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1. 发明申请

WO2010056053A2 원자 지문 표현자 또는 원자 표현자를 이용한 활성화에너지 예측방법 审中-公开
标题翻译：使用原子指纹描述符或原子描述符预测激活能量的方法
公开(公告)号：WO2010056053A2
公开(公告)日：2010-05-20
申请号：PCT/KR2009/006660
申请日：2009-11-12
申请人： 사단법인 분자설계연구소 , 노경태 , 김두남 , 오원석 , 이성광 , 정지훈 , 조광휘 , 이창준 , 남기엽
发明人： 노경태 , 김두남 , 오원석 , 이성광 , 정지훈 , 조광휘 , 이창준 , 남기엽
IPC分类号： G06F19/00 , C12Q1/26
CPC分类号： G06F19/704 , G06F19/702 , G06F19/706 , G06F19/709
摘要： 본 발명은 원자 지문 표현자의 데이터베이스를 구축하는 방법을 제공한다. 또한, (i) 기질의 원자 지문 표현자(atomic fingerprint descriptor)를 계산하는 단계; (ii) 상기 방법으로 구축된 데이터와 비교하여 사이토크롬 P450 효소에 의한 대사반응이 가능한 원자 위치를 선별하는 단계; 및 (iii) 선별한 원자 위치에 대하여 원자 표현자(atomic descriptor)를 이용하여 활성화 에너지를 예측하는 단계를 포함하는, 원자 지문 표현자 및 원자 표현자를 이용하여 활성화 에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 또한, 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 이용하여 CYP450 효소에 의해 이뤄지는 1단계(phase I) 대사의 활성화에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 구체적으로, 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 포함한 방정식을 이용하여 사이토크롬 P450 효소에 의한 수소분리반응 또는 방향족 수산화반응의 4면체 중간체 형성의 활성화에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법은 어떤 추가적인 CYP450과 기질의 도킹실험이나 양자역학적 계산이 없이 실용적 수준으로까지 1 단계(Phase I) 대사체들에 대해 빠르게 예측해 줌으로서 컴퓨터를 이용한 신약개발을 훨씬 더 용이하게 하고, 약물의 대사반응가능성 분석을 통한 대사체 회피설계를 통하여 약물의 생체이용률(bioavailability)를 증가시키는데 전략을 제시할 수 있다. 또한, 본 발명의 활성화 에너지 예측을 통하여 i) 대사 산물, ii) 대사의 상대적인 속도, iii) 대사의 위치선택성, iv) 대사의 저해, v) 약물 간 상호작용, 및 vi) 대사체의 독성을 예측할 수 있다.
摘要翻译：本发明提供了一种用于构建原子指纹描述符数据库的方法，以及使用原子指纹描述符或原子描述符来预测激活能的方法。该方法包括以下步骤：（i）计算衬底的原子指纹描述符; （ii）将计算的原子指纹描述符与通过上述处理构建的原子指纹描述符数据库进行比较，以选择可能发生细胞色素P450酶的代谢反应的原子位置; 和（iii）通过使用原子描述符来预测所选原子位置的活化能。此外，本发明提供了一种通过使用有效原子描述符来预测由CYP450酶进行的I期代谢的活化能的方法。详细地说，本发明提供了一种通过使用含有有效原子描述符的方程式来预测细胞色素P450酶从氢分离或芳族羟基化形成四面体中间体的活化能的方法。即使没有任何附加的CYP450与底物之间的对接实验，也可以在量子力学计算中，本发明可以在实际水平上快速预测I期代谢物的活化能，从而使得使用计算机的新药开发更加容易。本发明可以通过分析药物的代谢反应可能性来提出通过代谢物避免设计来提高药物的生物利用度的策略。此外，本发明的活化能预测能够预测i）代谢产物，ii）代谢的相对速度，iii）代谢区域选择性iv）代谢抑制v）药物相互作用，和vi）代谢物的毒性。

