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1. 发明公开

KR1020040062457A 환경변수를 포함한 단백질의 열역학적 에너지 분석에 따른단백질의 자연구조 안정성 분석방법 有权
标题翻译：蛋白质自然结构稳定性分析方法根据含有环境参数的蛋白质的热力学能量测定
公开(公告)号：KR1020040062457A
公开(公告)日：2004-07-07
申请号：KR1020040025947
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68 , G06F19/20
CPC分类号： G06F19/16 , G01N33/6803 , G06F19/24
摘要： PURPOSE: An analytical method of protein natural structure stability according to thermodynamic energy assay of protein containing environmental parameters is provided, thereby stabilizing the natural structure of protein, and easily determining whether the protein structure to be analyzed is natural structure. CONSTITUTION: The analytical method of protein natural structure stability according to thermodynamic energy assay of protein containing environmental parameters comprises judging whether decoy structure score of the new protein/protein group is larger than its natural structure score using energy parameters calculated by using groups, and calculating one or more of unfolded fraction, specific heat and internal energy defined in an approximate partition function, wherein the groups comprise a plurality of training protein group showing the natural structure extracted from the protein data of which amino acid sequence and tertiary structure via X-ray determination are known; a training decoy structure protein group which is formed by corresponding the amino acid sequence of protein A having length of NA to from a first amino acid to NA amino acid of protein B having the same or longer length of NB than NA, and repeating the correspondence with increasing one amino acid position of protein B; energy parameters containing all kinds of amino acids and one local environment selected from (1) three two-dimensional structures of amino acids and three hydrophobic classifications, (2) pairwise contact of two amino acids, (3) three two-dimensional structures of amino acids, three hydrophobic classifications and pairwise contact of two amino acids, (4) Ramachandran angle of amino acids, and (5) Ramachandran angle of amino acids and pairwise contact of two amino acids, and calculated by using the energy equation showing energy level when a sequence s has a structure of letter "L" and using a condition when the decoy structure score - natural structure score > 0; new protein/protein group which does not belong to the training protein group; and new decoy structure protein group which is formed by the same method of the training protein group using the training protein group.
摘要翻译：目的：提供蛋白质天然结构稳定性分析方法，根据含有蛋白质的环境参数的热力学能量测定法，从而稳定蛋白质的天然结构，容易确定待分析的蛋白质结构是否为天然结构。构成：根据含有环境参数的蛋白质热力学能量测定蛋白质天然结构稳定性的分析方法，包括使用通过使用组计算的能量参数判断新蛋白质/蛋白质组的诱饵结构评分是否大于其天然结构评分，并计算在一个近似分配函数中定义的一个或多个未折叠部分，比热和内部能量，其中所述组包括多个训练蛋白质组，其显示从蛋白质数据提取的天然结构，其中通过X射线的氨基酸序列和三级结构决心是已知的; 通过对应于长度为NA的蛋白A的氨基酸序列形成的训练诱饵结构蛋白质组，其具有与NA相同或更长的NB的蛋白B的第一氨基酸至NA氨基酸，并重复对应蛋白B的一个氨基酸位置增加; 含有各种氨基酸和一种局部环境的能量参数，选自（1）三个氨基酸的二维结构和三个疏水性分类，（2）两个氨基酸的成对接触，（3）氨基的三个二维结构酸，三个疏水性分类和两个氨基酸的成对接触，（4）氨基酸的Ramachandran角，和（5）氨基酸的Ramachandran角和两个氨基酸的成对接触，并且通过使用显示能级的能量方程序列具有字母“L”的结构，并且当诱饵结构得分 - 自然结构得分> 0时使用条件; 不属于训练蛋白组的新蛋白/蛋白质组; 和采用训练蛋白质组培养蛋白质组相同方法形成的新诱饵结构蛋白质组。

