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21. 发明专利

AU2010200686A1 Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals 未知
公开(公告)号：AU2010200686A1
公开(公告)日：2010-03-18
申请号：AU2010200686
申请日：2010-02-25
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： MCNEIL JOHN , ECKER DAVID J , CROOKE STANLEY T , GRIFFEY RICHARD H , SAMPATH RANGARAJAN , HOFSTADLER STEVEN A , BLYN LAWRENCE B , RANKEN RAYMOND , HALL THOMAS A
IPC分类号： C12Q1/68 , A61K20060101 , A61K9/00 , C07H21/00 , C12N15/09 , C12Q1/70 , G01N27/62 , G06F19/00
摘要： The present invention provides methods of: identifying pathogens in biological samples from humans and animals, resolving a plurality of etiologic agents present in samples obtained from humans and animals, determining detailed genetic information about such pathogens or etiologic agents, and rapid detection and identification of bioagents from environmental, clinical or other samples.

22. 发明专利

AU2005322640B2 Compositions for use in identification of bacteria 未知
公开(公告)号：AU2005322640B2
公开(公告)日：2008-09-18
申请号：AU2005322640
申请日：2005-02-18
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ECKER DAVID J , HALL THOMAS A , MASSIRE CHRISTIAN , SAMPATH RANGARAJAN , ESHOO MARK W
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/02
摘要： The present invention provides oligonucleotide primers and compositions and kits containing the same for rapid identification of bacteria by amplification of a segment of bacterial nucleic acid followed by molecular mass analysis.

23. 发明专利

ES2840456T3 Secuenciación de ADN 未知
公开(公告)号：ES2840456T3
公开(公告)日：2021-07-06
申请号：ES18182487
申请日：2013-05-02
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ESHOO MARK W
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/04 , C12P19/34 , C12Q1/6869
摘要： Un método para secuenciar un ácido nucleico objetivo usando un enfoque de secuenciación por síntesis (SBS), el método comprendiendo: a) proporcionar una primera pluralidad de una primera base de nucleótidos, una segunda pluralidad de una segunda base de nucleótidos, una tercera pluralidad de una tercera base de nucleótidos, y una cuarta pluralidad de una cuarta base de nucleótidos, en donde: (1) una primera proporción de una primera porción de la primera pluralidad marcada con un primer marcador en relación a una segunda porción de la primera pluralidad marcada con un segundo marcador; y (2) una segunda proporción de una tercera porción de la segunda pluralidad marcada con el primer marcador en relación con una cuarta porción de la segunda pluralidad marcada con el segundo marcador, son detectablemente diferentes entre sí; b) incorporar mediante polimerización la primera pluralidad de la primera base de nucleótidos, la segunda pluralidad de la segunda base de nucleótidos, la tercera pluralidad de la tercera base de nucleótidos, o la cuarta pluralidad de la cuarta base de nucleótidos en una pluralidad de copias de un ácido nucleico que es complementario al ácido nucleico objetivo; c) determinar una proporción de señales producida a partir de la primera pluralidad de la primera base de nucleótidos o una proporción de señales producida a partir de la segunda pluralidad de la segunda base de nucleótidos en la pluralidad de copias de un ácido nucleico que es complementario al ácido nucleico objetivo, en donde una primera proporción de señales producida por la primera pluralidad de la primera base de nucleótidos es detectablemente diferente de una segunda proporción de señales producida por la segunda pluralidad de la segunda base de nucleótidos y en donde la proporción de señales producida a partir de la primer pluralidad se produce por al menos dos marcadores que emiten dos longitudes de onda distinguibles y la proporción de señales producida a partir de la segunda pluralidad se produce por al menos dos marcadores que emiten dos longitudes de onda distinguibles; d) asociar la proporción de señales o señal con la primera base de nucleótidos o la segunda base de nucleótidos para identificar la base de nucleótidos en la pluralidad de copias de un ácido nucleico que es complementaria al ácido nucleico objetivo; y e) analizar un conjunto de datos de proporciones de señales ordenadas para producir una secuencia de nucleótidos del ácido nucleico objetivo, en donde el método de SBS es un enfoque de secuenciación basado en conjuntos la secuencia del ácido nucleico objetivo se determina detectando la señal producida después de cada incorporación de bases, y en donde: (i) cada uno de los nucleótidos comprende un grupo 3' hidroxilo que está bloqueado químicamente y los cuatro nucleótidos se añaden simultáneamente a una reacción que comprende ADN polimerasa y agrupaciones de complejos plantilla-cebador; o (ii) cada nucleótido se añade uno a la vez a una mezcla de la reacción que contiene un complejo de objetivo de ácido nucleico-cebador y una polimerasa.

