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1. 发明申请

WO2014204939A3 METHODS FOR QUANTITATIVE DETERMINATION OF PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS IN COMPLEX MIXTURES 审中-公开
标题翻译：定量测定复合混合物中蛋白质 - 核酸相互作用的方法
公开(公告)号：WO2014204939A3
公开(公告)日：2015-02-26
申请号：PCT/US2014042701
申请日：2014-06-17
申请人： LEWIS KIM
发明人： LEWIS KIM , SHERMAN MICHAEL , ALEXANDROV ILYA
IPC分类号： G01N33/68 , C12Q1/68
CPC分类号： C12N15/1068 , C12N15/1037 , C12N15/1072 , G01N33/5023 , G01N33/6842 , G01N33/6845 , G01N2458/10 , G01N2500/10 , G01N2570/00
摘要： In various embodiments, the present invention relates generally to analysis of complex mixtures and, more specifically, to detection and quantitative determination of multiple proteins, protein modifications, mechanisms of drug action and protein-nucleic acid interactions in those complex mixtures. Identification vehicles each consisting essentially of (a) a binding portion specific to a unique protein in the mixture and (b) an encoding nucleic acid portion are employed. The associated nucleic acids are sequenced to quantify the proteins corresponding thereto.
摘要翻译：在各种实施方案中，本发明一般涉及复杂混合物的分析，更具体地涉及多种蛋白质的检测和定量测定，蛋白质修饰，药物作用机制和蛋白质 - 核酸在那些复合物混合物中的相互作用。识别载体各自基本上由（a）混合物中特异性蛋白质的结合部分和（b）编码核酸部分组成。对相关核酸进行测序以定量相应的蛋白质。

2. 发明申请

WO2013006619A9 RNA-YY1 INTERACTIONS 审中-公开
标题翻译： RNA-YY1相互作用
公开(公告)号：WO2013006619A9
公开(公告)日：2014-04-17
申请号：PCT/US2012045402
申请日：2012-07-03
申请人： GEN HOSPITAL CORP , LEE JEANNIE T , JEON YESU
发明人： LEE JEANNIE T , JEON YESU
IPC分类号： C40B40/06 , A61K31/7105 , A61K31/711 , A61P35/00 , C07H21/02 , C07H21/04 , C40B50/06 , G01N33/68
CPC分类号： C12N15/1048 , C12N15/1072 , C12N15/1093 , G01N33/5011 , G01N33/574 , G01N33/57484 , G01N33/6872 , G01N2500/02
摘要： Methods relating to obtaining libraries of YY1-binding long non-coding RNAs, libraries obtained thereby, and methods of use thereof.
摘要翻译：获得YY1结合长非编码RNA的文库的方法，由此获得的文库及其使用方法。

3. 发明申请

WO2014015269A1 MULTIPLEXED SEQUENTIAL LIGATION-BASED DETECTION OF GENETIC VARIANTS 审中-公开
标题翻译：基于多基因序列的遗传变异检测
公开(公告)号：WO2014015269A1
公开(公告)日：2014-01-23
申请号：PCT/US2013/051310
申请日：2013-07-19
申请人： ARIOSA DIAGNOSTICS, INC.
发明人： ZAHN, Jacob , OLIPHANT, Arnold , MOHSENI, Morassa
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12N15/1072 , C12Q1/6827 , C12Q2531/137 , C12Q2537/149
摘要： The present invention provides multiplexed sequential ligation-based analysis of genetic variants in a mixed sample, including copy number variations and single nucleotide polymorphisms. The invention employs the techniques of sequential ligation and amplification.
摘要翻译：本发明提供了混合样品中遗传变体的多重序列连接分析，包括拷贝数变异和单核苷酸多态性。本发明采用顺序连接和扩增技术。