2. 发明申请

WO2011126183A1 알파탄소의 좌표정보를 이용한 단백질 2차 구조 판별장치 및 방법 审中-公开
标题翻译：通过使用阿尔法碳的协调信息确定蛋白质二级结构的装置和方法
公开(公告)号：WO2011126183A1
公开(公告)日：2011-10-13
申请号：PCT/KR2010/006033
申请日：2010-09-06
申请人： 숭실대학교산학협력단 , 조광휘 , 노경태 , 유민재
发明人： 조광휘 , 노경태 , 유민재
IPC分类号： G01N33/68
CPC分类号： G06F19/16
摘要： 알파탄소의 좌표정보를 이용한 단백질 2차 구조 판별장치 및 방법이 개시된다. 가상중심 결정부는 대상 단백질을 구성하는 아미노산 서열에 포함된 일련의 알파탄소의 좌표정보를 입력받아 각각의 알파탄소에 대응하는 가상중심을 상기 각각의 알파탄소와 인접한 알파탄소와의 사이에서 결정된 지점에 배치한다. 나선구조 판별부는 대상 단백질에 대하여 결정된 가상중심들 중에서 사전에 설정된 개수의 연속하는 가상중심 간의 거리 및 이면각을 기초로 나선구조 여부를 판별한다. 병풍구조 판별부는 나선구조에 해당하지 않는 것으로 판별된 가상중심들 중에서 사전에 설정된 개수의 연속하는 가상중심으로 이루어진 복수의 가상중심 서열에 대하여 서로 다른 가상중심 서열에 포함된 가상중심 간의 거리를 기초로 병풍구조 여부를 판별한다. 본 발명에 따르면, 알파탄소의 사이에서 결정되는 가상중심을 이용하여 가상중심 간의 거리 또는 이면각을 기초로 가상중심에 대응하는 아미노산이 속하는 2차 구조를 판별함으로써, 알파탄소의 좌표정보를 이용하는 기존의 방법들에 비해 향상된 정확도를 얻을 수 있다.
摘要翻译：公开了通过使用α碳的坐标信息来确定蛋白质二级结构的装置和方法。输入假想中心确定部分，其中包含在构成靶蛋白的氨基酸序列中的一系列α碳的坐标信息，将与每个α碳相对应的假想中心置于每个α碳和相邻α碳之间确定的点处。螺旋确定部分基于相对于目标蛋白质确定的虚拟中心之间的预设数目的连续虚想中心之间的距离和二面角来确定二次结构是否是螺旋线。基于包含在不同虚拟中心序列中的虚拟中心之间的距离相对于多个虚拟中心序列来确定二次结构是否为一条链，其中包括预定数目的虚拟中心之间的虚拟中心的确定不符合螺旋线。根据本发明，与使用α碳的坐标信息的已知方法相比，通过使用假想中心的虚拟中心之间的距离或二面角度，通过确定与虚拟中心所对应的氨基酸所属的二级结构相比，可以提高精度中心在α碳之间确定。

3. 发明公开

KR1020100123554A 방향성 노드 네트워크에서 최소 길이의 폐구간을 이루는 링을 인식하는 방법 失效
标题翻译：用于检测保持最短距离的闭合路径的环的方法
公开(公告)号：KR1020100123554A
公开(公告)日：2010-11-24
申请号：KR1020090042837
申请日：2009-05-15
申请人： 사단법인 분자설계연구소
发明人： 이창준 , 노경태 , 조광휘 , 강영묵
IPC分类号： H04L12/42 , H04L12/28
CPC分类号： H04L12/437
摘要： PURPOSE: A method for detecting rings which consists the closed path of the shortest distance is provided to detect a ring having a shortest closed path to analyze various industry networks. CONSTITUTION: Multiple nodes obtain directive networks connected through directive path(S10). The directive networks allocate node code and path code to node and path respectively(S12). The shortest distance path code which connects standard column node and standard row node is calculated to make directive path matrix(S16).
摘要翻译：目的：提供一种检测环路的方法，该方法包括最短距离的闭合路径，以检测具有最短闭合路径的环，以分析各种工业网络。构成：多个节点获得通过指令路径连接的指令网络（S10）。指令网络分别将节点代码和路径代码分配给节点和路径（S12）。计算连接标准列节点和标准行节点的最短距离路径码，使其成为指令路径矩阵（S16）。

