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1. 发明申请

WO2007057231A1 METHOD FOR THE DETERMINATION OF THE DNA METHYLATION LEVEL OF A CPG POSITION IN IDENTICAL CELLS WITHIN A TISSUE SAMPLE 审中-公开
标题翻译：用于确定组织样品中标记细胞中CPG位点的DNA甲基化水平的方法
公开(公告)号：WO2007057231A1
公开(公告)日：2007-05-24
申请号：PCT/EP2006/011377
申请日：2006-11-17
申请人： EPIGENOMICS AG , LEWIN, Joern , BERLIN, Kurt
发明人： LEWIN, Joern , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827
摘要： Aspects of the present invention relate to the determination of the DNA methylation level at one or more CpG position within cells of a defined type in a tissue sample. This methylation level is deduced from the total DNA methylation level of all cells of the sample and from the content of said cells of interest. In aspects of the invention, the cell content is determined by means of histopatholoy, staining methods, antibodies, expression analysis or DNA methylation analysis.
摘要翻译：本发明的方面涉及在组织样品中限定类型的细胞内的一个或多个CpG位置处的DNA甲基化水平的确定。该甲基化水平是从样品的所有细胞的总DNA甲基化水平以及所述感兴趣的细胞的含量推断的。在本发明的方面，通过组织病理学，染色方法，抗体，表达分析或DNA甲基化分析来确定细胞含量。

2. 发明申请

WO2005071106A1 A METHOD FOR DETECTION OF CYTOSINE METHYLATION 审中-公开
标题翻译：检测细胞色素甲基化的方法
公开(公告)号：WO2005071106A1
公开(公告)日：2005-08-04
申请号：PCT/EP2004/005553
申请日：2004-05-21
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN, Kurt
发明人： BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6858 , C12Q2523/125 , C12Q2549/119 , C12Q2525/186
摘要： Herein described is a method for the detection of cyto-sine methylation in a nucleic acid sample, comprising the steps of: a) treating a nucleic acid sample with an agent convert-ing unmethylated cytosine bases into uracil bases and not converting methylated cytosine bases within said nucleic acid sample, b) amplifying selected segments of the treated nucleic acid sample, by providing two first oligonucleotide primers (A and B) that are capable of producing an amplificate under certain chosen amplification conditions inde-pendently of the methylation status of the nucleic acid before treatment in step a), and further providing at least two additional second oligonucleotide primers (C and D) that can each produce a product with one of the first primers (A or B) under said same amplification conditions, wherein at least one of the second primers binds to the nucleic acid in a methylation specific manner, thereby distinguishing between unconverted initially methylated and converted unmethylated nucleic acids and/or blocking molecules are provided that hinder the binding of at least one of the second primers to the nucleic acid in a methylation specific manner, thereby distinguishing between unconverted initially methylated and converted unmethylated nucleic acids, c) detecting the amplificates of the treated nucleic acid.
摘要翻译：本文描述了一种用于检测核酸样品中细胞正常甲基化的方法，其包括以下步骤：a）用将非甲基化胞嘧啶碱基转化成尿嘧啶碱基的试剂处理核酸样品，并且不将甲基化的胞嘧啶碱基转化所述核酸样品，b）通过提供两个第一寡核苷酸引物（A和B）来扩增经处理的核酸样品的所选片段，所述第一寡核苷酸引物能够在某些选定的扩增条件下产生扩增，所述扩增条件独立于核酸的甲基化状态在步骤a）中处理之前，并进一步提供至少两个另外的第二寡核苷酸引物（C和D），其可以在所述相同的扩增条件下与第一引物（A或B）之一产生产物，其中至少一种的第二引物以甲基化特异性方式结合核酸，从而区分未转化的最初甲基化和转化的未甲基提供了以甲基化特异性方式阻碍至少一种第二引物与核酸的结合，从而区分未转化的最初甲基化和转化的未甲基化核酸，c）检测扩增的核酸和/ 经处理的核酸。

3. 发明申请

WO2005038051A2 IMPROVED BISULFITE CONVERSION OF DNA 审中-公开
标题翻译：改进的DNA的二硫键转化
公开(公告)号：WO2005038051A2
公开(公告)日：2005-04-28
申请号：PCT/EP2004/011715
申请日：2004-10-11
申请人： EPIGENOMICS AG? , BERLIN, Kurt? , BALLHAUSE, Matthias? , CARDON, Karen?
发明人： BERLIN, Kurt? , BALLHAUSE, Matthias? , CARDON, Karen?
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2523/125
摘要： The present invention relates to an improved method for the bisulfite conversion of DNA. By combination of denaturing solvents, new reaction conditions and new purification methods the efficacy of the bisulfite conversion is clearly improved. The converted DNA can subsequently be analysed by different methods. The present invention facilitates the analysis of cytosine methylation.
摘要翻译：本发明涉及DNA的亚硫酸氢盐转化的改进方法。通过组合变性溶剂，新的反应条件和新的纯化方法，亚硫酸氢盐转化效率明显提高。随后可以通过不同的方法分析转化的DNA。本发明有助于分析胞嘧啶甲基化。

