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2. 发明专利

JP2021500073A 単一ヌクレオチド分析方法及び関連するプローブ审中-公开
公开(公告)号：JP2021500073A
公开(公告)日：2021-01-07
申请号：JP2020542690
申请日：2018-10-23
申请人：ベース4 イノベーションリミテッド
发明人：バーナビーバームフォース , キャメロンアレクサンダーフレイリング
IPC分类号： C12Q1/6823 , C12Q1/6818 , C12Q1/6876
摘要：分析物中の所定のヌクレオシド三リン酸分子の核酸塩基が所定の化学修飾又は構造修飾を含むか否かを決定する方法であり、(1)ポリメラーゼの存在下で、前記分析物を生物学的プローブと反応させるステップであり、前記生物学的プローブは、(a)エキソヌクレアーゼブロッキング部位;前記ブロッキング部位の3’側に位置する少なくとも1つの制限エンドヌクレアーゼ認識部位;前記認識部位内に位置する単一ヌクレオチド捕捉部位;及び実質的に検出不可能であるように配置されたそれぞれ前記認識部位の3’側に位置する第1及び第2のフルオロフォアをそれぞれ含む、第1の一本鎖オリゴヌクレオチドのペア、及び(b)少なくとも1つの第2の一本鎖オリゴヌクレオチド及び任意選択で少なくとも1つの第3の一本鎖オリゴヌクレオチドであり、それぞれ前記第1のオリゴヌクレオチドから区別され、前記ペアの第1のオリゴヌクレオチドの一方、他方、又は両方の前記捕捉部位の3’側及び5’側の相補的なフランキング領域にハイブリダイズして、(b1)前記ペアの第1のオリゴヌクレオチドの一方又は他方と、(b2)前記第2のオリゴヌクレオチド、前記ヌクレオシド三リン酸分子由来の修飾又は未修飾ヌクレオチドの一方又は他方、及び任意選択で前記第3のオリゴヌクレオチドを含む成分とからなる二本鎖使用プローブを作製することができ、各二本鎖は4つの可能な(b1)/(b2)二本鎖置換のうちの1つを含む、ステップ;(2)ステップ(1)で作製された前記二本鎖を、前記(b1)鎖を前記認識部位で選択的に切断するのに適した少なくとも1つの制限エンドヌクレアーゼを含む制限エンドヌクレアーゼ系と反応させて、元々の前記ヌクレオシド三リン酸分子における修飾の有無に応じて、(i)第1のフルオロフォアを有するエキソヌクレアーゼ分解可能な第1のオリゴヌクレオチドエレメントのみ、又は(ii)第2のフルオロフォアを有するエキソヌクレアーゼ分解可能な第1のオリゴヌクレオチドエレメントのみ、又は(iii)それぞれ第1又は第2のフルオロフォアを有するエキソヌクレアーゼ分解可能な第1のオリゴヌクレオチドエレメントの混合物を作製するステップ;(3)前記(b2)成分及び前記ペアの別の第1のオリゴヌクレオチドから別の二本鎖使用プローブを作製し、その後、ステップ(2)及び(3)を繰り返すステップ;(4)5’−3’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素で前記第1のオリゴヌクレオチドエレメントを分解して、ステップ(2)及び(3)のいずれか又は両方の後に検出可能な状態であるフルオロフォアを生成するステップ;及び(5)ステップ(4)で放出されたフルオロフォアを検出し、観察された蛍光シグナルの性質から、元々の前記単一ヌクレオシド三リン酸分子が修飾されているか未修飾であるかを推測するステップにより特徴づけられる、方法。【選択図】なし