4. 发明公开

KR1020090083198A 인접행렬을 이용하여 최소 길이의 폐구간을 이루는노드들을 검출하는 프로그램이 저장된 매체 失效
标题翻译：存储使用相似矩阵检测短距离的封闭路径的节目的媒体
公开(公告)号：KR1020090083198A
公开(公告)日：2009-08-03
申请号：KR1020080009211
申请日：2008-01-29
申请人： 연세대학교 산학협력단 , 사단법인 분자설계연구소 , 숭실대학교산학협력단
发明人： 노경태 , 이창준 , 조광휘 , 박재성 , 이성광
IPC分类号： G06F17/10
CPC分类号： G06F17/16
摘要： A media storing a program detecting nodes which form the closed interval of a minimum dimension by using the adjacency matrix in order to exactly find SSSR at fast speed is provided to recognize a structure about network for a long time. An adjacency matrix showing the connection relation of nodes located on a surface is obtained(S401). The adjacency matrix is involved as the maximal exponent corresponding to the minimum dimension. The maximal index route matrix is calculated(S403). The second node separated from the predetermined first node is searched(S404). The index of the maximal index route matrix is successively reduced. One or more node positioned between the first node and the second node are successively detected in the second node(S405). The first node, the second node and the detected node are grouped in a node group(S407).
摘要翻译：提供了存储通过使用相邻矩阵形成最小尺寸的闭合间隔的程序来检测节点的媒体，以便以快速精确地找到SSSR，以便长时间地识别关于网络的结构。获得表示位于表面上的节点的连接关系的邻接矩阵（S401）。邻接矩阵作为对应于最小维数的最大指数。计算最大索引路由矩阵（S403）。搜索与预定第一节点分离的第二节点（S404）。最大索引路由矩阵的索引依次减少。在第二节点中连续检测位于第一节点和第二节点之间的一个或多个节点（S405）。第一节点，第二节点和检测到的节点被分组在节点组中（S407）。

5. 发明授权

KR101004924B1 효과적인 원자 표현자를 이용한 활성화에너지 예측방법 有权
标题翻译：用有效原子描述符预测活化能的方法
公开(公告)号：KR101004924B1
公开(公告)日：2010-12-29
申请号：KR1020080112389
申请日：2008-11-12
申请人： 사단법인 분자설계연구소 , 연세대학교 산학협력단 , 숭실대학교산학협력단
发明人： 노경태 , 김두남 , 오원석 , 이성광 , 정지훈 , 조광휘 , 이창준
IPC分类号： C12Q1/26 , G06F17/15
摘要： 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 이용하여 CYP450 효소에 의해 이뤄지는 1단계(phase I) 대사의 활성화에너지를 예측하는 방법에 관한 것이다. 구체적으로, 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 포함한 방정식을 이용하여 사이토크롬 P450 효소에 의한 수소분리반응의 활성화에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 포함한 방정식을 이용하여 사이토크롬 P450 효소에 의한 방향족 수산화반응의 4면체 중간체 형성의 활성화 에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법을 이용한 활성화에너지 예측 결과는 양자역학적으로 계산한 활성화 에너지와 높은 상관관계를 보였다. 또한, 본 발명의 방법을 이용하여 예측한 활성화에너지를 통하여 실험대사비율을 예측할 수 있었다. 본 발명은 어떤 실험적 매개변수나 양자계산이 없이 실용적 수준으로까지 1 단계(Phase I) 대사의 활성화 에너지를 빠르게 예측해 줌으로서 컴퓨터를 이용한 신약개발을 훨씬 더 용이하게 한다. 또한, 본 발명의 활성화에너지 예측을 통하여 i) 대사의 속도, ii) 대사의 위치선택성,
iii) 대사의 저해, 및 iv) 약물 간 상호작용을 예측할 수 있다.
활성화에너지, 원자 표현자, 예측, 대사, 수소분리반응, 방향족 수산화 반응, 4면체 중간체.