24. 发明专利

CA2663029C TARGETED WHOLE GENOME AMPLIFICATION METHOD FOR IDENTIFICATION OF PATHOGENS 未知
公开(公告)号：CA2663029C
公开(公告)日：2016-07-19
申请号：CA2663029
申请日：2007-09-14
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ECKER DAVID J , ESHOO MARK W
IPC分类号： C12Q1/68 , C12P19/34
摘要： The methods disclosed herein relate to methods and compositions for amplifying nucleic acid sequences, more specifically, from nucleic acid sequences of pathogens by targeted whole genome amplification.

25. 发明专利

CA2874762A1 UNIVERSAL RANDOM ACCESS DETECTION OF NUCLEIC ACIDS 未知
公开(公告)号：CA2874762A1
公开(公告)日：2013-12-05
申请号：CA2874762
申请日：2013-05-31
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： SAPPENFIELD CHRISTOPHER C
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： Provided herein is technology relating to detecting nucleic acids in a sample and particularly, but not exclusively, to systems and methods related to random access primer pair libraries that are used to configure or customize assays for nucleic acid detection.

26. 发明专利

ES2394731T3 Procedimiento para la rápida detección e identificación de bacterias 未知
公开(公告)号：ES2394731T3
公开(公告)日：2013-02-05
申请号：ES02709785
申请日：2002-03-04
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ECKER DAVID , GRIFFEY RICHARD , SAMPATH RANGARAJAN , HOFSTADLER STEVEN , MCNEIL JOHN
IPC分类号： C12Q1/68 , G01N27/62 , C12N15/09
摘要： Un procedimiento para identificar una bacteria desconocida que comprende: a) poner en contacto un ácido nucleico que es una secuencia de un gen de dicha bacteria con al menos un par de cebadores oligonucleotídicos que hibridan con regiones de secuencia conservada de dicho ácido nucleico que muestran entre el 80% y el 100% de identidad entre diferentes especies de bacterias pero que no son específicos para un género de bacteria particular, en el que dichas regiones de secuencia flanquean una secuencia de ácido nucleico variable intermedia de la bacteria, y en el que hay una separación de entre 30 y 250 nucleótidos entre dichas regiones de secuencia; b) amplificar dicha secuencia de ácido nucleico variable usando dicho al menos un par de cebadores oligonucleotídicos para producir un producto de amplificación; c) determinar la masa molecular de dicho producto de amplificación por espectrometría de masas y determinar adicionalmente la composición de bases de dicho producto de amplificación; y d) comparar dicha composición de bases con una o más composiciones de bases de productos de amplificación obtenidos realizando las etapas a)-c) sobre una pluralidad de bacterias conocidas, en el que dicha una o más composiciones de bases están contenidas en una base de datos de composiciones de bases distintivas, y en el que una coincidencia identifica dicha bacteria desconocida.

27. 发明专利

AU2006272776B2 Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants 未知
公开(公告)号：AU2006272776B2
公开(公告)日：2012-01-19
申请号：AU2006272776
申请日：2006-07-21
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： LOWERY KRISTIN SANNES , ECKER DAVID J , HALL THOMAS A , HOFSTADLER STEVEN A
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： There is a need for nucleic acid analysis which is both specific and rapid, and in which no nucleic acid sequencing is required. The present invention addresses this need, among others by providing a method of nucleic acid amplification of overlapping sub- segments of a nucleic acid followed by molecular mass measurement of resulting amplification products by mass spectrometry, and determination of the base compositions of the amplification products.