3. 发明专利

JP2020519299A 単一ヌクレオチド検出方法および関連するプローブ审中-公开
公开(公告)号：JP2020519299A
公开(公告)日：2020-07-02
申请号：JP2019563133
申请日：2018-05-15
申请人：ベース4 イノベーションリミテッド
发明人：バーナビーバルムフォース , キャメロンアレクサンダーフレイリング , マークデトレフゼン
IPC分类号： C12Q1/6876 , C12N15/09 , C12Q1/6869
摘要： (1)核酸の漸進的な酵素消化により単一のヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するステップと、(2)ポリメラーゼの存在下で、単一のヌクレオシド三リン酸の少なくとも1つを、(a)エキソヌクレアーゼ遮断部位、該遮断部位の5’側にある制限エンドヌクレアーゼ認識部位を含み、かつ、単一のヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一のヌクレオチド捕捉部位、およびフルオロフォアを消光するように配置された前記認識部位の5’側に位置する少なくとも1つのフルオロフォア領域を含む、一本鎖の第1のオリゴヌクレオチドと、(b)前記第1のオリゴヌクレオチドからそれぞれ分離し、前記捕捉部位の3’および5’側に隣接する前記第1のオリゴヌクレオチド上の相補的領域にハイブリダイズすることができる一本鎖の第2および任意に第3のオリゴヌクレオチドと、を含む、対応する生物学的プローブと反応させることにより、少なくとも1つのオリゴヌクレオチド使用プローブを生成するステップと、(3)使用プローブの前記第1のオリゴヌクレオチドの鎖を、前記認識部位で制限エンドヌクレアーゼにより切断して、フルオロフォアを有する第1のオリゴヌクレオチド成分を作成するステップと、(4)前記第1のオリゴヌクレオチド成分を、3’−5’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素で消化して、検出可能な状態のフルオロフォアを生成し、(5)ステップ(4)で放出されたフルオロフォアを検出するステップと、により特徴づけられる、核酸の配列決定方法。5’−3’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素とともに使用するための対応する方法、ならびに新規の生物学的プローブおよびそれに由来するキットも提供される。

4. 发明专利

JP6482672B2 改良された液滴配列決定装置および方法有权
公开(公告)号：JP6482672B2
公开(公告)日：2019-03-13
申请号：JP2017538318
申请日：2016-01-21
申请人：ベース4 イノベーションリミテッド
发明人：バーナビーバルムフォース , キャメロンアレクサンダーフレイリング , トーマスヘンリーアイザック
IPC分类号： C12Q1/6869 , C12M1/00

7. 发明专利

JP2018505670A 改良された液滴配列決定装置および方法审中-公开
公开(公告)号：JP2018505670A
公开(公告)日：2018-03-01
申请号：JP2017538318
申请日：2016-01-21
申请人：ベース4 イノベーションリミテッド
发明人：バーナビーバルムフォース , キャメロンアレクサンダーフレイリング , トーマスヘンリーアイザック
IPC分类号： C12M1/34 , C12Q1/68 , G01N21/64 , G01N21/65
CPC分类号： B01L3/502784 , B01F3/0807 , B01F13/0062 , B01L3/0268 , B01L3/502761 , B01L3/5088 , B01L2300/0819 , C12Q1/6869 , C12Q2563/159 , C12Q2565/629 , C12Q2563/149 , C12Q2565/301 , C12Q2565/518
摘要：ポリヌクレオチド分析物を配列決定するための装置を提供し、該装置は、・その中に置かれる粒子に結合した前記分析物の分子の漸進的消化により単一ヌクレオチドのストリームが生成され、該ストリームが流動水性媒体にさらされる第1ゾーンと;・前記水性媒体と前記ヌクレオチドストリームから対応する水性液滴のストリームが生成され、前記液滴の少なくとも一部が単一ヌクレオチドを含有する第2ゾーンと;・各液滴が保存および/または調査されて、それが含有し得る前記単一ヌクレオチドに特徴的な特性が明らかにされ第3ゾーンとを備え、前記第1ゾーンは前記水性媒体が流れるマイクロ流体チャネルを備え、前記場所の壁はくぼんだ台座を備え、それに吸引力を適用して前記粒子を密着させることが可能であることを特徴とする。【選択図】図1

8. 发明专利

JP6190950B2 液滴保存方法有权
公开(公告)号：JP6190950B2
公开(公告)日：2017-08-30
申请号：JP2016518578
申请日：2014-06-13
申请人：ベース4 イノベーションリミテッド
发明人：キャメロンアレクサンダーフレイリング
IPC分类号： C12M1/00 , C12M1/34 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6806 , B01L3/0241 , B01L3/502761 , B01L3/52 , C12Q1/6869 , B01L2200/0605 , B01L2200/0642 , B01L2300/0864 , B01L2300/0893

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