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1. 发明授权

KR101922129B1 차세대 시퀀싱을 이용하여 획득된 유전 정보를 압축 및 압축해제하는 방법 및 장치 有权
公开(公告)号：KR101922129B1
公开(公告)日：2018-11-26
申请号：KR1020120143620
申请日：2012-12-11
申请人： 삼성전자주식회사
发明人： 브홀라바이샬 , 카즈이크발나딜 , 보파르디카시암선더아지트 , 말라바라푸라마스리칸쓰 , 나라야난란가비탈 , 안태진
IPC分类号： G06F19/00 , G06F17/10 , G06F9/06
CPC分类号： G06F17/30153 , G06F19/22 , G06F19/28
摘要： 유전정보를압축하는방법및 장치는리드들에관한리드정보및 참조서열에정렬된리드들의위치들에관한정렬정보를획득하고, 정렬된리드들에대응되는블록의어드레스에대한정보를포함하는압축파일을생성한다. 그리고, 유전정보를압축해제하는방법및 장치는유전정보에대한압축파일을획득하고, 획득된압축파일로부터입력된유전자검색정보에대응되는블록의어드레스를결정하고, 결정된어드레스에대응되는유전정보를선택적으로압축해제한다.

2. 发明公开

KR1020170106979A 구조 변이 및 위상 조정 정보를 시각화하기 위한 시스템 및 방법 审中-实审
标题翻译：用于可视化结构变化和相位调整信息的系统和方法
公开(公告)号：KR1020170106979A
公开(公告)日：2017-09-22
申请号：KR1020177021184
申请日：2016-01-13
申请人： 10엑스 제노믹스, 인크.
发明人： 슈날-레빈,미쉘 , 웅,알렉산더 , 스태퍼드,데이비드
IPC分类号： G06F19/26 , G06F19/18 , G06F19/28
CPC分类号： G06F19/28 , G06F19/22 , G06F19/26 , G06F19/70 , G06F19/18
摘要： 구조변이또는위상조정정보를제공하기위한시스템이제공된다. 상기시스템은샘플의표적핵산에대응하는핵산서열데이터세트에액세스한다. 상기데이터세트는헤더, 시놉시스및 데이터섹션을포함한다. 상기데이터섹션은복수의서열분석판독을포함한다. 각각의서열분석판독은표적핵산의서브세트에대응하는제1 부분및 복수의식별자중 서열분석판독을위한식별자를인코딩하는제2 부분을포함한다. 상기시스템의메모리내의하나이상의프로그램은상기시스템의마이크로프로세서를사용하여, 상기데이터세트로부터의구조변이또는위상조정정보에대한요청을수신하는하플로타입시각화툴을제공한다. 상기요청은상기시놉시스에대해평가되어, 이에따라, 상기데이터섹션의일부가식별된다. 구조변이또는위상조정정보는상기데이터섹션의식별부분을사용하여, 하플로타입시각화툴에디스플레이하기위해, 포맷화된다.
摘要翻译：提供了一种用于提供结构性移位或相位调节信息的系统。该系统访问对应于样品的靶核酸的一组核酸序列数据。数据集包括标题，简介和数据部分。数据部分包括多个序列分析读数。每个测序读取包括的测序读数对应于靶核酸的一个子集，其编码的部分中的第一标识符和多个标识符的第二部分。所述一个或多个程序在使用该系统的微处理器的系统的存储器中，并提供了用于接收针对所述数据的请求的单元型的可视化工具设置robuteoui结构变化或相位调节的信息。该请求被评估为摘要，以便识别数据部分的一部分。通过使用数据部分的识别部分，用于显示所述单倍型的可视化工具，和格式化结构变化或相位调节的信息。

