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1. 发明申请

WO2010056053A2 원자 지문 표현자 또는 원자 표현자를 이용한 활성화에너지 예측방법 审中-公开
标题翻译：使用原子指纹描述符或原子描述符预测激活能量的方法
公开(公告)号：WO2010056053A2
公开(公告)日：2010-05-20
申请号：PCT/KR2009/006660
申请日：2009-11-12
申请人： 사단법인 분자설계연구소 , 노경태 , 김두남 , 오원석 , 이성광 , 정지훈 , 조광휘 , 이창준 , 남기엽
发明人： 노경태 , 김두남 , 오원석 , 이성광 , 정지훈 , 조광휘 , 이창준 , 남기엽
IPC分类号： G06F19/00 , C12Q1/26
CPC分类号： G06F19/704 , G06F19/702 , G06F19/706 , G06F19/709
摘要： 본 발명은 원자 지문 표현자의 데이터베이스를 구축하는 방법을 제공한다. 또한, (i) 기질의 원자 지문 표현자(atomic fingerprint descriptor)를 계산하는 단계; (ii) 상기 방법으로 구축된 데이터와 비교하여 사이토크롬 P450 효소에 의한 대사반응이 가능한 원자 위치를 선별하는 단계; 및 (iii) 선별한 원자 위치에 대하여 원자 표현자(atomic descriptor)를 이용하여 활성화 에너지를 예측하는 단계를 포함하는, 원자 지문 표현자 및 원자 표현자를 이용하여 활성화 에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 또한, 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 이용하여 CYP450 효소에 의해 이뤄지는 1단계(phase I) 대사의 활성화에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 구체적으로, 본 발명은 효과적인 원자 표현자를 포함한 방정식을 이용하여 사이토크롬 P450 효소에 의한 수소분리반응 또는 방향족 수산화반응의 4면체 중간체 형성의 활성화에너지를 예측하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법은 어떤 추가적인 CYP450과 기질의 도킹실험이나 양자역학적 계산이 없이 실용적 수준으로까지 1 단계(Phase I) 대사체들에 대해 빠르게 예측해 줌으로서 컴퓨터를 이용한 신약개발을 훨씬 더 용이하게 하고, 약물의 대사반응가능성 분석을 통한 대사체 회피설계를 통하여 약물의 생체이용률(bioavailability)를 증가시키는데 전략을 제시할 수 있다. 또한, 본 발명의 활성화 에너지 예측을 통하여 i) 대사 산물, ii) 대사의 상대적인 속도, iii) 대사의 위치선택성, iv) 대사의 저해, v) 약물 간 상호작용, 및 vi) 대사체의 독성을 예측할 수 있다.
摘要翻译：本发明提供了一种用于构建原子指纹描述符数据库的方法，以及使用原子指纹描述符或原子描述符来预测激活能的方法。该方法包括以下步骤：（i）计算衬底的原子指纹描述符; （ii）将计算的原子指纹描述符与通过上述处理构建的原子指纹描述符数据库进行比较，以选择可能发生细胞色素P450酶的代谢反应的原子位置; 和（iii）通过使用原子描述符来预测所选原子位置的活化能。此外，本发明提供了一种通过使用有效原子描述符来预测由CYP450酶进行的I期代谢的活化能的方法。详细地说，本发明提供了一种通过使用含有有效原子描述符的方程式来预测细胞色素P450酶从氢分离或芳族羟基化形成四面体中间体的活化能的方法。即使没有任何附加的CYP450与底物之间的对接实验，也可以在量子力学计算中，本发明可以在实际水平上快速预测I期代谢物的活化能，从而使得使用计算机的新药开发更加容易。本发明可以通过分析药物的代谢反应可能性来提出通过代谢物避免设计来提高药物的生物利用度的策略。此外，本发明的活化能预测能够预测i）代谢产物，ii）代谢的相对速度，iii）代谢区域选择性iv）代谢抑制v）药物相互作用，和vi）代谢物的毒性。

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