6. 发明授权

KR100920966B1 인접행렬을 이용하여 최소 길이의 폐구간을 이루는노드들을 검출하는 프로그램이 저장된 매체 失效
标题翻译：存储使用邻接矩阵构成最短距离的封闭路径的检测节点的程序的介质
公开(公告)号：KR100920966B1
公开(公告)日：2009-10-09
申请号：KR1020080009211
申请日：2008-01-29
申请人： 연세대학교 산학협력단 , 사단법인 분자설계연구소 , 숭실대학교산학협력단
发明人： 노경태 , 이창준 , 조광휘 , 박재성 , 이성광
IPC分类号： G06F17/10
摘要： 본 발명은 인접행렬을 이용하여 각 노드 간의 연결 관계를 파악하는 기법에 관한 것으로, 구체적으로는, 최소 길이의 폐구간을 이루는 노드들을 찾는 기법 및 그 기법에 따른 프로그램을 제안하는 것이다.
본 발명에 따른 기법은, 컴퓨터로 하여금 인접 행렬에 대한 거듭 제곱을 하여 가장 먼 원소를 찾고, 이후 거듭 제곱의 횟수를 감소시키며 SSSR에 속하는 원소를 찾도록 하는 방법을 제안한다. 보다 구체적으로, 본 발명은 i) 찾으려는 최소 링의 길이에 상응하는 횟수만큼 인접행렬을 거듭제곱하여 n차 행렬을 생성하고, ii) n차 행렬을 이용하여 시작점에서 가장 먼 원소를 파악하며, iii) n차 행렬의 지수를 순차적으로 감소시키며 시작점과 가장 먼 원소 사이에 있는 원소들을 파악하는 기능을 실현하기 위한 프로그램을 제공한다.
본 발명을 이용하는 경우, 빠른 속도로 정확하게 SSSR을 찾을 수 있는 장점이 있다.
인접행렬, 최소 링, SSSR, 링 인식, ring perception

