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1. 发明专利

IL261579D0 Algorithm and an in vitro method based on rna editing to select particular effect induced by active compounds 未知
公开(公告)号：IL261579D0
公开(公告)日：2018-10-31
申请号：IL26157918
申请日：2018-09-04
申请人： CENTRE NAT RECH SCIENT , ALCEDIAG , WEISSMANN DINAH , VAN DER LAAN SIEM , SALVETAT NICOLAS , MOLINA FRANCK , PUJOL JEAN FRANCOIS
发明人： WEISSMANN DINAH , VAN DER LAAN SIEM , SALVETAT NICOLAS , MOLINA FRANCK , PUJOL JEAN-FRANCOIS
IPC分类号： C12Q20060101
摘要： The present invention is drawn to an algorithm and method using the same algorithm for in vitro predicting the probability of a drug or a compound to induce a particular effect in a patient, said method using at least one target exhibiting an A-to-I editing of RNA. The present invention also relates to kits for the implementation of the method.

2. 发明专利

IL262203D0 Method for the preparation of biosynthetic device and their uses in diagnostics 未知
公开(公告)号：IL262203D0
公开(公告)日：2018-11-29
申请号：IL26220318
申请日：2018-10-08
申请人： CENTRE NAT RECH SCIENT , MOLINA FRANCK , SKILLCELL , CHU MONTPELLIER , COURBET ALEXIS , SANTOS SCHNEIDER FRANCISCO
发明人： MOLINA FRANCK , COURBET ALEXIS , SANTOS SCHNEIDER FRANCISCO
摘要： The present invention is directed to a method for the preparation of a non-living micro/nanoscale biosynthetic device capable of giving an information of a state of a system to analyse. Preferably, said device is used as an assay diagnostic, or to predict the risk, of a disease, or for the classification of mammal, preferably human pathologies. The invention also relates to a method for the identification and/or the quantification of a compound in a sample. Finally the present invention includes a kit comprising the biosynthetic device obtained by the method of the present invention.

