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1. 发明专利

TW201005142A ＣＰＳＡＲＳＴ－高效能蛋白質環形序列重組搜尋比對工具 CPSARST-AN EFFICIENT SEARCH TOOL FOR DETECTING CIRCULAR PERMUTATION IN PROTEINS 审中-公开
简体标题：ＣＰＳＡＲＳＴ－高性能蛋白质环形串行重组搜索比对工具 CPSARST-AN EFFICIENT SEARCH TOOL FOR DETECTING CIRCULAR PERMUTATION IN PROTEINS
公开(公告)号：TW201005142A
公开(公告)日：2010-02-01
申请号：TW097127490
申请日：2008-07-18
申请人：國立清華大學
发明人：呂平江 , 羅惟正
IPC分类号： C40B , G06F
摘要：本發明提出一項有效地偵測環形序列重組之方法，該方法包括下列步驟（a）係將一欲比對之蛋白質結構執行一演算法得到第一個代碼字串，其中演算法係指將蛋白質三級結構轉換為一級序列的拉馬銓德朗氏演算法；（b）重複步驟（a）之第一個代碼字串得到第二個代碼字串；（c）將第一個及第二個代碼字串與一已知字串進行比對，求得字串之相似度計分（Simularity Score）數值及期望值（E值）；以及（d）當相似度計分DL/相似度計分NL＞1，和-log10（E值DL/E值NL）＞-0.5時，即為環形序列重組情形產生之序列。本發明還可進一步找出序列重組的位置，其方法包括：(i)當環形序列重組發生時，第二個拉馬銓德朗氏碼結構字串與已知字串比對後會出現一最佳區間；其中最佳區間介於第二個拉馬銓德朗氏碼結構字串的q1及q2區間；而介於已知字串的s1至s2區間；以及(ii)決定重組的位置為q1－s1＋1。
简体摘要：本发明提出一项有效地侦测环形串行重组之方法，该方法包括下列步骤（a）系将一欲比对之蛋白质结构运行一算法得到第一个代码字符串，其中算法系指将蛋白质三级结构转换为一级串行的拉马铨德朗氏算法；（b）重复步骤（a）之第一个代码字符串得到第二个代码字符串；（c）将第一个及第二个代码字符串与一已知字符串进行比对，求得字符串之相似度计分（Simularity Score）数值及期望值（E值）；以及（d）当相似度计分DL/相似度计分NL＞1，和-log10（E值DL/E值NL）＞-0.5时，即为环形串行重组情形产生之串行。本发明还可进一步找出串行重组的位置，其方法包括：(i)当环形串行重组发生时，第二个拉马铨德朗氏码结构字符串与已知字符串比对后会出现一最佳区间；其中最佳区间介于第二个拉马铨德朗氏码结构字符串的q1及q2区间；而介于已知字符串的s1至s2区间；以及(ii)决定重组的位置为q1－s1＋1。

2. 发明专利

TWI356103B ＣＰＳＡＲＳＴ－高效能蛋白質環形序列重組搜尋比對工具 CPSARST-AN EFFICIENT SEARCH TOOL FOR DETECTING CIRCULAR PERMUTATION IN PROTEINS 有权
简体标题：ＣＰＳＡＲＳＴ－高性能蛋白质环形串行重组搜索比对工具 CPSARST-AN EFFICIENT SEARCH TOOL FOR DETECTING CIRCULAR PERMUTATION IN PROTEINS
公开(公告)号：TWI356103B
公开(公告)日：2012-01-11
申请号：TW097127490
申请日：2008-07-18
申请人：國立清華大學
发明人：呂平江 , 羅惟正
IPC分类号： C40B , G06F
摘要：本發明提出一項有效地偵測環形序列重組之方法，該方法包括下列步驟(a)係將一欲比對之蛋白質結構執行一轉換法得到第一個代碼字串，其中轉換法係指將蛋白質三級結構轉換為一級序列的拉馬銓德朗氏轉換法；(b)重複步驟(a)之第一個代碼字串得到第二個代碼字串；(c)將第一個及第二個代碼字串與一已知字串進行比對，求得字串之相似度計分(Simularity Score)數值及期望值(E值)；以及(d)當相似度計分DL/相似度計分NL>1，和-log10(E值DL/E值NL)>-0.5時，即為環形序列重組情形產生之序列。
本發明還可進一步找出序列重組的位置，其方法包括：(i)當環形序列重組發生時，第二個拉馬銓德朗氏碼結構字串與已知字串比對後會出現一最佳區間；其中最佳區間介於第二個拉馬銓德朗氏碼結構字串的q1及q2區間；而介於已知字串的s1至s2區間；以及(ii)決定重組的位置為q1-s1+1。
简体摘要：本发明提出一项有效地侦测环形串行重组之方法，该方法包括下列步骤(a)系将一欲比对之蛋白质结构运行一转换法得到第一个代码字符串，其中转换法系指将蛋白质三级结构转换为一级串行的拉马铨德朗氏转换法；(b)重复步骤(a)之第一个代码字符串得到第二个代码字符串；(c)将第一个及第二个代码字符串与一已知字符串进行比对，求得字符串之相似度计分(Simularity Score)数值及期望值(E值)；以及(d)当相似度计分DL/相似度计分NL>1，和-log10(E值DL/E值NL)>-0.5时，即为环形串行重组情形产生之串行。本发明还可进一步找出串行重组的位置，其方法包括：(i)当环形串行重组发生时，第二个拉马铨德朗氏码结构字符串与已知字符串比对后会出现一最佳区间；其中最佳区间介于第二个拉马铨德朗氏码结构字符串的q1及q2区间；而介于已知字符串的s1至s2区间；以及(ii)决定重组的位置为q1-s1+1。

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