7. 发明授权

KR101047975B1 방향성 노드 네트워크에서 최소 길이의 폐구간을 이루는 링을 인식하는 방법 失效
标题翻译：一种用于在定向节点网络中识别构成最小长度的封闭部分的环的方法
公开(公告)号：KR101047975B1
公开(公告)日：2011-07-13
申请号：KR1020090042837
申请日：2009-05-15
申请人： 사단법인 분자설계연구소
发明人： 이창준 , 노경태 , 조광휘 , 강영묵
IPC分类号： H04L12/42 , H04L12/28
摘要： 본 발명은 방향성 노드 네트워크에서 최소 길이의 폐구간을 이루는 링을 인식하는 방법에 관한 것으로, (a) 다수의 노드가 방향성 경로를 통해 서로 연결된 방향성 네트워크를 획득하는 단계; (b) 상기 방향성 네트워크에서 각각의 노드 및 경로에 노드 코드 및 경로 코드를 할당하는 단계; (c) 상기 방향성 네트워크에 대하여, 각 노드의 노드 코드를 행과 열의 기준으로 하여 각각의 행렬 교차점에 해당 행 기준 노드와 열 기준 노드를 연결하는 최소 거리의 경로 코드를 산출해 할당하여 방향성 경로 행렬을 작성하는 단계; (d) 상기 방향성 경로 행렬에서 대각성분을 기준으로 대칭되는 교차점의 성분값을 비교하는 단계; (e) 양측 대칭 교차점 쌍의 성분값에 서로 동일한 경로 코드를 포함하지 않으면서 서로 동일한 수의 경로 코드를 가지고 있으면, 해당 양측 대칭 교차점 쌍의 성분값인 경로로 연결된 노드들을 '짝수 개의 노드를 가지는 최소 방향성 링'으로 판별하는 단계; 및 (f) 양측 대칭 교차점 쌍의 성분값에 서로 동일한 경로 코드를 포함하지 않으면서 서로 하나 차이의 경로 코드 수를 가지고 있으면, 해당 양측 대칭 교차점 쌍의 성분값인 경로로 연결된 노드들을 '홀수 개의 노드를 가지는 최소 방향성 링'으로 판별하는 단계; 를 포함하는 것을 특징으로 한다.
摘要翻译：本发明涉及一种在定向节点网络中识别构成最小长度的闭合区段的环的方法，该方法包括以下步骤：（a）获取其中多个节点通过定向路径互连的定向网络; （b）向定向网络中的每个节点和路径分配节点代码和路径代码; （c）对于有向网络，根据每个节点的节点代码作为行和列参考，计算并分配连接对应的行参考节点和列参考节点到每个矩阵交点的最小距离的路径代码，步骤来创建; （d）比较相对于有向路径矩阵中的对角分量对称的交点的分量值; （e）如果两个对称交点对的分量值具有相同数量的路径代码但不包括相同的路径代码，则连接到路径的节点（它们是两侧的对称交点对的分量值）最小定向环'; 并且（f）如果两个对称交点对的分量值不包括相同的路径代码，但是路径代码的数量不同，则连接到该路径的节点（其是对应的对称交点对的分量值）具有最小方向性环的最小方向环“ [0015]

8. 发明授权

KR101047429B1 최단경로행렬을 이용하여 최소 길이의 폐구간을 이루는 노드들을 검출하는 프로그램이 저장된 매체 有权
公开(公告)号：KR101047429B1
公开(公告)日：2011-07-07
申请号：KR1020090019820
申请日：2009-03-09
申请人： 연세대학교 산학협력단 , 사단법인 분자설계연구소 , 숭실대학교산학협력단
发明人： 노경태 , 이창준 , 조광휘 , 이성광 , 박재성
IPC分类号： H04L12/28 , H04L12/24 , G06F17/16
摘要： 최단경로행렬을 이용하여 최소 길이의 폐구간을 이루는 노드들을 검출하는 프로그램에 관한 것이다. 본 발명에 따른 기법은, 네트워크 상에 위치하는 노드(node)들의 연결 관계에 경로 정보를 생성하여 노드들의 연결 관계를 생성된 경로 정보로 나타내는 인접행렬을 획득하고, 이러한 인접행렬을 이용하여 최단경로행렬 및 최단경로+1행렬을 획득한 후, 최단경로행렬 및 최단경로+1행렬을 이용하여 최소 길이의 폐구간을 이루는 노드 집합을 찾기 위한 프로그램을 제공한다.
최단경로행렬, 최소 링, SSSR, 링 인식, ring perception