3. 发明专利

ES2848949T3 Algoritmo y un método in vitro basado en la edición de ARN para seleccionar un efecto particular inducido porcompuestos activos 未知
公开(公告)号：ES2848949T3
公开(公告)日：2021-08-13
申请号：ES17724104
申请日：2017-03-13
申请人： ALCEDIAG , CENTRE NAT RECH SCIENT
发明人： WEISSMANN DINAH , VAN DER LAAN SIEM , SALVETAT NICOLAS , MOLINA FRANCK , PUJOL JEAN-FRANÇOIS
IPC分类号： C12Q1/6883 , G16B15/00
摘要： Un metodo implementado por ordenador para predecir la probabilidad o el riesgo de un farmaco, un compuesto o una molecula, de inducir efectos particulares en un paciente, preferentemente efectos secundarios, con mayor preferencia efectos secundarios adversos o deseados, dicho metodo usa como una diana que exhibe una edicion A a I de ARN, cuyo pre-ARNm es el sustrato de enzimas ADAR, la accion de dichas ADAR conduce a la produccion de diferentes isoformas o sitios, en donde dicho metodo comprende las etapas de: A) Analizar el perfil de edicion de ARN de la diana en una muestra que se ha tratado con dicho farmaco o compuesto o molecula, con el fin de obtener la proporcion de nivel de edicion de ARN de dicha diana para cada una de sus isoformas de edicion, y, en donde dicho perfil de edicion de ARN de la diana se obtiene segun se obtiene para una molecula de la coleccion de moleculas en el algoritmo obtenido para dichos efectos particulares, y en donde dicho algoritmo es un algoritmo para predecir in vitro la probabilidad de que un compuesto induzca un efecto particular en un paciente, en donde dicho algoritmo o modelo se obtiene por un metodo que comprende las etapas de: a) - seleccionar al menos una diana que exhibe una edicion A a I de ARN, cuyo pre-ARNm es el sustrato de las enzimas ADAR (adenosina desaminasas que actuan sobre el ARN), la accion de dichas ADAR en al menos un sitio de edicion conduce a la produccion de diferentes isoformas o sitios, - seleccionar al menos una linea celular que exprese endogenamente dicha al menos una diana y al menos las enzimas ADAR, - seleccionar un compuesto de control positivo que pueda alterar de manera dependiente de la dosis la proporcion relativa de dichas isoformas de la diana o sitios de edicion cuando las celulas de dicha linea celular se tratan con dicho control positivo, - seleccionar una coleccion de moleculas compuesta por una proporcion de compuestos anotados con una puntuacion de riesgo para inducir dichos efectos particulares, b) tratar las celulas de dicha linea celular con cada molecula individual de dicha coleccion de moleculas, junto con un control negativo y dicho control positivo, c) analizar dicho al menos un perfil de edicion de ARN de la diana en cada muestra que se ha tratado con una molecula de la coleccion, con el fin de obtener la proporcion del nivel de edicion de ARN de dicha diana para cada una de sus isoformas y/o sitios de edicion para cada una de las moleculas de dicha coleccion, d) -i) mediante un metodo estadistico de analisis univariado, evaluar para cada isoforma/o sitio de edicion su precision y su poder para discriminar el riesgo de que una molecula induzca dichos efectos particulares; y/o -ii) mediante un metodo estadistico de analisis multivariado, evaluar para cada combinacion de isoformas/o sitios de edicion, su precision y su poder para discriminar el riesgo de que una molecula induzca dichos efectos particulares, y -iii) seleccionar la combinacion que exhiba el mejor desempeno discriminativo, e) construir un algoritmo con el uso de dicha combinacion seleccionada de isoformas/o sitios de edicion, y usar dicho algoritmo asi obtenido para predecir la probabilidad de que dicho compuesto induzca dichos efectos particulares en un paciente, y: en donde la etapa d)-i) comprende una etapa de calcular para cada isoforma o una combinacion de estas: - el umbral optimo de sensibilidad (Se %) de al menos 60 y especificidad (Sp %) de al menos 60 % para dichos efectos particulares; - los valores predictivos positivos (PPV, %) y negativos (NPV, %) para evaluar la proporcion de verdadera presencia [verdadero positivo / (verdadero positivo+ falso positivo] y verdadera ausencia [verdadero negativo / (verdadero negativo+ falso negativo)]; y en donde en la etapa c), el perfil de edicion de ARN se lleva a cabo mediante un metodo que incluye: - metodo NGS (secuenciacion de proxima generacion) que comprende la preparacion de una genoteca de NGS; y - la secuenciacion de todas las genotecas de NGS obtenidas, para obtener el perfil de edicion de la diana; y en donde en la etapa d)-i) y d)-ii), dicho metodo estadistico que permite la obtencion de dicho algoritmo o modelo se lleva a cabo mediante un metodo que incluye un metodo o una combinacion de metodos seleccionados del grupo que consiste en: - programa mROC, en particular para identificar la combinacion lineal, que maximiza la ROC AUC (Area bajo la curva) y en donde se proporciona la ecuacion para la combinacion respectiva y se puede usar como un nuevo marcador virtual Z, de la siguiente manera: Z = a1. (Isoforma 1) + a2. (Isoforma 2) + ...ai. (Isoforma i) + ⋯an. (Isoforma n) donde a1 son los coeficientes calculados e (Isoforma i) es la proporcion relativa del nivel de edicion de ARN individual de la diana de la isoforma; y/o - un modelo de regresion logistica aplicado para analisis univariado y multivariado para estimar el riesgo relativo de moleculas a diferentes valores de las isoformas; y/o - un enfoque CART (arboles de clasificacion y regresion) aplicado para evaluar combinaciones de isoformas; y/o - un enfoque de bosque aleatorio (RF) aplicado para evaluar las combinaciones de isoformas, en particular para clasificar la importancia de la isoforma de edicion y combinar las mejores isoformas para clasificar el "riesgo relativo" de la molecula, y/o - un analisis multivariado aplicado para evaluar la combinacion de isoformas para el "riesgo relativo" de las moleculas, que se selecciona del grupo que consiste en como - enfoque de maquina de vectores de soporte (SVM); - enfoque de red neuronal artificial (ANN); - Enfoque de red bayesiana; - enfoque wKNN (k vecinos mas cercanos ponderados); - minimo cuadrado parcial - analisis discriminante (PLS-DA); - analisis discriminante lineal y cuadratico (LDA / QDA);

4. 发明专利

CA3016657A1 ALGORITHM AND AN IN VITRO METHOD BASED ON RNA EDITING TO SELECT PARTICULAR EFFECT INDUCED BY ACTIVE COMPOUNDS 未知
公开(公告)号：CA3016657A1
公开(公告)日：2017-09-14
申请号：CA3016657
申请日：2017-03-13
申请人： ALCEDIAG , CENTRE NAT RECH SCIENT
发明人： WEISSMANN DINAH , VAN DER LAAN SIEM , SALVETAT NICOLAS , MOLINA FRANCK , PUJOL JEAN-FRANCOIS
IPC分类号： C12Q1/68 , G06F19/16
摘要： The present invention is drawn to an algorithm and method using the same algorithm for in vitro predicting the probability of a drug or a compound to induce a particular effect in a patient, said method using at least one target exhibiting an A-to-I editing of RNA. The present invention also relates to kits for the implementation of the method.

