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1. 发明申请

WO2018069430A1 IDENTIFICATION AND ANTIBIOTIC CHARACTERIZATION OF PATHOGENS IN METAGENOMIC SAMPLE 审中-公开
标题翻译：成分分析中病原体的鉴定及抗生素表征
公开(公告)号：WO2018069430A1
公开(公告)日：2018-04-19
申请号：PCT/EP2017/076029
申请日：2017-10-12
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： MAHE, Pierre , TOURNOUD, Maud , SCHICKLIN, Stéphane , GUIGON, Ghislaine , RUPPE, Etienne
IPC分类号： C12Q1/68 , G06F19/22 , G06F19/24
摘要： A method for identifying a pathogen contained in a metagenomic sample and for identifying pathogenic markers in the genome of said pathogen comprises: - processing (12) the sample to extract DNA from pathogens, - sequencing (14) the extracted DNA, thereby producing a set of reads, - comparing (22) the set of reads to a database of genomes of known pathogens in order to assign reads to said pathogens; - producing (26) a pool of reads comprising the reads assigned to a pathogen and assembling (28) the pooled reads to produce contigs, - comparing (30) the contigs to a second database of markers to check whether the produced contigs contain a marker, The method further comprise the step of comparing (24) the reads to the second database to assign reads to the markers, a read being assigned to a marker if it falls entirely into said marker or if it is astride said marker, and the pool also comprises the reads assigned to the markers, the contigs being thereby being assembled from reads assigned to a pathogen and reads assigned to the markers.
摘要翻译：鉴定包含在宏基因组样品中的病原体和用于鉴定所述病原体基因组中病原标记物的方法包括： - 处理（12）样品以从病原体中提取DNA; - 测序（14）提取的DNA，从而产生一组读数， - 将该组读数与已知病原体的基因组数据库进行比较（22），以便将读数分配给所述病原体; - 产生（26）包含分配给病原体的读段的读数池并且汇集（28）汇集的读段以产生重叠群， - 将重叠群与第二数据库标记进行比较（30）以检查产生的重叠群是否包含标记该方法还包括以下步骤：将读数与第二数据库进行比较（24）以将读数分配给标记，如果标记完全落入所述标记中或如果其跨越所述标记，则分配给标记，并且池还包括分配给标记的读段，因此重叠群从分配给病原体的读段和分配给标记的读段进行组装。

2. 发明申请

WO2018007501A1 FLOW CYTOMETRY DATA PROCESSING FOR ANTIMICROBIAL AGENT SENSIBILITY PREDICTION 审中-公开
标题翻译：流动细胞测量数据处理抗菌剂敏感性预测
公开(公告)号：WO2018007501A1
公开(公告)日：2018-01-11
申请号：PCT/EP2017/066900
申请日：2017-07-06
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： RAMJEET, Mahendrasingh , MAHE, Pierre , KANEKO, Gaël , CHAPEL, Margaux
IPC分类号： C12Q1/18 , G06F19/24
摘要： A method for predicting the sensibility phenotype of a test microorganism to an antimicrobial agent amongst susceptible, intermediate and resistant phenotypes, comprising a learning stage and a prediction stage. The learning stage comprises selecting a wide set of different strains having different known sensibility phenotypes determined according EUCAST or CLSI method, acquiring FCM (flow cytometry) distributions for each of said strain aliquoted in liquid samples with fluorescent markers and different concentrations of the antibiotic, and performing a learning machine computing on mono or multidimensional spaces involving feature vectors derived from the FCM acquisition to derive a prediction model of the sensibility phenotype to the antibiotic.
摘要翻译：一种用于预测受试微生物对敏感，中间和抗性表型中的抗微生物剂的敏感性表型的方法，包括学习阶段和预测阶段。学习阶段包括选择具有根据EUCAST或CLSI方法测定的不同已知敏感性表型的多种不同菌株，获得用荧光标记物和不同浓度的抗生素等分为液体样品中的每种所述菌株的FCM（流式细胞术）分布，以及在包含从FCM获取中导出的特征向量的单维或多维空间上计算学习机器，从而导出针对抗生素的敏感性表型的预测模型。

3. 发明申请

WO2019122734A1 PROCEDE D'IDENTIFICATION D'UNE LEVURE OU D'UNE BACTERIE 审中-公开
公开(公告)号：WO2019122734A1
公开(公告)日：2019-06-27
申请号：PCT/FR2018/053436
申请日：2018-12-20
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： LALLEMAND, Jordane , LEROUX, Denis , PETIT, Manuel
IPC分类号： C12Q1/04 , G01N21/25
CPC分类号： C12Q1/04 , G01N21/31
摘要： Procédé de caractérisation d'un microorganisme, comportant : - l'éclairage dans la gamme de longueurs d'onde 390nm-900nm du microorganisme ayant une réponse électromagnétique naturelle dans ladite gamme; - l'acquisition, dans ladite gamme, d'une intensité lumineuse réfléchie par ledit (ou transmise au travers dudit)microorganisme éclairé; et - la détermination du microorganisme comme étant une levure ou une souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans ladite gamme.