2. 发明公开

KR1020140051674A 약물로 인한 신장독성의 조기 진단 방법 无效
标题翻译：用于早期检测药物诱导的非敏感性的方法
公开(公告)号：KR1020140051674A
公开(公告)日：2014-05-02
申请号：KR1020120117983
申请日：2012-10-23
申请人： 부산대학교 산학협력단
发明人： 김형식 , 원아진 , 김태형 , 김석만 , 이병무
IPC分类号： G01N33/50 , G01N33/84
摘要： The present invention relates to a method for the early detection of drug-induced nephrotoxicity by using a novel index material useful for detecting drug-induced nephrotoxicity in the early stages. The method for the early detection of drug-induced nephrotoxicity uses 3-indoxyl sulfate, which is a novel biomarker for the early detection of nephrotoxicity and has excellent sensitivity and specificity to drug-induced nephrotoxicity in urine, serum, and renal tissues of a target object; and trigonelline as a marker, to effectively detect the symptoms in the kidney of the target object in the early stages by a simple method, thereby being widely used in various fields such as the diagnosis of acute renal failure due to drugs which can often arise during clinical treatment and a clinical test which is necessary for new drug development.
摘要翻译：本发明涉及通过使用用于早期检测药物诱导的肾毒性的新型指标材料来早期检测药物诱导的肾毒性的方法。早期检测药物性肾毒性的方法采用3-吲哚硫酸硫酸盐，它是早期检测肾毒性的新型生物标志物，对目标的尿液，血清和肾组织中药物诱导的肾毒性具有极好的敏感性和特异性目的; 和葫芦巴作为标记物，通过简单的方法在早期阶段有效地检测目标物体的肾脏症状，从而被广泛用于各种领域，例如由于药物引起的急性肾功能衰竭的诊断，临床治疗和新药开发所必需的临床试验。

3. 发明公开

KR1020040062456A 라마찬드란 각과 아미노산간의 결합을 포함한 열역학적에너지 함수에 의한 단백질의 구조 안정성 분석방법 有权
标题翻译：通过含有两个氨基酸的拉马山角角度和相互作用的热力学能函数的蛋白质结构稳定性分析方法
公开(公告)号：KR1020040062456A
公开(公告)日：2004-07-07
申请号：KR1020040025945
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68 , G06F19/20
CPC分类号： G06F19/16 , G01N33/6803 , G06F19/24
摘要： PURPOSE: An analytical method of protein structure stability by thermodynamic energy function containing Ramachandran angle and interaction between two amino acids is provided, thereby easily determining whether the protein structure to be analyzed is natural structure. CONSTITUTION: The analytical method of protein structure stability by thermodynamic energy function containing Ramachandran angle and interaction between two amino acids comprises judging whether the new protein/protein group satisfies the mathematical equation 9 using the score parameters, wherein the score parameters are calculated by the mathematical equation 9 using the groups, wherein the groups comprise a plurality of training protein group showing the natural structure extracted from the protein data of which amino acid sequence and tertiary structure via X-ray determination are known; a training decoy structure protein group which is formed by corresponding the amino acid sequence of protein A having length of NA to from a first amino acid to NA amino acid of protein B having the same or longer length of NB than NA, and repeating the correspondence with increasing one amino acid position of protein B; score parameters calculated by the mathematical equation 9 using score function showing energy level when a sequence s has a structure of letter "L" and containing all kinds of amino acids and local environment; new protein/protein group which does not belong to the training protein group; and new decoy structure protein group which is formed by the same method of the training protein group using the training protein group.
摘要翻译：目的：提供含有Ramachandran角度和两个氨基酸相互作用的热力学能量函数的蛋白质结构稳定性分析方法，从而容易地确定待分析的蛋白质结构是否是天然结构。构成：含有Ramachandran角度和两个氨基酸相互作用的热力学能量函数的蛋白质结构稳定性分析方法包括使用分数参数判断新蛋白质/蛋白质组是否满足数学方程9，其中得分参数由数学方程9，其中所述基团包含多个训练蛋白质组，其显示从已知其通过X射线测定的氨基酸序列和三级结构的蛋白质数据提取的天然结构; 通过对应于长度为NA的蛋白A的氨基酸序列形成的训练诱饵结构蛋白质组，其具有与NA相同或更长的NB的蛋白B的第一氨基酸至NA氨基酸，并重复对应蛋白B的一个氨基酸位置增加; 采用数学方程9计算的分数参数，使用序列s具有字母“L”结构并含有各种氨基酸和局部环境的能级的分数函数; 不属于训练蛋白组的新蛋白/蛋白质组; 和采用训练蛋白质组培养蛋白质组相同方法形成的新诱饵结构蛋白质组。

