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1. 发明申请

WO2005045059A3 ALLELE ASSIGNMENT AND PROBE SELECTION IN MULTIPLEXED ASSAYS OF POLYMORPHIC TARGETS 审中-公开
标题翻译：多态目标综合分析中的全局指派和探针选择
公开(公告)号：WO2005045059A3
公开(公告)日：2005-09-09
申请号：PCT/US2004035427
申请日：2004-10-26
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD , XIA XIONGWU , SEUL MICHAEL
发明人： XIA XIONGWU , SEUL MICHAEL
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6832 , G06F19/18 , G06F19/20 , G06F19/22 , C12Q2537/143 , C12Q2535/131 , C12Q2537/165
摘要： A method to select a set of probes for multiplexed hybridization analysis of genes with multiple polymorphic regions, which minimizes ambiguities (where the assay results can correspond with more than one allele combination) by one or more of several methods, including: eliminating probes which generate ambiguities; setting a threshold such that only probe-target interactions above the threshold are considered as positive; selectively adding probes until ambiguities are eliminated.
摘要翻译：选择一组探针用于多重多态性区域基因的多重杂交分析的方法，其通过几种方法中的一种或多种方法使歧义性最小化（其中化验结果可以对应于多于一种等位基因组合），所述方法包括：消除产生探针模糊性; 设置阈值，使得只有阈值以上的探针 - 目标相互作用被认为是正面的; 有选择地添加探针直到消除歧义。

2. 发明申请

WO2005010200A3 CONCURRENT OPTIMIZATION IN SELECTION OF PRIMER AND CAPTURE PROBE SETS FOR NUCLEIC ACID ANALYSIS 审中-公开
标题翻译：选择核酸分析初始化和捕获探针组的同时优化
公开(公告)号：WO2005010200A3
公开(公告)日：2005-08-25
申请号：PCT/US2004022781
申请日：2004-07-15
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD , SEUL MICHAEL , VENER TATIANA , XIA XIONGWU
发明人： SEUL MICHAEL , VENER TATIANA , XIA XIONGWU
IPC分类号： C12Q20060101 , C12Q1/68 , G01N33/48
CPC分类号： C12Q1/6876 , C12Q2600/16 , G06F19/20 , G06F19/22
摘要： Disclosed is a method of iteratively optimizing two (or more) interrelated sets of probes for the multi-step analysis of sets of designated sequences, each such sequence requiring, for conversion, at least one conversion probe ("primer"), and each converted sequence requiring, for detection, at least one capture probe. The iterative method disclosed herein for the concurrent optimization of primer and probe selection invokes fast logical string matching functions to perform a complete cross-correlation of probe sequences and target sequences. The score function assigns to each probe-target alignment a "degree of matching" score on the basis of position weighted Hamming distance functions introduced herein. Pairs of probes in the final selection may differ in several positions, while other pairs of probes may differ in only a single position. Not all such positions are of equal importance, and a score function is introduced, reflecting the position of the mismatch within the probe sequence.
摘要翻译：公开了一种迭代优化两个（或多个）相互关联的探针组的方法，用于多步分析指定序列组，每个这样的序列需要用于转化的至少一个转化探针（“引物”），并且每个转化用于检测至少一个捕获探针的序列。本文公开的用于并行优化引物和探针选择的迭代方法调用快速逻辑串匹配函数以执行探针序列和靶序列的完全互相关。得分函数根据本文介绍的位置加权汉明距离函数将每个探针 - 目标对齐分配给“匹配度”。最终选择中的一对探针在几个位置可能有所不同，而其他探针对只能在一个位置上不同。并不是所有这样的位置都是同等重要的，并且引入了分数函数，反映了探针序列内不匹配的位置。

