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1. 发明专利

ES2796346T3 Secuenciación de ácidos nucleicos usando marcas 未知
公开(公告)号：ES2796346T3
公开(公告)日：2020-11-26
申请号：ES13853114
申请日：2013-11-07
申请人： ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS INC
发明人： DAVIS RANDALL W , CHEN ROGER , BIBILLO ARKADIUSZ , KORENBLUM DANIEL , DORWART MICHAEL
IPC分类号： C12Q1/6869 , G01N27/447 , G01N33/487
摘要： Un procedimiento para secuenciar una muestra de ácido nucleico con la ayuda de un nanoporo en una membrana contigua a un electrodo sensor, comprendiendo el procedimiento: (a) proporcionar nucleótidos marcados en una cámara de reacción que comprende dicho nanoporo, en el que un nucleótido marcado individual de dichos nucleótidos marcados contiene una marca acoplada a un nucleótido, siendo dicha marca detectable con la ayuda de dicho nanoporo; (b) llevar a cabo una reacción de polimerización con la ayuda de una polimerasa, incorporando de este modo un nucleótido marcado individual de dichos nucleótidos marcados en una hebra en crecimiento complementaria a una molécula de ácido nucleico monocatenario de dicha muestra de ácido nucleico; y (c) detectar, con la ayuda de dicho nanoporo, una marca asociada con dicho nucleótido marcado individual durante la incorporación de dicho nucleótido marcado individual, en el que dicha marca se detecta con la ayuda de dicho nanoporo mientras dicho nucleótido marcado está asociado con dicha polimerasa.

2. 发明专利

ES2779073T3 Proceso para la formación de pocillos de biosensor 未知
公开(公告)号：ES2779073T3
公开(公告)日：2020-08-13
申请号：ES14855736
申请日：2014-10-23
申请人： ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS INC
发明人： DAVIS RANDALL W , LIU EDWARD SHIAN , HARADA ERIC TAKESHI , AGUIRRE ANNE , TRANS ANDREW , POLLARD JAMES , CECH CYNTHIA
IPC分类号： C12Q1/6869 , G01N27/327 , G01N27/447 , G01N33/487
摘要： Un biochip que comprende: un sustrato; y una pluralidad de sitios diferenciados formados sobre el sustrato que tienen una densidad mayor que quinientos pocillos por milímetro cuadrado, en donde cada sitio diferenciado incluye: paredes laterales dispuestas sobre el sustrato para formar un pocillo, en donde el pocillo está formado al depositar sobre el sustrato un material que tiene grupos óxidos reactivos y grabar el pocillo en el material, y en donde las paredes laterales tienen una superficie superior plana dura para que se forme una membrana encima, en donde la membrana abarca todo el pocillo y lo sella; y un electrodo dispuesto en el fondo del pocillo; en donde los electrodos dispuestos en el fondo de los pocillos están organizados en una pluralidad de grupos de electrodos, en donde cada grupo de electrodos comparte un contraelectrodo común, y en donde las superficies de las paredes laterales son hidrófobas de tal manera que las superficies facilitan la formación de una membrana hidrófoba en o adyacente al pocillo.

3. 发明专利

AU2019216810B2 Method of predicting response to therapy by assessing tumor genetic heterogeneity 未知
公开(公告)号：AU2019216810B2
公开(公告)日：2022-05-12
申请号：AU2019216810
申请日：2019-02-11
申请人： HOFFMANN LA ROCHE , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS INC
发明人： CASEY FERGAL , LEE JOHN J , PALMA JOHN F , YAUNG STEPHANIE J
IPC分类号： C12Q1/6886
摘要： The invention is a method of predicting response to therapy in a colorectal cancer patient, the method comprising measuring tumor genetic heterogeneity via analysis of circulating tumor DNA from a patient's sample.