28. 发明专利

CA2798635A1 INTEGRATED SAMPLE PREPARATION SYSTEMS AND STABILIZED ENZYME MIXTURES 未知
公开(公告)号：CA2798635A1
公开(公告)日：2011-11-10
申请号：CA2798635
申请日：2011-05-06
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ESHOO MARK W , PICURI JOHN
IPC分类号： C12N9/96 , C12M1/40 , C12Q1/68 , C40B60/14
摘要： The present invention provides integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures. In particular, the present invention provides microfluidic cards configured for processing a sample and generating DNA libraries that are suitable for use in sequencing methods (e.g., next generation sequencing methods) or other suitable nucleic acid analysis methods. The present invention also provides stabilized enzyme mixtures containing an enzyme (e.g., an enzyme used in whole genome amplification), BSA, and a sugar. Such enzyme mixtures may be lyophilized and stored at room temperature without significant loss of enzyme activity for months.

29. 发明专利

ES2352195T3 METODOS PARA EL RAPIDO ANALISIS FORENSE DE ADN MITOCONDRIAL Y CARATERIZACION HETEROPLASMIA DE ADN MITOCONDRIAL. 未知
公开(公告)号：ES2352195T3
公开(公告)日：2011-02-16
申请号：ES03810055
申请日：2003-12-05
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ECKER DAVID , ESHOO MARK , CROOKE STANLEY , JIANG YUN , HOFSTADLER STEVEN , HANNIS JAMES , SAMPATH RANGARAJAN , WHITE NEILL , BLYN LAWRENCE , HALL THOMAS , SAMANT VIVEK , GRIFFEY RICHARD , MCNEIL JOHN , DRADER JARED
IPC分类号： C12Q1/68 , C07H21/04 , C12P19/34
摘要： Un método forense que comprende los pasos de: (i) determinar una primera masa molecular de un primer producto de amplificación de un Cebador amplicón identificador de ADN mitocondrial por espectrometría de masas; y (ii) comparar la primera masa molecular con una segunda masa molecular de un segundo amplicón identificador de ADN mitocondrial, donde el Cebador y el segundo amplicones identificadores de ADN mitocondrial contienen las mismas secuencias conservadas para la hibridación del mismo par de cebadores, donde el método no comprende la secuenciación de ácido nucleico del primer producto de amplificación, y donde la segunda masa molecular del segundo amplicón identificador de ADN mitocondrial está indexado a un sujeto y contenido en una base de datos.

30. 发明专利

SG161740A1 METHODS FOR IDENTIFICATION OF CORONAVIRUSES 未知
公开(公告)号：SG161740A1
公开(公告)日：2010-06-29
申请号：SG2006005458
申请日：2004-04-23
申请人： IBIS BIOSCIENCES INC
发明人： ECKER DAVID J , HOFSTADLER STEVEN A , SAMPATH RANGARAJAN , BLYN LAWRENCE B , HALL THOMAS A , MASSIRE CHRISTIAN
IPC分类号： C12N20060101 , C12N15/00 , C12Q1/68 , C12Q1/70 , C12N15/33
摘要： The present invention provides a method for identifying one or more unknown coronaviruses in a sample, such as viruses leading to severe acute respiratory syndrome (SARS). Coronavirus DNA is obtained from corresponding RNA, the DNA is amplified using one or more pairs of oligonucleotide primers that bind to a highly conserved region of the coronavirus genome flanking a variable region. Chosen primer binding sites are either the RNA dependent RNA polymerase (RdRp) gene or the nspl l gene within ORF lb. The molecular mass or base composition of amplification products is determined and compared with calculated or experimentally determined molecular masses or base compositions, where one or more matches identifies the unknown coronavirus. Additional embodiments relates to diagnosis of the etiology of a coronavirus infection, tracking the spread of a specific coronavirus, primer pairs binding within the RdRP gene or the nsp11 gene of the coronavirus polymerase gene ORF lb, a bioagent identifying amp licon for identification of a coronavirus, a calibration polynucleotide for quantification of the identified coronavirus and a kit for detecting coronavirus comprising one or more primer pairs binding within the RdRP gene or the nsp 11 gene of the coronavirus polymerase gene ORF lb.

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