4. 发明公开

KR1020040052611A 라마찬드란 각을 포함한 통계적 환경점수 함수에 의한단백질 구조안정성 분석 방법 有权
标题翻译：蛋白质结构稳定性分析方法由统计环境分数函数包含RAMACHANDRAN角度
公开(公告)号：KR1020040052611A
公开(公告)日：2004-06-23
申请号：KR1020040025944
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68
CPC分类号： G06F19/16 , G01N33/6803 , G06F19/24
摘要： PURPOSE: An analytical method of protein structure stability by statistical environment score function containing Ramachandran angle is provided, thereby improving the recognition rate of natural structure of protein by introduction of a new environment termination parameter. CONSTITUTION: The analytical method of protein structure stability by statistical environment score function containing Ramachandran angle comprises calculating the environment score of a new protein/protein group and decoy structures and comparing the scores, using an environment score function showing quantity of energy degree, calculated by the mathematical equations 5 and 6 and comprising a plurality of training protein group showing the natural structure extracted from the protein data of which amino acid sequence and tertiary structure via X-ray determination are known; new protein/protein group does not belong to the training protein group; a protein group having decoy structures which are possessed by the new protein/protein group, and are formed by corresponding the amino acid sequence of protein A having length of NA to from a first amino acid to NA amino acid of protein B having the same or longer length of NB than NA, and repeating the correspondence with increasing one amino acid position of protein B; and all kinds of amino acids and local environment, wherein i is amino acid and has 1-20; and m is environment termination parameter and has 1 to mmax.
摘要翻译：目的：提供包含Ramachandran角度的统计环境评分函数对蛋白质结构稳定性的分析方法，通过引入新的环境终止参数提高蛋白质天然结构的识别率。构成：通过含有Ramachandran角度的统计环境评分函数对蛋白质结构稳定性的分析方法包括计算新蛋白质/蛋白质组和诱饵结构的环境评分，并比较得分，使用显示能量程度的环境评分函数，由数学方程式5和6并且包括多个训练蛋白质组，其显示从已经通过X射线测定的氨基酸序列和三级结构的蛋白质数据中提取的天然结构; 新蛋白/蛋白质组不属于训练蛋白组; 具有由新蛋白质/蛋白质组所具有的诱饵结构的蛋白质组，并且通过相应地具有长度为NA的蛋白A的氨基酸序列从具有相同蛋白B的第一氨基酸至NA氨基酸形成的蛋白质组，或 NB的长度比NA长，重复与增加蛋白B的一个氨基酸位置的对应关系; 和各种氨基酸和局部环境，其中i是氨基酸并具有1-20; m为环境终止参数，为1〜mmax。

5. 发明授权

KR100573788B1 환경변수를 포함한 단백질의 열역학적 에너지 분석에 따른단백질의 자연구조 안정성 분석방법 有权
标题翻译：根据含有环境参数的热力学能量分析蛋白质天然结构稳定性分析
公开(公告)号：KR100573788B1
公开(公告)日：2006-04-24
申请号：KR1020040025947
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68 , G06F19/20
摘要： 본 발명은, 단백질의 구조안정성 분석방법에 관한 것으로, 환경변수를 고려한 다섯가지의 에너지(점수)함수를 신경망학습이론 및 단백질 스레딩을 통하여 구축/디자인함과 동시에 에너지(점수)파라메타를 계산하고, 상기 에너지함수 및 에너지파라메타를 이용하여 신규단백질에 대한 열역학적인 거동을 살펴봄에 의해 주어진 신규단백질이 자연 상태 구조를 나타내는지의 여부를 판단시키는 환경변수를 포함한 단백질의 열역학적 에너지 분석에 따른 단백질의 자연구조 안정성 분석방법을 기술적 요지로 한다. 이에 따라, 앙상블의 형태로 보고되어지는 NMR 단백질 데이타 및 이론적 계산으로 주어지는 단백질 구조에 대하여 열역학적인 거동을 살펴봄에 의해 자연구조 여부에 대한 판단이 가능하다는 이점이 있다.
환경변수 에너지함수 에너지파라메타 열역학 단백질 에너지 신경망학습 스레딩

