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41. 发明申请

WO2010037001A2 SELECTIVE OXIDATION OF 5-METHYLCYTOSINE BY TET-FAMILY PROTEINS 审中-公开
标题翻译：通过家族蛋白质选择性氧化5-甲基喹啉
公开(公告)号：WO2010037001A2
公开(公告)日：2010-04-01
申请号：PCT/US2009/058562
申请日：2009-09-28
申请人： IMMUNE DISEASE INSTITUTE, INC. , CHILDREN'S MEDICAL CENTER CORPORATION , THE UNITED STATES OF AMERICA, AS REPRESENTED BY THE SECRETARY, DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES [A/K/A THE GOVERNMENT] , RAO, Anjana , TAHILIANI, Mamta , KOH, Kian Peng , AGARWAL, Suneet , IYER, Aravind
发明人： RAO, Anjana , TAHILIANI, Mamta , KOH, Kian Peng , AGARWAL, Suneet , IYER, Aravind
IPC分类号： C12N5/0783 , C12N9/02 , C12Q1/68 , G01N33/53
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12N5/0018 , C12N5/0607 , C12N5/0637 , C12N5/0696 , C12N9/0071 , C12N15/873 , C12N2501/15 , C12N2501/602 , C12N2501/603 , C12N2501/604 , C12N2501/606 , C12N2501/70 , C12N2501/71 , C12N2501/999 , C12N2506/1307 , C12N2506/1353 , C12N2510/00 , C12Q1/26 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C12Q1/6886 , C12Q2600/154 , G01N33/5011 , G01N33/5308 , G01N33/57426 , G01N33/57484 , G01N33/57496 , G01N2500/00 , C12Q2537/164 , C12Q2522/10 , C12Q2521/531
摘要： The present invention provides for novel methods for regulating and detecting the cytosine methylation status of DNA. The invention is based upon identification of a novel and surprising catalytic activity for the family of TET proteins, namely TET1, TET2, TET3, and CXXC4. The novel activity is related to the enzymes being capable of converting the cytosine nucleotide 5-methylcytosine into 5-hydroxymethylcytosine by hydroxylation.
摘要翻译：本发明提供了调节和检测DNA的胞嘧啶甲基化状态的新方法。本发明基于鉴定TET蛋白家族即TET1，TET2，TET3和CXXC4的新颖且令人惊奇的催化活性。该新的活性与能够通过羟基化将胞嘧啶核苷酸5-甲基胞嘧啶转化为5-羟甲基胞嘧啶的酶有关。

42. 发明申请

WO2010030604A2 METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETERMINING AND MONITORING DIETARY SUPPLEMENTATION 审中-公开
标题翻译：用于确定和监测膳食补充的方法和组合物
公开(公告)号：WO2010030604A2
公开(公告)日：2010-03-18
申请号：PCT/US2009/056237
申请日：2009-09-08
申请人： CODE NUTRITION, LLC , BEARRS, David
发明人： BEARRS, David
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N33/02 , G01N33/50
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2521/125 , C12Q2537/164
摘要： Methods for determining dietary supplements suitable for a subject and methods for monitoring and for adjusting dietary supplementation are provided. In specific embodiments, the methods described include obtaining a genetic sample from a subject and assessing DNA methylation at one or more sites within the subject's genome. The DNA methylation patterns exhibited in the subject's genome may then be matched to one or more dietary supplements suitable for altering DNA methylation. In further embodiments, the methods described herein include monitoring the effect of dietary supplementation and altering the dosing or nature of the dietary supplement(s) administered to a subject in order to achieve a targeted DNA methylation. Dietary supplements suitable for altering DNA methylation in a subject are also provided herein.
摘要翻译：提供了用于确定适合于受试者的膳食补充剂的方法以及用于监测和调节膳食补充剂的方法。在具体实施方案中，所述方法包括从受试者获得遗传样品并评估受试者基因组内的一个或多个位点处的DNA甲基化。然后可以将受试者基因组中显示的DNA甲基化模式与适合于改变DNA甲基化的一种或多种膳食补充剂相匹配。在另外的实施方案中，本文所述的方法包括监测膳食补充的作用并改变施用于受试者的膳食补充剂的给药或性质以实现靶向DNA甲基化。本文还提供了适合于改变受试者DNA甲基化的膳食补充剂。