5. 发明申请

WO2016001215A3 EARLY PREDICTION MARKERS OF DIABETIC NEPHROPATHY 审中-公开
标题翻译：糖尿病肾病早期预测标志物
公开(公告)号：WO2016001215A3
公开(公告)日：2016-02-18
申请号：PCT/EP2015064831
申请日：2015-06-30
申请人： BIO RAD INNOVATIONS , CENTRE NAT RECH SCIENT
发明人： GRANIER CLAUDE , MOLINA FRANCK , SALVETAT NICOLAS , MOLINA LAURENCE , SIALA RANDA , RENARD ERIC
IPC分类号： G01N33/68
CPC分类号： G01N33/6893 , G01N27/44778 , G01N33/6848 , G01N2800/042 , G01N2800/347 , G01N2800/50
摘要： The present invention concerns a method for the in vitro detection of an increased risk of diabetic nephropathy in a subject suffering from diabetes and being normoalbuminuric. Another aspect of the invention pertains to a method for the in vitro identification of a marker for prediction of diabetic nephropathy. Finally, the invention concerns a kit comprising means for detecting at least two proteins selected from the group consisting of heparan sulfate proteoglycan core protein or fragments thereof, carbonic anhydrase 1, prothrombin or fragments thereof, tetranectin, CD59 glycoprotein, plasma serine protease inhibitor, mannan-binding lectin serine protease 2 or isoforms thereof, antithrombin-III, alpha-1-antitrypsin, collagen alpha-1(I) chain, alpha-enolase, histone H2B type 1-O, glutaminyl-peptide cyclotransferase, protein AMBP and zinc-alpha-2-glycoprotein.
摘要翻译：本发明涉及用于体外检测糖尿病患者中糖尿病肾病风险增加且为正常白蛋白尿的方法。本发明的另一方面涉及体外鉴定用于预测糖尿病肾病的标志物的方法。最后，本发明涉及一种试剂盒，其包括用于检测选自硫酸乙酰肝素蛋白多糖核心蛋白或其片段，碳酸酐酶1，凝血酶原或其片段，四连蛋白，CD59糖蛋白，血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂，甘露聚糖结合凝集素丝氨酸蛋白酶2或其同工型，抗凝血酶-III，α-1-抗胰蛋白酶，胶原蛋白α-1（I）链，α-烯醇化酶，组蛋白H2B1-O型，谷氨酰胺酰肽 - 环转移酶，蛋白质AMBP和锌 - α-2-糖蛋白。

6. 发明专利

AU2005300646B2 A method, an installation, and a computer program for estimating the initial size of a population of nucleic acids, in particular by PCR 未知
公开(公告)号：AU2005300646B2
公开(公告)日：2007-10-25
申请号：AU2005300646
申请日：2005-11-18
申请人： BIO RAD INNOVATIONS , CENTRE NAT RECH SCIENT
发明人： MOLINA FRANCK , LAMOURE CLAIRE , PIOT KARINE , MARTINEAU PIERRE
IPC分类号： C12Q1/68 , G06F19/00 , G06F19/24
摘要： In order to estimate the size of an initial population of nucleic acids in a sample of interests, in particular by PCR, the following steps are performed: (a) providing a model of the effectiveness of the PCR, the model comprising a constant stage followed by a non-constant stage, the stages being united by a changeover region having a changeover index; (b) using the model of effectiveness to express a relationship between the changeover index and a parameter representative of the initial population size; and (c) determining the changeover index by comparison with the experimental measurements, and deducing therefrom the initial population size in the sample of interest.