3. 发明申请

WO2005111787A3 A METHOD FOR INDEXING AND SEARCHING GEOCODED PAGES OF A WEB SITE 审中-公开
标题翻译：一种用于索引和搜索网站的地理页面的方法
公开(公告)号：WO2005111787A3
公开(公告)日：2006-12-28
申请号：PCT/US2005015435
申请日：2005-05-04
申请人： XIA XIONGWU
发明人： XIA XIONGWU
IPC分类号： G06F17/00 , G06F7/00 , G06F17/30
CPC分类号： G06F17/3087 , G06F17/30241 , G06F17/30312 , Y10S707/99933 , Y10S707/99937 , Y10S707/99945 , Y10S707/99948
摘要： A local search engine geographically indexes information for searching by identifying a geocoded web page of a web site and identifying at least one geocodable web page of the web site. The system identifies a geocode contained within content of the geocoded web page of the web site. The geocode indicates a physical location of an entity associated with the web site. The system indexes content of the geocoded web page and content of the geocodable web page. The indexing including associating the geocode contained within content of the geocoded web page to the indexed content of the geocoded web page and the geocodable web page to allow geographical searching of the content of the web pages.
摘要翻译：本地搜索引擎通过识别网站的地理编码的网页并且识别该网站的至少一个地理编码网页来地理上地索引用于搜索的信息。该系统识别包含在网站的地理编码网页的内容中的地理编码。地理编码表示与网站相关联的实体的物理位置。系统对地理编码网页的内容和可编址网页的内容进行索引。索引包括将包含在地理编码网页的内容内的地理编码与地理编码网页的索引内容和可编辑地理标识的网页相关联，以允许对网页的内容进行地理搜索。

4. 发明申请

WO2005111787A2 METHODS AND APPARATUS PROVIDING LOCAL SEARCH ENGINE 审中-公开
标题翻译：提供本地搜索引擎的方法和设备
公开(公告)号：WO2005111787A2
公开(公告)日：2005-11-24
申请号：PCT/US2005/015435
申请日：2005-05-04
申请人： XIA, Xiongwu
发明人： XIA, Xiongwu
IPC分类号： G06F7/00
CPC分类号： G06F17/3087 , G06F17/30241 , G06F17/30312 , Y10S707/99933 , Y10S707/99937 , Y10S707/99945 , Y10S707/99948
摘要： A local search engine geographically indexes information for searching by identifying a geocoded web page of a web site and identifying at least one geocodable web page of the web site. The system identifies a geocode contained within content of the geocoded web page of the web site. The geocode indicates a physical location of an entity associated with the web site. The system indexes content of the geocoded web page and content of the geocodable web page. The indexing including associating the geocode contained within content of the geocoded web page to the indexed content of the geocoded web page and the geocodable web page to allow geographical searching of the content of the web pages.
摘要翻译：本地搜索引擎通过识别网站的地理编码的网页并且识别该网站的至少一个地理编码网页来地理上地索引用于搜索的信息。该系统识别包含在网站的地理编码网页的内容中的地理编码。地理编码表示与网站相关联的实体的物理位置。系统对地理编码网页的内容和可编址网页的内容进行索引。索引包括将包含在地理编码网页的内容内的地理编码与地理编码网页的索引内容和可编辑地理标识的网页相关联，以允许对网页的内容进行地理搜索。

5. 发明申请

WO2005045059A2 ALLELE ASSIGNMENT AND PROBE SELECTION IN MULTIPLEXED ASSAYS OF POLYMORPHIC TARGETS 审中-公开
标题翻译：多态性目标多重测定中的分配和探索选择
公开(公告)号：WO2005045059A2
公开(公告)日：2005-05-19
申请号：PCT/US2004/035427
申请日：2004-10-26
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS LTD. , XIA, Xiongwu , SEUL, Michael
发明人： XIA, Xiongwu , SEUL, Michael
IPC分类号： C12Q
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6832 , G06F19/18 , G06F19/20 , G06F19/22 , C12Q2537/143 , C12Q2535/131 , C12Q2537/165
摘要： A method to select a set of probes for multiplexed hybridization analysis of genes with multiple polymorphic regions, which minimizes ambiguities (where the assay results can correspond with more than one allele combination) by one or more of several methods, including: eliminating probes which generate ambiguities; setting a threshold such that only probe-target interactions above the threshold are considered as positive; selectively adding probes until ambiguities are eliminated.
摘要翻译：选择一组用于多个多态性区域的基因的多重杂交分析的探针的方法，其通过若干方法中的一种或多种将歧义（其中测定结果可与多于一个等位基因组合相对应）最小化，包括：消除产生模糊性; 设置一个阈值，使得仅在阈值以上的探针 - 靶相互作用被认为是阳性的; 选择性地添加探针，直到消除歧义。

