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1. 发明专利

ES2380893T3 Amplificación de ácidos nucleicos en emulsión en perlas 未知
公开(公告)号：ES2380893T3
公开(公告)日：2012-05-21
申请号：ES09175588
申请日：2004-01-28
申请人： 454 CORP , 454 LIFE SCIENCES CORP
发明人： BERKA JAN , CHEN YI-JU , LEAMON JOHN H , LEFKOWITZ STEVEN , LOHMAN KENTON , MAKHIJANI VINOD , SARKIS GARY J , ROTHBERG JONATHAN , WEINER MICHAEL , SRINIVASAN MAITHREYAN
IPC分类号： C12N15/10 , B01L3/00 , C07H21/00 , C12P19/34 , C12Q1/68 , G01N21/25 , G01N21/64
摘要： Un metodo para enriquecer un amplicón, que comprende: (a) distribuir una solución que comprende una pluralidad de perlas y una pluralidad de especies de moleculas de acido nucleico de molde, en una pluralidad de gotitas de emulsión acuosa en una fase oleosa termoestable; en el que un primer subconjunto de las gotitas comprenden una o mas de las perlas y una o mas de las especies de acido nucleico de molde encapsuladas en ellas, y un segundo subconjunto de las gotitas comprenden una o mas de las perlas sin ninguna de las especies de moleculas de acido nucleico de molde encapsuladas en ellas; (b) amplificar las especies de moleculas de acido nucleico de molde del primer subconjunto de gotitas, en el que una o mas perlas del primer subconjunto de gotitas acuosas tienen un amplicón inmovilizado en ellas; (c) romper las gotitas de emulsión acuosa para liberar las perlas del primer y el segundo subconjuntos; (d) hibridar con el amplicón inmovilizado en las perlas un cebador que es complementario del extremo 3' del amplicón; y o bien: (e) (i) formar un complejo de perla con amplicón inmovilizado y perla de enriquecimiento, en el que la perla de enriquecimiento y el cebador hibridado forman un par de captura-diana, y en el que las perlas de enriquecimiento pueden ser aisladas bajo una condición selectiva; y (f) (i) aplicar la condición selectiva para aislar el complejo de perla con amplicón inmovilizado y perla de enriquecimiento, desde las perlas que no tienen amplicón unido; o bien (e) (ii) exponer las perlas con amplicón inmovilizado a una o mas superficies de unión que comprenden restos de captura, cuyos restos de captura forman pares de captura-diana con el cebador hibridado de las perlas con amplicón inmovilizado, y separar las perlas con amplicón inmovilizado desde las perlas que no tienen amplicón unido.

2. 发明专利

ES2432040T3 Amplificación de ácido nucleico con emulsión de flujo continuo 未知
公开(公告)号：ES2432040T3
公开(公告)日：2013-11-29
申请号：ES05712801
申请日：2005-01-28
申请人： 454 CORP , 454 LIFE SCIENCES CORP
发明人： NOBILE JOHN R , LEE WILLIAM , LEAMON JOHN H
IPC分类号： C12Q1/68 , B01F23/00 , B01J19/00 , B01L3/00 , B01L7/00 , C12P19/34 , C40B40/06 , C40B60/14 , G01N15/14 , G01N35/10
摘要： Método para amplificar material genético que comprende: (i) emulsionar un fluido acuoso que comprende una mezcla de reacción de PCR y una pluralidad de perlassuspendidas en un flujo continuo de aceite para crear una pluralidad de microrreactores acuososencapsulados en un flujo continuo de aceite, en el que una pluralidad de los microrreactores incluyen cada uno una o más especies de molde de ácidonucleico y una perla individual que puede capturar un molde de ácido nucleico y reactivos suficientes paraamplificar el número de copias de una o más especies del molde de ácido nucleico, y en el que emulsionar comprende bombear un aceite de emulsión y el fluido que comprende la mezcla dereacción de PCR y las perlas suspendidas en un emulsificador de flujo cruzado que comprende uno o máselementos en T de inyección (mezclado) y un dispositivo vibratorio antiobstrucción para evitar que las perlasobstruyan una boquilla del uno o más elementos en T de inyección; y (ii) procesar térmicamente la emulsión que comprende la pluralidad de microrreactores acuosos haciéndolafluir a través de zonas estacionarias de temperatura controlada para amplificar la una o más especies demolde de ácido nucleico mediante reacción en cadena de la polimerasa, en el que la perla individualcaptura las copias amplificadas de la una o más especies de molde de ácido nucleico; y (iii) romper la emulsión para recuperar las perlas y los moldes de ácido nucleico amplificados capturados

