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1. 发明申请

WO2006017473A3 AUTOMATED ANALYSIS OF MULTIPLEXED PROBE-TRAGET INTERACTION PATTERNS: PATTERN MATCHING AND ALLELE IDENTIFICATION 审中-公开
标题翻译：多路复用探测器相互作用模式的自动分析：图形匹配和可识别
公开(公告)号：WO2006017473A3
公开(公告)日：2007-04-12
申请号：PCT/US2005027359
申请日：2005-08-02
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD , XIONGWU XIA , SEUL MICHAEL
发明人： XIONGWU XIA , SEUL MICHAEL
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N33/48
CPC分类号： C12Q1/6827 , G06F19/18 , G06F19/22
摘要： Disclosed are methods and algorithms (and their implementation) supporting the automated analysis and interactive review and refinement ("redaction") of the analysis within an integrated software environment, for automated allele assignments. The implementation, preferably with a software system and a program referred to as the Automated Allele Assignment ("AAA") program, provides a multiplicity of functionalities including: data management by way of an integrated interface to a portal a database to permit visualizing, importing, exporting and creating customizable summery reports; system configuration ("Set-up") including user authorization, training set analysis and probe masking; Pattern Analysis including string matching and probe flipping; and Interactive Redaction combining real-time database computations and "cut-andpaste" editing, generating "warning" statements and supporting annotation. It also includes a thresholding function, a method of setting thresholds, a method of refining thresholds by matching an experimental binary string ("reaction pattern") setting for that probe, probe masking of signals produced by probes which do not contribute significantly to discriminating among alleles.
摘要翻译：公开的方法和算法（及其实现）支持在集成软件环境中进行自动化等位基因分配的自动化分析和交互式审查和细化（“编辑”）分析。该实施方案优选地使用称为自动等位基因分配（“AAA”）程序的软件系统和程序提供了多种功能，包括：通过与门户的集成接口进行数据管理数据库以允许可视化，导入出口创造可定制的夏季报告; 系统配置（“设置”），包括用户授权，训练集分析和探测屏蔽; 模式分析包括字符串匹配和探针翻转; 和Interactive Redaction结合实时数据库计算和“剪切和粘贴”编辑，生成“警告”语句和支持注释。它还包括阈值功能，设置阈值的方法，通过匹配用于该探针的实验二进制串（“反应模式”）设置来精确化阈值的方法，探针对由探针产生的信号进行探针掩蔽，所述探针不对显着区别于等位基因。

2. 发明专利

PT1769424E PROCESSAMENTO DE IMAGEM E ANÁLISE DE DADOS DE MATRIZ 未知
公开(公告)号：PT1769424E
公开(公告)日：2012-11-13
申请号：PT05764118
申请日：2005-06-28
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD , XIONGWU XIA , GUAN YIPING
发明人： XIONGWU XIA , YIPPING GUAN
IPC分类号： G06T7/00 , G06K9/32

3. 发明申请

WO2006019533A3 IMAGE PROCESSING AND ANALYSIS OF ARRAY DATA 审中-公开
标题翻译：图像处理和阵列数据分析
公开(公告)号：WO2006019533A3
公开(公告)日：2006-04-06
申请号：PCT/US2005023193
申请日：2005-06-28
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD , XIONGWU XIA , YIPING GUAN
发明人： XIONGWU XIA , YIPING GUAN
IPC分类号： G06K9/00
CPC分类号： G06K9/3275 , G06K2209/07 , G06T7/73 , G06T2207/30072
摘要： Disclosed are methods of processing images, and in particular aligning and orienting grids from a fluorescent array of signal sources, by linking nearest neighbor sources to form a hexagon, and then using the hexagon lines for alignment and orientation of the grid. Also disclosed are methods and algorithms for aligning image with grid and correcting for signal beads which are smaller than a grid field and the shift in a grid field. These methods can be used where the signal sources are fluorescent images from a microarray. Also disclosed are methods of automated watershed clustering following transformation.
摘要翻译：公开了处理图像的方法，特别是通过链接最近邻源来形成六边形，并且然后使用六边形线来对准和定向网格，从信号源的荧光阵列对齐和定向网格的方法。还公开了用于将图像与网格对齐并校正小于网格场的信号珠和网格场中的偏移的方法和算法。这些方法可用于信号源是来自微阵列的荧光图像。还公开了转化后的自动分水岭聚类的方法。