9. 发明公开

KR1020100101365A 최단경로행렬을 이용하여 최소 길이의 폐구간을 이루는 노드들을 검출하는 프로그램이 저장된 매체 有权
标题翻译：存储使用最短路径矩阵检测短距离的闭合路径的节目的媒体
公开(公告)号：KR1020100101365A
公开(公告)日：2010-09-17
申请号：KR1020090019820
申请日：2009-03-09
申请人： 연세대학교 산학협력단 , 사단법인 분자설계연구소 , 숭실대학교산학협력단
发明人： 노경태 , 이창준 , 조광휘 , 이성광 , 박재성
IPC分类号： H04L12/28 , H04L12/24 , G06F17/16
CPC分类号： H04L45/12 , H04L45/02
摘要： PURPOSE: A media storing a program of detecting nodes which consist the closed path of the shortest distance using a shortest path matrix by using shortest path matrix are provided to suggest a technique for finding nodes comprising a closed interval of minimum length and a program according to the technique. CONSTITUTION: A first function generates path information to connection relation of nodes which locates on a network. The first function obtains neighboring matrix which shows the connection relation of nodes to the path information. A second function obtains shortest path+1 matrix which shows shortest path+1 having added path as path information(S403). A shortest path matrix shows the path information to shortest path between each node from the neighboring matrix.
摘要翻译：目的：提供一种存储使用最短路径矩阵使用最短路径矩阵组合最短距离的封闭路径的节点检测节目的媒体，以提供一种查找包含最小长度的封闭间隔的节点和根据技术。构成：第一个函数生成位于网络上的节点的连接关系的路径信息。第一个函数获取相邻矩阵，其显示节点与路径信息的连接关系。第二功能获得最短路径+ 1矩阵，其显示具有添加路径的最短路径+ 1作为路径信息（S403）。最短路径矩阵表示从相邻矩阵的每个节点之间的最短路径的路径信息。

10. 发明公开

KR1020100053329A 효과적인 원자 표현자를 이용한 활성화에너지 예측방법 有权
标题翻译：用有效原子描述符预测激活能量的方法
公开(公告)号：KR1020100053329A
公开(公告)日：2010-05-20
申请号：KR1020080112389
申请日：2008-11-12
申请人： 사단법인 분자설계연구소 , 연세대학교 산학협력단 , 숭실대학교산학협력단
发明人： 노경태 , 김두남 , 오원석 , 이성광 , 정지훈 , 조광휘 , 이창준
IPC分类号： C12Q1/26 , G06F17/15
CPC分类号： C12Q1/26 , C12Y114/00 , G06F19/704
摘要： PURPOSE: A method for predicting activation energy using atomic descriptor is provided to quickly predict activation energy of step 1 metabolism and to easily apply to the activation energy of various chemical reactions. CONSTITUTION: An activation energy of hydrogen separation reaction can be predictable by cytochrome P450 using atomic discriptors such as δhet, max(δheavy), and μC-H. The cytochrome P450 enzyme is CYP2E1, CYP3A4, CYP2B6, CYP2C8, CYP2C9, CYP1A1, CYP1A2, CYP2C19, CYP2D6, CYP1B1, or CYP2A6. A method for predicting activation energy comprises a step of determining metabolic site for hydrogen separation reaction when C is aliphatic carbon in C-H bond; a step of calculating δhet and max(δheavy) when alpha neighbor has a hetero atom; and a step of calculating μC-H when the alpha neighbor does not have a hetero atom. The activation energy is predicted according to the equation, Ea^Habs_(B)= 25.94 + 1.88*[δ_het] + 1.03*[max(δ_heavy)] and Ea^Habs_(A).
摘要翻译：目的：提供一种使用原子描述符预测活化能的方法，以快速预测步骤1代谢的活化能，并易于应用于各种化学反应的活化能。构成：氢分离反应的活化能可以通过细胞色素P450使用原子分离物如δhet，max（δheavy）和μC-H来预测。细胞色素P450酶为CYP2E1，CYP3A4，CYP2B6，CYP2C8，CYP2C9，CYP1A1，CYP1A2，CYP2C19，CYP2D6，CYP1B1或CYP2A6。一种预测活化能的方法包括当C为C-H键中的脂族碳时，确定氢分离反应代谢位点的步骤; 当α相位具有杂原子时，计算δhet和max（δheavy）的步骤; 以及当α相不具有杂原子时计算μC-H的步骤。激活能根据方程预测，Ea ^ Habs_（B）= 25.94 + 1.88 * [δ_het] + 1.03 * [max（δ_heavy）]和Ea ^ Habs_（A）。

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