6. 发明授权

KR102134516B1 치주 질환 진단용 바이오마커 및 이를 이용한 진단키트 有权
公开(公告)号：KR102134516B1
公开(公告)日：2020-07-16
申请号：KR1020180124567
申请日：2018-10-18
申请人： 부산대학교 산학협력단
发明人： 정진 , 나희삼 , 김석만
IPC分类号： G01N33/53

7. 发明授权

KR100573796B1 라마찬드란 각을 포함한 통계적 환경점수 함수에 의한단백질 구조안정성 분석 방법 有权
标题翻译：通过包含Ramachandran角度的统计环境评分函数分析蛋白质结构稳定性
公开(公告)号：KR100573796B1
公开(公告)日：2006-04-24
申请号：KR1020040025944
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68
摘要： 본 발명은 단백질 구조 안정성 분석방법에 관한 것으로, 일반적인 환경맺음변수인 이차구조(α-헬릭스, β-스트랜드와 loop 구조) 3가지 및 소수성(혹은 용매화)의 정도에 따라 용매에 노출된 비율 정도의 값 3가지(10% 미만, 10~50%, 그리고 50%를 초과하는 값)이외에 각 아미노산이 잔기들의 영향으로 인한 공간적 제약을 나타내는 라마찬드란 각을 새로운 환경맺음변수로 도입하여 통계적 방법에 의한 환경점수 함수를 구함에 의해 각 단백질을 구성하는 아미노산의 환경을 정확하게 기술함으로써 단백질의 자연구조 인식율의 향상을 나타내는 것을 기술적 요지로 하고 있다. 즉, 기존의 알려진 다른 단백질구조 데이타를 이용하여 디코이 구조를 형성하고, 상기 환경점수 함수를 이용하여 자연구조와 디코이구조를 비교함에 의해 자연구조를 인식하는 방법에 있어서, 라마찬드란각을 고려함으로 인하여 보다 높은 신뢰성을 줄 수 있어 단백질의 구조 안정성 분석에 유용하다는 이점이 있다.
스레딩 단백질 환경맺음변수 환경점수 함수 라마찬드란

8. 发明授权

KR100573786B1 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성분석방법 有权
标题翻译：分析造成疾病的蛋白质及其突变体的结构稳定性
公开(公告)号：KR100573786B1
公开(公告)日：2006-04-24
申请号：KR1020040025946
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68
CPC分类号： G01N33/5438 , C12Q1/001
摘要： 본 발명은 유전질병 단백질 및 돌연변이 단백질의 구조 안정성분석방법에 관한 것으로, 상기한 목적을 달성하기 위한 본 발명은, 단백질데이타베이스에서 추출되는 자연구조를 나타내는 복수개의 훈련 단백질군과; 상기 훈련 단백질군을 스레딩을 통해 디코이(decoy)구조를 형성함에 의해 형성된 훈련 디코이(decoy)구조 단백질군과; 모든종류의 아미노산을 포함하고, 단백질의 구조결정에 영향을 미치는 여러가지 환경인자를 고려하여 에너지 정도를 양적으로 나타낸 에너지함수를 이용하여 계산된 에너지함수 파라메타와; 상기 훈련단백질군에 속하지 아니하는 자연타입 단백질과; 변이된 변이단백질/변이단백질군과; 상기 훈련단백질군을 이용하여 자연타입 단백질과, 변이단백질/변이단백질군에 대하여 형성시킨 신규 디코이 구조 단백질군;에서 에너지함수 파라메타를 이용하여 근사 분배함수를 구하고 이 분배함수를 통하여 비열식을 이용하여 온도변화에 따른 비열값을 측정하여 자연타입단백질과 변이단백질/변이단백질군의 최고비열값과 전이온도를 비교하는 것을 기술적 요지로 하고 있다. 따라서 임상을 거치지 않고도 미지의 변이 단백질이 질병을 일으키는지의 여부를 간단하게 확인할 수 있는 유용한 잇점이 있다.
라마찬드란 유전질병 단백질 환경파라메타 에너지함수