4. 发明专利

JP2012065653A Automated analysis of multiplexed probe-target interaction pattern: pattern matching and allele identification 有权
标题翻译：多路复用探测目标交互模式的自动分析：模式匹配和可识别
公开(公告)号：JP2012065653A
公开(公告)日：2012-04-05
申请号：JP2011214277
申请日：2011-09-29
申请人： Bioarray Solutions Ltd , バイオアレイソリューションズリミテッド
发明人： XIONGWU XIA , SEUL MICHAEL
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N33/48 , G01N33/50 , G06F19/10
CPC分类号： C12Q1/6827 , G06F19/18 , G06F19/22
摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide methods and algorithms supporting the automated analysis and interactive review and refinement of the analysis within an integrated software environment, for automated allele assignments.SOLUTION: The method for setting a series of thresholds used for reducing erroneous allele assignments includes: (i) a step of generating a signal intensity pattern of signal intensity; (ii) a step of obtaining a normalized intensity ratio: r=(I-INC)/(IPC-INC) by subtracting a negative control signal INC from each signal intensity I, and dividing the result by a corrected positive control signal IPC-INC; (iii) a step of, to assign as a positive interaction between a probe and a sequence if the normalized intensity ratio exceeds the threshold, setting the threshold for the normalized intensity ratio so as to maximize the concordance between a reaction pattern and a reference reaction pattern of a target group of the probe in the group.
摘要翻译：要解决的问题：提供方法和算法，支持在集成软件环境中进行自动分析和互动审查和细化分析，以进行自动等位基因分配。解决方案：用于设置用于减少错误等位基因分配的一系列阈值的方法包括：（i）产生信号强度的信号强度模式的步骤; （ii）通过从各信号强度I中减去负控制信号INC得到归一化强度比的步骤：r =（I-INC）/（IPC-INC），并将结果除以校正后的正控制信号IPC- INC; （iii）如果归一化强度比超过阈值，则设定探针和序列之间的正相互作用的步骤，设定归一化强度比的阈值以使反应图案与参考反应之间的一致性最大化组中探针的目标组的模式。版权所有（C）2012，JPO＆INPIT

5. 发明专利

CA2573978C IMAGE PROCESSING AND ANALYSIS OF ARRAY DATA 未知
公开(公告)号：CA2573978C
公开(公告)日：2013-10-08
申请号：CA2573978
申请日：2005-06-28
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD
发明人： XIONGWU XIA , YIPING GUAN
IPC分类号： G06K9/00
摘要： Disclosed are methods of processing images, and in particular aligning and orienting grids from a fluorescent array of signal sources, by linking nearest neighbor sources to form a hexagon, and then using the hexagon lines for alignment and orientation of the grid. Also disclosed are methods and algorithms for aligning image with grid and correcting for signal beads which are smaller than a grid field and the shift in a grid field. These methods can be used where the signal sources are fluorescent images from a microarray. Also disclosed are methods of automated watershed clustering following transformation.

6. 发明专利

ES2573484T3 Análisis automatizado de patrones de interacción sonda-diana multiplexados: coincidencia de patrones e identificación de alelos 未知
公开(公告)号：ES2573484T3
公开(公告)日：2016-06-08
申请号：ES05789862
申请日：2005-08-02
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD
发明人： XIONGWU XIA , SEUL MICHAEL
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N33/48
摘要： Método para asignaciones de alelos donde las asignaciones se realizan basándose en someter una muestra que incluye ácido nucleico diana a un ensayo de hibridación o ensayo de elongación mediado por captura, o ambos, y donde se analizan varios marcadores polimórficos, presentes en alelos del ácido nucleico diana, comprendiendo el método: determinar un patrón de intensidad de señales de ensayo generado por interacciones sonda-diana para generar un patrón de reacción designando como positivas aquellas intensidades de señal que superan un umbral predeterminado y designando como negativas aquellas intensidades de señal que no superan el umbral predeterminado, binarizando de ese modo dicho patrón de intensidad de señales de ensayo generado por interacciones sonda-diana donde cada una de dicha intensidad corresponde al número de acontecimientos de hibridación o elongación correspondientes, según sea aplicable; realizar asignaciones de alelos basándose en comparar y hacer coincidir dicho patrón de reacción con un patrón de reacción de referencia similar que representa combinaciones de dos o más alelos de referencia, tal como se enumera en una colección de referencia de alelos para el ácido nucleico diana en construcción; y designar, como nuevos alelos, los que tienen patrones de reacción que difieren de patrones de reacción de referencia que representan combinaciones de dos o más alelos de referencia mediante una disparidad mínima predeterminada.

7. 发明专利

CA2575921C AUTOMATED ANALYSIS OF MULTIPLEXED PROBE-TARGET INTERACTION PATTERNS: PATTERN MATCHING AND ALLELE IDENTIFICATION 未知
公开(公告)号：CA2575921C
公开(公告)日：2014-04-08
申请号：CA2575921
申请日：2005-08-02
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD
发明人： XIONGWU XIA , SEUL MICHAEL
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N33/48 , G06F19/20
摘要： Methods and algorithms for automated allele assignments are provided within an integrated software environment. These methods and algorithms offer a multiplicity of functionalities including: data management; system configuration including user authorization, training set analysis and probe masking; pattern analysis including string matching and probe flipping; and interactive redaction of data. The methods and algorithms further include methods of setting thresholds, refining thresholds, and probe masking of signals produced by probes which do not contribute significantly to discriminating among alleles.

