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1. 发明专利

AU2021306183A1 Separating polynucleotide fragments 未知
公开(公告)号：AU2021306183A1
公开(公告)日：2023-01-05
申请号：AU2021306183
申请日：2021-06-25
申请人： ILLUMINA INC , ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： BACIGALUPO MARIA CANDELARIA ROGERT , STEEMERS FRANK , FISHER JEFFREY , SLATTER ANDREW , KRAFT LEWIS , GORMLEY NIALL , BOWEN M SHANE
IPC分类号： C12Q1/6806
摘要： Provided is a method, including stretching a polynucleotide over a substrate including a plurality of equally spaced cleavage regions including a plurality of transposases, cleaving the polynucleotide with two or more of the plurality of transposases to form a plurality of polynucleotide fragments, and separating, within the plurality of polynucleotide fragments, a population of longer polynucleotide fragments from a population of shorter polynucleotide fragments. Also provided is a method including stretching a polynucleotide over a substrate including a plurality of equally spaced cleavage regions including a plurality of transposases, cleaving the polynucleotide with two or more of the plurality of transposases to form a plurality of polynucleotide fragments, and separating, within the plurality of polynucleotide fragments, a population of longer polynucleotide fragments from a population of shorter polynucleotide fragments.

2. 发明专利

AU2022240477A1 Detecting methylcytosine and its derivatives using S-adenosyl-L-methionine analogs (xSAMs) 未知
公开(公告)号：AU2022240477A1
公开(公告)日：2022-11-10
申请号：AU2022240477
申请日：2022-03-14
申请人： ILLUMINA INC , ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： SHULTZABERGER SARAH , WU XIAOLIN , BRUSTAD ERIC , GORMLEY NIALL
IPC分类号： C12P19/34 , C12N9/10 , C12N9/78 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869
摘要： Examples provided herein are related to detecting methylcytosine and its derivatives using S- adenosyl-L-methionine analogs (xSAMs). Compositions and methods for performing such detection are disclosed. A target polynucleotide may include cytosine (C) and methylcytosine (mC). The method may include (a) protecting the C in the target polynucleotide from deamination; and (b) after step (a), deaminating the mC in the target polynucleotide to form thymine (T). Protecting the C from deamination may include adding a protective group to the 5 position of the C, e.g., using a methyltransferase enzyme that adds the first protective group from an xSAM.

3. 发明专利

CA3180183A1 DETECTING METHYLCYTOSINE AND ITS DERIVATIVES USING S-ADENOSYL-L-METHIONINE ANALOGS (XSAMS) 未知
公开(公告)号：CA3180183A1
公开(公告)日：2022-09-22
申请号：CA3180183
申请日：2022-03-14
申请人： ILLUMINA INC , ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： SHULTZABERGER SARAH , WU XIAOLIN , BRUSTAD ERIC , GORMLEY NIALL
IPC分类号： C12P19/34 , C12N9/10 , C12N9/78 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869
摘要： Examples provided herein are related to detecting methylcytosine and its derivatives using S- adenosyl-L-methionine analogs (xSAMs). Compositions and methods for performing such detection are disclosed. A target polynucleotide may include cytosine (C) and methylcytosine (mC). The method may include (a) protecting the C in the target polynucleotide from deamination; and (b) after step (a), deaminating the mC in the target polynucleotide to form thymine (T). Protecting the C from deamination may include adding a protective group to the 5 position of the C, e.g., using a methyltransferase enzyme that adds the first protective group from an xSAM.

4. 发明专利

CA2932545C POLYNUCLEOTIDE MODIFICATION ON SOLID SUPPORT 未知
公开(公告)号：CA2932545C
公开(公告)日：2020-08-18
申请号：CA2932545
申请日：2014-12-23
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD , ILLUMINA INC
发明人： RIGATTI ROBERTO , GORMLEY NIALL , ECKHARDT ALLEN E , BOUTELL JONATHAN MARK
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/00 , C12Q1/6813 , C12Q1/6869
摘要： The present disclosure relates to the field of molecular biology and more specifically to methods for capturing and amplifying target polynucleotides on a solid surface. The present disclosure relates to a method of modifying an immobilized capture primer including: a) providing a solid support having an immobilized application-specific capture primer, b) contacting an application-specific polynucleotide with the application-specific capture primer under conditions sufficient for hybridization to produce an immobilized application-specific polynucleotide, and c) removing the application-specific capture region of an application-specific capture primer not hybridized to an application-specific polynucleotide to convert the unhybridized application-specific capture primer to a universal capture primer. The present disclosure also relates to kits for modifying an immobilized capture primer, comprising: a. an application-specific capture primer and b. a transposase.

5. 发明专利

DK3094743T3 Polynukleotidmodificering på fast understøtning 未知
公开(公告)号：DK3094743T3
公开(公告)日：2020-04-06
申请号：DK14828467
申请日：2014-12-23
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD , ILLUMINA INC
发明人： RIGATTI ROBERTO , GORMLEY NIALL , BOUTELL JONATHAN MARK , ECKHARDT ALLEN E
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12Q1/6853 , C12Q1/6869

6. 发明专利

AU2014377372B2 Polynucleotide modification on solid support 未知
公开(公告)号：AU2014377372B2
公开(公告)日：2018-01-04
申请号：AU2014377372
申请日：2014-12-23
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD , ILLUMINA INC
发明人： RIGATTI ROBERTO , GORMLEY NIALL , ECKHARDT ALLEN E , BOUTELL JONATHAN MARK
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： The present disclosure relates to the field of molecular biology and more specifically to methods for capturing and amplifying target polynucleotides on a solid surface.