3. 发明授权

KR101765999B1 암 바이오마커의 성능 평가 장치 및 방법 有权
标题翻译：评估癌症生物标志物性能的装置和方法
公开(公告)号：KR101765999B1
公开(公告)日：2017-08-08
申请号：KR1020150009686
申请日：2015-01-21
申请人： 서울대학교산학협력단
发明人： 박태성 , 권민석 , 이성영
IPC分类号： G06F19/18 , G06F19/28
CPC分类号： G06F19/18 , G06F19/28
摘要： 본발명의일실시예에따른암 바이오마커의성능평가장치는, 공개 DB로부터암 발현데이트세트를수집하여전처리하는전처리모듈과, 상기전처리된암 발현데이트세트를재배열하여새로운암 정보 DB를구축하는데이터베이스모듈과, 상기구축된새로운암 정보 DB를이용하여암 유형별로암 바이오마커의성능을평가하는성능평가모듈을포함으로써, 임의의선별된테스팅데이터세트에서저장된예측모델을이용한평가가가능하고, 선별된데이터세트를이용한리브-원-아웃교차-검증(LOOCV)의평가가가능하며, 사용자-제공의트레이닝데이터세트및 선별된테스팅데이터세트를이용한평가가가능하며, 그리고선별된트레이닝및 테스팅데이터세트를이용한다중마커의평가가가능하다.
摘要翻译：在根据本发明的一个实施方案中癌症生物标志物的评价装置包括一个预处理模块通过收集癌症表达的日期从公共DB设定，重新排列所述预治疗的癌症表达日期组构建新的癌症信息DB的预先处理以及性能评估模块，用于使用建立的新的癌症信息DB根据癌症的类型评估癌症生物标志物的性能，从而可以使用所存储的预测模型在任何选择的测试数据集中进行评估，可以使用选定的数据集评估rib-one-out交叉验证（LOOCV），用用户提供的训练数据集和选定的测试数据集进行评估，并执行选定的培训和测试可以使用数据集评估中间标记。

4. 发明授权

KR101693717B1 개인 전장 유전체의 유전변이정보를 이용한 생리활성변이 분석 시스템 有权
标题翻译：使用个体全基因组遗传变异数据的生物活性变异分析系统
公开(公告)号：KR101693717B1
公开(公告)日：2017-01-06
申请号：KR1020150187559
申请日：2015-12-28
申请人： (주)신테카바이오
发明人： 정종선
IPC分类号： G06F19/18 , G06F19/20 , G06F19/28 , G06F19/24
CPC分类号： G06F19/18 , G06F19/20 , G06F19/24 , G06F19/28
摘要： 본발명은게놈프로젝트에의해구축된다수전장유전체 DB와입력된개인전장유전체정보를비교하여개인유전체로부터생리활성변이정보를분석하여제공하는시스템에관한것으로, 본발명은개인유전체정보를포함하는분석데이터를입력받는분석데이터입력부와; 데이터베이스에저장된생리활성변이정보와상기분석데이터를대비하여상기분석데이터에포함된단백질결합과관련된아미노산에연관된염기의변이정보를포함하는분석결과를산출하여상기분석결과를통해결과리포트를생성하는검색제어부; 그리고상기분석데이터와대비하기위하여, 다양한단백질의바인딩위치의아미노산형태를결정하는유전자정보가저장된 BAV DB를포함하여구성된다. 이와같은본 발명에의하면, 대조군데이터베이스에저장된유전자변이정보와분석대상인개인유전체를효과적으로대비하여, 개인유전체의단백질결합아미노산관련변이를검출하여, 단백질관련유전특성을분석할수 있는효과가있다.

5. 发明公开

KR1020160103175A 세포 샘플에서의 암 세포들의 검출 및/또는 분류를 위한 방법 및 시스템 审中-实审
标题翻译：用于在细胞样品中检测和/或分类癌细胞的方法和系统
公开(公告)号：KR1020160103175A
公开(公告)日：2016-08-31
申请号：KR1020167022933
申请日：2012-07-16
申请人： 오비지오 이미징 시스템스 엔.브이.
发明人： 마뛰스필리쁘 , 조리스세르쥬 , 마그니에뜨올리비에
IPC分类号： G01N33/483 , G01N15/14 , G01N21/45 , G06K9/00 , G01B9/021 , G06F17/30 , G01N33/574
CPC分类号： G03H1/0443 , G01N15/1434 , G01N15/1475 , G01N21/45 , G01N33/4833 , G02B21/0004 , G02B21/365 , G03H1/0005 , G03H2001/005 , G03H2001/0452 , G03H2210/12 , G03H2226/02 , G06F17/3028 , G06F19/18 , G06F19/28 , G06K9/00134 , G06K9/00147 , G01N33/483 , G01B9/021 , G01N15/14 , G01N33/574 , G06F17/30 , G06K9/00
摘要： 현발명은세포샘플에서암 세포들을검출하고및/또는세포들을분류하는방법에관한것으로, 세포샘플을제공하는단계; 디지털홀로그래픽마이크로스코피 (DHM, digital holographic microscopy) 에의해상기세포샘플로부터홀로그래픽정보를획득하는단계; 상기홀로그래픽정보로부터적어도하나의세포파라미터를도출하는단계, 및; 상기세포샘플의세포들을분류하는단계를구비하고, 상기분류는상기세포파라미터들에기초하여, 상기세포샘플의세포들에대해스코링팩터 (Scoring Factor) 를지정함으로써일어나는것을특징으로한다. 두번째양태로, 본발명에개시된방법을채용하는, 세포샘플에서의암 세포들의검출및/또는세포들의분류를위한시스템이제공된다. 마지막양태로, 홀로그래픽정보와연관되는임계값들을구비하는데이터베이스를업데이트및/또는개선하기위한방법및 그와관련된데이터베이스가동일하게개시된다.
摘要翻译：本发明涉及用于检测细胞样品中癌细胞和/或细胞分类的方法，包括以下步骤：提供细胞样品; 通过数字全息显微镜（DHM）从所述细胞样品获得全息信息; 从所述全息信息导出至少一个蜂窝参数，以及; 细胞分类细胞样品; 其特征在于，基于所述细胞参数，通过为所述细胞样品细胞指定评分因子来进行所述分类。在第二方面，提供了用于检测细胞样品中的癌细胞和/或细胞分类的系统，采用本发明所公开的方法。在最后方面，同样公开了一种用于更新和/或改进数据库的方法，该数据库包括与全息信息相关联的阈值和与其相关的数据库。