4. 发明申请

WO2012104340A2 MARKERS OF MELANOMA AND USES THEREOF 审中-公开
标题翻译：墨西哥标记及其用途
公开(公告)号：WO2012104340A2
公开(公告)日：2012-08-09
申请号：PCT/EP2012/051663
申请日：2012-02-01
申请人： AZIENDA OSPEDALIERA UNIVERSITARIA SENESE , CENTRO DI RIFERIMENTO ONCOLOGICO - ISTITUTO NAZIONALE TUMORI - AVIANO , SIGALOTTI, Luca , MAIO, Michele
发明人： SIGALOTTI, Luca , MAIO, Michele
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12N15/1072 , C12Q1/6886 , C12Q2600/112 , C12Q2600/118 , C12Q2600/154 , C12Q2600/158
摘要： The invention relates to a method for determining prognosis, predicting or monitoring response to therapy of patients affected by melanoma through the evaluation of the methylation of different genomic DNA sequences, including the Long Interspersed Nucleotide Element- 1 (LINE-1) repetitive DNA sequences and/or the concomitant methylation profile of specific groups of genes defined as methylation signature.
摘要翻译：本发明涉及一种通过评估不同基因组DNA序列的甲基化（包括长散射核苷酸-1（LINE-1）重复DNA序列）和/或 /或被定义为甲基化特征的特定基因组的伴随甲基化谱。

5. 发明申请

WO2012096272A1 免疫調節作用を有する乳を産生する食餌のスクリーニング法审中-公开
标题翻译：用于筛选生产具有免疫调节活性的奶的饲料的方法
公开(公告)号：WO2012096272A1
公开(公告)日：2012-07-19
申请号：PCT/JP2012/050312
申请日：2012-01-11
申请人：森永乳業株式会社 , 和泉裕久 , 清水隆司 , 関根一則
发明人：和泉　裕久 , 清水　隆司 , 関根　一則
IPC分类号： C12Q1/68 , A23C9/152 , A23L1/29
CPC分类号： A23C9/20 , A23C2230/10 , A23K50/10 , A23K50/50 , A23L33/30 , A23L33/40 , A23V2002/00 , A23Y2300/00 , C12N15/1072 , C12Q1/6876 , C12Q2600/106 , C12Q2600/158
摘要：哺乳動物の乳中のｍＲＮＡプロファイルと、該哺乳動物が摂取した食餌又は該食餌に含まれる物質との相関を指標として、乳中のｍＲＮＡの存在量を増加又は減少させる食餌又は物質を同定することにより、免疫調節作用を有する母乳を産生する食餌又は物質をスクリーニングする。
摘要翻译：可以通过鉴定能够增加或减少乳中mRNA丰度的饲料或物质来筛选能够产生具有免疫调节活性的母乳的饲料或物质，其中使用牛奶中mRNA谱的相关性进行鉴定的哺乳动物和由哺乳动物摄入的饲料或饲料中所含的物质作为测量。

6. 发明申请

WO2012030983A3 VARIABILITY SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS LINKING STOCHASTIC EPIGENETIC VARIATION AND COMMON DISEASE 审中-公开
标题翻译：可变性单核苷酸多态性连接STOCHASTIC EPIGENETIC变异和常见疾病
公开(公告)号：WO2012030983A3
公开(公告)日：2012-07-05
申请号：PCT/US2011050002
申请日：2011-08-31
申请人： UNIV JOHNS HOPKINS , ICELANDIC HEART ASS , FEINBERG ANDREW P , ASPELUND THOR , GUDNASON VILMUNDUR , LEEK JEFFREY T , FALLIN M DANIELE , IRIZARRY RAFAEL A
发明人： FEINBERG ANDREW P , ASPELUND THOR , GUDNASON VILMUNDUR , LEEK JEFFREY T , FALLIN M DANIELE , IRIZARRY RAFAEL A
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/09 , G06F19/22
CPC分类号： C12N15/1072 , C12Q1/6883 , C12Q2600/154 , C12Q2600/156 , C12Q2600/158 , C12Q2600/172 , G06F19/18
摘要： Provided are methods and models for an alternative source of disease risk, which identifies not genetic variants for a phenotype per se, but variants for variability itself. Also provided are methods and models for a genome-scale, gene-specific analysis of DNA methylation in the same individuals over time, in order to identify a personalized epigenomic signature that may correlate with common genetic disease. Also provided are methods and models for simulating stochastic epigenetic variation as a driving force of development, evolutionary adaptation, and disease.
摘要翻译：提供了用于替代疾病风险来源的方法和模型，其识别不是表型本身的遗传变体，而是变异本身的变体。还提供了用于相同个体随着时间的DNA甲基化的基因组尺度，基因特异性分析的方法和模型，以便鉴定可能与常见遗传疾病相关的个性化表观遗传学特征。还提供了用于模拟随机表观遗传变异作为发展，进化适应和疾病的驱动力的方法和模型。

