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21. 发明授权

US07536263B2 Robust genotyping method using DNA chip having discriminating probe and amplicon probe immobilized thereon and DNA chip used therein 失效
标题翻译：使用固定有鉴别探针和扩增子探针的DNA芯片的稳健基因分型方法和其中使用的DNA芯片
公开(公告)号：US07536263B2
公开(公告)日：2009-05-19
申请号：US11019011
申请日：2004-12-21
申请人： Hyeong-sop Shim , Jong-min Kim , Ji-young Oh
发明人： Hyeong-sop Shim , Jong-min Kim , Ji-young Oh
IPC分类号： G06F19/00 , C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6837 , G06F19/20 , C12Q2565/501 , C12Q2545/101 , C12Q2535/131
摘要： Provided is a genotyping method. The genotyping method includes using a DNA chip on which just an optimal probe set is immobilized, the optimal probe sets composed of a discriminating probe which perfectly matches a mutant type gene or a wild type gene for each of at least one identified mutation site in each of at least one amplicon contained in a sample and an amplicon probe having a sequence which perfectly matches a region excluding a nucleotide sequence at a mutation site in each amplicon and is absent from the other amplicons, in order to identify which one of a wild type gene and a mutant type gene is present in each mutation site. In this genotyping method, the number of probes used can be reduced and reliability of genotyping results can be increased.
摘要翻译：提供了一种基因分型方法。基因分型方法包括使用仅固定有最佳探针组的DNA芯片，由每个中至少一个鉴定的突变位点中的每一个完全匹配突变型基因或野生型基因的鉴别探针组成的最佳探针组的样品中包含的至少一个扩增子和扩增子探针，其具有与每个扩增子中的突变位点之外的不包括核苷酸序列的区域完全匹配的序列，并且不存在于其他扩增子中的扩增子探针，以便鉴定野生型中哪一种基因和突变型基因存在于每个突变位点。在这种基因分型方法中，可以减少使用的探针的数量，并且可以提高基因分型结果的可靠性。

22. 发明申请

US20060269952A1 Genotyping method using distance measure 审中-公开
标题翻译：使用距离测量的基因分型方法
公开(公告)号：US20060269952A1
公开(公告)日：2006-11-30
申请号：US11440847
申请日：2006-05-25
申请人： Ji-young Oh
发明人： Ji-young Oh
IPC分类号： C12Q1/68 , G06F19/00
CPC分类号： C12Q1/6837 , G16B20/00 , G16B25/00
摘要： A genotyping method includes: (a) hybridizing a known standard nucleic acid to a DNA chip on which an optimal probe set composed of two or more different probes matching respective two or more different genotypes is immobilized for each mutation site, calculating an input vector having two components from the hybridization data, and setting up a genotyping algorithm using the input vector; (b) determining the centroid point of each of the two or more different genotypes; and (c) hybridizing an unknown target nucleic acid to the DNA chip, calculating an input vector having two components from the hybridization data, inputting the input vector into the genotyping algorithm, calculating a distance between the input vector and the centroid point of each of the two or more different genotypes, and determining that the target nucleic acid belongs to a genotype whose centroid point is nearest to the input vector for the target nucleic acid. Therefore, it can be determined that an unknown target nucleic acid belongs to which one of two or more genotypes, and in particular, to three or more genotypes.
摘要翻译：一种基因分型方法包括：（a）将已知的标准核酸与DNA芯片杂交，其中针对每个突变位点固定有由两个或多个不同基因型组成的两个或更多个不同探针组成的最佳探针组，DNA计算具有杂交数据的两个成分，并使用输入向量建立基因分型算法; （b）确定两种或多种不同基因型中的每一种的质心点; 和（c）将未知靶核酸与DNA芯片杂交，从杂交数据计算具有两个成分的输入向量，将输入向量输入到基因分型算法中，计算输入向量与每个的质心点之间的距离两种或更多种不同的基因型，并且确定靶核酸属于其质心点最接近靶核酸的输入载体的基因型。因此，可以确定未知靶核酸属于两种以上基因型中的哪一种，特别是三种以上的基因型。

23. 发明申请

US20050142599A1 Robust genotyping method using DNA chip having discriminating probe and amplicon probe immobilized thereon and DNA chip used therein 失效
标题翻译：使用固定有鉴别探针和扩增子探针的DNA芯片的稳健基因分型方法和其中使用的DNA芯片
公开(公告)号：US20050142599A1
公开(公告)日：2005-06-30
申请号：US11019011
申请日：2004-12-21
申请人： Hyeong-sop Shim , Jong-min Kim , Ji-young Oh
发明人： Hyeong-sop Shim , Jong-min Kim , Ji-young Oh
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N33/48 , G01N33/50 , G06F19/00
CPC分类号： C12Q1/6827 , C12Q1/6837 , G06F19/20 , C12Q2565/501 , C12Q2545/101 , C12Q2535/131
摘要： Provided is a genotyping method. The genotyping method includes using a DNA chip on which just an optimal probe set is immobilized, the optimal probe sets composed of a discriminating probe which perfectly matches a mutant type gene or a wild type gene for each of at least one identified mutation site in each of at least one amplicon contained in a sample and an amplicon probe having a sequence which perfectly matches a region excluding a nucleotide sequence at a mutation site in each amplicon and is absent from the other amplicons, in order to identify which one of a wild type gene and a mutant type gene is present in each mutation site. In this genotyping method, the number of probes used can be reduced and reliability of genotyping results can be increased.
摘要翻译：提供了一种基因分型方法。基因分型方法包括使用仅固定有最佳探针组的DNA芯片，由每个中至少一个鉴定的突变位点中的每一个完全匹配突变型基因或野生型基因的鉴别探针组成的最佳探针组的样品中包含的至少一个扩增子和扩增子探针，其具有与每个扩增子中的突变位点之外的不包括核苷酸序列的区域完全匹配的序列，并且不存在于其他扩增子中的扩增子探针，以便鉴定野生型中哪一种基因和突变型基因存在于每个突变位点。在这种基因分型方法中，可以减少使用的探针的数量，并且可以提高基因分型结果的可靠性。

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