8. 发明专利

ES2394724T3 Procesamiento de imágenes y análisis de datos matriciales 未知
公开(公告)号：ES2394724T3
公开(公告)日：2013-02-05
申请号：ES05764118
申请日：2005-06-28
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD , XIA XIONGWU , YIPING GUAN
发明人： XIONGWU XIA , YIPPING GUAN
IPC分类号： G06T7/00 , G06K9/32
摘要： Procedimiento de hallazgo de una cuadrícula a partir de una imagen fluorescente de una matriz de fuentes deseñal, que comprende:hallar los centros de fuente de la señal;construir líneas que conectan las fuentes de señal vecinas en hexágonos;dividir líneas hexagonales;hallar un ángulo de orientación de la matriz;hallar los límites de las filas de la matriz;hallar los límites de las columnas de la matriz;transformar la matriz completa en una alineación con el marco de la imagen, es decir, ángulo de orientación cero;hallar líneas de la cuadrícula de filas en la matriz transformada, yhallar líneas de la cuadrícula de columnas de la matriz transformada;caracterizado porque:si las filas de la matriz son verticales, recogiendo todas las coordenadas X de centros de fuente de señaltransformados en un conjunto de posiciones de fila;si las filas de la matriz son horizontales, recogiendo todas las coordenadas de centros de fuente de señaltransformados en el conjunto de las posiciones de fila;dividir el conjunto de posiciones de fila en grupos, donde los grupos adyacentes están dentro de una primeradistancia umbral;calcular y clasificar grupos con el fin de agrupar las medias;eliminar grupos donde la distancia a un grupo vecino está dentro de una segunda distancia umbral;determinar si las diferencias entre los grupos exceden la primera distancia umbral, y, si es así, insertar un númeroapropiado de grupos, de manera que los grupos estén dentro de la primera distancia umbral entre sí;determinar las respectivas posiciones relativas de las filas basándose en la media de los elementos de perlas en lasfilas respectivas;generar un conjunto de líneas de la cuadrícula de tal manera que las líneas de cuadrícula en el conjunto estén amedio camino entre filas adyacentes; yañadir una línea superior, paralela a las líneas de la cuadrícula y adyacente a la primera fila de la matriz, y añadiruna línea inferior, paralela a las líneas de la cuadrícula y adyacente a la última fila de la matriz, estando dichaslíneas superior e inferior a una distancia a partir de la línea de cuadrícula respectiva más cercana, que es la mismaque la distancia entre líneas de cuadícula adyacentes.

9. 发明专利

CA2573978A1 IMAGE PROCESSING AND ANALYSIS OF ARRAY DATA 未知
公开(公告)号：CA2573978A1
公开(公告)日：2006-02-23
申请号：CA2573978
申请日：2005-06-28
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD
发明人： XIONGWU XIA , YIPING GUAN
IPC分类号： G06K9/00
摘要： Disclosed are methods of processing images, and in particular aligning and orienting grids from a fluorescent array of signal sources, by linking nearest neighbor sources to form a hexagon, and then using the hexagon lines for alignment and orientation of the grid. Also disclosed are methods and algorithms for aligning image with grid and correcting for signal beads which are smaller than a grid field and the shift in a grid field. These methods can be used where the signal sources are fluorescent images from a microarray. Also disclosed are methods of automated watershed clustering following transformation.

10. 发明专利

CA2575921A1 AUTOMATED ANALYSIS OF MULTIPLEXED PROBE-TRAGET INTERACTION PATTERNS: PATTERN MATCHING AND ALLELE IDENTIFICATION 未知
公开(公告)号：CA2575921A1
公开(公告)日：2006-02-16
申请号：CA2575921
申请日：2005-08-02
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD
发明人： XIONGWU XIA , SEUL MICHAEL
IPC分类号： G01N33/48 , G01N33/50 , G06F19/00
摘要： Disclosed are methods and algorithms (and their implementation) supporting the automated analysis and interactive review and refinement (“redaction”) of the analysis within an integrated software environment, for automated allele assignments. The implementation, preferably with a software system and a program referred to as the Automated Allele Assignment (“AAA”) program, provides a multiplicity of functionalities including: data management by way of an integrated interface to a portable database to permit visualizing, importing, exporting and creating customizable summary reports; system configuration (“Set-up”) including user authorization, training set analysis and probe masking; Pattern Analysis including string matching and probe flipping; and Interactive Redaction combining real-time database computations and “cut-and-paste” editing, generating “warning” statements and supporting annotation. It also includes a thresholding function, a method of setting thresholds, a method of refining thresholds by matching an experimental binary string (“reaction pattern”) setting for that probe, probe masking of signals produced by probes which do not contribute significantly to discriminating among alleles.

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