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1. 发明专利

CA2823193A1 QUANTITATING HIGH TITER SAMPLES BY DIGITAL PCR 未知
公开(公告)号：CA2823193A1
公开(公告)日：2012-07-05
申请号：CA2823193
申请日：2011-12-27
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： CLEMENS JOHN M , SHAIN ERIC B
IPC分类号： C12Q1/68 , C12P19/34 , G06F19/20
摘要： The present invention provides systems, devices, methods, kits, and compositions for nucleic acid analysis using digital PCR. In particular, methods are provided to analyze high titer samples that cannot be divided into a sufficient number of partitions containing zero nucleic acid molecules per partition to allow for Poisson analysis (digital PCR analysis).

2. 发明专利

ES2788692T3 Secuenciación por síntesis usando óptica de lectura por pulsos 未知
公开(公告)号：ES2788692T3
公开(公告)日：2020-10-22
申请号：ES15841893
申请日：2015-09-16
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ESHOO MARK W , CLEMENS JOHN M , HAYDEN MARK A
IPC分类号： C40B60/14 , C07K1/04 , C12Q1/6869
摘要： Un sistema para fotoescindir y explorar análogos de nucleótidos que comprende: a) un sustrato que comprende una pluralidad de pocillos que contienen cada uno, o están configurados para contener, una mezcla de reacción que comprende un ácido nucleico plantilla, una polimerasa, un cebador hibridado con dicha plantilla y un primer análogo de nucleótido, en donde dicho cebador comprende un análogo de nucleótido terminal 3' con un grupo de bloqueo fotolábil que termina la extensión de la cadena, y en donde dicho primer análogo de nucleótido comprende: i) una primera fracción detectable, y ii) un grupo de bloqueo fotolábil que termina la extensión de la cadena; y b) un componente de sistema de luz que comprende: i) una fuente de luz en comunicación óptica con dicha pluralidad de pocillos que proporciona: A) entrada de luz de fotoescisión que escinde dicho grupo de bloqueo fotolábil cuando es parte de dicho cebador; y B) luz de entrada de exploración que produce una señal óptica de dicha primera fracción detectable después de que dicho primer análogo de nucleótido sea añadido a dicho cebador por dicha polimerasa; y ii) un componente de control de luz que activa dicha fuente de luz de tal manera que se genera una pluralidad de ciclos de desbloqueo-exploración, en donde cada uno de dichos ciclos de desbloqueoexploración comprende un período de tiempo de desbloqueo inicial en el que por lo menos una parte de dicha entrada de luz de fotoescisión se pasa a dicha pluralidad de pocillos, y un período de tiempo de exploración siguiente en el que por lo menos parte de dicha entrada de luz de exploración se pasa a dicha pluralidad de pocillos, y en donde dicho período de tiempo de desbloqueo está entre 25 y 150 ms y dicho tiempo de exploración es de por lo menos 200 ms.

3. 发明专利

CA2823193C QUANTITATING HIGH TITER SAMPLES BY DIGITAL PCR 未知
公开(公告)号：CA2823193C
公开(公告)日：2017-06-06
申请号：CA2823193
申请日：2011-12-27
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： CLEMENS JOHN M , SHAIN ERIC B
IPC分类号： C12Q1/68 , C12P19/34 , G06F19/20
摘要： The present invention provides systems, devices, methods, kits, and compositions for nucleic acid analysis using digital PCR. In particular, methods are provided to analyze high titer samples that cannot be divided into a sufficient number of partitions containing zero nucleic acid molecules per partition to allow for Poisson analysis (digital PCR analysis).

4. 发明专利

CA2961743A1 SEQUENCING BY SYNTHESIS USING PULSE READ OPTICS 未知
公开(公告)号：CA2961743A1
公开(公告)日：2016-03-24
申请号：CA2961743
申请日：2015-09-16
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ESHOO MARK W , CLEMENS JOHN M , HAYDEN MARK A
IPC分类号： C40B60/14 , C07K1/04
摘要： Provided herein are systems and methods for nucleic acid sequencing by synthesis in a plurality of wells using detectably labeled chain terminating nucleotides with photolabile blocking groups and pulses of photocleaving light. In certain embodiments, the systems and methods provides a plurality of deblock-scan cycles comprising an initial deblock time period followed by a scanning light period, wherein at least one of the following occurs in each deblock-scan cycle: 1) the deblock time period is shorter than the scan time period; 2) the deblock time period is only long enough to deblock the photolabile groups that are part of a primer in less than all of the plurality of wells; or 3) the deblock time period is between 25 and 150 mSec and the scan time is at least 200 mSec. Such shorter deblock time periods help prevent the addition of more than one nucleotide to the primer prior to scanning (e.g., accuracy is enhanced).

5. 发明公开

EP3194643A4 SEQUENCING BY SYNTHESIS USING PULSE READ OPTICS 有权
公开(公告)号：EP3194643A4
公开(公告)日：2018-04-25
申请号：EP15841893
申请日：2015-09-16
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ESHOO MARK W , CLEMENS JOHN M , HAYDEN MARK A
IPC分类号： C40B60/14 , C07K1/04 , C12Q1/6869
CPC分类号： C12Q1/6869 , B01J2219/00317 , B01J2219/00689 , B01J2219/00702 , B01J2219/00711 , B01J2219/00722 , B01L3/5085 , B01L2300/0654 , B01L2300/0829 , C40B60/08 , G01N21/6428 , G01N21/6452 , G01N21/648 , C12Q2523/319 , C12Q2525/186
摘要： Provided herein are systems and methods for nucleic acid sequencing by synthesis in a plurality of wells using detectably labeled chain terminating nucleotides with photolabile blocking groups and pulses of photocleaving light. In certain embodiments, the systems and methods provides a plurality of deblock-scan cycles comprising an initial deblock time period followed by a scanning light period, wherein at least one of the following occurs in each deblock-scan cycle: 1) the deblock time period is shorter than the scan time period; 2) the deblock time period is only long enough to deblock the photolabile groups that are part of a primer in less than all of the plurality of wells; or 3) the deblock time period is between 25 and 150 mSec and the scan time is at least 200 mSec. Such shorter deblock time periods help prevent the addition of more than one nucleotide to the primer prior to scanning (e.g., accuracy is enhanced).

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