3. 发明专利

JP2012223203A Paired end sequencing 审中-公开
标题翻译：配对结束顺序
公开(公告)号：JP2012223203A
公开(公告)日：2012-11-15
申请号：JP2012180575
申请日：2012-08-16
申请人： 454 Life Sciences Corp , 454 ライフサイエンシーズコーポレイション
发明人： BERKA JAN , CHEN ZHOUTAO , EGHOLM MICHAEL , GODWIN BRIAN C , HUTCHISON STEPHEN K , LEAMON JOHN H , SARKIS GARY J , SIMONS JAN F
IPC分类号： C12N15/09
摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide new methods, systems and compositions useful for paired-end sequencing approaches and other nucleic acid technologies.SOLUTION: The present invention provides a fast and cost-effective method for isolating and sequencing both ends of a large fragment of nucleic acid. The method is fast and amenable to automation and allows the sequencing and linkage of large fragments of DNA. The method can be used to produce a library of DNA fragments wherein the fragments contain the ends from a larger fragment of DNA.
摘要翻译：要解决的问题：提供用于配对末端测序方法和其他核酸技术的新方法，系统和组合物。解决方案：本发明提供了用于分离和测序大片段核酸两端的快速且经济有效的方法。该方法快速且易于自动化，并允许DNA的大片段的测序和连接。该方法可用于产生DNA片段文库，其中片段含有来自较大DNA片段的末端。版权所有（C）2013，JPO＆INPIT

4. 发明专利

JP2013090635A Bead emulsion nucleic acid amplification 审中-公开
标题翻译：珠粒乳液核酸放大
公开(公告)号：JP2013090635A
公开(公告)日：2013-05-16
申请号：JP2012282220
申请日：2012-12-26
申请人： 454 ライフサイエンシズコーポレーション , 454 Life Sciences Corp
发明人： BERKA JAN , CHEN YI-JU , LEAMON JOHN H , LEFKOWITZ STEVEN , LOHMAN KENTON , MAKHIJANI VINOD , SARKIS GARY J , ROTHBERG JONATHAN , WEINER MICHAEL , SRINIVASAN MAITHREYAN
IPC分类号： C12N15/09 , B01L3/00 , C07H21/00 , C12M1/00 , C12N15/10 , C12P19/34 , C12Q1/68 , C40B40/08 , C40B40/10 , G01N21/25 , G01N21/64
CPC分类号： C12Q1/686 , B01L3/5027 , B01L3/502707 , B01L3/502715 , B01L3/5085 , B01L7/52 , B01L2300/0636 , B01L2300/0819 , B01L2300/0877 , C07H21/00 , C12N15/1075 , C12N15/1093 , C12Q1/6806 , C12Q1/6834 , C12Q1/6844 , C12Q1/6865 , C12Q1/6867 , C12Q1/6869 , C12Q1/6874 , G01N21/253 , G01N21/6428 , G01N21/6452 , G01N21/6458 , G01N2021/6484 , G01R33/1269 , Y02P20/582 , Y10T436/143333 , C12Q2565/119 , C12Q2531/113 , C12Q2565/537 , C12Q2547/107 , C12Q2547/101 , C12Q2537/143 , C12Q2527/125 , C12Q2525/186 , C12Q2565/301 , C12Q2563/149 , C12Q2531/125 , C12Q2537/149 , C12Q2535/119
摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide methods for amplifying nucleic acid templates from low copy number to quantities amenable for sequencing on a solid support such as a bead.SOLUTION: The method for amplifying the nucleic acids includes the steps of: forming a water-in-oil emulsion to create a plurality of aqueous microreactors wherein a nucleic acid template, a bead, and an amplification reaction solution are emulsified; amplifying the nucleic acids in the microreactors to form amplified copies of the nucleic acids; and binding the amplified copies to the beads in the microreactors.
摘要翻译：待解决的问题：提供从低拷贝数扩增到适于在固体支持物如珠上测序的量的核酸模板的方法。解决方案：用于扩增核酸的方法包括以下步骤：形成油包水乳液以产生多个水性微量反应器，其中核酸模板，珠粒和扩增反应溶液被乳化; 扩增微反应器中的核酸以形成核酸的扩增拷贝; 并将扩增的拷贝结合到微反应器中的珠粒上。版权所有（C）2013，JPO＆INPIT