43. 发明申请

WO2010022098A2 DNA METHYLATION DETECTION METHODS 审中-公开
标题翻译： DNA甲基化检测方法
公开(公告)号：WO2010022098A2
公开(公告)日：2010-02-25
申请号：PCT/US2009054220
申请日：2009-08-18
申请人： LIFE TECHNOLOGIES CORP , DONG SHOULIAN , STEVENS JUNKO
发明人： DONG SHOULIAN , STEVENS JUNKO
IPC分类号： C12Q1/68 , C12N15/11
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q2537/164 , C12Q2522/101
摘要： The present teachings provide DNA methylation quantification methods that avoid bisulfite treatment of DNA. Methylation-specific binding proteins (MeDNA binding proteins) and non-methylation specific binding proteins (non-MeDNA binding proteins) are employed in various embodiments to modulate the accessibility of nucleic acids to primer extension reactions. After selectively removing the target nucleic acids, the extension products can be analyzed and methylation quantitated. In some embodiments, the analysis comprises real-time PCR.
摘要翻译：本教导提供了避免亚硫酸氢盐处理DNA的DNA甲基化定量方法。甲基化特异性结合蛋白（MeDNA结合蛋白）和非甲基化特异性结合蛋白（非MeDNA结合蛋白）用于各种实施方案中以调节核酸对引物延伸反应的可及性。在选择性除去靶核酸后，可以分析延伸产物并定量甲基化。在一些实施方案中，分析包括实时PCR。

44. 发明申请

WO2009151150A1 ＤＮＡを定量又は検出する方法审中-公开
标题翻译：定量或检测DNA的方法
公开(公告)号：WO2009151150A1
公开(公告)日：2009-12-17
申请号：PCT/JP2009/061068
申请日：2009-06-11
申请人：住友化学株式会社 , 冨ヶ原祥隆 , 佐藤日出夫 , 樽井弘和
发明人：冨ヶ原祥隆 , 佐藤日出夫 , 樽井弘和
IPC分类号： C12N15/09 , C12Q1/25 , C12Q1/68 , G01N33/53
CPC分类号： C12Q1/6816 , C12Q1/6804 , C12Q1/6827 , C12Q1/6834 , C12Q1/6886 , C12Q2563/107 , C12Q2537/164 , C12Q2521/125 , C12Q2565/30 , C12Q2523/125 , C12Q2521/531
摘要：本発明は、検体中に含まれる目的とするＤＮＡ領域を有するＤＮＡを定量又は検出する方法等に関する。
摘要翻译：本发明涉及用于定量或检测具有包含在样本中的目标DNA区域的DNA的方法。

45. 发明申请

WO2009151149A1 ＤＮＡを定量又は検出する方法审中-公开
标题翻译：检测或定量DNA的方法
公开(公告)号：WO2009151149A1
公开(公告)日：2009-12-17
申请号：PCT/JP2009/061067
申请日：2009-06-11
申请人：住友化学株式会社 , 冨ヶ原祥隆 , 佐藤日出夫 , 樽井弘和
发明人：冨ヶ原祥隆 , 佐藤日出夫 , 樽井弘和
IPC分类号： C12N15/09 , C12Q1/25 , C12Q1/68 , G01N33/53
CPC分类号： G01N33/57484 , C12Q1/6816 , C12Q1/6827 , C12Q1/6886 , G01N33/5308 , C12Q2537/164 , C12Q2522/101 , C12Q2521/125
摘要：本発明は、検体中に含まれる目的とするＤＮＡ領域を有するＤＮＡを定量又は検出する方法等に関する。
摘要翻译：公开了用于检测或定量包含目标DNA区域的DNA标本的方法。