7. 发明申请

WO2012030983A2 VARIABILITY SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS LINKING STOCHASTIC EPIGENETIC VARIATION AND COMMON DISEASE 审中-公开
标题翻译：变异性单核苷酸多态性与随机表观变异和常见疾病的关联
公开(公告)号：WO2012030983A2
公开(公告)日：2012-03-08
申请号：PCT/US2011/050002
申请日：2011-08-31
申请人： THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY , ICELANDIC HEART ASSOCIATION , FEINBERG, Andrew, P. , ASPELUND, Thor , GUDNASON, Vilmundur , LEEK, Jeffrey, T. , FALLIN, M., Daniele , IRIZARRY, Rafael, A.
发明人： FEINBERG, Andrew, P. , ASPELUND, Thor , GUDNASON, Vilmundur , LEEK, Jeffrey, T. , FALLIN, M., Daniele , IRIZARRY, Rafael, A.
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/09 , G06F19/22
CPC分类号： C12N15/1072 , C12Q1/6883 , C12Q2600/154 , C12Q2600/156 , C12Q2600/158 , C12Q2600/172 , G06F19/18
摘要： Provided are methods and models for an alternative source of disease risk, which identifies not genetic variants for a phenotype per se, but variants for variability itself. Also provided are methods and models for a genome-scale, gene-specific analysis of DNA methylation in the same individuals over time, in order to identify a personalized epigenomic signature that may correlate with common genetic disease. Also provided are methods and models for simulating stochastic epigenetic variation as a driving force of development, evolutionary adaptation, and disease.
摘要翻译：提供了替代疾病风险来源的方法和模型，其识别不是表型本身的遗传变体，而是变异本身的变体。还提供了随着时间的推移对相同个体中的DNA甲基化的基因组规模，基因特异性分析的方法和模型，以便鉴定可能与常见遗传疾病相关的个性化表观基因组标签。还提供了模拟随机表观遗传变异作为发育，进化适应和疾病驱动力的方法和模型。

8. 发明申请

WO2010053587A2 METHODS OF MONITORING CONDITIONS BY SEQUENCE ANALYSIS 审中-公开
标题翻译：通过序列分析监测条件的方法
公开(公告)号：WO2010053587A2
公开(公告)日：2010-05-14
申请号：PCT/US2009/006053
申请日：2009-11-09
申请人： MLC DX INCORPORATED , FAHAM, Malek , WILLIS, Thomas
发明人： FAHAM, Malek , WILLIS, Thomas
IPC分类号： C12N15/09
CPC分类号： C12Q1/6886 , C12N15/1072 , C12Q1/6809 , C12Q1/6827 , C12Q1/6869 , C12Q1/6881 , C12Q1/6883 , C12Q2600/106 , C12Q2600/118 , C12Q2600/156 , C12Q2600/158 , C12Q2600/16 , Y02A90/26
摘要： There is a need for improved methods for determining the diagnosis and prognosis of patients with conditions, including autoimmune disease and cancer. Provided herein are methods for using DNA sequencing to identify personalized biomarkers in patients with autoimmune disease and other conditions. Identified biomarkers can be used to determine the disease state for a subject with an autoimmune disease or other condition.
摘要翻译：对于确定患有包括自身免疫性疾病和癌症的病症的患者的诊断和预后，需要改进的方法。本文提供了使用DNA测序来鉴定患有自身免疫疾病和其他病症的患者中的个性化生物标志物的方法。确定的生物标志物可用于确定患有自身免疫性疾病或其他疾病的患者的疾病状态。