5. 发明专利

JP2013066475A Bead emulsion nucleic acid amplification 有权
标题翻译：珠粒乳液核酸放大
公开(公告)号：JP2013066475A
公开(公告)日：2013-04-18
申请号：JP2012258136
申请日：2012-11-27
申请人： 454 ライフサイエンシズコーポレーション , 454 Life Sciences Corp
发明人： BERKA JAN , CHEN YI-JU , LEAMON JOHN H , LEFKOWITZ STEVEN , LOHMAN KENTON , MAKHIJANI VINOD , SARKIS GARY J , ROTHBERG JONATHAN , WEINER MICHAEL , SRINIVASAN MAITHREYAN
IPC分类号： C12N15/09 , B01L3/00 , C07H21/00 , C12N15/10 , C12P19/34 , C12Q1/68 , C40B40/06 , C40B40/10 , G01N21/25 , G01N21/64
CPC分类号： C12Q1/686 , B01L3/5027 , B01L3/502707 , B01L3/502715 , B01L3/5085 , B01L7/52 , B01L2300/0636 , B01L2300/0819 , B01L2300/0877 , C07H21/00 , C12N15/1075 , C12N15/1093 , C12Q1/6806 , C12Q1/6834 , C12Q1/6844 , C12Q1/6865 , C12Q1/6867 , C12Q1/6869 , C12Q1/6874 , G01N21/253 , G01N21/6428 , G01N21/6452 , G01N21/6458 , G01N2021/6484 , G01R33/1269 , Y02P20/582 , Y10T436/143333 , C12Q2565/119 , C12Q2531/113 , C12Q2565/537 , C12Q2547/107 , C12Q2547/101 , C12Q2537/143 , C12Q2527/125 , C12Q2525/186 , C12Q2565/301 , C12Q2563/149 , C12Q2531/125 , C12Q2537/149 , C12Q2535/119
摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for amplifying a small copy number of nucleic acid templates to a suitable amount for sequence determination on solid supports such as beads.SOLUTION: The method for nucleic acid amplification includes: a step of forming a water-in-oil emulsion to prepare multiple aqueous microreactors provided by emulsifying nucleic acid templates, beads and an amplification reaction solution; a step of amplifying nucleic acids in the microreactors to form copies; and a step of bonding the amplified copies to the beads in the microreactors.
摘要翻译：要解决的问题：提供一种将小拷贝数的核酸模板扩增至固体支持物如珠粒上的序列测定的适当量的方法。解决方案：核酸扩增方法包括：形成油包水乳液以制备通过乳化核酸模板，珠粒和扩增反应溶液提供的多种水性微量反应器的步骤; 在微反应器中放大核酸以形成拷贝的步骤; 以及将扩增的拷贝结合到微反应器中的珠粒的步骤。版权所有（C）2013，JPO＆INPIT