4. 发明申请

WO2019122732A1 PROCEDE ET SYSTEME D'IDENTIFICATION DU TYPE DE GRAM D'UNE BACTERIE 审中-公开
公开(公告)号：WO2019122732A1
公开(公告)日：2019-06-27
申请号：PCT/FR2018/053434
申请日：2018-12-20
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： LALLEMAND, Jordane , LEROUX, Denis , PETIT, Manuel
IPC分类号： C12Q1/04 , G01N21/25 , G01J3/28
CPC分类号： C12Q1/04 , G01J3/2803 , G01J3/2823 , G01N21/31 , G01N2015/0065 , G01N2201/129
摘要： Procédé de détection du type de Gram et du caractère fermentant d'une souche bactérienne, comportant: - l'éclairage dans la gamme de longueurs d'onde 390nm-900nm d'au moins une bactérie de ladite souche ayant une réponse électromagnétique naturelle dans ladite gamme; - l'acquisition, dans ladite gamme, d'une intensité lumineuse réfléchie par, ou transmise au travers de, ladite bactérie éclairée; et - la détermination du type de Gram et du caractère fermentant de la souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans ladite gamme.

5. 发明申请

WO2018234682A1 PROCÉDÉ D'APPLICATION, SUR UN SUPPORT SOLIDE, D'AU MOINS UN PARTENAIRE DE LIAISON À UNE MOLÉCULE 审中-公开
公开(公告)号：WO2018234682A1
公开(公告)日：2018-12-27
申请号：PCT/FR2018/051464
申请日：2018-06-19
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： BLASCO, Patrick , COSIN, Perrine
IPC分类号： B01L9/00 , G01N33/543
摘要： La présente invention concerne un procédé d'application, dans un support solide (1) en forme de tube, évasé ou non, présentant une ouverture circulaire ou ellipsoïdale à chaque extrémité, tel qu'un cône ou une pipette, d'au moins un partenaire P1 de liaison à un analyte à détecter ou à quantifier dans un échantillon de test, comprenant les étapes suivantes: (i) connecter le support solide à un dispositif d'aspiration-refoulement (2, 3), (ii) aspirer dans le support solide, par l'une de ses extrémités, une solution comprenant ledit au moins un partenaire P1 de liaison, dite solution de sensibilisation S1, contenue dans un récipient (4, 7, 8, 9), appelé récipient R1, (iii)poursuivre le contact entre la solution de sensibilisation S1 etla surface interne du support solide pendant un temps compris entre 0s et 11 min, (iv) refouler la solution de sensibilisation S1 dans un récipient (4, 7, 8, 9), lequel est ou non ledit récipient R1, les étapes (ii) à (iv) formant un cycle pouvant être répété au moins 1 fois, sur une durée totale d'au moins 1 min et d'au plus 2h30. Elle concerne également l'utilisation du support ainsi revêtu pour la détection ou quantification d'un analyte dans un échantillon de test.

6. 发明申请

WO2021008878A1 PROCEDE D'IDENTIFICATION ET DE SURVEILLANCE EPIDEMIOLOGIQUE D'UN FOYER BACTERIEN 审中-公开
公开(公告)号：WO2021008878A1
公开(公告)日：2021-01-21
申请号：PCT/EP2020/068611
申请日：2020-07-02
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： KANEKO, Gaël , GUIGON, Ghislaine
IPC分类号： G16H50/80 , G16B20/20
摘要： L'invention a pour objet un procédé de détection et de surveillance d'un foyer bactérien comprenant la prédiction qu'une souche bactérienne prélevée et une souche bactérienne d'une base de données appartiennent au foyer bactérien si leur distance génomique est inférieure à un premier seuil prédéterminé, n'appartiennent pas au foyer bactérien si leur distance génomique est supérieure à un second seuil prédéterminé strictement supérieur au premier seuil, ou appartiennent peut être au foyer bactérien si leur distance génomique est comprise. Le premier seuil est supérieur ou égal à un troisième seuil tel qu'une prédiction d'appartenance au foyer bactérien de deux souches bactériennes ayant une distance génomique inférieure au troisième seuil a une spécificité maximale. Le second seuil est inférieur ou égal à un quatrième seuil tel qu'une prédiction de non appartenance au foyer bactérien de deux souches bactériennes ayant une distance génomique supérieure au quatrième seuil a une sensibilité maximale.