4. 发明专利

MA39774A PROCÉDÉS CHIMIQUES POUR PRODUIRE DES NUCLÉOTIDES ÉTIQUETÉS 未知
公开(公告)号：MA39774A
公开(公告)日：2021-05-12
申请号：MA39774
申请日：2015-03-23
申请人： ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS INC , UNIV COLUMBIA
发明人： CHEN ROGER , DAVIS RANDALL , FULLER CARL W , JU JINGYUE , KUMAR SHIV
IPC分类号： C07H19/04

5. 发明专利

AU2019216810A1 Method of predicting response to therapy by assessing tumor genetic heterogeneity 未知
公开(公告)号：AU2019216810A1
公开(公告)日：2020-07-23
申请号：AU2019216810
申请日：2019-02-11
申请人： HOFFMANN LA ROCHE , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS INC
发明人： CASEY FERGAL , LEE JOHN J , PALMA JOHN F , YAUNG STEPHANIE J
IPC分类号： C12Q1/6886
摘要： The invention is a method of predicting response to therapy in a colorectal cancer patient, the method comprising measuring tumor genetic heterogeneity via analysis of circulating tumor DNA from a patient's sample.

6. 发明专利

ES2779699T3 Secuenciación de ácidos nucleicos mediante detección en nanoporos de moléculas de etiqueta 未知
公开(公告)号：ES2779699T3
公开(公告)日：2020-08-18
申请号：ES13807639
申请日：2013-04-08
申请人： UNIV COLUMBIA , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS INC
发明人： JU JINGYUE , DAVIS RANDALL , CHEN ROGER
IPC分类号： C12Q1/68 , C12Q1/00
摘要： Método para la secuenciación de ácidos nucleicos, comprendiendo el método: a) proporcionar una molécula de ácido nucleico y un chip que comprende una pluralidad de nanoporos individualmente direccionables, en el que dicha pluralidad de nanoporos individualmente direccionables están a una densidad de al menos 500 nanoporos individualmente direccionables por mm2, en el que dicha pluralidad de nanoporos individualmente direccionables comprende un nanoporo en una bicapa lipídica, teniendo dicho nanoporo una ácido nucleico polimerasa unida al nanoporo adyacente a la entrada de dicho nanoporo, estando dicha bicapa lipídica dispuesta adyacente a al menos un electrodo y separando al menos unas disoluciones de electrolito primera y segunda, en el que dicho al menos un electrodo detecta características eléctricas de la bicapa lipídica incluyendo flujo de corriente iónica a través del nanoporo individualmente direccionable, y en el que la etiqueta liberada se transloca a través de dicho nanoporo; b) proporcionar un flujo de corriente iónica a través del nanoporo individualmente direccionable entre las disoluciones de electrolito primera y segunda mediante un potencial aplicado; c) dirigir dicha molécula de ácido nucleico a la ácido nucleico polimerasa unida al nanoporo individualmente direccionable; d) extender un cebador hibridado a la molécula de ácido nucleico usando nucleótidos marcados con etiqueta, en el que cada nucleótido marcado con etiqueta tiene una etiqueta unida al 5'-fosfato del nucleótido marcado con etiqueta, y en el que una etiqueta asociada con un nucleótido individual se libera a partir del nucleótido marcado con etiqueta con al menos un fosfato unido a la etiqueta tras la incorporación del nucleótido marcado con etiqueta en el cebador mediante la polimerasa, y en el que la etiqueta liberada se transloca a través de dicho nanoporo; y e) detectar el cambio en el flujo de corriente iónica a través del nanoporo individualmente direccionable cuando la etiqueta liberada se transloca a través del nanoporo, determinando así la secuencia de ácido nucleico de la molécula de ácido nucleico.

7. 发明申请

WO2022226056A1 DEVICE FOR VOLUME COUPLING IN EPITACHOPHORESIS 审中-公开
公开(公告)号：WO2022226056A1
公开(公告)日：2022-10-27
申请号：PCT/US2022/025530
申请日：2022-04-20
申请人： F. HOFFMANN-LA ROCHE AG , ROCHE DIAGNOSTICS GMBH , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS, INC.
发明人： FORET, Frantisek , VORACOVA, Ivona , PRIKRYL, Jan , NOVOTNY, Jakub
IPC分类号： G01N27/447
摘要： Epitachophoresis (ETP) methods and devices that improve concentrating samples and/or separating components of samples. ETP methods and devices allow for electromigration in two dimensions. Electromigration of a sample may first occur in a first dimension along a single plane. Electromigration may then continue in a second dimension, which may be different from the first dimension. The volume where the electromigration occurs may significantly reduce from the first dimension to the second dimension. This smaller dimension may allow for increased concentration of samples or improved separation of components of a sample.