9. 发明申请

WO2008045158A1 COMPOSITIONS AND METHODS FOR REPRESENTATIONAL SELECTION OF NUCLEIC ACIDS FRO COMPLEX MIXTURES USING HYBRIDIZATION 审中-公开
标题翻译：使用杂化代表性选择核酸FRO复合物的组合物和方法
公开(公告)号：WO2008045158A1
公开(公告)日：2008-04-17
申请号：PCT/US2007/018687
申请日：2007-08-24
申请人： ILLUMINA, INC. , STUELPNAGEL, John, R. , BARKER, David, L. , VELARDE, Jorge, Jr. , BARNARD, Steven, M. , GRAIGE, Michael
发明人： STUELPNAGEL, John, R. , BARKER, David, L. , VELARDE, Jorge, Jr. , BARNARD, Steven, M. , GRAIGE, Michael
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12N15/1072 , C12Q1/6837 , C12Q2565/515
摘要： The invention provides a method of selecting a representational sample of nucleic acid sequences from a complex mixture. The method includes: (a) contacting a complex mixture of nucleic acids under conditions sufficient for hybridization with a population of capture probes complementary to one or more nucleic acids comprising a predetermined portion of the sequence collectively present in the complex mixture to form hybridization complexes of the one or more nucleic acids with the population of probes, the population of capture probes being attached to a solid support, and (b) removing unhybridized nucleic acids to select a representational sample of nucleic acids having a complexity of less than 10% but more than 0.001% of the complex mixture, wherein the representational sample comprises a nucleic acid copy having a proportion of each sequence in the copy relative to all other sequences in the copy substantially the same as the proportions of the sequences in the predetermined portion of one or more nucleic acids within the complex mixture. A method of selecting a representational sample of genomic sequences from a complete genome also is provided. The invention further provides a nucleic acid population that includes a representational sample having a complexity of less than 10% but more than 0.001% of a complex mixture, the representational sample comprising a nucleic acid copy having a proportion of each sequence in the copy relative to all other sequences in the copy substantially the same as the proportions of sequences in a predetermined portion of a sequence collectively present in one or more nucleic acids within the complex mixture.
摘要翻译：本发明提供了从复杂混合物中选择核酸序列的表示样品的方法。该方法包括：（a）在足以与包含与复合物混合物中共同存在的序列的预定部分的一个或多个核酸互补的捕获探针的杂交群的条件下使核酸的复杂混合物接触，以形成杂合复合物具有探针群的一个或多个核酸，捕获探针的群体连接到固体支持物上，和（b）除去未杂交的核酸以选择复杂度小于10％但更多的核酸的代表性样品超过0.001％的复合混合物，其中代表性样品包含核酸拷贝，其拷贝中的每个序列的比例相对于拷贝中的所有其它序列基本上与在一个或更多个预定部分中的序列的比例相同复杂混合物中更多的核酸。还提供了从完整基因组中选择基因组序列的表示样品的方法。本发明还提供了一种核酸群体，其包括具有小于复合物混合物的10％但大于0.001％的复杂性的代表性样品，所述代表性样品包含核酸拷贝，所述核酸拷贝具有拷贝中每个序列的比例相对于复制中的所有其它序列基本上与复合物混合物中一个或多个核酸中共存的序列的预定部分中的序列比例相同。

10. 发明申请

WO2006093082A1 サブトラクション・ポリヌクレオチドの取得方法审中-公开
标题翻译：获得分散聚核苷酸的方法
公开(公告)号：WO2006093082A1
公开(公告)日：2006-09-08
申请号：PCT/JP2006/303585
申请日：2006-02-27
申请人：和光純薬工業株式会社 , 林田幸信
发明人：林田幸信
IPC分类号： C12N15/09 , C12Q1/68
CPC分类号： C12N15/1072 , C12N15/1096 , C12Q1/6827 , C12Q2539/101
摘要： It relates to a method for obtaining and amplifying a polynucleotide whose amount present in a given sample (tester) is higher than that in another sample (driver) easily, in a short time and efficiently and a method for identifying a gene mutation in the tester using the method, which comprise the steps of (1) forming a double-stranded polynucleotide of a single-stranded polynucleotide derived from the tester and a single-stranded polynucleotide derived from the driver; and (2) removing the double-stranded polynucleotide forming a hybrid by an enzyme treatment.
摘要翻译：本发明涉及在短时间内有效地获得和扩增存在于给定样品（测试仪）中的量高于其他样品（驱动剂）中的量的多核苷酸的方法以及用于鉴定测试仪中基因突变的方法使用该方法，其包括以下步骤：（1）形成衍生自测试者的单链多核苷酸的双链多核苷酸和衍生自该驱动剂的单链多核苷酸; 和（2）通过酶处理除去形成杂交体的双链多核苷酸。

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