6. 发明专利

JP2012231799A Method for amplifying and sequencing nucleic acid 有权
标题翻译：放大和测序核酸的方法
公开(公告)号：JP2012231799A
公开(公告)日：2012-11-29
申请号：JP2012181295
申请日：2012-08-20
申请人： 454 ライフサイエンシズコーポレーション , 454 Life Sciences Corp
发明人： LEAMON JOHN H , LOHMAN KENTON , ROTHBERG JONATHAN M , WEINER MICHAEL P
IPC分类号： C12N15/09 , B01L3/00 , C07H21/00 , C12M1/00 , C12N15/10 , C12P19/34 , C12Q1/68 , G01N21/25 , G01N21/64 , G01N37/00
CPC分类号： C12Q1/686 , B01L3/5027 , B01L3/502707 , B01L3/502715 , B01L3/5085 , B01L7/52 , B01L2300/0636 , B01L2300/0819 , B01L2300/0877 , C07H21/00 , C12N15/1075 , C12N15/1093 , C12Q1/6806 , C12Q1/6834 , C12Q1/6844 , C12Q1/6865 , C12Q1/6867 , C12Q1/6869 , C12Q1/6874 , G01N21/253 , G01N21/6428 , G01N21/6452 , G01N21/6458 , G01N2021/6484 , G01R33/1269 , Y02P20/582 , Y10T436/143333 , C12Q2565/119 , C12Q2531/113 , C12Q2565/537 , C12Q2547/107 , C12Q2547/101 , C12Q2537/143 , C12Q2527/125 , C12Q2525/186 , C12Q2565/301 , C12Q2563/149 , C12Q2531/125 , C12Q2537/149 , C12Q2535/119
摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an apparatus and method for performing rapid DNA sequencing, such as genomic sequencing.SOLUTION: This method for sequencing nucleic acids includes: a step of fragmenting large template nucleic acid molecules to generate a plurality of fragmented nucleic acids; a step of delivering the fragmented nucleic acids into aqueous microreactors in a water-in-oil emulsion; a step of amplifying the fragmented nucleic acids in the microreactors to form amplified copies of the nucleic acids and binding the amplified copies to beads in the microreactors; a step of delivering the beads to areas on a planar surface to produce an array of at least 10,000 reaction chambers wherein the plurality of reaction chambers include a single bead; and a step of performing a sequencing reaction simultaneously on the plurality of reaction chambers. The apparatus for sequencing nucleic acids is also disclosed.
摘要翻译：要解决的问题：提供用于进行快速DNA测序的装置和方法，例如基因组测序。解决方案：用于测序核酸的这种方法包括：将大的模板核酸分子片段化以产生多个片段化核酸的步骤; 将片段化核酸递送到水包油乳剂中的水性微量反应器中的步骤; 扩增微反应器中的片段化核酸以形成核酸的扩增拷贝并将扩增的拷贝结合到微反应器中的珠粒的步骤; 将珠粒递送到平坦表面上的区域以产生至少10,000个反应室的阵列的步骤，其中多个反应室包括单个珠粒; 以及在多个反应室上同时进行测序反应的步骤。还公开了用于测序核酸的装置。版权所有（C）2013，JPO＆INPIT

7. 发明申请

WO2007145612A8 PAIRED END SEQUENCING 审中-公开
标题翻译：配对结束顺序
公开(公告)号：WO2007145612A8
公开(公告)日：2008-02-28
申请号：PCT/US2006022206
申请日：2006-06-06
申请人： 454 LIFE SCIENCES CORP , BERKA JAN , CHEN ZHOUTAO , EGHOLM MICHAEL , GODWIN BRIAN C , HUTCHISON STEPHEN K , LEAMON JOHN H , SARKIS GARY J , SIMONS JAN F
发明人： BERKA JAN , CHEN ZHOUTAO , EGHOLM MICHAEL , GODWIN BRIAN C , HUTCHISON STEPHEN K , LEAMON JOHN H , SARKIS GARY J , SIMONS JAN F
IPC分类号： C12N15/10 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6806 , C12N15/10 , C12N15/1093 , C12Q1/6809 , C12Q1/6869 , C12Q2537/155 , C12Q2525/191 , C12Q2521/301 , C12Q2533/107 , C12Q2531/125 , C12Q2521/319 , C12Q2521/125 , C12Q2565/518 , C12Q2563/131
摘要： The present invention provides for a method of preparing a target nucleic acid fragments to produce a smaller nucleic acid which comprises the two ends of the target nucleic acid. Specifically, the invention provides cloning and DNA manipulation strategies to isolate the two ends of a large target nucleic acid into a single small DNA construct for rapid cloning, sequencing, or amplification.
摘要翻译：本发明提供了制备靶核酸片段以产生包含靶核酸两端的较小核酸的方法。具体地，本发明提供克隆和DNA操作策略，以将大靶核酸的两端分离成单个小型DNA构建体用于快速克隆，测序或扩增。