7. 发明专利

FR2878350A1 PROCEDE INSTALLATION ET PROGRAMME D'ORDINATEUR POUR ESTIMER L'EFFECTIF INITIAL D'UNE POPULATION D'ACIDES NUCLEIQUES, NOTAMMENT PAR PCR 未知
公开(公告)号：FR2878350A1
公开(公告)日：2006-05-26
申请号：FR0412471
申请日：2004-11-24
申请人： BIO RAD PASTEUR SA , CENTRE NAT RECH SCIENT
发明人： PIOT KARINE , MARTINEAU PIERRE , LAMOURE CLAIRE , MOLINA FRANCK
IPC分类号： C12Q1/68 , G06F19/00
摘要： Pour estimer une population initiale d'acides nucléiques dans un échantillon d'intérêt, notamment par PCR :a) on prévoit un modèle d'efficacité (En) de PCR comportant une phase constante (Eo) suivie d'une phase non constante, séparées par une région de basculement incluant un indice de basculement (CEEP),b) on exprime, en utilisant le modèle d'efficacité, une relation entre l'indice de basculement. et un paramètre représentant l'effectif initial,c) par comparaison avec les mesures expérimentales, on détermine l'indice de basculement, et on en déduit l'effectif initial dans l'échantillon d'intérêt.

8. 发明专利

CA2589129A1 A METHOD, AN INSTALLATION, AND A COMPUTER PROGRAM FOR ESTIMATING THE INITIAL SIZE OF A POPULATION OF NUCLEIC ACIDS, IN PARTICULAR BY PCR 未知
公开(公告)号：CA2589129A1
公开(公告)日：2006-05-11
申请号：CA2589129
申请日：2005-11-18
申请人： BIORAD PASTEUR , CENTRE NAT RECH SCIENT
发明人： PIOT KARINE , MARTINEAU PIERRE , MOLINA FRANCK , LAMOURE CLAIRE
IPC分类号： C12Q1/68 , G06F19/00 , G06F19/24
摘要： In order to estimate the size of an initial population of nucleic acids in a sample of interests, in particular by PCR, the following steps are performed: (a) providing a model of the effectiveness of the PCR, the model comprising a constant stage followed by a non-constant stage, the stages being united by a changeover region having a changeover index; (b) using the model of effectiveness to express a relationship between the changeover index and a parameter representative of the initial population size; and (c) determining the changeover index by comparison with the experimental measurements, and deducing therefrom the initial population size in the sample of interest.

9. 发明专利

AU2019408552A1 Biodegradable biochemical sensor for determining the presence and/or the level of pesticides or endocrine disruptors: method and composition 未知
公开(公告)号：AU2019408552A1
公开(公告)日：2021-07-01
申请号：AU2019408552
申请日：2019-12-20
申请人： CENTRE NAT RECH SCIENT , SKILLCELL
发明人： ESPEUT JULIEN , MOLINA FRANCK
IPC分类号： C12Q1/26 , C12Q1/28 , C12Q1/34 , C12Q1/42 , C12Q1/44 , C12Q1/46
摘要： The present invention is directed to biodegradable biochemical sensor method to perform in a sample multiplex detection and/or quantification of pesticides and/or endocrine disruptors and to provide and logical integrated response to the user. This biochemical sensor is a vesicle encapsulating biochemical networks using enzymes capable of generating, inhibiting or activating specific measurable signal in presence of said target analytes. The biochemical network is able to provide an integrated logical final response to the user. The present invention also relates to a composition or kit comprising said biochemical sensor vesicle.

10. 发明专利

CA3020221A1 METHOD FOR THE PREPARATION OF BIOSYNTHETIC DEVICE AND THEIR USES IN DIAGNOSTICS 未知
公开(公告)号：CA3020221A1
公开(公告)日：2017-10-19
申请号：CA3020221
申请日：2017-04-13
申请人： SKILLCELL , CENTRE NAT RECH SCIENT , CHU MONTPELLIER
发明人： MOLINA FRANCK , COURBET ALEXIS , SANTOS SCHNEIDER FRANCISCO
IPC分类号： G06F19/00 , B82Y5/00 , B82Y10/00 , B82Y15/00
摘要： The present invention is directed to a method for the preparation of a non-living micro/nanoscale biosynthetic device capable of giving an information of a state of a system to analyse. Preferably, said device is used as an assay diagnostic, or to predict the risk, of a disease, or for the classification of mammal, preferably human pathologies. The invention also relates to a method for the identification and/or the quantification of a compound in a sample. Finally the present invention includes a kit comprising the biosynthetic device obtained by the method of the present invention.

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