8. 发明申请

WO2022207682A1 IMMUNE CELL COUNTING OF SARS-COV-2 PATIENTS BASED ON IMMUNE REPERTOIRE SEQUENCING 审中-公开
公开(公告)号：WO2022207682A1
公开(公告)日：2022-10-06
申请号：PCT/EP2022/058362
申请日：2022-03-30
申请人： F. HOFFMANN-LA ROCHE AG , ROCHE DIAGNOSTICS GMBH , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS, INC.
发明人： BERKA, Jan , DANNEBAUM, Richard , LUONG, Khai , RUBELT, Florian , TELMAN, Dilduz
IPC分类号： C12Q1/6853 , C12Q1/6881
摘要： The disclosure includes methods and compositions for accurately detecting subject's immune cell repertoire based on sequencing genomic DNA of immune cells.

9. 发明申请

WO2022056060A1 DEEP-LEARNING-BASED TECHNIQUES FOR GENERATING A CONSENSUS SEQUENCE FROM MULTIPLE NOISY SEQUENCES 审中-公开
公开(公告)号：WO2022056060A1
公开(公告)日：2022-03-17
申请号：PCT/US2021/049561
申请日：2021-09-09
申请人： F. HOFFMANN-LA ROCHE AG , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS, INC. , ROCHE DIAGNOSTICS GMBH
发明人： MOHIYUDDIN, Marghoob , SAHRAEIAN, Sayed Mohammadebrahim
IPC分类号： G16B30/00 , G16B40/20
摘要： Some embodiments relate to methods, systems, uses, or software for generating a consensus sequence of a particular molecule. A set of sequences of the particular molecule can be accessed, each having been generated independently from other sequences in the set of sequences and each including an ordered set of bases. An alignment process may be performed using the set of sequences to generate an alignment result associating, for each base of the ordered sets of bases of the sets of sequences. The base may have a reference position. For each reference position of a set of reference positions, a feature vector for the reference position may be generated that represents each base from the ordered sets of bases aligned to the reference position. The feature vectors for the set of references positions may be processed using a machine learning model to generate the consensus sequence for the particular molecule.

10. 发明申请

WO2021249985A1 FARADAIC SYSTEMS AND METHODS FOR SELF-LIMITING PROTEIN PORE INSERTION IN A MEMBRANE 审中-公开
公开(公告)号：WO2021249985A1
公开(公告)日：2021-12-16
申请号：PCT/EP2021/065252
申请日：2021-06-08
申请人： F. HOFFMANN-LA ROCHE AG , ROCHE DIAGNOSTICS GMBH , ROCHE SEQUENCING SOLUTIONS, INC.
发明人： BARRALL, Goeffrey , HARADA, Eric, Takeshi , KOMADINA, Jason , MANEY JR., J. William , YANG, Charlotte
IPC分类号： C12Q1/6869 , G01N33/487 , G01N27/413 , B01L3/00 , G01N33/48721
摘要： Systems and methods for inserting a single pore (316) into a membrane (314) under faradaic conditions are described herein. A stepped or ramped voltage waveform can be applied across the membranes of the cells of an array, where the voltage waveform starts at first voltage and increases in magnitude over a period of time to a second voltage. The voltage waveform has a polarity that maintains a first species of a redox couple (308) in its current oxidation state. The first voltage is selected to be low enough to reduce the risk of damaging the membrane, while the rate of voltage increase is selected to provide sufficient time for the pores to insert into the membranes. Once a pore is inserted into the membrane, the voltage across the membrane rapidly drops, thereby reducing the risk of damaging the membrane even if the applied voltage between the electrodes is further increased.

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