46. 发明申请

WO2009147549A1 THERAPY DELIVERY AND MONITORING USING A GENE OF INTEREST-REPORTER FUSION PROTEIN AND OPTICAL IMAGING 审中-公开
标题翻译：使用感兴趣的融合蛋白和光学成像的基因进行治疗和监测
公开(公告)号：WO2009147549A1
公开(公告)日：2009-12-10
申请号：PCT/IB2009/052010
申请日：2009-05-14
申请人： KONINKLIJKE PHILIPS ELECTRONICS N. V. , DIMITROVA, Nevenka , MITTAL, Chetan
发明人： DIMITROVA, Nevenka , MITTAL, Chetan
IPC分类号： C12N15/62 , C07K14/71 , C07K14/435 , C12Q1/68 , G01N33/50
CPC分类号： C12N15/62 , C07K14/43595 , C07K14/71 , C07K2319/60 , C12Q1/6897 , C12Q2537/164 , C12Q2525/207 , C12Q2525/143
摘要： The present invention relates to a method of non-invasively monitoring the expression of a gene of interest in a cell when contacting said cell with a compound influencing the expression of said gene of interest. The present invention is also concerned with different isolated nucleic acid molecules comprising a coding sequence. Said coding sequence comprises a gene of interest-sequence encoding a gene of interest-polypeptide fused to a reporter sequence encoding a fluorescent reporter polypeptide and is operatively coupled to a promoter sequence. The present invention is also concerned with the use of a method and a nucleic acid molecule of the invention for delivering a compound influencing the expression of a gene of interest in a cell, monitoring the delivery of said compound as well as monitoring the influence on the expression of said gene of interest induced by said compound at the same time.
摘要翻译：本发明涉及当使所述细胞与影响目标基因表达的化合物接触时非侵入性地监测细胞中目的基因的表达的方法。本发明还涉及包含编码序列的不同分离的核酸分子。所述编码序列包含编码与编码荧光报道多肽的报告基因融合的感兴趣基因多肽的目标基因序列，并且可操作地偶联至启动子序列。本发明还涉及本发明的方法和核酸分子用于递送影响细胞中目的基因表达的化合物，监测所述化合物的递送以及监测对所述化合物的影响所述化合物同时诱导的所述感兴趣的基因的表达。

47. 发明申请

WO2009134612A2 METHODS AND COMPOSITIONS RELATED TO QUANTITATIVE ARRAY BASED METHYLATION ANALYSIS 审中-公开
标题翻译：与定量阵列甲基化分析相关的方法和组合
公开(公告)号：WO2009134612A2
公开(公告)日：2009-11-05
申请号：PCT/US2009/040378
申请日：2009-04-13
申请人： UNIVERSITY OF UTAH RESEARCH FOUNDATION , CHAGOVETZ, Alexander, M. , BLAIR, Steven, M. , JENSEN, Randy, L. , LOWDER, Bryan, J.
发明人： CHAGOVETZ, Alexander, M. , BLAIR, Steven, M. , JENSEN, Randy, L. , LOWDER, Bryan, J.
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6813 , C12Q1/6827 , C12Q1/6837 , C40B30/04 , C12Q2522/101 , C12Q2565/101 , C12Q2565/501 , C12Q2537/164
摘要： Disclosed are compositions and a method for detection of methylation based on quantitative arrays.
摘要翻译：公开了基于定量阵列检测甲基化的组合物和方法。

48. 发明申请

WO2008123538A1 ＤＮＡメチル化測定方法审中-公开
公开(公告)号：WO2008123538A1
公开(公告)日：2008-10-16
申请号：PCT/JP2008/056525
申请日：2008-03-26
申请人：住友化学株式会社 , 冨ヶ原祥隆 , 樽井弘和
发明人：冨ヶ原祥隆 , 樽井弘和
IPC分类号： C12Q1/68 , C07K16/44 , C12N15/09
CPC分类号： G01N33/5308 , C12Q1/68 , C12Q2537/164
摘要：本発明は、生物由来検体に含まれるゲノムＤＮＡ中の目的とするＤＮＡ領域におけるメチル化されたＤＮＡの含量を測定する方法等に関する。