6. 发明公开

KR1020160101708A 항암제 부작용 방지를 위한 개인별 단백질 손상 정보 기반의 항암제 선택 방법 审中-实审
标题翻译：基于个体遗传性蛋白质序列变异信息的个体化预防不良反应药物的方法
公开(公告)号：KR1020160101708A
公开(公告)日：2016-08-25
申请号：KR1020160018788
申请日：2016-02-17
申请人： 싸이퍼롬, 인코퍼레이티드
发明人： 김주한
IPC分类号： G06F19/22 , G06F19/18 , G06F19/28 , A61K48/00
CPC分类号： G06F19/18 , C12Q1/6886 , C12Q2600/106 , C12Q2600/156 , G06F19/22 , G06F19/28
摘要： 본발명은개인유전체염기서열분석을이용한, 개인별단백질손상정보기반의항암제선택방법및 시스템에관한것으로, 본발명에따른방법및 시스템은항암제의약력학또는약동학에관여하는다양한단백질을코딩하는유전자엑손영역의서열분석을통하여개인별로특정약물, 즉항암제에대한부작용또는위험성을예측할수 있는기술로서신뢰도가높을뿐 아니라, 적용범위또한넓은범용적기술이다.
摘要翻译：本发明涉及通过使用单独的基因组测序分析，基于各种蛋白质损伤信息来选择抗癌药物的方法和系统。根据本发明，该方法和系统是一种高可靠性和广泛应用的技术，其可以通过对每个人进行序列分析来预测每种个体的特定药物（换言之，抗癌药物）的副作用或风险用于编码涉及抗癌药物的药代动力学或药效学的各种蛋白质的基因的外显子部分。

7. 发明公开

KR1020160066560A ＢＡＭＢＡＭ：고처리율 서열분석 데이터의 병렬 비교 분석 审中-实审
标题翻译： BAMBAM：高通量测序数据的并行比较分析
公开(公告)号：KR1020160066560A
公开(公告)日：2016-06-10
申请号：KR1020167014294
申请日：2011-12-20
申请人： 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아
发明人： 샌본존재커리 , 하우슬러데이비드
IPC分类号： G06F19/10 , G06F19/28 , G06F19/24
CPC分类号： G06F19/28 , G06F3/04845 , G06F17/241 , G06F19/00 , G06F19/18 , G06F19/22 , G06N7/005 , G06Q50/24 , G16H10/60 , G16H50/20 , G16H50/30 , Y02A90/22 , Y02A90/26 , G06F19/10 , G06F19/24
摘要： 상이한서열대상 (differential sequence object) 은참조게놈서열에대한서브스트링의알려져있는위치를사용하는서열스트링의점증적동기화를통한서브스트링의정렬을기준으로구축된다. 이후, 참조게놈에대한관련있는변화만을포함하는출력물파일이생성된다.
摘要翻译：通过使用子串相对于参考基因组序列的已知位置的序列串的增量同步，基于子串的比对来构建不同的序列对象。此后，生成仅包含参考基因组的相关变化的输出文件。