7. 发明申请

WO2018007504A1 FLOW CYTOMETRY DATA PROCESSING FOR ANTIMICROBIAL AGENT SENSIBILITY PREDICTION 审中-公开
标题翻译：流动细胞测量数据处理抗菌剂敏感性预测
公开(公告)号：WO2018007504A1
公开(公告)日：2018-01-11
申请号：PCT/EP2017/066903
申请日：2017-07-06
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： RAMJEET, Mahendrasingh , MAHE, Pierre , KANEKO, Gaël , CHAPEL, Margaux
IPC分类号： C12Q1/18 , G06F19/24
摘要： A method for quantifying the sensibility of a test microorganism to a concentration of an antimicrobial agent comprising: - preparing two liquid samples comprising the test microorganism, one comprising the antimicrobial agent at said concentration and the another do not comprising the antimicrobial agent; - for each of said samples acquiring, by means of a flow cytometer, a digital set of values comprising a fluorescence or forward scatter or side scatter distribution, and computing of: o a first coordinate value corresponding to the main mode of the acquired distribution and an first area of the acquired distribution for values greater than the first coordinate value; o a second coordinate value, greater than said first coordinate value, for which a second area of the acquired distribution between said first and second coordinate values equals a predefined percentage of the first area over 50%, - computing a ratio according to the relation: formula (I) where Mode(ATB) and QT(ATB) are respectively the first and second coordinate values with said concentration of antimicrobial agent, and Mode(no ATB) and QT(no ATB) are respectively the first and second coordinate values without said concentration of antimicrobial agent.
摘要翻译：定量测试微生物对抗微生物剂浓度的敏感性的方法，其包括： - 制备包含测试微生物的两种液体样品，一种包含所述浓度的抗微生物剂，另一种不包含测试微生物包含抗微生物剂; - 对于所述样本中的每一个，通过流式细胞仪获取包括荧光或前向散射或侧向散射分布的数值数值集合，以及计算： - 对应于所获取的分布的主模式的第一坐标值和获取的分布的第一区域的值大于第一坐标值; o大于所述第一坐标值的第二坐标值，对于该第二坐标值，所述第一和第二坐标值之间的所述获取的分布的第二区域等于所述第一区域的超过50％的预定百分比， - 根据以下关系计算比率：公式（I）模式（ATB）和QT（ATB）分别是具有所述抗微生物剂浓度的第一和第二坐标值，并且模式（无ATB））和QT（无ATB）分别是没有所述抗微生物剂浓度的第一和第二坐标值。

8. 发明申请

WO2017216190A1 PROCÉDÉ ET SYSTÈME D'IDENTIFICATION DU TYPE DE GRAM D'UNE BACTÉRIE 审中-公开
标题翻译：鉴定细菌克隆类型的方法和系统
公开(公告)号：WO2017216190A1
公开(公告)日：2017-12-21
申请号：PCT/EP2017/064454
申请日：2017-06-13
申请人： BIOMÉRIEUX
发明人： LEROUX, Denis , LALOUM, Eric , MAHE, Pierre , MIDAHUEN, Rony , BARLAS, Philippine
IPC分类号： C12Q1/04
摘要： Une détection du type de Gram d'une souche bactérienne, comprend: l'éclairage dans la gamme de longueurs d'onde 415nm-440nm d'au moins une bactérie de ladite souche ayant une réponse électromagnétique naturelle dans ladite gamme; l'acquisition, dans la gamme 415nm-440nm, d'une intensité lumineuse réfléchie par, ou transmise au travers de, ladite bactérie éclairée; et la détermination du type de Gram de la souche bactérienne en fonction de l'intensité lumineuse acquise dans la gamme 415nm-440nm.
摘要翻译：
革兰氏类型的去检测一个应变BACTérienne包括：在至少一种细菌éRIE的波长范围415nm处，440nm处的é照明所述应变在所述范围内具有自然电磁响应; 在415nm-440nm范围内采集强度和波形; 由所述光细菌反射或透过所述光细菌的光; 并根据强度确定细菌菌株的革兰氏型。在415nm-440nm范围内获得发光。

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