49. 发明申请

WO2007104318A3 OLIGONUCLEOTIDES COMPRISING SIGNALLING PAIRS AND HYDROPHOBIC NUCLEOTIDES, STEMLESS BEACONS, FOR DETECTION OF NUCLEIC ACIDS, METHYLATION STATUS AND MUTANTS OF NUCLEIC ACIDS 审中-公开
标题翻译：包含信号对和疏水性核素的寡核苷酸，用于检测核酸的核酸，甲基化状态和核酸的突变体
公开(公告)号：WO2007104318A3
公开(公告)日：2008-03-20
申请号：PCT/DK2007000134
申请日：2007-03-16
申请人： PENTABASE APS , CHRISTENSEN ULF BECH
发明人： CHRISTENSEN ULF BECH
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/00
CPC分类号： C12Q1/6813 , C12Q2535/131 , C12Q2537/164
摘要： The invention relates to novel oligonucleotides comprising a signalling pair and at least hydrophobic nucleotide. The oligonucleotide analogues are useful for detecting the status of nucleic acid sequences, such as presence, expression, methylation and/or mutation, in particular single point mutations and other sequences where the variation between the correct target and other targets may vary in as little as one nucleotide. The invention also relates to new ways of detecting sequence differences and optimizing conditions by using oligonucleotide analogues and readily available instruments. In particular the invention relates to specifically detecting quantity of a target nucleic acids or detecting one sequence over others that may vary in as little as one nucleotide using oligonucleotides or oligonucleotide analogues comprising a signalling pair and at least one hydrophobic nucleotide, such as a nucleotide analogue comprising an intercalator .
摘要翻译：本发明涉及包含信号对和至少疏水性核苷酸的新型寡核苷酸。寡核苷酸类似物可用于检测核酸序列的状态，例如存在，表达，甲基化和/或突变，特别是单点突变和其他序列，其中正确的靶标和其他靶标之间的变化可以以少至一个核苷酸。本发明还涉及通过使用寡核苷酸类似物和容易获得的仪器检测序列差异和优化条件的新方法。特别地，本发明涉及特异性检测目标核酸的量或检测其它序列，其可以使用寡核苷酸或寡核苷酸类似物（其包含信号对和至少一个疏水核苷酸，例如核苷酸类似物包括嵌入剂。

50. 发明申请

WO2006084051A2 USE OF ID4 FOR DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CANCER 审中-公开
标题翻译：使用ID4进行诊断和治疗癌症
公开(公告)号：WO2006084051A2
公开(公告)日：2006-08-10
申请号：PCT/US2006003706
申请日：2006-02-01
申请人： WAYNE JOHN CANCER INST , HOON DAVE S B , UMETANI NAOYUKI
发明人： HOON DAVE S B , UMETANI NAOYUKI
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q2537/164 , C12Q2600/106 , C12Q2600/118 , C12Q2600/136 , C12Q2600/154 , G01N33/5011
摘要： Methods for diagnosis and treatment of cancer using ID4 are disclosed. Specifically, epigenetic inactivation of ID4 in colorectal carcinomas and breast correlates with poor differentiation and unfavorable prognosis. Further, aberrant hypermethylation of ID4 gene promoter region increases risk of metastasis in colorectal and breast cancer.
摘要翻译：公开了使用ID4诊断和治疗癌症的方法。具体来说，ID4在结肠直肠癌和乳腺癌中的表观遗传学失活与分化不良和预后不良相关。此外，ID4基因启动子区域的异常高甲基化增加了结肠直肠癌和乳腺癌转移的风险。

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