8. 发明授权

KR101599922B1 이종 간에 작용하는 유전자 마커 디자인을 위한 CSGM 디자이너 플랫폼 有权
标题翻译：跨品种用于设计跨品种基因标记的基因标记设计者平台
公开(公告)号：KR101599922B1
公开(公告)日：2016-03-04
申请号：KR1020140141726
申请日：2014-10-20
申请人： 동아대학교 산학협력단
发明人： 최홍규 , 김진현 , 이채영 , 조예진 , 박주석
IPC分类号： G06F19/10
CPC分类号： G06F19/16 , G06F19/12 , G06F19/20 , G06F19/28
摘要： 본발명은 (a) 공개된유전체데이터베이스; (b) 상기 (a)의공개된유전체데이터베이스와연동하는분석모듈; 및 (c) 분석대상의분자마커염기서열을입력하는입력창(Input Window) 및제작된 PCR 프라이머를확인하는결과창(Result Window)을포함하는동적사용자인터페이스(GUI: Graphical User Interface)로이루어지는것을특징으로하는이종간에작용하는유전자마커 (CSGM: Cross-Species Genic Marker) 디자인을위한 CSGM 디자이너(Cross-Species Genic Marker Designer) 플랫폼, 상기 CSGM 디자이너플랫폼을이용하여이종간에작용하는유전자마커특이적프라이머를디자인하는방법및 상기방법을수행하기위한컴퓨터로판독가능한프로그램을기록한기록매체를제공한다.
摘要翻译：本发明提供了一种用于设计CSGM的跨物种遗传标记（CSGM）设计者平台，通过使用其设计CSGM特异性引物的方法和具有用于执行该CSGM特异性引物的计算机可读程序的记录介质，其中 CSGM设计者平台包括：（a）已知的基因组数据库; （b）与（a）的已知基因组数据库相互配合的分析模块; 以及（c）图形用户界面（GUI），其包括输入窗口，在该输入窗口上输入被分析目标的分子标记的序列，以及识别所制作的PCR引物的结果窗口。本发明的CSGM设计者平台可以非常有用于开发适用于从进化角度相互关联的各种物种的标记。

9. 发明授权

KR101539737B1 유전체 정보와 분자마커를 이용한 여교잡 선발의 효율성 증진 기술 有权
标题翻译：使用基因组序列和分子标记提高标记背景效率的方法
公开(公告)号：KR101539737B1
公开(公告)日：2015-07-28
申请号：KR1020140046457
申请日：2014-04-18
申请人： 주식회사 씨더스 농업회사법인
发明人： 조성환 , 이정희
IPC分类号： G06F19/10
CPC分类号： G06F19/18 , G06F19/28
摘要： 본발명은유전체정보와분자마커를이용한여교잡선발의효율성증진기술에관한것으로, 본발명의유전체정보를이용한염색체구획화및 분자마커선발기술을이용한 MAB용분자마커선발기술을여교잡선발(MAB; marker-assisted backcrossing) 육종에적용하면, 기존의여교잡에의해목표형질이도입된품종을선발하는데 6~7세대이상의시간이소요되는전통육종방식에비해여교잡 2세대에서부터품종을선발할수 있어, 품종육성기간을 2~3세대가량단축할수 있으며, 작물개량시소요되는노동력및 비용도대폭절감할수 있어육종의규모와효율성을증대시킬수 있다.
摘要翻译：本发明涉及使用基因组序列和分子标记提高标记辅助回交效率的方法。如果使用根据本发明的使用基因组序列选择分子标记和分割染色体的方法来选择MAB的分子标记的方法应用于标记辅助回交（MAB）育种，一种选自与传统的育种方法相比，2种MAB代与消费6到7代的时间相比，用于选择品种以引入现有MAB的目标特征。因此，育种期减少到2-3代。改善作物的人力和成本显着降低。从而增加育种的规模和效率。

10. 发明公开

KR1020140135945A 게놈 데이터의 동적 인덱싱 및 시각화를 제공하는 분산 시스템 审中-实审
标题翻译：分布式系统提供动态数据的动态索引和可视化
公开(公告)号：KR1020140135945A
公开(公告)日：2014-11-27
申请号：KR1020147016583
申请日：2012-12-07
申请人： 파이브3 제노믹스, 엘엘씨
发明人： 바스크,찰스조셉 , 산본,존자카리 , 벤즈,스테펜
IPC分类号： G06F19/18 , G06F7/06
CPC分类号： G06T3/40 , G06F19/22 , G06F19/26 , G06F19/28 , G06T2200/24 , G09G5/373 , G09G2340/045 , G09G2354/00
摘要： 게놈 데이터의 동적 시각화를 위한 시스템과 방법이 제공되며, 여기서 게놈 시각화 시스템은 시퀀스 오브젝트 내의 스케일-관련 주석에 따른 정보 콘텐츠의 표현을 채택한다.

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