标记的S-腺苷甲硫氨酸衍生物是在由DNA的其甲基化状态共价结合的样品可检测标记对DNA 的依赖BEAR依赖性。

8. 发明申请

WO2002072880A2 VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON CYTOSIN-METHYLIERUNGSMUSTERN MIT HOHER SENSITIVITÄT 审中-公开
标题翻译：方法胞嘧啶甲基化模式的高灵敏度检测
公开(公告)号：WO2002072880A2
公开(公告)日：2002-09-19
申请号：PCT/EP2002/002572
申请日：2002-03-08
申请人： EPIGENOMICS AG , OLEK, Alexander , BERLIN, Kurt
发明人： OLEK, Alexander , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2523/125 , C12Q2537/163
摘要： Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierung in DNA-Proben, wobei man die folgenden Schritte ausführt:man behandelt eine genomische DNA-Probe, welche zu untersuchende DNA und Hintergrund-DNA DNA umfasst, chemisch derart, dass alle nicht methylierten Cytosinbasen in Uracil umgewandelt werden, während die 5-Methylcytosinbasen unverändert bleiben,man amplifiziert die chemisch behandelte DNA-Probe unter Verwendung von mindestens 2 Primeroligonukleotiden sowie einer Polymerase, wobei die zu untersuchende DNA gegenüber der Hintergrund-DNA als Templat bevorzugt wird undman analysiert die Amplifikate und schließt aus dem Vorliegen eines Amplifikates und/oder aus der Analyse weiterer Positionen auf den Methylierungsstatus in der zu untersuchenden DNA.
摘要翻译：本发明涉及一种用于DNA样品中检测胞嘧啶甲基化，执行以下步骤：处理基因组DNA样品，其包含要被检查的DNA和背景DNA的DNA，化学，使得所有未甲基化的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶碱基保持不变，扩增使用至少2点引物的寡核苷酸和聚合酶的化学处理的DNA样品，所述要被检查的DNA与背景相比DNA优选作为模板以及所述分析的扩增子并且排除待检查的扩增和/或从在所述DNA甲基化状态的附加位置的分析的存在。

9. 发明申请

WO2001081622A3 DIAGNOSIS OF DISEASES ASSOCIATED WITH DNA REPAIR 审中-公开
公开(公告)号：WO2001081622A3
公开(公告)日：2001-11-01
申请号：PCT/EP2001/003972
申请日：2001-04-06
申请人： EPIGENOMICS AG , OLEK, Alexander , PIEPENBROCK, Christian , BERLIN, Kurt
发明人： OLEK, Alexander , PIEPENBROCK, Christian , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： The present invention relates to the chemically modified genomic sequences of genes associated with DNA repair, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genes associated with DNA repair which are directed against the sequence, as well as to a method for ascertaining genetic and/or epigenetic parameters of genes associated with DNA repair.

10. 发明申请

WO2001077376A3 DIAGNOSIS OF DISEASES ASSOCIATED WITH METASTASIS 审中-公开
公开(公告)号：WO2001077376A3
公开(公告)日：2001-10-18
申请号：PCT/EP2001/003970
申请日：2001-04-06
申请人： EPIGENOMICS AG , OLEK, Alexander , PIEPENBROCK, Christian , BERLIN, Kurt
发明人： OLEK, Alexander , PIEPENBROCK, Christian , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： The present invention relates to the chemically modified genomic sequences of genes associated with metastasis, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genes associated with metastasis which are directed against the sequence, as well as to a method for ascertaining genetic and/or epigenetic parameters of genes associated with metastasis.

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