8. 发明申请

WO2007086935A8 METHODS OF AMPLIFYING AND SEQUENCING NUCLEIC ACIDS 审中-公开
标题翻译：放大和测序核酸的方法
公开(公告)号：WO2007086935A8
公开(公告)日：2008-05-15
申请号：PCT/US2006030235
申请日：2006-08-01
申请人： 454 LIFE SCIENCES CORP , MCDADE KEITH E , FIERRO JOSEPH M , KNIGHT JAMES R , CHARUMILIND JERRY , LEAMON JOHN H , MYERS EUGENE W , SIMPSON JOHN W , VOLKMER GREG A
发明人： MCDADE KEITH E , FIERRO JOSEPH M , KNIGHT JAMES R , CHARUMILIND JERRY , LEAMON JOHN H , MYERS EUGENE W , SIMPSON JOHN W , VOLKMER GREG A
IPC分类号： G06F19/00 , B01L3/00 , C07H21/00 , C12N15/10 , C12P19/34 , C12Q1/68 , G01N21/25 , G01N21/64
CPC分类号： B01L3/502761 , B01L3/5027 , B01L3/5085 , B01L2300/0636 , B01L2300/0819 , B01L2300/0877 , C07H21/00 , C12N15/1075 , G01N21/253 , G01N21/6428 , G01N21/6452 , G01N21/6458 , G06F19/22
摘要： An apparatus and method for performing rapid DNA sequencing, such as genomic sequencing, is provided herein. The method includes the steps of preparing a sample DNA for genomic sequencing, amplifying the prepared DNA in a representative manner, and performing multiple sequencing reaction on the amplified DNA with only one primer hybridization step.
摘要翻译：本文提供了用于进行快速DNA测序的装置和方法，例如基因组测序。该方法包括以下步骤：制备用于基因组测序的样品DNA，以代表性方式扩增所制备的DNA，并仅在一个引物杂交步骤对经扩增的DNA进行多次测序反应。

9. 发明申请

WO2007086935A3 METHODS OF AMPLIFYING SEQUENCING NUCLEIC ACIDS 审中-公开
标题翻译：放大序列核酸的方法
公开(公告)号：WO2007086935A3
公开(公告)日：2007-11-15
申请号：PCT/US2006030235
申请日：2006-08-01
申请人： 454 LIFE SCIENCES CORP , MCDADE KEITH E , FIERRO JOSEPH M , KNIGHT JAMES R , CHARUMILIND JERRY , LEAMON JOHN H , MYERS EUGENE W , SIMPSON JOHN W , VOLKMER GREG A
发明人： MCDADE KEITH E , FIERRO JOSEPH M , KNIGHT JAMES R , CHARUMILIND JERRY , LEAMON JOHN H , MYERS EUGENE W , SIMPSON JOHN W , VOLKMER GREG A
IPC分类号： G06F19/00 , B01L3/00 , C07H21/00 , C12N15/10 , C12P19/34 , C12Q1/68 , G01N21/25 , G01N21/64
CPC分类号： B01L3/502761 , B01L3/5027 , B01L3/5085 , B01L2300/0636 , B01L2300/0819 , B01L2300/0877 , C07H21/00 , C12N15/1075 , G01N21/253 , G01N21/6428 , G01N21/6452 , G01N21/6458 , G06F19/22
摘要： An apparatus and method for performing rapid DNA sequencing, such as genomic sequencing, is provided herein. The method includes the steps of preparing a sample DNA for genomic sequencing, amplifying the prepared DNA in a representative manner, and performing multiple sequencing reaction on the amplified DNA with only one primer hybridization step.
摘要翻译：本文提供了用于进行快速DNA测序的装置和方法，例如基因组测序。该方法包括以下步骤：制备用于基因组测序的样品DNA，以代表性方式扩增所制备的DNA，并仅在一个引物杂交步骤对经扩增的DNA进行多次测序反应。

10. 发明专利

AU2008200151B2 Bead Emulsion Nucleic Acid Amplification 未知
公开(公告)号：AU2008200151B2
公开(公告)日：2011-08-25
申请号：AU2008200151
申请日：2008-01-11
申请人： 454 LIFE SCIENCES CORP
发明人： VINOD MAKHIJANI , MAITHREYAN SRINIVASAN , YI-JU CHEN , KENTON LOHMAN , JAN BERKA , MICHAEL WEINER , STEVEN LEFKOWITZ , SARKIS GARY J , LEAMON JOHN H , JONATHAN ROTHBERG
IPC分类号： C07H21/00 , C12N15/10 , C12Q1/68
摘要： Disclosed are methods for nucleic acid amplification wherein nucleic acid templates, beads, and amplification reaction solution are emulsified and the nucleic acid templates are amplified to 5 provide clonal copies of the nucleic acid templates attached to the beads. Also disclosed are kits and apparatuses for performing the methods of the invention.

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