7. 发明专利

ES2699262T3 Métodos y soportes sólidos para la preparación de muestras utilizando transposomas 未知
公开(公告)号：ES2699262T3
公开(公告)日：2019-02-08
申请号：ES14728620
申请日：2014-01-08
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： GORMLEY NIALL , SMITH GEOFFREY
IPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q1/6834
摘要： Un método para preparar una biblioteca inmovilizada de fragmentos de ADN marcados que comprende: (a) proporcionar un soporte sólido que tiene una pluralidad de complejos de transposoma inmovilizados en el mismo, en donde cada complejo de transposoma comprende: una transposasa unida de manera no covalente a un primer polinucleótido de un ácido nucleico bicatenario que comprende el primer y un segundo polinucleótido, en donde dicho primer polinucleótido está inmovilizado en dicho soporte sólido, y en donde dicho primer polinucleótido comprende (i) una parte 3' que comprende una secuencia terminal de transposón y (ii) un primer marcador que comprende un primer dominio de marcador; y en donde dicho segundo polinucleótido comprende una región complementaria a dicha secuencia terminal de transposón; y en donde los complejos de transposoma son homodímeros, comprendiendo los homodímeros una primera pluralidad de homodímeros que comprenden un primer marcador de una primera secuencia y una segunda pluralidad de homodímeros que comprenden un primer marcador de una segunda secuencia; (b) aplicar un ADN bicatenario diana al soporte sólido en condiciones en las que el ADN diana es fragmentado por los complejos de transposomas y la secuencia terminal de transposón en 3' del primer polinucleótido se transfiere a un extremo 5' de al menos una cadena de los fragmentos; produciendo de este modo una biblioteca inmovilizada de fragmentos bicatenarios en donde al menos una cadena está marcada en 5' con el primer marcador de la primera secuencia y al menos una cadena está marcada en 5' con el primer marcador de la segunda secuencia.

8. 发明专利

CA2932545A1 POLYNUCLEOTIDE MODIFICATION ON SOLID SUPPORT 未知
公开(公告)号：CA2932545A1
公开(公告)日：2015-07-23
申请号：CA2932545
申请日：2014-12-23
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： RIGATTI ROBERTO , GORMLEY NIALL , ECKHARDT ALLEN E , BOUTELL JONATHAN MARK
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： The present disclosure relates to the field of molecular biology and more specifically to methods for capturing and amplifying target polynucleotides on a solid surface.

9. 发明专利

ES2732253T3 Método de preparación de bibliotecas de polinucleótidos plantilla 未知
公开(公告)号：ES2732253T3
公开(公告)日：2019-11-21
申请号：ES11004071
申请日：2006-10-31
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： GORMLEY NIALL , SMITH GEOFFREY , BENTLEY DAVID , RIGATTI ROBERTO
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： Un método de generación de una biblioteca de moléculas polinucleotídicas plantilla que tienen secuencias comunes en sus extremos 5' y secuencias comunes en sus extremos 3', comprendiendo el método: proporcionar uno o más dúplex de polinucleótido diana con extremos romos, añadir un solo desoxinucleótido "A" a ambos extremos 3' de los dúplex de polinucleótido diana, produciendo así un saliente de una base en 3', ligar polinucleótidos adaptadores con apareamiento erróneo idéntico en los dos extremos de cada uno de uno o más dúplex de polinucleótido diana para formar una o más construcciones adaptador-diana, en el que cada adaptador con apareamiento erróneo se forma a partir de dos cadenas polinucleotídicas hibridadas que forman un complejo bimolecular que comprende al menos una región bicatenaria y una región no apareada, y en el que cada adaptador con apareamiento erróneo comprende un saliente de una sola base en 3' que comprende un nucleótido "T" en el extremo bicatenario, que es complementario al saliente de una sola base en 3' que comprende un nucleótido "A" en los dúplex de polinucleótido diana, realizar una reacción inicial de extensión de cebador en la que un oligonucleótido cebador hibrida con una parte de adaptador de cada una de las construcciones adaptador-diana y se extiende por adición secuencial de nucleótidos para formar productos de extensión complementarios a al menos una cadena de cada una de las construcciones adaptador-diana, en el que los productos de extensión, y opcionalmente los productos de amplificación derivados de los mismos, proporcionan en su conjunto una biblioteca de moléculas polinucleotídicas plantilla que tienen secuencias comunes en sus extremos 5' y secuencias comunes en sus extremos 3'; en el que los dúplex de polinucleótido diana a ligar son una mezcla compleja de fragmentos de ADN genómico que representan un genoma completo o esencialmente completo, y en el que la biblioteca de moléculas polinucleotídicas plantilla generadas es representativa del genoma completo o esencialmente completo.

10. 发明专利

AU2020206443A1 Complex surface-bound transposome complexes 未知
公开(公告)号：AU2020206443A1
公开(公告)日：2021-04-15
申请号：AU2020206443
申请日：2020-01-10
申请人： ILLUMINA CAMBRIDGE LTD
发明人： SLATTER ANDREW , MUSGRAVE- BROWN ESTHER , VERITY SUSAN C , GORMLEY NIALL
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12N15/10
摘要： The present disclosure relates to methods, compositions, and kits for generating a library of tagged nucleic acid fragments without using PCR amplification, including methods and compositions for fragmenting and tagging nucleic acids (e.g., DNA) using transposome complexes immobilized on solid support.

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