9. 发明授权

KR100573799B1 단백질 고차구조를 포함한 열역학적 에너지 함수에 의한단백질의 구조 안정성 분석방법 有权
标题翻译：通过含有蛋白质高维结构的热力学能量函数分析蛋白质结构的稳定性
公开(公告)号：KR100573799B1
公开(公告)日：2006-04-24
申请号：KR1020040025943
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68 , G06F19/18
摘要： 본 발명은 단백질 구조 안정성 분석방법에 관한 것으로, 환경변수인 이차구조(α-헬릭스, β-스트랜드와 loop 구조) 3가지 및 소수성(혹은 용매화)의 정도에 따라 용매에 노출된 비율 정도의 값 3가지(10% 미만, 10~50%, 그리고 50%를 초과하는 값) 및/또는 아미노산과 아미노산의 짝짓기 접촉(pairwise contact)을 고려한 환경점수를 제시하여, 서열이 자연구조에 있을 때의 점수가 경쟁구조에 있을 때의 점수보다 항상 낮도록 하는 조건을 이용하여 점수 파라메타를 구하고, 상기 점수파라메타를 이용하여 다른 테스트 단백질의 구조가 자연구조에 가까운지를 분석시키는 것이다. 즉, 단백질들의 자연구조를 안정화 시킬 수 있는 단백질 점수(에너지) 함수를 신경망 학습이론과 단백질 스레딩을 통하여 디자인/구축시키는 단백질 고차구조를 포함한 열역학적 에너지 함수에 의한 단백질의 구조 안정성 분석방법을 기술적 요지로 한다. 이에 따라, 환경변수를 고려한 환경 점수함수를 도입함과 동시에 신경망 학습이론 및 스레딩 테스트에 의해 주어진 단백질의 구조가 자연구조인지의 여부를 판단하는 단백질의 구조안정성 분석에 유용하다는 이점이 있다.
신경망 학습 스레딩 단백질 환경변수 점수파라메타 점수함수

10. 发明授权

KR100573792B1 라마찬드란 각과 아미노산간의 결합을 포함한 열역학적에너지 함수에 의한 단백질의 구조 안정성 분석방법 有权
标题翻译：通过含有Ramachandran角的热力学能量函数和两个氨基酸之间的相互作用来分析蛋白质结构的稳定性
公开(公告)号：KR100573792B1
公开(公告)日：2006-04-24
申请号：KR1020040025945
申请日：2004-04-14
申请人： 부산대학교 산학협력단 , 주식회사 엔솔바이오사이언스
发明人： 장익수 , 김석만 , 문은정 , 천무경 , 허무영 , 정광훈 , 김해진
IPC分类号： G01N33/68 , G06F19/20
摘要： 본 발명은 단백질 구조 안정성 분석방법에 관한 것으로, 환경변수인 이차구조(α-헬릭스, β-스트랜드와 loop 구조) 3가지 및 소수성(혹은 용매화)의 정도에 따라 용매에 노출된 비율 정도의 값 3가지(10% 미만, 10~50%, 그리고 50%를 초과하는 값) 및 라마찬드란 각을 포함하는 라마원바디 및/또는 아미노산과 아미노산의 짝짓기 접촉(pairwise contact)을 고려한 투바디 환경점수를 제시하여, 서열이 자연구조에 있을 때의 점수가 경쟁구조에 있을 때의 점수보다 항상 낮도록 하는 조건을 이용하여 점수 파라메타를 구하고, 상기 점수파라메타를 이용하여 다른 테스트 단백질의 구조가 자연구조에 가까운지를 분석시키는 것이다. 즉, 단백질들의 자연구조를 안정화 시킬 수 있는 단백질 점수(에너지) 함수를 신경망 학습이론과 단백질 스레딩을 통하여 디자인/구축시키는 라마찬드란 각과 아미노산간의 결합을 포함한 열역학적 에너지 함수에 의한 단백질의 구조 안정성 분석방법을 기술적 요지로 한다. 이에 따라, 라마찬드란각을 포함한 환경변수를 이용한 환경 점수함수를 도입함과 동시에 신경망 학습이론 및 스레딩 테스트에 의해 주어진 단백질의 구조가 자연구조인지의 여부를 판단하는 단백질의 구조안정성 분석에 유용하다는 이점이 있다.
신경망 학습 단백질스레딩 환경변수 점수파라메타 점수함수 라마찬드란

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