4. 发明申请

WO2004067775A3 METHOD FOR THE DETECTION OF CYTOSINE METHYLATION PATTERNS WITH HIGH SENSITIVITY 审中-公开
标题翻译：用于检测具有高灵敏度的胞嘧啶甲基化模式的方法
公开(公告)号：WO2004067775A3
公开(公告)日：2004-12-09
申请号：PCT/EP2004000856
申请日：2004-01-30
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN KURT
发明人： BERLIN KURT
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/686 , C12Q2527/137 , C12Q2523/125 , C12Q2535/125 , C12Q2525/185
摘要： The present invention concerns a method for the detection of cytosine methylation in DNA samples, in which the following steps are conducted: a genomic DNA sample which comprises target DNA and background DNA is chemically treated such that all unmethylated cytosine bases are converted to uracil, while the 5-methylcytosine bases remain unchanged; the chemically treated DNA sample is amplified with the use of at least 2 primer oligonucleotides as well as a polymerase and a nucleotide mixture, the composition of which leads to a preference for the target DNA over the background DNA as the template; and the methylation state in the target DNA is concluded from the presence of an amplificate or its quantity.
摘要翻译：本发明涉及检测DNA样品中胞嘧啶甲基化的方法，其中进行以下步骤：将包含靶DNA和背景DNA的基因组DNA样品进行化学处理，使得所有未甲基化胞嘧啶碱基转化成尿嘧啶，同时 5-甲基胞嘧啶碱基保持不变; 使用至少2个引物寡核苷酸以及聚合酶和核苷酸混合物扩增化学处理的DNA样品，其组合导致在背景DNA上作为模板的靶DNA优先选择; 并且目标DNA中的甲基化状态从扩增子或其量的存在得出。

5. 发明申请

WO02052040A3 METHOD FOR THE SIMULTANEOUS AMPLIFICATION OF MULTIPLE SEQUENCES IN A PCR REACTION AND MARKING THEREOF 审中-公开
标题翻译：程序对于许多序列在PCR反应与他们的印记同步放大
公开(公告)号：WO02052040A3
公开(公告)日：2003-12-11
申请号：PCT/DE0104951
申请日：2001-12-22
申请人： EPIGENOMICS AG , DISTLER JUERGEN , BERLIN KURT , OLEK ALEXANDER
发明人： DISTLER JUERGEN , BERLIN KURT , OLEK ALEXANDER
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/686 , C12Q2537/143 , C12Q2525/155
摘要： A method for the amplification of nucleic acids is disclosed, whereby the section for amplification is first hybridised with at least two primer oligonucleotides, comprising two domains, of which the sequence-specific domain at the 3' terminus on the section to be amplified is hybridised and the generic domain at the 5' terminus is not hybridised. Then an amplification reaction is carried out using a polymerase, a marked primer oligonucleotide is hybridised on the obtained amplification product, which binds to the generic domain of the first primer. In the final step the sequence of the amplification product is checked.
摘要翻译：公开了一种用于在NUC-leinsäuren的扩增，其中第一杂交到扩增的部分与至少两个寡核苷酸引物，其具有两个结构域，其中杂交位于3“末端的序列特异性域被放大部分，而一个方法在位于5“端，通用域不杂交。随后，Amplifikationsreak-和灰是通过聚合酶来进行和标记的杂交静静nachfol-PRI-meroligonukleotid至所得的扩增子，其结合所述第一引物的通用域名。在最后的步骤中，所述扩增子在其序列中的术语进行分析。