6. 发明申请

WO2005010200A2 CONCURRENT OPTIMIZATION IN SELECTION OF PRIMER AND CAPTURE PROBE SETS FOR NUCLEIC ACID ANALYSIS 审中-公开
标题翻译：基于核酸分析的捕获和捕获探针选择的并行优化
公开(公告)号：WO2005010200A2
公开(公告)日：2005-02-03
申请号：PCT/US2004/022781
申请日：2004-07-15
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS, LTD. , SEUL, Michael , VENER,Tatiana , XIA, Xiongwu
发明人： SEUL, Michael , VENER,Tatiana , XIA, Xiongwu
IPC分类号： C12Q
CPC分类号： C12Q1/6876 , C12Q2600/16 , G06F19/20 , G06F19/22
摘要： Disclosed is a method of iteratively optimizing two (or more) interrelated sets of probes for the multi-step analysis of sets of designated sequences, each such sequence requiring, for conversion, at least one conversion probe ("primer"), and each converted sequence requiring, for detection, at least one capture probe. The iterative method disclosed herein for the concurrent optimization of primer and probe selection invokes fast logical string matching functions to perform a complete cross-correlation of probe sequences and target sequences. The score function assigns to each probe-target alignment a "degree of matching" score on the basis of position weighted Hamming distance functions introduced herein. Pairs of probes in the final selection may differ in several positions, while other pairs of probes may differ in only a single position. Not all such positions are of equal importance, and a score function is introduced, reflecting the position of the mismatch within the probe sequence.
摘要翻译：公开了迭代地优化用于多组指定序列的多步分析的两个（或更多）相互关联的探针组的方法，每个这样的序列为了转换需要至少一个转换探针（ “引物”），并且每个转换的序列为了检测需要至少一个捕获探针。本文公开的用于引物和探针选择的同时优化的迭代方法调用快速逻辑串匹配函数以执行探针序列和靶序列的完全互相关。得分函数为每个探测 - 目标比对分配一个“匹配程度” 在位置和害羞的基础上得分; 这里介绍的加权汉明距离函数。最终选择中的成对探针可能在几个位置上有所不同，而其他成对的探针可能仅在一个位置上有所不同。并非所有这些位置都具有同等重要性，并且引入了分数函数，反映了探针序列内不匹配的位置。

7. 发明申请

WO2004047007A1 ANALYSIS, SECURE ACCESS TO, AND TRANSMISSION OF ARRAY IMAGES 审中-公开
标题翻译：分析，安全访问和传输阵列图像
公开(公告)号：WO2004047007A1
公开(公告)日：2004-06-03
申请号：PCT/US2003/036560
申请日：2003-11-14
申请人： BIOARRAY SOLUTIONS, LTD. , SEUL, Michael , XIA, Xiongwu , CHAU, Chiu
发明人： SEUL, Michael , XIA, Xiongwu , CHAU, Chiu
IPC分类号： G06K9/00
CPC分类号： G06T7/0012 , G01N33/566 , G06K9/00 , G06K9/00147 , G06K2209/07 , G06T7/11 , G06T7/155 , G06T7/33 , G06T2207/10064 , G06T2207/20152 , G06T2207/30072
摘要： Systems and methods are provided the autocentering, autofocusing, acquiring, decoding, aligning, analyzing and exchanging among various parties, images, where the images are of arrays of signals associated with ligand-receptor interactions, and more particularly, ligand-receptor interactions where a multitude of receptors are associated with microparticles or microbeads. The beads are encoded to indicate the identity of the receptor attached, and therefore, an assay image and a decoding image are aligned to effect the decoding. The images or data extracted from such images can be exchanged between de-centralized assay locations and a centralized location where the data are analyzed to indicate assay results. Access to data can be restricted to authorized parties in possession of certain coding information, so as to preserve confidentiality.
摘要翻译：系统和方法提供了各方之间的自动对焦，自动聚焦，获取，解码，对准，分析和交换，其中图像是与配体 - 受体相互作用相关联的信号阵列，更具体地，配体 - 受体相互作用，其中许多受体与微粒或微珠相关。编码珠以指示所连接的受体的身份，因此，分析图像和解码图像被对准以实现解码。从这些图像提取的图像或数据可以在非集中测定位置和分析数据的集中位置之间交换以指示测定结果。访问数据可以限于拥有某些编码信息的授权方，以保护机密性。

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