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1. 发明公开

EP1438580A4 COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODELING SACCHAROMYCES CEREVISIAE METABOLISM 审中-公开
标题翻译：组合物和方法建模酿酒酵母的代谢的影响
公开(公告)号：EP1438580A4
公开(公告)日：2007-11-14
申请号：EP02784306
申请日：2002-10-24
申请人： UNIV CALIFORNIA
发明人： PALSSON BERNHARD O , FAMILI IMANDOKHT , FU PENGCHENG , NIELSEN JENS B , FORSTER JOCHEN
IPC分类号： G06F17/30 , G06F19/12 , G06F19/18 , G01N33/48
CPC分类号： G06F19/12 , G06F19/18 , Y02A90/26 , Y02E50/343
摘要： The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive of a S. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention. The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive of a S. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention.

2. 发明专利

CA2462099C COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODELING SACCHAROMYCES CEREVISIAE METABOLISM 未知
公开(公告)号：CA2462099C
公开(公告)日：2013-01-08
申请号：CA2462099
申请日：2002-10-24
申请人： UNIV CALIFORNIA , NIELSEN JENS B , FORSTER JOCHEN
发明人： PALSSON BERNHARD O , FAMILI IMANDOKHT , FU PENGCHENG , NIELSEN JENS B , FORSTER JOCHEN
IPC分类号： C40B30/02 , C12N1/16 , C12Q1/02 , C12Q1/68 , C40B50/02 , G01N33/48 , G06F17/30 , G06F19/12 , G06F19/18
摘要： The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive ofa s. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention.

3. 发明申请

WO03036296A9 COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODELING SACCHAROMYCES CEREVISIAE METABOLISM 审中-公开
标题翻译：组合物和方法用于建模细胞因子代谢
公开(公告)号：WO03036296A9
公开(公告)日：2004-05-13
申请号：PCT/US0234394
申请日：2002-10-24
申请人： UNIV CALIFORNIA , PALSSON BERNHARD O , FAMILI IMANDOKHT , FU PENGCHENG , NIELSEN JENS B , FORSTER JOCHEN
发明人： PALSSON BERNHARD O , FAMILI IMANDOKHT , FU PENGCHENG , NIELSEN JENS B , FORSTER JOCHEN
IPC分类号： G06F17/30 , G06F19/12 , G06F19/18 , G01N33/48
CPC分类号： G06F19/12 , G06F19/18 , Y02A90/26 , Y02E50/343
摘要： The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive ofa s. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention.
摘要翻译：本发明提供了用于确定酿酒酵母生理功能的二氧化硅模型。该模型包括将多个酿酒酵母反应物与多个酿酒酵母反应相关联的数据结构，针对多个酿酒酵母反应的约束集，以及用于确定通过预测的反应的通量分布的命令秒。酿酒酵母生理功能。本发明的模型还可以包括含有表征相关基因或基因的信息的基因数据库。本发明还提供了使用本发明的模型制备二氧化硅酿酒酵母模型和确定酿酒酵母生理功能的方法的方法。