6. 发明申请

WO02061124A3 ANALYSIS OF METHYLATION PATTERNS IN GENOMIC DNA USING BISULFITE TREATMENT AND FLUORESCENCE POLARISATION ASSAY TECHNIQUES 审中-公开
标题翻译：使用双相处理和荧光偏振测定技术分析基因组DNA中的甲基化模式
公开(公告)号：WO02061124A3
公开(公告)日：2003-09-04
申请号：PCT/EP0200923
申请日：2002-01-29
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN KURT , DISTLER JUERGEN
发明人： BERLIN KURT , DISTLER JUERGEN
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6858 , C12Q2561/119 , C12Q2523/125
摘要： A method for the analysis of the methylation of cytosine bases in genomic DNA samples, comprising the following steps:(a) the genomic DNA is chemically treated in such a manner that cytosine is converted into uracil or a similar base regarding the base pairing behaviour in the DNA duplex, 5 methylcytosine however remains unchanged;(b) the chemically treated DNA is amplified using of at least one species of oligonucleotide (type A) as a primer in a polymerase reaction;(c) the amplificate is left in solution with one or more species of fluorophore labelled nucleotides and one or more species of oligonucleotide (type B) , wherein the type B oligonucleotide hybridises under appropriate conditions with its 3' end directly on or up to 10 bases from the position to be examined, and wherein said type B oligonucleotide is at least partly nuclease resistant;(d) the hybridised oligonucleotide (type B) is extended by means of a polymerase by at least one nucleotide, whereby the extension is dependant upon the methylation status of the respective cytosine position in the genomic DNA sample;(e) the solution is incubated with a phosphodiesterase, which is capable of digesting nucleic acids, however incompletely digests the type B oligonucleotides and its extension products;(f) the fluorescence polarisation of the solution is measured whereby for each fluorescent label used one determines the degree of polarisation.
摘要翻译：一种用于分析基因组DNA样品中胞嘧啶碱基甲基化的方法，包括以下步骤：（a）基因组DNA以如下方式化学处理，即将胞嘧啶转化为尿嘧啶或类似的碱基，与碱基配对行为相关然而，DNA双链体5甲基胞嘧啶保持不变;（b）在聚合酶反应中使用至少一种寡核苷酸（A型）作为引物扩增化学处理的DNA;（c）将扩增体与溶液中的一个置于一个或更多种荧光团标记的核苷酸和一种或多种寡核苷酸（B型），其中B型寡核苷酸在适当条件下与其3'端直接在待检查的位置上或多达10个碱基杂交，并且其中所述 B型寡核苷酸至少部分具有核酸酶抗性;（d）通过聚合酶将杂交的寡核苷酸（B型）延伸至少一个核苷酸，由此延伸是依赖的（e）将该溶液与能够消化核酸的磷酸二酯酶一起温育，然而不完全消化B型寡核苷酸及其延伸产物;（f）测量溶液的荧光偏振，由此使用的每个荧光标记物决定偏振度。

7. 发明申请

WO0202808A3 METHOD AND NUCLEIC ACIDS FOR THE ANALYSIS OF ASTROCYTOMAS 审中-公开
标题翻译：方法和核酸分析ASTROCYTOMAS
公开(公告)号：WO0202808A3
公开(公告)日：2003-09-04
申请号：PCT/EP0107538
申请日：2001-07-02
申请人： EPIGENOMICS AG , OLEK ALEXANDER , PIEPENBROCK CHRISTIAN , BERLIN KURT
发明人： OLEK ALEXANDER , PIEPENBROCK CHRISTIAN , BERLIN KURT
IPC分类号： G01N27/62 , C07K14/47 , C07K14/82 , C12M1/00 , C12M1/34 , C12N15/09 , C12Q1/68 , G01N33/53 , G01N33/58 , G01N37/00 , B01J19/00 , C07K14/48 , G01N33/483
CPC分类号： C07K14/82 , C07K14/4703 , C12Q1/6883 , C12Q1/6886 , C12Q2523/125 , C12Q2600/154 , C12Q2600/156
摘要： The present invention relates to chemically modified genomic sequences, to oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA, as well as to a method for ascertaining genetic and/or epigenetic parameters of genes for use in the characterisation, classification, differentiation, grading, staging, treatment and/or diagnosis of astrocytomas, or the predisposition to astrocytomas.
摘要翻译：本发明涉及用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态的寡核苷酸和/或PNA寡聚体的化学修饰基因组序列，以及用于确定用于表征的基因的遗传和/或表观遗传参数的方法，星形细胞瘤的分类，分化，分级，分期，治疗和/或诊断，或星形细胞瘤的倾向。

