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    • 18. 发明专利
    • Procedimientos para identificar regiones de unión a macromolécula y propensas a la agregación en proteínas y usos de los mismos
    • ES2417781T3
    • 2013-08-09
    • ES09767827
    • 2009-06-19
    • NOVARTIS AGMASSACHUSETTS INST TECHNOLOGY
    • CHENNAMSETTY NARESHHELK BERNHARDTROUT BERNHARDTKAYSER VEYSELVOYNOV VLADIMIR
    • G06F19/16G06F19/24
    • Un procedimiento implementado por ordenador para identificar una región propensa a la agregación y/o una región de unión a macromolécula sobre una proteína que comprende (a) mapear, sobre un modelo estructural de la proteína, la propensión a la agregación espacial, SAP, para átomos en la proteína como se calcula para un átomo particular (i) identificando uno o más átomos o residuos de aminoácidos en un modelo estructural que representa la proteína, en el que el uno o más átomos están dentro de una región espacial definida centrada en o próxima al átomo particular o el uno o más residuos de aminoácidos tienen uno o más átomos dentro de una región espacial definida centrada en o próxima al átomo particular; (ii) calculando, para el uno o más átomos en la región espacial definida, una relación del área accesible al disolvente, SAA, de los átomos con respecto al SAA de átomos en un residuo idéntico que está completamente expuesto; (iii) multiplicando cada relación por la hidrofobia del átomo del uno o más átomos o la hidrofobia del uno o más residuos de aminoácidos como se ha determinado por una escala de hidrofobia de aminoácidos; y (iv) sumando los productos de la etapa (iii); por lo que la suma es la SAP para el átomo particular; o en el que la SAP para el átomo particular se calcula realizando una simulación de dinámica molecular antes de la etapa (i) y repitiendo las etapas (i) - (iv), realizando cada vez otra simulación de dinámica molecular en una pluralidad de etapas de tiempo, produciendo así múltiples sumas como en la etapa (iv), y calculando el promedio de las sumas; por lo que el promedio calculado es la SAP para el átomo particular; y (b) identificar una región dentro de la proteína que tiene una pluralidad de átomos que tiene una SAP > 0; en el que la región propensa a la agregación y/o región de unión a macromolécula comprende los aminoácidos que comprenden dicha pluralidad de átomos.