4. 发明专利

ES2810924T3 Composiciones y métodos para modelar el metabolismo de Saccharomyces cerevisiae 未知
公开(公告)号：ES2810924T3
公开(公告)日：2021-03-09
申请号：ES11182034
申请日：2002-10-24
申请人： UNIV CALIFORNIA
发明人： PALSSON BERNARD O , FAMILI IMANDOKHT , FU PENGCHENG , NIELSEN JENS B , FORSTER JOCHEN
IPC分类号： G16B5/30 , G06F17/30 , G06F19/12 , G06F19/18
摘要： Un metodo implementado por computadora para proporcionar a un usuario una simulacion de una funcion fisiologica de levadura relacionada con un gen heterologo o gen delecionado, que comprende: (a) medios de procesamiento que proporcionan una matriz estequiometrica que tiene filas y columnas de elementos que corresponden a coeficientes estequiometricos de una pluralidad de reacciones de levadura, en donde cada una de dichas reacciones de levadura comprende un reactivo identificado como un sustrato de la reaccion, y un reactivo identificado como un producto del reaccion, coeficientes estequiometricos de la matriz estequiometrica que relacionan dicho sustrato y dicho producto, en donde al menos una de dichas reacciones de levadura se anota para incluir informacion sobre un gen que codifica el sustrato o el producto de la reaccion, en donde una primera pluralidad de ecuaciones quimicamente y electroquimicamente equilibradas se anotan con asignaciones respectivas a un primer compartimento membranoso de la levadura, en donde una segunda pluralidad de ecuaciones quimicamente y electroquimicamente equilibradas se anotan con asignaciones respectivas a un segundo compartimiento membranoso de la levadura, y en donde al menos una ecuacion de la primera y segunda pluralidades describe transporte de un sustrato o producto a traves de una membrana dentro de la levadura desde el primer compartimento membranoso al segundo compartimento membranoso; (b) medios de procesamiento que proporcionan un conjunto de restricciones para dicha pluralidad de reacciones de levadura, el conjunto de restricciones que especifica un limite superior o inferior de flujo a traves de cada una de las reacciones de levadura descritas en la matriz estequiometrica; (c) medios de procesamiento que definen una funcion objetivo como una combinacion lineal de flujos a traves de las reacciones de levadura que optimiza el crecimiento, la produccion de energia, la produccion equivalente redox, la produccion de biomasa, el desarrollo, el consumo de carbono, nitrogeno, azufre, fosfato, hidrogeno u oxigeno, o un salida de una reaccion particular; (d) medios de procesamiento que determinan al menos una distribucion de flujo para dicha pluralidad de ecuaciones de levadura quimicamente y electroquimicamente equilibradas a traves de dichos compartimentos membranosos primero y segundo al (i) identificar una pluralidad de vectores de flujo que satisfacen cada uno la matriz estequiometrica y satisfacen el conjunto de restricciones y (ii) identificar al menos una combinacion lineal de los vectores de flujo que minimiza o maximiza dicha funcion objetivo; (e) medios de salida que proporcionan la salida a un usuario de dicha al menos una distribucion de flujo determinada en la etapa (d), en donde dicha al menos una distribucion de flujo simula una funcion fisiologica de levadura relacionada con dicho gen asociado con dicha al menos una de dichas reacciones de levadura; y que comprende ademas simular el efecto de que la adicion de un gen heterologo a la levadura o la delecion de un gen de la levadura en el crecimiento, produccion de energia, produccion equivalente redox, produccion de biomasa, desarrollo, consumo de carbono, nitrogeno, azufre, fosfato, hidrogeno u oxigeno, o una salida de una reaccion particular al realizar las etapas de: (f) medios de procesamiento que proporcionan una matriz estequiometrica modificada, en donde dicha matriz estequiometrica modificada comprende al menos una fila de elementos que corresponden a coeficientes estequiometricos de una reaccion anadida, o carece de al menos una fila de elementos que corresponden a una reaccion delecionada, en comparacion con la matriz estequiometrica de la parte (a), (g) medios de procesamiento que modifican el conjunto de restricciones para especificar un limite superior o inferior de flujo a traves de la reaccion anadida o para delecionar un limite superior o inferior de flujo a traves de la reaccion delecionada, y (h) medios de procesamiento que determinan al menos una distribucion de flujo modificada al (i) identificar una pluralidad de vectores de flujo modificados que satisfacen la matriz estequiometrica modificada y satisfacen el conjunto de restricciones modificadas y(ii) identificar al menos una combinacion lineal de los vectores de flujo modificados que minimiza o maximiza dicha funcion objetivo, simulando asi una funcion fisiologica de levadura relacionada con el gen heterologo o el gen delecionado.

5. 发明专利

AU2002348089B2 Compositions and methods for modeling saccharomyces cerevisiae metabolism 未知
公开(公告)号：AU2002348089B2
公开(公告)日：2008-10-16
申请号：AU2002348089
申请日：2002-10-24
申请人： UNIV CALIFORNIA
发明人： NIELSEN JENS B , PALSSON BERNHARD O , FAMILI IMANDOKHT , FORSTER JOCHEN , FU PENGCHENG
IPC分类号： G06F17/30 , G06F19/12 , G06F19/18
摘要： The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive of a S. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention. The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive of a S. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention.

6. 发明专利

CA2462099A1 COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODELING SACCHAROMYCES CEREVISIAE METABOLISM 未知
公开(公告)号：CA2462099A1
公开(公告)日：2003-05-01
申请号：CA2462099
申请日：2002-10-24
申请人： NIELSEN JENS B , UNIV CALIFORNIA , FORSTER JOCHEN
发明人： NIELSEN JENS B , FAMILI IMANDOKHT , FORSTER JOCHEN , FU PENGCHENG , PALSSON BERNHARD O
IPC分类号： G06F17/30 , G06F19/12 , G06F19/18 , G06F19/00 , C12Q1/02 , C12N1/18 , G01N33/48
摘要： The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive ofa s. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention.

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