8. 发明申请

WO2003031648A2 VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON DNA-METHYLIERUNG MITTELS MARKIERTEN S-ADENOSYLMETHIONINANALOGA 审中-公开
标题翻译：用标记的S-腺苷甲硫氨酸类似物检测DNA甲基化的方法
公开(公告)号：WO2003031648A2
公开(公告)日：2003-04-17
申请号：PCT/DE2002/003844
申请日：2002-10-04
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN, Kurt
发明人： BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2523/125 , C12Q2521/125
摘要： Es wird ein Verfahren zur Detektion des Methylierungsstatus in DNA-Proben beschrieben. Durch Verwendung einer DNA-Methyl-transferase und eines markierten S-Adenosylmethioninderivats wird in Abhängigkeit vom jeweiligen Methylierungsstatus der DNA-Probe eine nachweisbare Markierung kovalent an die DNA gebunden.
摘要翻译：描述了检测DNA样品中甲基化状态的方法。通过使用DNA甲基转移和标记的S-腺苷甲硫氨酸衍生物是在由DNA的其甲基化状态共价结合的样品可检测标记对DNA 的依赖BEAR依赖性。

9. 发明申请

WO0181620A3 METHOD FOR THE HIGHLY PARALLEL ANALYSIS OF POLYMORPHISMS 审中-公开
标题翻译：方法多态性的高度并行分析
公开(公告)号：WO0181620A3
公开(公告)日：2003-02-13
申请号：PCT/DE0101607
申请日：2001-04-25
申请人： EPIGENOMICS AG , BERLIN KURT , GUT IVO GLYNNE
发明人： BERLIN KURT , GUT IVO GLYNNE
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2565/627 , C12Q2565/501 , C12Q2523/319 , C12Q2523/107
摘要： The invention relates to a method for the highly parallel characterization of polymorphisms, especially SNPs, which can be used for the simultaneous or separate detection of DNA methylations. A set of probes that is provided with at least one detectable marking characteristic of the corresponding probe is bound to an addressed surface, the bond of the probes to the surface being photochemically, chemically or enzymatically cleavable. A nucleic acid to be analyzed is then bound to said probes, the probes are modified in an allele-specific enzymatic reaction and a part of the probes that is irrelevant for the analysis of the allele-specific reaction is removed. The allele-specific products are analyzed by means of the detectable markings and the alleles present in the analyzed nucleic acid probe are determined.
摘要翻译：公开了用于多态性，即，可用于DNA甲基化的同时或分开的检测特别SNP的高度并行的表征的方法。首先，以配合一组探针，其设置有各自的探针可检测标记中的至少一个特性，向寻址表面，光化学产生的探针的结合，化学或酶促裂解的背面到表面。然后杂交到核酸待检查到这些探针中，探针在等位基因特异性酶促反应改变，并且除去它是无关的等位基因特异性反应的分析的探针的部分。最近分析的可检测标记的基础上allelespezifischen产品和使得本由询问核酸样品中等位基因的确定。

10. 发明申请

WO2002072880A2 VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON CYTOSIN-METHYLIERUNGSMUSTERN MIT HOHER SENSITIVITÄT 审中-公开
标题翻译：方法胞嘧啶甲基化模式的高灵敏度检测
公开(公告)号：WO2002072880A2
公开(公告)日：2002-09-19
申请号：PCT/EP2002/002572
申请日：2002-03-08
申请人： EPIGENOMICS AG , OLEK, Alexander , BERLIN, Kurt
发明人： OLEK, Alexander , BERLIN, Kurt
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2523/125 , C12Q2537/163
摘要： Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierung in DNA-Proben, wobei man die folgenden Schritte ausführt:man behandelt eine genomische DNA-Probe, welche zu untersuchende DNA und Hintergrund-DNA DNA umfasst, chemisch derart, dass alle nicht methylierten Cytosinbasen in Uracil umgewandelt werden, während die 5-Methylcytosinbasen unverändert bleiben,man amplifiziert die chemisch behandelte DNA-Probe unter Verwendung von mindestens 2 Primeroligonukleotiden sowie einer Polymerase, wobei die zu untersuchende DNA gegenüber der Hintergrund-DNA als Templat bevorzugt wird undman analysiert die Amplifikate und schließt aus dem Vorliegen eines Amplifikates und/oder aus der Analyse weiterer Positionen auf den Methylierungsstatus in der zu untersuchenden DNA.
摘要翻译：本发明涉及一种用于DNA样品中检测胞嘧啶甲基化，执行以下步骤：处理基因组DNA样品，其包含要被检查的DNA和背景DNA的DNA，化学，使得所有未甲基化的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶碱基保持不变，扩增使用至少2点引物的寡核苷酸和聚合酶的化学处理的DNA样品，所述要被检查的DNA与背景相比DNA优选作为模板以及所述分析的扩增子并且排除待检查的扩增和/或从在所述DNA甲基化状态的附加位置的分析的存在。

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